Infrared spectrum of the Ag+-(pyridine)2 ionic complex: Probing interactions in artificial metal-mediated base pairing

ChemPhysChem

Volumn 12, Issue 10, 2011, Pages 1999-2008

  Chakraborty, Shamik ^a   Dopfer, Otto ^a  

^a TECHNISCHE UNIVERSITÄT BERLIN   (Germany)

Author keywords

coordination modes; DNA structures; IR spectroscopy; pyridine; silver

Indexed keywords

BINDING ENERGY; BINDING SITES; DNA; ELECTRONS; ELECTROSPRAY IONIZATION; FREE ELECTRON LASERS; GASES; INFRARED SPECTROSCOPY; IONIZATION OF GASES; METAL IONS; METALS; OLIGONUCLEOTIDES; POTENTIAL ENERGY; PYRIDINE; QUANTUM CHEMISTRY; SILVER; SPECTROMETERS; SPECTRUM ANALYSIS;

COORDINATION MODES; DNA OLIGONUCLEOTIDES; DNA STRUCTURE; FOURIER TRANSFORM ION CYCLOTRON RESONANCE; LINEAR CONFIGURATION; MULTIPLE-PHOTON DISSOCIATION; PROBING INTERACTIONS; QUANTUM CHEMICAL CALCULATIONS;

SILVER COMPOUNDS;

EID: 79959802179     PISSN: 14394235     EISSN: 14397641     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cphc.201001052     Document Type: Article

References (98)

1. N. C. Seeman, Nature 2003, 421, 427.
2. X. Y. Li, D. R. Liu, Angew. Chem. 2004, 116, 4956
3. Angew. Chem. Int. Ed. 2004, 43, 4848.
4. Y. Lu, J. W. Liu, Curr. Opin. Biotechnol. 2006, 17, 580.
5. U. Feldkamp, C. M. Niemeyer, Angew. Chem. 2006, 118, 1888
6. Angew. Chem. Int. Ed. 2006, 45, 1856.
7. C. M. Niemeyer, C. A. Mirkin, Nanobiotechnology: Concepts, Applications and Perspectives, Wiley-VCH, Weinheim, 2004.
8. E. Nir, K. Kleinermanns, M. S. de Vries, Nature 2000, 408, 949.
9. I. Hirao, Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 622.
10. E. T. Kool, Acc. Chem. Res. 2002, 35, 936.
11. S. Johannsen, N. Megger, D. Bohme, R. K. O. Sigel, J. Müller, Nat. Chem. 2010, 2, 229.
12. R. K. O. Sigel, H. Sigel, Acc. Chem. Res. 2010, 43, 974.
13. K. Tanaka, A. Tengeiji, T. Kato, N. Toyama, M. Shionoya, Science 2003, 299, 1212.
14. K. Tanaka, Y. Yamada, M. Shionoya, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 8802.
15. F. A. Polonius, J. Müller, Angew. Chem. 2007, 119, 5698
16. Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 5602.
17. C. Switzer, S. Sinha, P. H. Kim, B. D. Heuberger, Angew. Chem. 2005, 117, 1553
18. Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44, 1529.
19. H. Weizman, Y. Tor, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3375.
20. G. H. Clever, C. Kaul, T. Carell, Angew. Chem. 2007, 119, 6340
21. Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 6226.
22. G. H. Clever, T. Carell, Angew. Chem. 2007, 119, 254
23. Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 250.
24. M. A. Duncan, Int. J. Mass Spectrom. 2008, 272, 99.
25. M. A. Duncan, Int. Rev. Phys. Chem. 2003, 22, 407.
26. L. MacAleese, P. Maitre, Mass Spectrom. Rev. 2007, 26, 583.
27. A. Lagutschenkov, A. Springer, U. J. Lorenz, P. Maitre, O. Dopfer, J. Phys. Chem. A 2010, 114, 2073.
28. D. A. Dougherty, Science 1996, 271, 163.
29. J. C. Ma, D. A. Dougherty, Chem. Rev. 1997, 97, 1303.
30. R. H. Wu, T. B. McMahon, Mass Spectrom. Rev. 2009, 28, 546.
31. T. K. Dargel, R. H. Hertwig, W. Koch, Mol. Phys. 1999, 96, 583.
32. H. B. Yi, H. M. Lee, K. S. Kim, J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1709.
33. R. C. Dunbar, J. Phys. Chem. A 2002, 106, 7328.
34. C. W. Bauschlicher, H. Partridge, S. R. Langhoff, J. Phys. Chem. 1992, 96, 3273.
35. R. Amunugama, M. T. Rodgers, J. Phys. Chem. A 2002, 106, 9718.
36. A. Lagutschenkov, R. K. Sinha, P. Maitre, O. Dopfer, J. Phys. Chem. A 2010, 114, 11053.
37. G. Altinay, R. B. Metz, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 750.
38. T. D. Vaden, J. M. Lisy, J. Chem. Phys. 2004, 120, 721.
39. H. C. Hsu, F. W. Lin, C. C. Lai, P. H. Su, C. S. Yeh, New J. Chem. 2002, 26, 481.
40. W. Y. Guo, H. C. Liu, S. H. Yang, Int. J. Mass Spectrom. 2003, 226, 291.
41. M. T. Rodgers, J. R. Stanley, R. Amunugama, J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10969.
42. X. Wang, B. R. Sohnlein, S. G. Li, J. F. Fuller, D. S. Yang, Can. J. Chem. 2007, 85, 714.
43. C. H. Ruan, Z. B. Yang, M. T. Rodgers, Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 5902.
44. R. S. Mulliken, J. Am. Chem. Soc. 1952, 74, 811.
45. C. Elschenbroich, Organometallics, 3rd ed., Wiley-VCH, Weinheim, 2006.
46. L. Corrsin, B. J. Fax, R. C. Lord, J. Chem. Phys. 1953, 21, 1170.
47. J. P. McCullough, D. R. Douslin, J. F. Messerly, I. A. Hossenlopp, T. C. Kincheloe, G. Waddington, J. Am. Chem. Soc. 1957, 79, 4289.
48. K. Nakamoto, Infrared and Raman Spectra of Inorganic and Coordination Compounds, Part B, 5th ed., Wiley, New York, 1997.
49. S. Del Piero, R. Fedele, A. Melchior, R. Portanova, M. Tolazzi, E. Zangrando, Inorg. Chem. 2007, 46, 4683.
50. K. N. Wong, S. D. Colson, J. Mol. Spectrosc. 1984, 104, 129.
51. K. K. Innes, I. G. Ross, W. R. Moomaw, J. Mol. Spectrosc. 1988, 132, 492.
52. G. Mizutani, S. Ushioda, J. Chem. Phys. 1989, 91, 598.
53. A. Campion, D. R. Mullins, Surf. Sci. 1985, 158, 263.
54. M. Udagawa, C. C. Chou, J. C. Hemminger, S. Ushioda, Phys. Rev. B 1981, 23, 6843.
55. D. Y. Wu, B. Ren, X. Xu, G. K. Liu, Z. L. Yang, Z. Q. Tian, J. Chem. Phys. 2003, 119, 1701.
56. J. E. Demuth, K. Christmann, P. N. Sanda, Chem. Phys. Lett. 1980, 76, 201.
57. I. S. Perelygin, M. A. Klimchuck, J. Appl. Spectrosc. 1976, 24, 43.
58. M. Riese, Z. Altug, J. Grotemeyer, Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 4441.
59. I. Reineck, R. Maripuu, H. Veenhuizen, L. Karlsson, K. Siegbahn, M. S. Powar, N. Z. Wu, M. R. Ji, S. H. Alshamma, J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1982, 27, 15.
60. R. Gleiter, V. Hornung, E. Heilbronner, Helv. Chim. Acta 1972, 55, 255.
61. J. Wan, M. Hada, M. Ehara, H. Nakatsuji, J. Chem. Phys. 2001, 114, 5117.
62. C. Utsunomiya, T. Kobayashi, S. Nagakura, Bull. Chem. Soc. Jpn. 1978, 51, 3482.
63. C. Chaudhuri, C.-C. Wu, J.-C. Jiang, H.-C. Chang, Aust. J. Chem. 2004, 57, 1153.
64. U. J. Lorenz, Diploma Thesis, University of Würzburg (Germany), 2007.
65. V. Q. Nguyen, F. Turecek, J. Mass Spectrom. 1997, 32, 55.
66. L. E. Orgel, J. Chem. Soc. 1958, 4186.
67. B. S. Fox, M. K. Beyer, V. E. Bondybey, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 13613.
68. Y. S. Yang, W. Y. Hsu, H. F. Lee, Y. C. Huang, C. S. Yeh, C. H. Hu, J. Phys. Chem. A 1999, 103, 11287.
69. P. M. Holland, A. W. Castleman, J. Chem. Phys. 1982, 76, 4195.
70. H. T. Deng, P. Kebarle, J. Phys. Chem. A 1998, 102, 571.
71. Y. S. Yang, C. S. Yeh, Chem. Phys. Lett. 1999, 305, 395.
72. J. Miyawaki, K. Sugawara, Chem. Phys. Lett. 2004, 386, 196.
73. J. R. Eyler, Mass Spectrom. Rev. 2009, 28, 448.
74. N. C. Polfer, J. Oomens, Mass Spectrom. Rev. 2009, 28, 468.
75. D. Zhao, J. Langer, J. Oomens, O. Dopfer, J. Chem. Phys. 2009, 131, 184307.
76. H. Knorke, J. Langer, J. Oomens, O. Dopfer, Astrophys. J. Lett. 2009, 706, L66.
77. O. Dopfer, J. Phys. Org. Chem. 2006, 19, 540.
78. T. D. Fridgen, Mass Spectrom. Rev. 2009, 28, 586.
79. A. Lagutschenkov, J. Langer, G. Berden, J. Oomens, O. Dopfer, Phys. Chem. Chem. Phys., 2011, 13, 2815.
80. A. Lagutschenkov, J. Langer, G. Berden, J. Oomens, O. Dopfer, J. Phys. Chem. A 2010, 114, 13268.
81. N. C. Polfer, J. Oomens, D. T. Moore, G. von Helden, G. Meijer, R. C. Dunbar, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 517.
82. O. Dopfer, K. R. Asmis, Report for Project FELIX-003, 2010.
83. J. M. Bakker, T. Besson, J. Lemaire, D. Scuderi, P. Maitre, J. Phys. Chem. A 2007, 111, 13415.
84. J. Oomens, B. G. Sartakov, G. Meijer, G. von Helden, Int. J. Mass Spectrom. 2006, 254, 1.
85. B. Chiavarino, M. E. Crestoni, O. Dopfer, S. Fornarini, J. Lemaire, P. Maitre, Report for Project CLIO IC 002-05, 2005.
86. Gaussian 03, Revision C.02, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, J. A. Pople, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2004.
87. J. M. L. Martin, A. Sundermann, J. Chem. Phys. 2001, 114, 3408.
88. D. Andrae, U. Haussermann, M. Dolg, H. Stoll, H. Preuss, Theor. Chim. Acta 1990, 77, 123.
89. P. J. Linstrom, W. G. Mallard, NIST Chemistry WebBook, NIST Standards and Technology, Gaithersburg MD, 20899 (), 2010.
90. E. B. Wilson, Phys. Rev. 1934, 45, 706.
91. B. Bak, L. Hansen, J. Rastrup-Andersen, J. Chem. Phys. 1954, 22, 2013.
92. F. Mata, M. J. Quintana, J. Mol. Struct. 1977, 42, 1.
93. K. Kimura, S. Katsumata, Y. Achiba, T. Yamazaki, S. Iwata, Handbook of HeI Photoelectron Spectra of Fundamental Organic Molecules, Japan Scientific Societies Press, Tokyo, 1981.
94. O. Dopfer, Z. Phys. Chem. 2005, 219, 125.
95. A. N. Widmer-Cooper, L. F. Lindoy, J. R. Reimers, J. Phys. Chem. A 2001, 105, 6567.
96. B. C. Wang, Y. M. Chou, J. P. Deng, Y. T. Dung, J. Phys. Chem. A 2008, 112, 6351.
97. E. P. L. Hunter, S. G. Lias, J. Phys. Chem. Ref. Data 1998, 27, 413.
98. J. R. Hahn, W. Ho, J. Chem. Phys. 2006, 124, 204708.