Structural characterization of spectroscopic substates in carbonmonoxy neuroglobin

Faraday Discussions

Volumn 150, Issue , 2011, Pages 375-390

  Lutz, Stephan ^a   Meuwly, Markus ^a  

^a UNIVERSITY OF BASEL   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CARBON MONOXIDE; CARBOXYMYOGLOBIN; GLOBIN; HEME; HISTIDINE; MYOGLOBIN; NERVE PROTEIN; NEUROGLOBIN; PROTON;

ANIMAL; CHEMISTRY; HUMAN; HYDROGEN BOND; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; METABOLISM; METHODOLOGY; MOLECULAR DYNAMICS; MOUSE; PHYSICAL CHEMISTRY; PROTEIN CONFORMATION; QUANTUM THEORY; REVIEW; STEREOISOMERISM; THERMODYNAMICS;

ANIMALS; CARBON MONOXIDE; CHEMISTRY, PHYSICAL; GLOBINS; HEME; HISTIDINE; HUMANS; HYDROGEN BONDING; MICE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MYOGLOBIN; NERVE TISSUE PROTEINS; PROTEIN CONFORMATION; PROTONS; QUANTUM THEORY; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED; STEREOISOMERISM; THERMODYNAMICS;

EID: 79960185811     PISSN: 13596640     EISSN: 13645498     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0fd00003e     Document Type: Review

References (57)

1. J. W. Petrich C. Poyart J. L. Martin Biochemistry 1988 27 4049 4060
2. T. Q. Lian B. Locke Y. Kholodenko R. M. Hochstrasser J. Phys. Chem. 1994 98 11648 11656
3. A. Ansari J. Berendzen D. Braunstein B. R. Cowen H. Frauenfelder M. K. Hong I. E. T. Iben J. B. Johnson P. Ormos T. B. Sauke R. Scholl A. Schulte P. J. Steinbach J. Vittitow R. D. Young Biophys. Chem. 1987 26 337 355
4. P. A. Anfinrud C. Han R. M. Hochstrasser Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1989 86 8387 8391
5. J. B. Johnson D. C. Lamb H. Frauenfelder J. D. Müller B. McMahon G. U. Nienhaus R. D. Young Biophys. J. 1996 71 1563 1573
6. G. N. Phillips M. L. Teodoro T. Li B. Smith J. S. Olson J. Phys. Chem. B 1999 103 8817 8829
7. D. Morikis P. M. Champion B. A. Springer S. G. Sligar Biochemistry 1989 28 4791 4800
8. T. S. Li M. L. Quillin G. N. Phillips J. S. Olson Biochemistry 1994 33 1433 1446
9. F. Schotte M. H. Lim T. A. Jackson A. V. Smirnov J. Soman J. S. Olson G. N. Phillips M. Wulff P. A. Anfinrud Science 2003 300 1944 1947
10. H. Ishikawa I. J. Finkelstein S. Kim K. Kwak J. K. Chung K. Wakasugi A. M. Massari M. D. Fayer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 16116 16121
11. H. Ishikawa S. Kim K. Kwak K. Wakasugi M. D. Fayer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 19309 19314
12. D. R. Nutt M. Meuwly Biophys. J. 2003 85 3612 3623
13. D. R. Nutt M. Meuwly Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 5998 6002
14. N. Plattner M. Meuwly Biophys. J. 2008 94 2505 2515
15. S. Lutz K. Nienhaus G. U. Nienhaus M. Meuwly J. Phys. Chem. B 2009 113 15334 15343
16. K. Nienhaus S. Lutz M. Meuwly G. U. Nienhaus ChemPhysChem 2010 11 119 129
17. C. Rovira B. Schulze M. Eichinger J. D. Evanseck M. Parrinello Biophys. J. 2001 81 435 445
18. N. T. Hunt Chem. Soc. Rev. 2009 38 1837 1848
19. K. A. Merchant W. G. Noid D. E. Thompson R. Akiyama R. F. Loring M. D. Fayer J. Phys. Chem. B 2003 107 4 7
20. S. Franzen J. Am. Chem. Soc. 2002 124 13271 13281
21. M. Devereux M. Meuwly Biophys. J. 2009 96 4363 4375
22. D. Ivanov J. T. Sage M. Keim J. R. Powell S. A. Asher P. M. Champion J. Am. Chem. Soc. 1994 116 4139 4140
23. A. Ansari J. Berendzen S. F. Bowne H. Frauenfelder I. E. T. Iben T. B. Sauke E. Shyamsunder R. D. Young Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1985 82 5000 5004
24. H. Frauenfelder F. Parak R. D. Young Annu. Rev. Biophys. Bio. 1988 17 451 479
25. H. Frauenfelder, S. G. Sligar and P. G. Wolynes, 1991, 254, pp. 1598-1603
26. S. Mishra M. Meuwly Biophys. J. 2009 96 2105 2118
27. S. Mishra M. Meuwly Biophys. J. 2010 99 3969 3978
28. F. Yang G. N. George J. Mol. Biol. 1996 256 762 774
29. P. W. Fenimore H. Frauenfelder B. H. McMahon F. G. Parak Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 16047 16051
30. H. Frauenfelder P. W. Fenimore G. Chen B. H. McMahon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 15469 15472
31. D. A. Case M. Karplus J. Mol. Biol. 1979 132 343 368
32. T. Burmester B. Weich S. Reinhardt T. Hankeln Nature 2000 407 520 523
33. A. Pesce M. Bolognesi A. Bocedi P. Ascenzi S. Dewilde L. Moens T. Hankeln T. Burmester EMBO Rep. 2002 3 1146 1151
34. M. Brunori B. Vallone Cell. Mol. Life Sci. 2007 64 1259 1268
35. A. Pesce S. Dewilde M. Nardini L. Moens P. Ascenzi T. Hankeln T. Burmester M. Bolognesi Structure 2003 11 1087 1095
36. D. A. Greenberg K. Jin A. A. Khan Curr. Opin. Pharmacol. 2008 8 20 24
37. S. Herold A. Fago R. E. Weber S. Dewilde L. Moens J. Biol. Chem. 2004 279 22841 22847
38. A. Pesce S. Dewilde M. Nardini L. Moens P. Ascenzi T. Hankeln T. Burmester M. Bolognesi Micron 2004 35 63 65
39. K. Nienhaus J. M. Kriegl G. U. Nienhaus J. Biol. Chem. 2004 279 22944 22952
40. D. Hamdane L. Kiger S. Dewilde B. N. Green A. Pesce J. Uzan T. Burmester T. Hankeln M. Bolognesi L. Moens M. C. Marden Micron 2004 35 59 62
41. B. R. Brooks R. E. Bruccoleri B. D. Olafson D. J. States S. Swaminathan M. Karplus J. Comput. Chem. 1983 4 187 217
42. A. Mackerel Jr., C. Brooks III, L. Nilsson, B. Roux, Y. Won and M. Karplus, in CHARMM: The energy function and its parameterization with an overview of the program, ed., P. v. R. Schleyer, et al., John Wiley & Sons: Chichester, 1998, vol. 1, pp. 271-277
43. A. Vallone K. Nienhaus A. Matthes M. Brunori G. U. Nienhaus Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 17351 17356
44. J. W. Chu B. L. Trout B. R. Brooks J. Chem. Phys. 2003 119 12708 12717
45. C. L. Brooks M. Karplus J. Chem. Phys. 1983 79 6312 6325
46. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. J. Montgomery, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. M. Nanayakkara, P. M. W. Challacombe, B. Gill, Gaussian 03, Revision C.01, Gaussian, Inc., Wallingford CT, U.S.A., 2004
47. C. T. Lee W. T. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B 1988 37 785 789
48. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648 5652
49. M. Meuwly ChemPhysChem 2006 7 2061 2063
50. R. J. Le Roy Chem. Phys. Res. Reports 1996
51. H. Sawai M. Makino Y. Mizutani T. Ohta H. Sugimoto T. Uno N. Kawada K. Yoshizato T. Kitagawa Y. Shiro Biochemistry 2005 44 13257 13265
52. D. Hamdane L. Kiger S. Dewilde B. N. Green A. Pesce J. Uzan T. Burmester T. Hankeln M. Bolognesi L. Moens M. C. Marden J. Biol. Chem. 2003 278 51713 51721
53. J. Finkelstein A. Goj B. L. McClain A. M. Massari K. A. Merchant R. F. Loring M. D. Fayer J. Phys. Chem. B 2005 109 16959 16966
54. M. Meuwly ChemPhysChem 2006 7 2061 2063
55. S. Mukamel Annu. Rev. Phys. Chem. 2000 51 691 729
56. M. Devereux M. Meuwly J. Chem. Inf. Model. 2010 50 349 357
57. R. A. Laskowski J. Mol. Graphics 1995 13 323 330