High-throughput, accurate mass metabolome profiling of cellular extracts by flow injection-time-of-flight mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 18, 2011, Pages 7074-7080

  Fuhrer, Tobias ^a   Heer, Dominik ^a   Begemann, Boris ^a   Zamboni, Nicola ^a,b  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

^b NONE   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BENCHMARKING; DIRECT INJECTION; ESCHERICHIA COLI; METABOLISM; METABOLITES; POLYMETHYL METHACRYLATES;

BIOLOGICAL EXTRACTS; CELLULAR EXTRACTS; COEFFICIENT OF VARIATION; CORRELATION ANALYSIS; DELETION MUTANTS; ELECTROSPRAY-TIME OF FLIGHT-MASS SPECTROMETRIES; MASS RESOLUTION; MASS-TO-CHARGE RATIO;

MASS SPECTROMETRY;

EID: 80052785690     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac201267k     Document Type: Article

References (39)

1. Want, E. J.; Nordström, A.; Morita, H.; Siuzdak, G. J. Proteome Res. 2007, 6, 459-468
2. Theodoridis, G.; Gika, H. G.; Wilson, I. D. Mass Spectrom. Rev. 2011, DOI: 10.1002/mas.20306
3. Dunn, W. B.; Broadhurst, D. I.; Atherton, H. J.; Goodacre, R.; Griffin, J. L. Chem. Soc. Rev. 2011, 40, 387-426
4. Nielsen, J.; Oliver, S. Trends Biotechnol. 2005, 23, 544-546
5. Sauer, U.; Heinemann, M.; Zamboni, N. Science 2007, 316, 550-551
6. Zamboni, N.; Sauer, U. Curr. Opin. Microbiol. 2009, 12, 553-558
7. Reaves, M. L.; Rabinowitz, J. D. Curr. Opin. Biotechnol. 2011, 22, 17-25
8. Mamas, M.; Dunn, W. B.; Neyses, L.; Goodacre, R. Arch. Toxicol. 2011, 85, 5-17
9. Heinemann, M.; Sauer, U. Curr. Opin. Microbiol. 2010, 13, 337-343
10. Kaddurah-Daouk, R.; Kristal, B. S.; Weinshilboum, R. M. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2008, 48, 653-683
11. Illig, T.; Gieger, C.; Zhai, G.; Römisch-Margl, W.; Wang-Sattler, R.; Prehn, C.; Altmaier, E.; Kastenmüller, G.; Kato, B. S.; Mewes, H.-W.; Meitinger, T.; de Angelis, M. H.; Kronenberg, F.; Soranzo, N.; Wichmann, H.-E.; Spector, T. D.; Adamski, J.; Suhre, K. Nat. Genet. 2010, 42, 137-141
12. Hopfgartner, G.; Bourgogne, E. Mass Spectrom. Rev. 2003, 22, 195-214
13. Ishii, N.; Nakahigashi, K.; Baba, T.; Robert, M.; Soga, T.; Kanai, A.; Hirasawa, T.; Naba, M.; Hirai, K.; Hoque, A.; Ho, P. Y.; Kakazu, Y.; Sugawara, K.; Igarashi, S.; Harada, S.; Masuda, T.; Sugiyama, N.; Togashi, T.; Hasegawa, M.; Takai, Y.; Yugi, K.; Arakawa, K.; Iwata, N.; Toya, Y.; Nakayama, Y.; Nishioka, T.; Shimizu, K.; Mori, H.; Tomita, M. Science 2007, 316, 593-597
14. Baran, R.; Reindl, W.; Northen, T. R. Curr. Opin. Microbiol. 2009, 12, 547-552
15. Markuszewski, M. J.; Struck, W.; Waszczuk-Jankowska, M.; Kaliszan, R. Electrophoresis 2010, 31, 2300-2310
16. Bajad, S. U.; Lu, W.; Kimball, E. H.; Yuan, J.; Peterson, C.; Rabinowitz, J. D. J. Chromatogr., A 2006, 1125, 76-88
17. Luo, B.; Groenke, K.; Takors, R.; Wandrey, C.; Oldiges, M. J. Chromatogr., A 2007, 1147, 153-164
18. Soga, T.; Ueno, Y.; Naraoka, H.; Matsuda, K.; Tomita, M.; Nishioka, T. Anal. Chem. 2002, 74, 6224-6229
19. Büscher, J. M.; Czernik, D.; Ewald, J. C.; Sauer, U.; Zamboni, N. Anal. Chem. 2009, 81, 2135-2143
20. Taymaz-Nikerel, H.; de Mey, M.; Ras, C.; ten Pierick, A.; Seifar, R. M.; van Dam, J. C.; Heijnen, J. J.; van Gulik, W. M. Anal. Biochem. 2009, 386, 9-19
21. Beckmann, M.; Parker, D.; Enot, D. P.; Duval, E.; Draper, J. Nat. Protoc. 2008, 3, 486-504
22. Overy, D. P.; Enot, D. P.; Tailliart, K.; Jenkins, H.; Parker, D.; Beckmann, M.; Draper, J. Nat. Protoc. 2008, 3, 471-485
23. Madalinski, G.; Godat, E.; Alves, S.; Lesage, D.; Genin, E.; Levi, P.; Labarre, J.; Tabet, J.-C.; Ezan, E.; Junot, C. Anal. Chem. 2008, 80, 3291-3303
24. Dwivedi, P.; Schultz, A. J.; Hill, H. H. Int. J. Mass Spectrom. 2010, 298, 78-90
25. Kiefer, P.; Delmotte, N.; Vorholt, J. A. Anal. Chem. 2011, 83, 850-855
26. Giavalisco, P.; Hummel, J.; Lisec, J.; Inostroza, A. C.; Catchpole, G.; Willmitzer, L. Anal. Chem. 2008, 80, 9417-9425
27. Lucio, M.; Fekete, A.; Weigert, C.; Wägele, B.; Zhao, X.; Chen, J.; Fritsche, A.; Häring, H.-U.; Schleicher, E. D.; Xu, G.; Schmitt-Kopplin, P.; Lehmann, R. PLoS One 2010, 5, e13317
28. Draper, J.; Enot, D. P.; Parker, D.; Beckmann, M.; Snowdon, S.; Lin, W.; Zubair, H. BMC Bioinf. 2009, 10, 227
29. Büscher, J. M.; Moco, S.; Sauer, U.; Zamboni, N. Anal. Chem. 2010, 82, 4403-4412
30. Ewald, J. C.; Heux, S.; Zamboni, N. Anal. Chem. 2009, 81, 3623-3629
31. Duetz, W. A.; Rüedi, L.; Hermann, R.; O'Connor, K.; Büchs, J.; Witholt, B. Appl. Environ. Microbiol. 2000, 66, 2641-2646
32. Bolten, C. J.; Kiefer, P.; Letisse, F.; Portais, J.-C.; Wittmann, C. Anal. Chem. 2007, 79, 3843-3849
33. Rabinowitz, J. D. Expert Rev. Proteomics 2007, 4, 187-198
34. Canelas, A. B.; ten Pierick, A.; Ras, C.; Seifar, R. M.; van Dam, J. C.; van Gulik, W. M.; Heijnen, J. J. Anal. Chem. 2009, 81, 7379-7389
35. Kind, T.; Fiehn, O. BMC Bioinf. 2007, 8, 105
36. Feist, A. M.; Henry, C. S.; Reed, J. L.; Krummenacker, M.; Joyce, A. R.; Karp, P. D.; Broadbelt, L. J.; Hatzimanikatis, V.; Palsson, B. Ø. Mol. Syst. Biol. 2007, 3, 121
37. Horai, H.; Arita, M.; Kanaya, S.; Nihei, Y.; Ikeda, T.; Suwa, K.; Ojima, Y.; Tanaka, K.; Tanaka, S.; Aoshima, K.; Oda, Y.; Kakazu, Y.; Kusano, M.; Tohge, T.; Matsuda, F.; Sawada, Y.; Hirai, M. Y.; Nakanishi, H.; Ikeda, K.; Akimoto, N.; Maoka, T.; Takahashi, H.; Ara, T.; Sakurai, N.; Suzuki, H.; Shibata, D.; Neumann, S.; Iida, T.; Tanaka, K.; Funatsu, K.; Matsuura, F.; Soga, T.; Taguchi, R.; Saito, K.; Nishioka, T. J. Mass Spectrom. 2010, 45, 703-714
38. Kanehisa, M.; Goto, S. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 27-30
39. Fendt, S.-M.; Büscher, J. M.; Rudroff, F.; Picotti, P.; Zamboni, N.; Sauer, U. Mol. Syst. Biol. 2010, 6, 356