Extracting realistic kinetics of rare activated processes from accelerated molecular dynamics using Kramers' theory

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 3, 2011, Pages 575-581

  Doshi, Urmi ^a   Hamelberg, Donald ^a  

^a GEORGIA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 79952577508     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct1005399     Document Type: Article

References (56)

1. Eyring, H. J. Chem. Phys. 1935, 3, 107-115
2. Laidler, K. J.; King, M. C. J. Phys. Chem. 1983, 87, 2657-2664
3. Chandler, D. J. Chem. Phys. 1978, 68, 2959-2970
4. Grubmuller, H. Phys. Rev. E 1995, 52, 2893-2906
5. Huber, T.; Torda, A. E.; Van Gunsteren, W. F. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1994, 8, 695-708
6. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199
7. Ghosh, I.; McCammon, J. A. Biophys. J. 1987, 51
8. Northrup, S. H.; Pear, S. M.; Lee, C. Y.; McCammon, J. A.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 4035-4039
9. Elber, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 151-6
10. Dellago, C.; Bolhuis, P. G.; Csajka, F. S.; Chandler, D. J. Chem. Phys. 1998, 108, 1964-1977
11. Bolhuis, P. G.; Chandler, D.; Dellago, C.; Geissler, P. L. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 291-318
12. Van Erp, T. S.; Moroni, D.; Bolhuis, P. G. J. Chem. Phys. 2003, 118, 7762-7774
13. Moroni, D.; Bolhuis, P. G.; van Erp, T. S. J. Chem. Phys. 2004, 120, 4055-65
14. Pande, V. S.; Baker, I.; Chapman, J.; Elmer, S. P.; Khaliq, S.; Larson, S. M.; Rhee, Y. M.; Shirts, M. R.; Snow, C. D.; Sorin, E. J.; Zagrovic, B. Biopolymers 2003, 68, 91-109
15. Faradjian, A. K.; Elber, R. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10880-9
16. Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Suits, F. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6571-6581
17. Weinan, E.; Weiqing, R.; Vanden-Eijnden, E. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6688-6693
18. Allen, R. J.; Warren, P. B.; ten Wolde, P. R. Phys. Rev. Lett. 2005, 94
19. Allen, R. J.; Frenkel, D.; ten Wolde, P. R. J. Chem. Phys. 2006, 124, 024102
20. Borrero, E. E.; Escobedo, F. A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 6434-6445
21. Voter, A. F. J. Chem. Phys. 1997, 106, 4665-4677
22. Bolhuis, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 12129-12134
23. Kuczera, K.; Jas, G. S.; Elber, R. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 7461-7473
24. Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Suits, F.; Pitman, M.; Eleftheriou, M.; Fitch, B. G.; Germain, R. S.; Rayshubski, A.; Ward, T. J. C.; Zhestkov, Y.; Zhou, R. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6582-6594
25. Elber, R. Biophys. J. 2007, 92, L85-L87
26. Bolhuis, P. G.; Dellago, C.; Chandler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 5877-5882
27. De Oliveira, C. A. F.; Hamelberg, D.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2007, 127
28. Grathwohl, C.; Wuthrich, K. Biopolymers 1981, 20, 2623-2633
29. Hamelberg, D.; Mongan, J.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 11919-11929
30. Hamelberg, D.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 13778-13779
31. Hamelberg, D.; Shen, T.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1969-1974
32. Hamelberg, D.; Shen, T.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 241103
33. Voter, A. F. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 3908-3911
34. Hamelberg, D.; McCammon, A. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 147-152
35. Markwick, P. R. L.; Bouvignies, G.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2007, 1129, 4724-4730
36. Markwick, P. R. L.; Cervantes, C. F.; Abel, B. L.; Komives, E. A.; Blackledge, M.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1220-1221
37. Xin, Y.; Doshi, U.; Hamelberg, D. J. Chem. Phys. 2010, 132, 224101
38. Hanggi, P.; Talkner, P.; Borkovec, M. Rev. Mod. Phys. 1990, 62, 251-342
39. Kramers, H. A. Physica (Utrecht) 1940, 7, 284-304
40. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
41. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269-6271
42. Doshi, U.; Hamelberg, D. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 16590-16595
43. Lu, K. P.; Finn, G.; Lee, T. H.; Nicholson, L. K. Nat. Chem. Biol. 2007, 3, 619-29
44. Fanghanel, J.; Fischer, G. Front. Biosci. 2004, 9, 3453-78
45. Brandts, J. F.; Halvorson, H. R.; Brennan, M. Biochemistry 1975, 14, 4953-63
46. Adelman, S. A.; Doll, J. D. J. Chem. Phys. 1976, 64, 2375-2388
47. Mark, P.; Nilsson, L. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 9954-9960
48. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Oxford Science Publications: New York, 2007.
49. Berendsen, H. J. C.; Postma, W. F.; Van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
50. Zwanzig, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1988, 85, 2029-30
51. Johnson, Q.; Doshi, U.; Shen, T.; Hamelberg, D. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2591-2597
52. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.;Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossváry, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, P. A. AMBER 10; University of California: San Francisco, CA, 2008.
53. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712-25
54. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197
55. Ryckaert, J.; Cicotti, G.; Berendsen, H. J. Comp. Phys. Phys. 1977, 23, 327-341
56. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092