Gas-phase binding energies for non-covalent Aβ-40 peptide/small molecule complexes from CID mass spectrometry and RRKM theory

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 11, 2011, Pages 5178-5186

  Mayer, Paul M ^a   Martineau, Eric ^a  

^a UNIVERSITY OF OTTAWA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

3 (CYCLOHEXYLAMINO) 2 HYDROXY 1 PROPANESULFONIC ACID; 3 CYCLOHEXYLAMINE 1 PROPANE SULFONIC ACID; 3-(CYCLOHEXYLAMINO)-2-HYDROXY-1-PROPANESULFONIC ACID; 3-CYCLOHEXYLAMINE-1-PROPANE SULFONIC ACID; ALKANESULFONIC ACID; AMYLOID BETA PROTEIN; AMYLOID BETA PROTEIN[1-40]; CYCLOHEXYLAMINE DERIVATIVE; DRUG DERIVATIVE; HOMOTAURINE; PEPTIDE FRAGMENT; SULFONIC ACID DERIVATIVE; TAURINE;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; GAS; KINETICS; MASS SPECTROMETRY; PROTEIN BINDING; THERMODYNAMICS;

ALKANESULFONIC ACIDS; AMYLOID BETA-PEPTIDES; CYCLOHEXYLAMINES; GASES; KINETICS; MASS SPECTROMETRY; MODELS, CHEMICAL; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; PEPTIDE FRAGMENTS; PROTEIN BINDING; SULFONIC ACIDS; TAURINE; THERMODYNAMICS;

EID: 79952122339     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0cp02149k     Document Type: Article

References (69)

1. S. M. Schermann D. A. Simmons L. Konermann Expert Rev. Proteomics 2005 2 475 485
2. B. M. Hossain D. A. Simmons L. Konermann Can. J. Chem. 2005 83 1953 1960
3. P. L. Ferguson M. C. Kuprowski B. L. Boys D. J. Wilson J. X. Pan L. Konermann Curr. Anal. Chem. 2009 5 186 204
4. J. Sun E. N. Kitova N. Sun J. S. Klassen Anal. Chem. 2007 79 8301 8311
5. J. X. Sun E. N. Kitova J. S. Klassen Anal. Chem. 2007 79 416 425
6. J. X. Sun E. N. Kitova W. J. Wang J. S. Klassen Anal. Chem. 2006 78 3010 3018
7. J. S. Klassen I. Sinelnikov E. N. Kitova Abstr. Paper. Am. Chem. Soc. 2005 229 403
8. W. J. Wang E. N. Kitova J. S. Klassen Anal. Chem. 2005 77 3060 3071
9. J. S. Klassen E. N. Kitova D. R. Bundle Abstr. Paper. Am. Chem. Soc. 2004 227 51
10. E. N. Kitova D. R. Bundle J. S. Klassen Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 4183 4186
11. W. J. Wang E. N. Kitova J. S. Klassen J. Am. Chem. Soc. 2003 125 13630 13631
12. W. J. Wang E. N. Kitova J. S. Klassen Anal. Chem. 2003 75 4945 4955
13. J. X. Pan K. Xu X. D. Yang W. Y. Choy L. Konermann Anal. Chem. 2009 81 5008 5015
14. G. K. Shoemaker E. N. Kitova M. M. Palcic J. S. Klassen J. Am. Chem. Soc. 2007 129 8674 8675
15. E. N. Kitova R. Daneshfar P. Marcato G. L. Mulvey G. Armstrong J. S. Klassen J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005 16 1957 1968
16. E. N. Kitova W. J. Wang D. R. Bundle J. S. Klassen J. Am. Chem. Soc. 2002 124 13980 13981
17. E. N. Kitova D. R. Bundle J. S. Klassen J. Am. Chem. Soc. 2002 124 9340 9341
18. E. N. Kitova P. I. Kitov E. PaszkiewiCz J. Kim G. L. Mulvey G. D. Armstrong D. R. Bundle J. S. Klassen Glycobiology 2007 17 1127 1137
19. I. Sinelnikov E. N. Kitova J. S. Klassen G. D. Armstrong J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007 18 688 692
20. W. J. Wang E. N. Kitova J. X. Sun J. S. Klassen J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005 16 1583 1594
21. R. Daneshfar J. S. Klassen J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004 15 55 64
22. N. Felitsyn E. N. Kitova J. S. Klassen J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002 13 1432 1442
23. N. Felitsyn E. N. Kitova J. S. Klassen Anal. Chem. 2001 73 4647 4661
24. R. C. Dunbar Mass Spectrom. Rev. 2004 23 127 158
25. F. Angelelli B. Chiavarino M. E. Crestoni S. Fornarini J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005 16 589 598
26. P. D. Schnier W. D. Price R. A. Jockusch E. R. Williams J. Am. Chem. Soc. 1996 118 7178 7189
27. R. A. Jockusch P. D. Schnier W. D. Price E. F. Strittmatter P. A. Demirev E. R. Williams Anal. Chem. 1997 69 1119 1126
28. P. D. Schnier W. D. Price E. F. Strittmatter E. R. Williams J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997 8 771 780
29. Y. Ge D. M. Horn F. W. McLafferty Int. J. Mass Spectrom. 2001 210 203 214
30. K. G. Asano D. E. Goeringer D. J. Butcher S. A. McLuckey Int. J. Mass Spectrom. 1999 190/191 281 293
31. D. J. Butcher K. G. Asano D. E. Goeringer S. A. McLuckey J. Phys. Chem. A 1999 103 8664 8671
32. K. G. Asano D. E. Goeringer S. A. McLuckey Int. J. Mass Spectrom. 1999 185-187 207 219
33. P. M. Mayer C. Poon Mass Spectrom. Rev. 2009 28 608 639
34. K. Asano, D. Goeringer and S. McLuckey, Proceeding of the 46th Conference for the American Society for Mass Spectrometry, 1998
35. D. E. Goeringer S. A. McLuckey J. Chem. Phys. 1996 104 2214 2221
36. K. J. Hart S. A. McLuckey J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994 5 250 259
37. D. E. Goeringer K. G. Asano S. A. McLuckey Int. J. Mass Spectrom. 1999 182/183 275 288
38. K. G. Asano D. J. Butcher D. E. Goeringer S. A. McLuckey J. Mass Spectrom. 1999 34 691 698
39. D. E. Goeringer S. A. McLuckey J. Chem. Phys. 1996 104 2214 2221
40. D. E. Goeringer D. C. Duckworth S. A. McLuckey J. Phys. Chem. A 2001 105 1882 1889
41. D. E. Goeringer S. A. McLuckey Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996 10 328 334
42. J. Laskin J. H. Futrell Mass Spectrom. Rev. 2003 22 158 181
43. J. Laskin J. H. Futrell Mass Spectrom. Rev. 2005 24 135 167
44. J. Laskin M. Byrd J. Futrell Int. J. Mass Spectrom. 2000 195/196 285 302
45. J. Laskin E. Denisov J. Futrell J. Am. Chem. Soc. 2000 122 9703 9714
46. J. Laskin E. Denisov J. Futrell Int. J. Mass Spectrom. 2002 219 189 201
47. V. J. Nesatyy J. Laskin Int. J. Mass Spectrom. 2003 221 245 262
48. J. Laskin J. Futrell J. Phys. Chem. A 2000 104 5484 5494
49. M. J. Bastian R. A. Dressler D. J. Levandier E. Murad F. Muntean P. B. Armentrout J. Chem. Phys. 1997 106 9570 9579
50. K. M. Ervin P. B. Armentrout J. Chem. Phys. 1985 83 166 189
51. F. Muntean P. B. Armentrout J. Chem. Phys. 2001 115 1213 1228
52. V. D. Knyazev S. E. Stein J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010 21 425 439
53. V. D. Knyazev S. E. Stein J. Phys. Chem. A 2010 114 6384 6393
54. T. Baer and W. L. Hase, Unimolecular Reaction Dynamics, Theory and Experiments, Oxford University Press, New York, 1996
55. T. Baer P. M. Mayer J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997 8 103 115
56. E. Martineau J. M. de Guzman L. Rodionova X. Kong P. M. Mayer A. M. Aman J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010 21 1506 1514
57. J. H. Moon J. Y. Oh M. S. Kim J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006 17 1749 1757
58. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03, Revision C.02, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2004
59. H. I. Kenttamaa R. G. Cooks Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1985 64 79 83
60. E. Martinez-Nunez A. Fernandez-Ramos S. A. Vazquez J. M. C. Marques M. Xue W. L. Hase J. Chem. Phys. 2005 123 154311
61. D. J. Douglas J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998 9 101 113
62. V. H. Wysocki H. I. Kenttamaa R. G. Cooks Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1987 75 181 208
63. T. Beyer D. R. Swinehart Commun. ACM 1973 16 379
64. A. M. Alhazmi P. M. Mayer J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009 20 60 66
65. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, K. M. Merz, D. A. Pearlman, M. Crowley, R. C. Walker, W. Zhang, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, K. F. Wong, F. Paesani, X. Wu, S. Brozell, V. Tsui, H. Gohlke, L. Yang, C. Tan, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, P. Beroza, D. H. Mathews, C. Schafmeister, W. S. Ross and P. A. Kollman, AMBER 9, University of California, San Francisco, CA, 2006
66. M. Filizola J. J. Centeno J. J. Perez J. Pept. Sci. 1997 3 85
67. V. Villani J. Mol. Struct. 1996 363 43
68. A. Jakalian D. B. Jack C. I. Bayly J. Comput. Chem. 2002 23 1623
69. A. Jakalian B. L. Bush D. B. Jack C. I. Bayly J. Comput. Chem. 2000 21 132