Prediction of nitroxide spin label EPR spectra from MD trajectories: Application to myoglobin

Faraday Discussions

Volumn 148, Issue , 2011, Pages 283-298

  Kuprusevicius, Egidijus ^a   White, Gaye ^a   Oganesyan, Vasily S ^a  

^a UNIVERSITY OF EAST ANGLIA   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MYOGLOBIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; ELECTRON SPIN RESONANCE; METHODOLOGY; MOLECULAR DYNAMICS; SPIN LABELING;

ELECTRON SPIN RESONANCE SPECTROSCOPY; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MYOGLOBIN; SPIN LABELS;

EID: 79952263337     PISSN: 13596640     EISSN: 13645498     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c004855k     Document Type: Review

References (48)

1. L. J. Berliner, Spin Labeling: The Next Millennium, Plenum, New York, 1998 and references therein
2. W. L. Hubbell A. Gross R. Langen M. A. Lietzow Curr. Opin. Struct. Biol. 1998 8 649
3. Z. F. Guo D. Cascio K. Hideg W. L. Hubbell Protein Sci. 2008 17 228
4. R. D. Nielsen K. Che M. H. Gelb B. H. Robinson J. Am. Chem. Soc. 2005 127 6430
5. J. H. Freed Annu. Rev. Phys. Chem. 2000 51 655
6. B. J. Gaffney D. Marsh Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 12940
7. W. L. Hubbell D. S. Cafiso C. Altenbach Nat. Struct. Biol. 2000 7 735
8. G. F. White L. Ottignon T. Georgiou C. Kleanthous G. R. Moore A. J. Thomson V. S. Oganesyan J. Magn. Reson. 2007 185 191
9. M. Zachary V. Chechik Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 3304
10. A. Arcioni C. Bacchiocchi I. Vecchi G. Venditti C. Zannoni Chem. Phys. Lett. 2004 396 433
11. V. S. Oganesyan E. Kuprusevicius H. Gopee A. N. Cammidge M. R. Wilson Phys. Rev. Lett. 2009 102 013005
12. R. Langen J. M. Isas H. Luecke H. T. Haigler W. L. Hubbell J. Biol. Chem. 1998 273 35 22453
13. G. F. White S. Field S. Marritt V. S. Oganesyan R. B. Gennis L. L. Yap A. Katsonouri A. J. Thomson Biochemistry 2007 46 9 2355
14. M. H. Rakowsky K. M. More A. V. Kulikov G. R. Eaton S. S. Eaton J. Am. Chem. Soc. 1995 117 2049
15. Y. Zhou B. E. Bowler K. Lynch S. S. Eaton G. R. Eaton Biophys. J. 2000 79 1039
16. V. S. Oganesyan G. F. White S. Field S. Marritt R. B. Gennis L. L. Yap A. J. Thomson J. Biol. Inorg. Chem. 2010 10.1007/s00775-010-0683-5
17. D. E. Budil S. Lee S. Saxena J. H. Freed J. Magn. Reson., Ser. A 1996 120 155
18. L. J. Schwartz A. E. Stillman J. H. Freed J. Chem. Phys. 1982 77 5410
19. B. H. Robinson L. J. Slutsky F. P. Auteri J. Chem. Phys. 1992 96 2609
20. H. J. Steinhoff W. L. Hubbell Biophys. J. 1996 71 2201
21. G. Jeschke ChemPhysChem 2002 3 927
22. D. E. Budil K. L. Sale K. A. Khairy P. G. Fajer J. Phys. Chem. A 2006 110 3703
23. C. Beier H. J. Steinhoff Biophys. J. 2006 91 2647
24. D. Sezer J. H. Freed B. Roux J. Phys. Chem. B 2008 112 11014
25. D. Sezer J. H. Freed B. Roux J. Chem. Phys. 2008 128 165106
26. V. S. Oganesyan J. Magn. Reson. 2007 188 196
27. E. Kuprusevicius, R. Edge, H. Gopee, A. N. Cammidge, E. J. L. McInnes, M. R. Wilson and V. S. Oganesyan, 2010, Chem.-Eur. J., in press
28. B. A. Springer S. G. Sligar Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1987 84 8961
29. E. Antonini, and M. Brunori, Hemoglobin and myoglobin in their reactions with ligands, North-Holland, London and New York, 1971, vol. 21
30. P. Carl, The ER4123D CW-resonator: dedicated to spin labels, in Bruker Biospin Application Note, Bruker Biospin, Coventry, 2003
31. W. L. Hubbell W. Froncisz J. S. Hyde Rev. Sci. Instrum. 1987 58 1879
32. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision E.01), Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
33. E. Lindahl B. Hess D. van der Spoel J. Mol. Model. 2001 7 306
34. D van der Spoel E. Lindahl B. Hess G. Groenhof A. E. Mark H. J. C. Berendsen J. Comput. Chem. 2005 26 1701
35. C. M. Breneman K. B. Wiberg J. Comput. Chem. 1990 11 361
36. R. W. Hockney S. P. Goel J. Eastwood J. Comput. Phys. 1974 14 148
37. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma A. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684
38. B. Hess H. Bekker H. J. C. Berendsen J. G. E. M. Fraaije J. Comput. Chem. 1997 18 1463
39. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089
40. U. Essmann L. Perera M. L. Berkowitz T. Darden H. Lee L. G. Pedersen J. Chem. Phys. 1995 103 8577
41. I. Stoica J. Mol. Model. 2005 11 210
42. L. E. W. LaConte V. Voelz W. Nelson M. Enz D. D. Thomas Biophys. J. 2002 83 1854
43. A. Czogalla A. Pieciul A. Jezierski A. F. Sikorski Acta Biochim. Polon. 2007 54 235
44. R. Langen K J Oh D Cascio W L Hubbell Biochemistry 2000 39 8396 8405
45. G A Korn and T M Korn, Mathematical Handbook for Scientists and Engineers. New York, McGraw-Hill, 1961
46. D. Wang U. Kreutzer Y. Chung T. Jue Biophys. J. 1997 73 2764
47. L. Columbus W. L. Hubbell Trends Biochem. Sci. 2002 27 288
48. J. P. Barnes Z. Liang H. S. Machaourab J. H. Freed W. L. Hubbell Biophys. J. 1999 76 3298