MS analysis of nucleic acids in the post-genomic era

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 15, 2011, Pages 5810-5816

  Fabris, D ^a  

^a STATE UNIVERSITY OF NEW YORK   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALTERNATIVE APPROACH; STRUCTURE-FUNCTION RELATIONSHIP; TRADITIONAL TECHNIQUES;

NUCLEIC ACIDS;

BIOMOLECULES;

BIOPOLYMER; NUCLEIC ACID;

ARTICLE; CONFORMATION; GENETIC DATABASE; MASS SPECTROMETRY;

BIOPOLYMERS; DATABASES, GENETIC; MASS SPECTROMETRY; NUCLEIC ACID CONFORMATION; NUCLEIC ACIDS;

EID: 79960997756     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac200374y     Document Type: Article

References (50)

1. Venter, J. C.; Smith, H. O.; Hood, L. Nature 1996, 381, 364-366
2. Pheasant, M.; Mattick, J. S. Genome Res. 2007, 17, 1245-1253
3. Nordhoff, E.; Kirpekar, F.; Roepstorff, P. Mass Spectrom. Rev. 1996, 15, 67-138
4. Limbach, P. A. Mass Spectrom. Rev. 1996, 15, 297-336
5. Pomerantz, S. C.; Kowalak, J. A.; McCloskey, J. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 204-209
6. Kowalak, J. A.; Pomerantz, S. C.; Crain, P. F.; McCloskey, J. A. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 4577-4585
7. Limbach, P. A.; Crain, P. F.; McCloskey, J. A. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 2183-2196
8. Patteson, K. G.; Rodicio, L. P.; Limbach, P. A. Nucleic Acids Res. 2001, 29, E49-49
9. Zhang, Q.; Yu, E. T.; Kellersberger, K. A.; Crosland, E.; Fabris, D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 1570-1581
10. Meng, Z.; Limbach, P. A. Anal. Chem. 2005, 77, 1891-1895
11. McLuckey, S. A.; Habibi-Goudarzi, S. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 12085-12095
12. Little, D. P.; Aaserud, D. J.; Valaskovic, G. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 9352-9359
13. Turner, K. B.; German, M.; Hawkins, A.; Berton, A.; Fabris, D. 14th Annual Meeting of the RNA Society, Madison (WS), May 2009
14. Ganem, B.; Li, Y.-T.; Henion, J. D. Tetrahedron Lett. 1993, 34, 1445-1448
15. Lecchi, P.; Pannell, L. K. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 972-975
16. Yang, J.; Mo, J.; Adamson, J. T.; Hakansson, K. Anal. Chem. 2005, 77, 1876-1882
17. Wilhide, J.; Kellersberger, K. A.; Fabris, D. Proceedings of the 57th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Philadelphia, June 2009.
18. Johnston, P. D.; Redfield, A. G. Nucleic Acids Res. 1977, 4, 3599-3615
19. Robinson, J. M.; Greig, M. J.; Griffey, R. H.; Mohan, V.; Laude, D. A. Anal. Chem. 1998, 70, 3566-3571
20. Hofstadler, S. A.; Sannes-Lowery, K. A.; Griffey, R. H. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 62-70
21. Yu, E.; Fabris, D. J. Mol. Biol. 2003, 330, 211-223
22. Kellersberger, K. A.; Yu, E.; Kruppa, G. H.; Young, M. M.; Fabris, D. Anal. Chem. 2004, 76, 2438-2445
23. Turner, K. B.; Yi-Brunozzi, H. Y.; Brinson, R. G.; Marino, J. P.; Fabris, D.; Le Grice, S. F. RNA 2009, 15, 1605-1613
24. Zuker, M. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3406-3415
25. Yu, E. T.; Hawkins, A. E.; Eaton, J.; Fabris, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 12248-12253
26. Fabris, D.; Yu, E. T. J. Mass Spectrom. 2010, 45, 841-860
27. Yu, E. T.; Zhang, Q.; Fabris, D. J. Mol. Biol. 2005, 345, 69-80
28. Major, F.; Gautheret, D.; Cedergren, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 9408-9412
29. Brünger, A. T.; Adams, P. D.; Clore, G. M.; DeLano, W. L.; Gros, P.; Grosse-Kunstelve, R. W.; Jiang, J.-S.; Kuszewski, J.; Nilges, M.; Pannu, N. S.; Read, R. J.; Rice, L. M.; Simonson, T.; Warren, G. L. Acta Crystallogr. 1998, D54.
30. Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 577-592
31. Baker, E. S.; Dupuis, N. F.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1722-1727
32. Beck, J. L.; Colgrave, M. L.; Ralph, S. F.; Sheil, M. M. Mass Spectrom. Rev. 2001, 20, 61-87
33. Hofstadler, S. A.; Griffey, R. H. Chem. Rev. 2001, 101, 377-390
34. Turner, K. B.; Hagan, N. A.; Fabris, D. J. Mol. Biol. 2007, 369, 812-828
35. Benesch, J. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 341-348
36. Zhou, M.; Sandercock, A. M.; Fraser, C. S.; Ridlova, G.; Stephens, E.; Schenauer, M. R.; Yokoi-Fong, T.; Barsky, D.; Leary, J. A.; Hershey, J. W.; Doudna, J. A.; Robinson, C. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 18139-18144
37. Ruotolo, B. T.; Giles, K.; Campuzano, I.; Sandercock, A. M.; Bateman, R. H.; Robinson, C. V. Science 2005, 310, 1658-1661
38. Thomas, J. J.; Bothner, B.; Traina, J.; Benner, W. H.; Siuzdak, G. Spectroscopy 2004, 18, 31-36
39. Morton, V. L.; Stockley, P. G.; Stonehouse, N. J.; Ashcroft, A. E. Mass Spectrom. Rev. 2008, 27, 575-595
40. Daniel, J. M.; Friess, S. D.; Rajagopalan, S.; Wendt, S.; Zenobi, R. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 2002, 216, 1-27
41. Mei, H. Y.; Mack, D.; Galan, A. A.; Halim, N. S.; Heldsinger, A.; Loo, J. A.; Moreland, D. W.; Sannes-Lowery, K. A.; Sharmeen, L.; Truong, H. N.; Czarnik, A. W. Bioorg. Med. Chem. 1997, 5, 1173-1184
42. Turner, K. B.; Brinson, R. G.; Yi-Brunozzi, H. Y.; Rausch, J. W.; Miller, J. T.; Le Grice, S. F. J.; Marino, J. P.; Fabris, D. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 2799-2810
43. Seth, P. P.; Miyaji, A.; Jefferson, E. A.; Sannes-Lowery, K. A.; Osgood, S. A.; Propp, S. S.; Ranken, R.; Massire, C.; Sampath, R.; Ecker, D. J.; Swayze, E. E.; Griffey, R. H. J. Med. Chem. 2005, 48, 7099-7102
44. Turner, K. B.; Hagan, N. A.; Kohlway, A.; Fabris, D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 1401-1411
45. Reyzer, M. L.; Brodbelt, J. S.; Kerwin, S. M.; Kumar, D. Nucleic Acids Res. 2001, 29, e103
46. Turner, K. B.; Monti, S.; Fabris, D. J. Am. Chem. Soc. 2008, 30, 13353-13363
47. Steen, H.; Jensen, O. N. Mass Spectrom. Rev. 2002, 21, 163-182
48. Rusconi, F.; Guillonneau, F.; Praseuth, D. Mass Spectrom. Rev. 2002, 21, 305-348
49. Turner, K. B.; Hagan, N. A.; Fabris, D. Nucl. Acids Res. 2006, 34, 1305-1316
50. Turner, K. B.; Kohlway, A. S.; Hagan, N. A.; Fabris, D. Biopolymers 2009, 91, 283-296