Ligand exchange reaction involving Ru(III) compounds in aqueous solution: A hybrid quantum mechanical/effective fragment potential study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 9, 2011, Pages 2030-2037

  Aguilar, Charles M ^a   Rocha, Willian R ^a  

^a FEDERAL UNIVERSITY OF MINAS GERAIS   (Brazil)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL REACTIONS; CHLORINE COMPOUNDS; CONTINUUM MECHANICS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; LIGANDS;

ACTIVATION ENTHALPIES; AQUEOUS SOLUTIONS; FRAGMENT POTENTIAL; HIGH SENSITIVITY; HYBRID DENSITY FUNCTIONAL; INTERCHANGE MECHANISM; LIGAND EXCHANGE REACTIONS; LONG RANGE EFFECTS; POLARIZABLE CONTINUUM MODEL; REACTION ENERGY; WATER CLUSTER;

ACTIVATION ENERGY;

EID: 79952258683     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp110198h     Document Type: Article

References (79)

1. Clarke, M. J. Coord. Chem. Rev. 2002, 69, 232
2. Mestroni, G.; Alessio, E.; Sava, G.; Pacor, S.; Coluccia, M.; Boccarelli, A. Metal Based Drugs 1994, 1, 41
3. Möller, T. R.; Ceberg, J.; Einhorn, N.; Lindholm, C.; Nylén, U.; Svensson, H. Acta Oncol. 2003, 42, 376
4. Schmitt, F.; Govindaswamy, P.; Süss-Fink, G.; Ang, W. H.; Dyson, P. J.; Juillerat-Jeanneret, L.; Therrien, B. J. Med. Chem. 2008, 51, 1811
5. Bastos, C. M.; Gordon, K. A.; Ocain, T. D. Bioorg. Med. Chem. Lett. 1998, 8, 147
6. Pieper, G. M.; Roza, A. M.; Adams, M. B.; Hilton, G.; Johnson, M.; Felix, C. C.; Kampalath, B.; Darkes, M.; Wanggui, Y.; Cameron, B.; Fricker, S. P. J. Cardiovasc. Pharmacol. 2002, 39, 441
7. Yarnell, A. T.; Oh, S.; Reinberg, D.; Lippard, S. J. J. Biol. Chem. 2001, 276, 25736
8. Clarke, M. J.; Zhu, F.; Frasca, D. Chem. Rev. 1999, 99, 2511
9. Antonarakis, E. S.; Emadi, A. Cancer Chemother. Pharmacol. 2010, 66, 1
10. Hartinger, C. G.; Jakupec, M. A.; Seifried, S. Z.; Groessl, M.; Egger, A.; Berger, W.; Zorbas, H.; Dyson, P. J.; Keppler, B. K. Chem. Biol. 2008, 5, 2140
11. Alessio, E.; Mestroni, G.; Bergamo, A.; Sava, G. Curr. Top. Med. Chem. 2004, 4, 1525
12. Bruijnincx, P. C. A.; Sadler, P. J. Curr. Opin. Chem. Biol. 2008, 12, 197
13. Rotzinger, F. P. Chem. Rev. 2005, 105, 2003 and references therein
14. Aebischer, N.; Sidorenkova, E.; Ravera, M.; Laurenczy, G.; Osella, D.; Weber, J.; André E. Merbach, A. E. Inorg. Chem. 1997, 36, 6009
15. Richens, D. T. Chem. Rev. 2005, 105, 1961
16. Helm, L.; Merbach, A. E. Chem. Rev. 2005, 105, 1923
17. Erras-Hanauer, H.; Clark, T.; van Eldik, R. Coord. Chem. Rev. 2003, 238, 233
18. Burgess, J.; Hague, D. N.; Kemmitt, R. D. W.; McAuley, A.; Smith, M. A., Inorganic Reaction Mechanism-A Review of the Literature; The Chemical Society: London, 1973.
19. Langford, C. H.; Gray, H. B. Ligand Substitution Dynamics; Benjamin: New York, 1965.
20. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227
21. Gao, J. Rev. Comput. Chem. 1996, 7, 119
22. Remsungnen, T.; Rode, B. M. Chem. Phys. Lett. 2003, 367, 586
23. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471
24. Carloni, P.; Sprik, M.; Andreoni, W. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 823
25. Coutinho, K.; Canuto, S. Adv. Quantum Chem. 1997, 28, 89
26. Coutinho, K.; Canuto, S.; Zerner, M. C. J. Chem. Phys. 2000, 112, 9874
27. Spiegel, K.; Magistrato, A. Org. Biomol. Chem. 2006, 4, 2507 and references therein
28. Burda, J. V.; Zeizinger, M.; Leszczynski, J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 907
29. Zhang, Y.; Guo, Z.; You, X. Z. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9378
30. Robertazzi, A.; Platts, J. A. J. Biol. Inorg. Chem. 2005, 10, 854
31. Costa, L. A. S.; Rocha, W. R.; De Almeida, W. B.; Dos Santos, H. F. Chem. Phys. Lett. 2004, 387, 182 and references therein
32. Costa, L. A. S.; Rocha, W. R.; De Almeida, W. B.; Dos Santos, H. F. J. Inorg.Biochem. 2005, 99, 575
33. Carloni, P.; Andreoni, W.; Hutter, J.; Curioni, A.; Giannozzi, P.; Parrinello, M. Chem. Phys. Lett. 1995, 234, 50
34. Dorcier, A.; Dyson, P. J.; Gossens, C.; Rothlisberger, U.; Scopelliti, R.; Tavernelli, I. Organometallics 2005, 24, 2114
35. Gossens, C.; Tavernelli, I.; Rothlisberger, U. Chimia 2005, 59, 81
36. Freccero, M.; Gandolfi, R. J. Org. Chem. 2005, 70, 7098
37. Chen, J.; Chen, L.; Liao, S.; Zheng, K.; Ji, L. Dalton Trans. 2007, 3507
38. Chen, J.; Chen, L.; Liao, S.; Zheng, K.; Ji, L. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7862
39. Bešker, N.; Coletti, C.; Marrone, A.; Re, N. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 3871
40. Adamovic, I.; Freitag, M. A.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 6725
41. Gordon, M. S.; Freitag, M. A.; Bandyopadhyay, P.; Jensen, J. H.; Kairys, V.; Stevens, W. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 293
42. Day, P. N.; Jensen, J. H.; Gordon, M. S.; Webb, S. P.; Stevens, W. J.; Krauss, M.; Garmer, D.; Basch, H.; Cohen, D. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1968
43. Chen, W.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 1996, 105, 11081
44. Day, P. N.; Pachter, R.; Gordon, M. S.; Merrill, G. N. J. Chem. Phys. 2000, 112, 2063
45. Adamovic, I.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 1629
46. Slipchenko, L. V.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 2092
47. Yoo, S.; Zahariev, F.; Sok, S.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 2008, 129, 144112
48. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648
49. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785
50. Aguilar, C. M.; De Almeida, W. B.; Rocha, W. R. Chem. Phys. Lett. 2007, 449, 144
51. Aguilar, C. M.; De Almeida, W. B.; Rocha, W. R. Chem. Phys. 2008, 353, 66
52. Ferreira, D. E. C.; Florentino, B. P. D.; Nome, F.; Rocha, W. R. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 14831
53. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Oxford University Press, Clarendon: New York, 1987.
54. Metropolis, N.; Rosenbluth, A. W.; Rosenbluth, M. N.; Teller, A. H.; Teller, E. J. Chem. Phys. 1953, 21, 1087
55. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 270
56. Hehre, W.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257
57. Breneman, C. M.; Wiberg, K. B. J. Comput. Chem. 1990, 11, 361
58. Jorgensen, W. L.; Madura, J. D.; Swenson, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 6638
59. Rappé, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A., III; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024
60. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
61. Li, Z.; Sheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1983, 84, 6611
62. Godbout, N.; Salahub, D. R.; Andzelm, J.; Wimmer, E. Can. J. Chem. 1992, 70, 560
63. Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007
64. Fukui, K. Acc. Chem. Res. 1981, 14, 363
65. Gonzalez, C.; Schlegel, H. B. J. Chem. Phys. 1989, 90, 2154
66. Gonzalez, C.; Schlegel, H. B. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5523
67. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618
68. See, for example: Szabo, A.; Ostlund, N. S. Modern Quantum Chemistry, Introduction to Advanced Electronic Structure Theory; Dover Publication, Inc.: New York, 1996.
69. Woon, D. E.; Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1358
70. Kendall, R. A.; Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796
71. Coutinho, K.; Canuto, S. DICE: A Monte Carlo Program for Liquid Simulation; University of São Paulo, 1997.
72. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347
73. Tomasi, J.; Persico, M. Chem. Rev. 1994, 94, 2027
74. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999
75. Pascual-Ahuir, J. L.; Silla, E.; Tomasi, J.; Bonaccorsi, R. J. Comput. Chem. 1987, 8, 778
76. Broomhead, J. A.; Basolo, F.; Pearson, R. G. Inorg. Chem. 1964, 3, 826
77. Eyring, H. J. Chem. Phys. 1935, 3, 107
78. Evans, M. G.; Polanyi, M. Trans. Faraday Soc. 1935, 31, 875
79. Zhao, M.; Clarke, M. J. J. Biol. Inorg. Chem. 1999, 4, 318