Support vector machine regression (LS-SVM)an alternative to artificial neural networks (ANNs) for the analysis of quantum chemistry data

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 24, 2011, Pages 11710-11718

  Balabin, Roman M ^a   Lomakina, Ekaterina I ^a  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALGORITHM; ARTIFICIAL NEURAL NETWORK; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM THEORY; REGRESSION ANALYSIS; REVIEW;

ALGORITHMS; LEAST-SQUARES ANALYSIS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; NEURAL NETWORKS (COMPUTER); QUANTUM THEORY;

EID: 79959480027     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1cp00051a     Document Type: Review

References (92)

1. F. Jensen, Chem. Phys. Lett., 1996, 261, 633.
2. F. Jensen, Introduction to Computational Chemistry, John Wiley & Sons, 1999.
3. S. M. Bachrach, Computational Organic Chemistry, Wiley- Interscience, 2007.
4. R. M. Balabin, J. Phys. Chem. A, 2009, 113, 1012
5. R. M. Balabin, J. Phys. Chem. A, 2009, 113, 4910
6. R.M. Balabin, J. Phys. Chem. A, 2010, 114, 6729
7. R. M. Balabin, J. Phys. Chem. A, 2010, 114, 3698;
8. R. M. Balabin, J. Phys. Chem. Lett., 2010, 1, 20.
9. M. Malshe, A. Pukrittayakamee, L. M. Raff, M. Hagan, S. Bukkapatnam and R. Komanduri, J. Chem. Phys., 2009, 131, 124127.
10. W. Gyorffy, R. J. Bartlett and J. C. Greer, J. Chem. Phys., 2008, 129, 064103.
11. S. Zhong, E. C. Barnes and G. A. Peterssonb, J. Chem. Phys., 2008, 129, 184116.
12. T. Schwabe and S. Grimme, Acc. Chem. Res., 2008, 41, 569.
13. R. M. Balabin, J. Chem. Phys., 2008, 129, 164101
14. R. M. Balabin, J. Chem. Phys., 2009, 131, 154307
15. R. M. Balabin, J. Chem. Phys., 2010, 132, 211103
16. R.M. Balabin, J. Chem. Phys., 2010, 132, 231101.
17. R. M. Balabin and E. I. Lomakina, J. Chem. Phys., 2009, 131, 074104.
18. T. H. Dunning, J. Phys. Chem. A, 2000, 104, 9062.
19. L. A. Curtiss, K. Raghavachari, P. C. Redfern and J. A. Pople, J. Chem. Phys., 2000, 112, 7374.
20. L. A. Curtiss, P. C. Redfern and K. Raghavachari, J. Chem. Phys., 2007, 126, 084108.
21. S. Grimme, J. Antony, T. Schwabe and C. Muck-Lichtenfeld, Org. Biomol. Chem., 2007, 5, 741.
22. J. Wu and X. Xu, J. Chem. Phys., 2007, 127, 214105.
23. L. A. Curtiss, P. C. Redfern and K. Raghavachari, J. Chem. Phys., 2007, 126, 124105.
24. J. R. M. Smits, W. J. Melssen, L. M. C. Buydens and G. Kateman, Chemom. Intell. Lab. Syst., 1994, 22, 165.
25. R. M. Balabin, R. Z. Safieva and E. I. Lomakina, Chemom. Intell. Lab. Syst., 2007, 88, 183
26. R. M. Balabin, R. Z. Safieva and E. I. Lomakina, Chemom. Intell. Lab. Syst., 2008, 93, 58;
27. R. M. Balabin, R. Z. Safieva and E. I. Lomakina, Anal. Chim. Acta, 2010, 671, 27.
28. O. Ye. Rodionova and A. L. Pomerantsev, Chemom. Intell. Lab. Syst., 2009, 97, 64.
29. S. Haykin, Neural Networks and Learning Machines, Prentice Hall, 3rd edn, 2008.
30. C. M. Bishop, Pattern Recognition and Machine Learning, Springer, 1st edn, 2007.
31. A. N. Kolmogorov, Dokl. Akad. Nauk SSSR, 1957, 114, 953.
32. V. Kurkova, Neural Networks 1992, 5: 501.
33. G. Andrejkova and M. Mikulova, Neural Network World, 1998, 8, 501.
34. K. Hornik, Neural Networks, 1991, 4, 251.
35. J. Palomar, J. S. Torrecilla, J. Lemus, V. R. Ferro and F. Rodríguez, Phys. Chem. Chem. Phys., 2010, 12, 1991.
36. E. Estrada and E. Uriarte, Curr. Med. Chem., 2001, 8, 1573.
37. R. M. Balabin and R. Z. Safieva, Fuel, 2008, 87, 2745;
38. R. M. Balabin and R. Z. Safieva, Fuel, 2008, 87, 1096;
39. R. M. Balabin and R. Z. Safieva, J. Near Infrared Spectrosc., 2007, 15, 343.
40. J. Workman, Jr, D. J. Veltkamp, S. Doherty, B. B. Anderson, K. E. Creasy, M. Koch, J. F. Tatera, A. L. Robinson, L. Bond, L. W. Burgess, G. N. Bokerman, A. H. Ullman, G. P. Darsey, F. Mozayeni, J. A. Bamberger and M. S. Greenwood, Anal. Chem., 1999, 71, 121.
41. T. Davran-Candan, M. E. Gu? nay and R. Yildirim, J. Chem. Phys., 2010, 132, 174113.
42. C. M. Handley and P. L. A. Popelier, J. Phys. Chem. A, 2010, 114, 3371.
43. R. Z. Syunyaev and R. M. Balabin, J. Dispersion Sci. Technol., 2008, 29, 1505
44. R. Z. Syunyaev and R. M. Balabin, J. Dispersion Sci. Technol., 2007, 28, 419.
45. R. M. Balabin and R. Z. Syunyaev, J. Colloid Interface Sci., 2008, 318, 167.
46. L. H. Hu, X. J. Wang, L. H. Wong and G. H. Chen, J. Chem. Phys., 2003, 119, 11501.
47. X. M. Duan, Z. H. Li, G. L. Song, W. N. Wang, G. H. Chen and K. N. Fan, Chem. Phys. Lett., 2005, 410, 125.
48. J. M. Wu and X. Xu, J. Chem. Phys., 2007, 127, 214105.
49. J. Wu and X. Xu, J. Chem. Phys., 2008, 129, 164103.
50. H. Li, L. L. Shi, M. Zhang, Z. Sua, X. J. Wang, L. H. Hu and G. H. Chen, J. Chem. Phys., 2007, 126, 144101.
51. S. Urata, A. Takada, T. Uchimaru, A. K. Chandra and A. Sekiya, J. Fluorine Chem., 2002, 116, 163.
52. X. J. Wang, L. H. Hu, L. H. Wong and G. H. Chen, Mol. Simul., 2004, 30, 9.
53. G. Z. Li, J. Yang, H. F. Song, S. S. Yang, W. C. Lu and N. Y. Chen, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2004, 44, 2047.
54. X. J. Wang, L. H. Wong, L. H. Hu, C. Y. Chan, Z. Su and G. H. Chen, J. Phys. Chem. A, 2004, 108, 8514.
55. A. Jezierska, M. Vracko and S. C. Basak, Mol. Diversity, 2004, 8, 371, DOI: 10.1023/B:MODI.0000047502.66802.3d. (Pubitemid 39491372)
56. A. Bucinski, M. Wnuk, K. Gorynski, A. Giza, J. Kochanczyk, A. Nowaczyk, T. Baczek and A. Nasal, J. Pharm. Biomed. Anal., 2009, 50, 591.
57. B. Hemmateenejad, M. A. Safarpour, R. Miri and F. Taghavi, J. Comput. Chem., 2004, 25, 1495.
58. M. Malshe, R. Narulkar, L. M. Raff, M. Hagan, S. Bukkapatnam and R. Komanduri, J. Chem. Phys., 2008, 129, 044111.
59. M. Malshe, L. M. Raff, M. G. Rockley, M. Hagan, P. M. Agrawal and R. Komanduri, J. Chem. Phys., 2007, 127, 134105.
60. H. M. Le and L. M. Raff, J. Chem. Phys., 2008, 128, 194310.
61. P. M. Agrawal, L. M. Raff, M. T. Hagan and R. Komanduri, J. Chem. Phys., 2006, 124, 134306.
62. L. M. Raff, M. Malshe, M. Hagan, D. I. Doughan, M. G. Rockley and R. Komanduri, J. Chem. Phys., 2005, 122, 084104;
63. T. B. Blank, S. D. Brown, A. W. Calhoun and D. J. Doren, J. Chem. Phys., 1995, 103, 4129.
64. C. M. Handley, G. I. Hawe, D. B. Kell and P. L. A. Popelier, Phys. Chem. Chem. Phys., 2009, 11, 6365.
65. U. Thissen, M. Pepers, B. Ustun, W. J. Melssen and L. M. C. Buydens, Chemom. Intell. Lab. Syst., 2004, 73, 169
66. F. Chauchard, R. Cogdill, S. Roussel, J. M. Roger and V. Bellon-Maurel, Chemom. Intell. Lab. Syst., 2004, 71, 141;
67. U. Thissen, B. Ustun, W. J. Melssen and L. M. C. Buydens, Anal. Chem., 2004, 76, 3099.
68. V. N. Vapnik, The Nature of Statistical Learning Theory, Springer- Verlag, New York, 1995.
69. S. R. Amendolia, G. Cossu, M. L. Ganadu, B. Golosio, G. L. Masala and G. M. Mura, Chemom. Intell. Lab. Syst., 2003, 69, 13
70. A. Borin, M. F. Ferrão, C. Mello, D. A. Maretto and R. J. Poppi, Anal. Chim. Acta, 2006, 579, 25.
71. F. Liua, Y. He and L. Wang, Anal. Chim. Acta, 2008, 610, 196;
72. F. Liua, Y. He and L. Wang, Anal. Chim. Acta, 2008, 615, 10.
73. D. Wua, Y. He and S. Feng, Anal. Chim. Acta, 2008, 610, 232.
74. M. J. Frisch, G. W. Trucks and H. B. Schlegel, et al., GAUSSIAN (Revision D.01), Gaussian Inc. Wallingford CT, 2004.
75. R. Todeschini, V. Consonni, R. Mannhold, H. Kubinyi and H. Timmerman, Handbook of Molecular Descriptors, Wiley- VCH, 1st edn, 2002.
76. J. A. K. Suykens, T. Van Gestel, J. De Brabanter, B. De Moor and J. Vandewalle, Least Squares Support Vector Machines, World Scientific, Singapore, 2002.
77. R. M. Balabin, Chem. Phys., 2008, 352, 267
78. R. M. Balabin, Chem. Phys. Lett., 2009, 479, 195
79. R. M. Balabin, Phys. Chem. Chem. Phys., 2010, 12, 5980.
80. T. Gao, S.-L. Sun, L.-L. Shi, H. Li, H.-Z. Li, Z.-M. Su and Y.-H. Lu, J. Chem. Phys., 2009, 130, 184104.
81. R. Z. Syunyaev, R. M. Balabin, I. S. Akhatov and J. O. Safieva, Energy Fuels, 2009, 23, 1230
82. R. M. Balabin and S. V. Smirnov, Anal. Chim. Acta, 2011, 692, 63
83. R. M. Balabin and R. Z. Safieva, Anal. Chim. Acta, 2011, 689, 190
84. R. M. Balabin, R. Z. Safieva and E. I. Lomakina, Microchem.J., 2011, 98, 121
85. R. M. Balabin, E. I. Lomakina and R. Z. Safieva, Fuel, 2011, 90, 2007;
86. R. M. Balabin, R. Z. Syunyaev, T. Schmid, J. Stadler, E. I. Lomakina and R. Zenobi, Energy Fuels, 2011, 25, 189.
87. H. M. Le, S. Huynh and L. M. Raff, J. Chem. Phys., 2009, 131, 014107.
88. N. S. Nagornova, T. R. Rizzo and O. V. Boyarkin, J. Am. Chem. Soc., 2010, 132, 4040.
89. G.-K. Yan, et al., J. Theor. Comput. Chem., 2007, 6, 495.
90. A. P. Harding, D. C. Wedge and P. L. A. Popelier, J. Chem. Inf. Model., 2009, 49, 1914.
91. R. M. Balabin and E. I. Lomakina, Analyst, 2011, 136, 1703.
92. C. Müler and M. S. Plesset, Phys. Rev., 1934, 46, 618.