Theoretical simulation of the spectroscopy and dynamics of a red copper protein

Faraday Discussions

Volumn 148, Issue , 2011, Pages 55-70

  Besley, Nicholas A ^a   Robinson, David ^a  

^a UNIVERSITY OF NOTTINGHAM   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIAL PROTEIN; METALLOPROTEIN; PLASTOCYANIN; RED COPPER PROTEIN, NITROSOMONAS EUROPAEA;

ARTICLE; CHEMISTRY; CIRCULAR DICHROISM; ULTRAVIOLET SPECTROPHOTOMETRY; X RAY ABSORPTION SPECTROSCOPY;

BACTERIAL PROTEINS; CIRCULAR DICHROISM; METALLOPROTEINS; PLASTOCYANIN; SPECTROPHOTOMETRY, ULTRAVIOLET; X-RAY ABSORPTION SPECTROSCOPY;

EID: 79952268827     PISSN: 13596640     EISSN: 13645498     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c004231e     Document Type: Review

References (62)

1. H. B. Gray and E. I. Solomon Copper Proteins; Ed:, Spiro, T. G.,; Wiley, New York, 1981
2. A. A. Gewirth E. I. Solomon J. Am. Chem. Soc. 1988 110 3811
3. M. D. Lowery J. A. Guckert M. S. Gebhard E. I. Solomon J. Am. Chem. Soc. 1993 115 3012
4. S. J. George M. D. Lowery E. I. Solomon S. P. Cramer J. Am. Chem. Soc. 1993 115 2968
5. S. E. Shadle J. E. Penner-Hahn H. J. Schugar B. Hedman K. O. Hodgson E. I. Solomon J. Am. Chem. Soc. 1993 115 767
6. J. Han T. M. Loehr Y. Lu J. S. Valentine B. A. Averill J. Sanders-Loehr J. Am. Chem. Soc. 1993 115 4256
7. C. R. Andrew J. Sanders-Loehr Acc. Chem. Res. 1996 29 365
8. M. D. Edington W. M. Diffeyt W. J. Doria R. E. Riter W. F. Beck Chem. Phys. Lett. 1997 275 119
9. L. D. Book D. C. Arnett H. Hu N. S. Scherer J. Phys. Chem. A 1998 102 4350
10. S. Nakashima Y. Nagasawa K. Seike T. Okada M. Sato T. Kohzuma Chem. Phys. Lett. 2000 331 396
11. D. W. Randall S. DeBeer George B. Hedman K. O. Hodgson K. Fujisawa E. I. Solomon J. Am. Chem. Soc. 2000 122 11620
12. S. DeBeer George D. W. Randall A. M. Nersissian J. S. Valentine B. Hedman K. O. Hodgson E. I. Solomon J. Am. Chem. Soc. 2000 104 10814
13. T. Cimei A. R. Bizzari G. Cerullo S. De Silvestri S. Cannistraro Biophys. Chem. 2003 106 221
14. S. DeBeer George L. Basumallick R. K. Szilagyi D. W. Randall M. G. Hill A. M. Nersissian J. S. Valentine B. Hedman K. O. Hodgson E. I. Solomon J. Am. Chem. Soc. 2003 125 11314
15. E. I. Solomon R. K. Szilagyi S. DeBeer George L. Basumallick Chem. Rev. 2004 104 419
16. K. W. Penfield A. A. Gewirth E. I. Solomon J. Am. Chem. Soc. 1985 107 4519
17. S. Larsson A. Broo L. Sjoelin J. Phys. Chem. 1995 99 4860
18. K. Pierloot J. O. A. De Kerpel U. Ryde B. O. Roos J. Am. Chem. Soc. 1997 119 218
19. L. W. Ungar N. F. Scherer G. A. Voth Biophys. J. 1997 72 5
20. K. Pierloot J. O. A. De Kerpel U. Ryde M. H. M. Olsson B. O. Roos J. Am. Chem. Soc. 1998 120 13156
21. M. H. M. Olsson G. Hong A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 2003 125 5025
22. K. Ando J. Phys. Chem. B 2004 108 3940
23. S. Sinnecker F. Neese J. Comput. Chem. 2006 27 1463
24. R. J. Deeth Inorg. Chem. 2007 46 4492
25. M. Cascella M. A. Cuendet I. Tavernelli U. Rothlisberger J. Phys. Chem. B 2007 111 10248
26. S. Vancoillie K. Pierloot J. Phys. Chem. A 2008 112 4011
27. K. Ando J. Phys. Chem. B 2008 112 250
28. P. M. Colman H. C. Freeman J. M. Guss M. Murata V. A. Norris J. A. M. Ramshaw M. P. Venkatappa Nature 1978 272 319
29. R. L. Lieberman D. M. Arciero A. B. Hooper A. C. Rosenzweig Biochemistry 2001 40 5674
30. D. M. Arciero B. S. Pierce M. P. Hendrich A. B. Hooper Biochemistry 2002 41 1703
31. L. Basumallick R. Sarangi S. DeBeer George B. Elmore A. B. Hooper B. Hedman K. O. Hodgson E. I. Solomon J. Am. Chem. Soc. 2005 127 3531
32. B. R. Brooks R. E. Bruccoleri B. D. Olafson D. J. States S. Swaminathan M. Karplus J. Comput. Chem. 1983 4 187
33. J.-P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327
34. H. L. Woodcock III M. Hodoscek A. T. B. Gilbert P. M. W. Gill H. F. Schaefer III B. R. Brooks J. Comput. Chem. 2007 28 1485
35. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648
36. P. J. Stephens F. J. Devlin C. F. Chabalowski M. J. Frisch J. Phys. Chem. 1994 98 11623
37. J.-D. Chai M. Head-Gordon J. Chem. Phys. 2008 128 084106
38. P. J. Knowles H.-J. Werner Theor. Chim. Acta 1992 84 95
39. M. Kaupp P.v.R. Schleyer H. Stoll H. Preuss J. Chem. Phys. 1991 94 1360
40. A. D. MacKerell Jr. D. Bashford M. Bellott R. L. Dunbrack J. D. Evenseck M. J. Field S. Fischer J. H. G. Gao S. Ha D. Joseph-McCarthy L. Kuchnir K. Kuczera F. T. K. Lau C. Mattos S. Michnick T. Ngo D. T. Nguyen B. Prodhom W. E. Reiher III B. Roux M. Schlenkrich J. C. Smith R. Stote J. Straub M. Watanabe J. Wiorkiewicz-Kuczera D. Yin M. Karplus J. Phys. Chem. B 1998 102 3586
41. Y. Shao L. F. Molnar Y. Jung J. Kussmann C. Ochsenfeld S. T. Brown A. T. B. Gilbert L. V. Slipchenko S. V. Levchenko D. P. O'Neill R. A. DiStasio Jr R. C. Lochan T. Wang G. J. O. Beran N. A. Besley J. M. Herbert C. Y. Lin T. V. Voorhis S.-H. Chien A. Sodt R. P. Steele V. A. Rassolov P. E. Maslen P. P. Korambath R. D. Adamson B. Austin J. Baker E. F. C. Byrd H. Dachsel R. J. Doerksen A. Dreuw B. D. Dunietz A. D. Dutoi T. R. Furlani S. R. Gwaltney A. Heyden S. Hirata C.-P. Hsu G. Kedziora R. Z. Khalliulin P. Klunzinger A. M. Lee M. S. Lee W. Liang I. Lotan N. Nair B. Peters E. I. Proynov P. A. Pieniazek Y. M. Rhee J. Ritchie E. Rosta C. D. Sherrill A. C. Simmonett J. E. Subotnik H. L. Woodcock III W. Zhang A. T. Bell A. K. Chakraborty D. M. Chipman F. J. Keil A. Warshel W. J. Hehre H. F. Schaefer III J. Kong A. I. Krylov P. M. W. Gill M. Head-Gordon Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 3172
42. MOLPRO, version 2006.1, a package of ab initio programs, H.-J. Werner, P. J. Knowles, R. Lindh, F. R. Manby, M. Schütz, P. Celani, T. Korona, G. Rauhut, R. D. Amos, A. Bernhardsson, A. Berning, D. L. Cooper, M. J. O. Deegan, A. J. Dobbyn, F. Eckert, C. Hampel, G. Hetzer, A. W. Lloyd, S. J. McNicholas, W. Meyer, M. E. Mura, A. Nicklass, P. Palmieri, R. Pitzer, U. Schumann, H. Stoll, A. J. Stone, R. Tarroni and T. Thorsteinsson
43. N. A. Besley M. J. Brienne J. D. Hirst J. Phys. Chem. B 2000 104 12371
44. C. Diedrich S. Grimme J. Phys. Chem. A 2003 107 2524
45. M. Stener G. Fronzoni M. de Simone Chem. Phys. Lett. 2003 373 115
46. N. A. Besley A. Noble J. Phys. Chem. C 2007 111 3333
47. S. DeBeer George T. Petrenko F. Neese Inorg. Chim. Acta 2008 361 965
48. F. A. Asmuruf N. A. Besley J. Chem. Phys. 2008 129 064705
49. A. Nakata Y. Imamura H. Nakai J. Chem. Phys. 2006 125 064109
50. A. Nakata Y. Imamura H. Nakai J. Chem. Theory Comput. 2007 3 1295
51. A. Nakata Y. Imamura T. Otsuka H. Nakai J. Chem. Phys. 2006 124 094105
52. N. A. Besley M. J. G. Peach D. J. Tozer Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 10350
53. J.-W. Song T. Hirosawa T. Tsuneda K. Hirao J. Chem. Phys. 2007 126 154105
54. M. Reiher A. Wolf J. Chem. Phys. 2004 121 2037
55. N. A. Besley A. T. B. Gilbert P. M. W. Gill J. Chem. Phys. 2009 130 124308
56. R. K. Szilagyi M. Metz E. I. Solomon J. Chem. Phys. 2002 106 2994
57. A. Dreuw J. Weisman M. Head-Gordon J. Chem. Phys. 2003 119 2943
58. M. J. G. Peach P. Benfield T. Helgaker D. J. Tozer J. Chem. Phys. 2008 128 044118
59. D. Robinson N. A. Besley Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 9667 10.1039/c001805h
60. J. Frelek P. Kowalska M. Masnyk A. Kazimierski A. Korda M. Woznica M. Chmielewski F. Furche Chem.-Eur. J. 2007 13 6732
61. J. D. Hirst N. A. Besley J. Chem. Phys. 1999 111 2846
62. N. A. Besley J. D. Hirst J. Am. Chem. Soc. 1999 121 9636