Sequence information from 42-108-mer DNAs (complete for a 50-mer) by tandem mass spectrometry

Journal of the American Chemical Society

Volumn 118, Issue 39, 1996, Pages 9352-9359

  Little, Daniel P ^a,b   Aaserud, David J ^a   Valaskovic, Gary A ^a   McLafferty, Fred W ^a  

^a Department of Molecular Biology and Genetics   (United States)

^b Sequenom GmbH   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTICLE; DNA DETERMINATION; MASS SPECTROMETRY; NUCLEOTIDE SEQUENCE; TECHNIQUE;

EID: 0029911204     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja9533611     Document Type: Article

References (73)

1. Hall, J. M.; Lee, M. K.; Newman, B.; Morrow, J. E.; Andersen, L. A.; Huey, B.; King, M.-C. Science 1990, 250, 1684-1689. Wooster, R.; Neuhausen, S. L.; Mangion, J.; Quirk, Y.; Ford, D.; Collins, N.; Nguyen, K.; Seal, S.; Tran, T.; Averill, D.; Fields, P.; Marshall, G.; Narod, S.; Lenior, G. M.; Lynch, H.; Feunteun, J.; Devilee, P.; Cornelisse, C. J.; Menko, F. H.; Daly, P. A.; Ormiston, W.; McManus, R.; Pye, C.; Lewis, C. M.; Cannon-Albright, L. A.; Peto, J.; Ponder, B. A. J.; Skolnick, M. H.; Easton, D. F.; Goldgar, D. E.; Stratton, M. R. Science 1994, 265, 2088-2090.
2. Hall, J. M.; Lee, M. K.; Newman, B.; Morrow, J. E.; Andersen, L. A.; Huey, B.; King, M.-C. Science 1990, 250, 1684-1689. Wooster, R.; Neuhausen, S. L.; Mangion, J.; Quirk, Y.; Ford, D.; Collins, N.; Nguyen, K.; Seal, S.; Tran, T.; Averill, D.; Fields, P.; Marshall, G.; Narod, S.; Lenior, G. M.; Lynch, H.; Feunteun, J.; Devilee, P.; Cornelisse, C. J.; Menko, F. H.; Daly, P. A.; Ormiston, W.; McManus, R.; Pye, C.; Lewis, C. M.; Cannon-Albright, L. A.; Peto, J.; Ponder, B. A. J.; Skolnick, M. H.; Easton, D. F.; Goldgar, D. E.; Stratton, M. R. Science 1994, 265, 2088-2090.
3. Nicolaides, N. C.; Papadopoulos, N.; Liu, B.; Wei, Y.-F.; Carter, K. C.; Ruben, S. M.; Rosen, C. A.; Haseltine, W. A.; Fleischmann, R. D.; Fraser, C. M.; Adams, M. D.; Venter, J. C.; Dunlop, M. G.; Hamilton, S. R.; Petersen, G. M.; de la Chapelle, A.; Vogelstein, B.; Kinzler, K. W. Nature 1994, 371, 75-80.
4. Duyao, M. P.; Auerbach, A. B.; Ryan, A.; Persichetti, F.; Barnes, G. T.; McNeil, S. M.; Ge, P.; Vonsattel, J. P.; Gusella, J. F.; Joyner, A. L.; MacDonald, M. E. Science 1995, 269, 407-410.
5. Savitsky, K.; Bar-Shira, A.; Gilad, S.; Rotman, G.; Ziv, Y.; Vanagaite, L.; Tagle, D. A.; Smith, S.; Uziel, T.; Sfez, S.; Ashkenazi, M.; Pecker, I.; Frydman, M.; Harnik, R.; Patanjali, S. R.; Simmons, A.; Clines, G. A.; Sartiel, A.; Gatti, R. A.; Chessa, L.; Sanal, O.; Lavin, M. F.; Jaspers, N. G. J.; Taylor, A. M. R.; Arlett, C. F.; Miki, T.; Weissman, S. M.; Lovett, M.; Collins, F. S.; Shiloh, Y. Science 1995, 268, 1749-1753.
6. Hastbacka, J.; de la Chapelle, A.; Mahtani, M. M.; Clines, G.; Reeve-Daly, M. P.; Daly, M.; Hamilton, B. A.; Kusumi, K.; Trivedi, B.; Weaver, A.; Coloma, A.; Lovett, M.; Buckler, A.; Kaitila, I.; Lander, E. S. Cell 1994, 78, 1073-1087.
7. Weber, J. L.; Wong, C. Hum. Mol. Genet. 1993, 2, 1123-1128.
8. Harris, C. C. Science 1993, 262, 1980-1981. Culotta, E.; Koshland, D. E. Science 1993, 262, 1958.
9. Harris, C. C. Science 1993, 262, 1980-1981. Culotta, E.; Koshland, D. E. Science 1993, 262, 1958.
10. Yager, T. D.; Zewert, T. E.; Hood, L. E. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 94-100. Smith, L. M. Science 1993, 262, 530-531.
11. Yager, T. D.; Zewert, T. E.; Hood, L. E. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 94-100. Smith, L. M. Science 1993, 262, 530-531.
12. Cantor, C. R.; Broude, N.; Sano, T.; Przetakiewicz, M. Mass Spectrometry in the Health and Life Sciences; Burlingame, A. L., Carr, S. A., Eds.; Elsevier: New York, 1995; pp 513-532.
13. Slater, G. W.; Mayer, P.; Drouin, G. Electrophoresis 1993, 14, 961-966.
14. Laird, P. W.; Jackson-Grusby, L.; Fazeli, A.; Dickinson, S. L.; Jung, W. E.; Li, E.; Weinberg, R. A.; Jaenisch, R. Cell 1995, 81, 197-205.
15. Marshall, E. Science 1995, 268, 1270-1271.
16. Smith, R. D.; Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Barinaga, C. J.; Udseth, H. R. Anal. Chem. 1990, 62, 882-899.
17. Stults, J. T.; Marsters, J. C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1991, 5, 359-363.
18. (a) Nordhoff, E.; Ingendoh, A.; Cramer, R.; Overberg, A.; Stahl, B.; Karas, M.; Hillenkamp, F.; Crain, P. F. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1992, 6, 771-776.
19. (b) Nordhoff, E.; Karas, M.; Cramer, R.; Hahner, S.; Hillenkamp, F.; Kirpekar, F.; Lezius, A.; Muth, J.; Meier, C.; Engels, J. W. J. Mass Spectrom. 1995, 30, 99-112.
20. McLuckey, S. A.; Van Berkel, G. J.; Glish, G. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1992, 3, 60-70.
21. (b) McLuckey, S. A.; Habibi-Goudarzi, S. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 12085-12095.
22. (c) Habibi-Goudarzi, S.; McLuckey, S. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 102-113.
23. (d) Habibi-Goudarzi, S.; McLuckey, S. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 102-113.
24. (e) McLuckey, S. A.; Vaidyanathan, G.; Habibi-Goudarzi, S. J. Mass Spectrom. 1995, 30, 1222-1229.
25. Potier, N.; Van Dorsselaer, A.; Cordier, Y.; Roch, O.; Bischoff, R. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 3895-3903.
26. Tang, K.; Taranenko, N. I.; Allman, S. L.; Chang, L. Y.; Chen, C. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1994, 8, 727-730.
27. Little, D. P.; Chorush, R. A.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 4893-4897.
28. Chen, R; Cheng, X.; Mitchell, D. W.; Hofstadler, S. A.; Wu, Q.; Rockwood, A. L.; Sherman, M. G.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1995, 67, 1159-1163.
29. Zhu, L.; Parr, G. R.; Fitzgerald, M. C.; Nelson, C. M.; Smith, L. M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6048-6056.
30. Fitzgerald, M. C.; Smith, L. M. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1995, 24, 117-140.
31. Little, D. P.; Thannhauser, T. W.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2318-2322.
32. Greig, M.; Griffey, R. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1995, 9, 97-102.
33. Little, D. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6783-6784.
34. Barry, J. P.; Vouros, P.; Van Schepdael, A.; Law, S.-J. J. Mass Spectrom. 1995, 30, 993-1006.
35. Christian, N. P.; Colby, S. M.; Giver, L.; Houston, C. T.; Arnold, R. J.; Ellington, A. D.; Reilly, J. P. Rapid Commun. Mass Spectrum. 1995, 9, 1061-1066.
36. Vestal, M. L.; Juhasz, P.; Martin, S. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1995, 9, 1044-1050.
37. (a) Wilm, M. S.; Mann, M. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1994, 136, 167-180.
38. (b) Valaskovic, G. A.; Kelleher, N. L.; Little, D. P.; Aaserud, D. J.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1995, 67, 3802-3805.
39. (c) Valaskovic, G. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. Science 1996, 273, 1199-1202.
40. Karas, M.; Bachmann, D.; Bahr, U.; Hillenkamp, F. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1987, 78, 53-68.
41. Clegg, G. A.; Dole, M. Biopolymers 1971, 10, 821-826. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64-71.
42. Clegg, G. A.; Dole, M. Biopolymers 1971, 10, 821-826. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64-71.
43. (a) Henry, K. D.; Williams, E. R.; Wang, B. H.; McLafferty, F. W.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 85, 9075-9078.
44. (b) Henry, K. D.; McLafferty, F. W. Org. Mass Spectrom. 1990, 25, 490-492.
45. (c) Beu, S. C.; Senko, M. W.; Quinn, J. P.; Wampler, F. M. III; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 557-565.
46. (d) McLafferty, F. W. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 379-386.
47. Marshall, A. G.; Comisarow, M. B. Chem. Phys. Lett. 1974, 25, 282-283. Marshall, A. G.; Grosshans, P. B. Anal. Chem. 1991, 63, 215A-229A.
48. Marshall, A. G.; Comisarow, M. B. Chem. Phys. Lett. 1974, 25, 282-283. Marshall, A. G.; Grosshans, P. B. Anal. Chem. 1991, 63, 215A-229A.
49. Loo, J. A.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1988, 2, 207-210.
50. Carlin, T. J.; Freiser, B. S. Anal. Chem. 1983, 55, 571-574.
51. Little, D. P.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; O'Connor, P. B., McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2809-2815.
52. Wampler, F. M.; Blades, A. T.; Kebarle, P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 289-295.
53. Chowdury, S. K.; Katta, V.; Chait, B. T. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1990, 4, 81-87.
54. Little, D. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 209-210.
55. Speir, J. P.; Senko, M. W.; Little, D. P.; Loo, J. A.; McLafferty, F. W. J. Mass Spectrom. 1995, 30, 39-42.
56. Burnier, R. C.; Cody, R. B.; Freiser, B. S. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 7436-7441.
57. Gauthier, J. W.; Trautman, T. R.; Jacobson, D. B. Anal. Chim. Acta. 1991, 246, 211-225. Senko, M. W.; Speir, J. P.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2801-2809.
58. Gauthier, J. W.; Trautman, T. R.; Jacobson, D. B. Anal. Chim. Acta. 1991, 246, 211-225. Senko, M. W.; Speir, J. P.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2801-2809.
59. Little, D. P. Ph.D. Thesis, Cornell University, 1995. Software can be obtained by sending a 1.44 M floppy disk to the corresponding author.
60. Senko, M. W.; Beu, S. C.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 52-56.
61. Mann, M.; Meng, C. K.; Fenn, J. B. Anal. Chem. 1989, 61, 1702-1708. Reinhold, B. B.; Reinhold, V. N. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1992, 3, 207-215.
62. Mann, M.; Meng, C. K.; Fenn, J. B. Anal. Chem. 1989, 61, 1702-1708. Reinhold, B. B.; Reinhold, V. N. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1992, 3, 207-215.
63. O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12826-12831.
64. Senko, M. W.; Beu, S. C.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 229-233.
65. 49
66. Rodgers, M. T.; Campbell, S.; Marzluff, E. M.; Beauchamp, J. L. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1994, 137, 121-149.
67. Liguori, A.; Napoli, A.; Sindona, G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1994, 8, 89-93.
68. Williams, E. R.; Furlong, J. J.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1990, 1, 288-294. Guan, Z.; Kelleher, N. L.; O'Connor, P. B.; Aaserud, D. J.; Little, D. P.; McLafferty, F. W. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes, in press.
69. Williams, E. R.; Furlong, J. J.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1990, 1, 288-294. Guan, Z.; Kelleher, N. L.; O'Connor, P. B.; Aaserud, D. J.; Little, D. P.; McLafferty, F. W. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes, in press.
70. Pomerantz, S. C.; McCloskey, J. A. Proceedings of the ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Atlanta, GA, May 1995, p 600.
71. O'Connor, P. B.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; Little, D. P.; McLafferty, F. W. J. Mass Spectrom. 1995, 30, 88-93.
72. Aaserud, D. J.; Little, D. P.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1995, 9, 871-876.
73. Aaserud, D. J.; Kelleher, N. L.; Little, D. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. Accepted for publication.