Molecular dynamics study and electronic structure evolution of a DNA duplex d(CCCGATCGGG)2

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 8, 2011, Pages 1760-1766

  Chattopadhyay, Basab ^a   Mukherjee, Monika ^a  

^a DEPARTMENT OF MATERIALS SCIENCE   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; DNA; ELECTRONIC PROPERTIES; ELECTRONIC STRUCTURE; NUCLEIC ACIDS;

AB INITIO; CONFORMATIONAL PARAMETERS; DFT CALCULATION; DNA DUPLEXES; DNA TRANSITIONS; DYNAMICAL BEHAVIORS; MD SIMULATION; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; SURROUNDING ENVIRONMENT; THERMAL FLUCTUATIONS;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 79951966463     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp109779v     Document Type: Article

References (53)

1. Ghosh, A.; Bansal, M. Acta Crystallogr., Sect. D 2003, 59, 620
2. Leslie, A. G; Arnott, S.; Chandrasekaran, R.; Ratliff, R. L. J. Mol. Biol. 1980, 143, 49
3. Record, M. T., Jr.; Mazur, S. J.; Melančon, P.; Roe, J. H.; Shaner, S. L.; Unger, L. Annu. Rev. Biochem. 1981, 50, 997
4. Ohyama, T., Ed. DNA Conformation and Transcription; Springer: New York, 2005.
5. Taniguchi, M.; Kawai, T. Phys. Rev. E 2004, 70, 011913
6. Gervasio, F. L.; Carloni, P.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2002, 89, 108102
7. Klotsa, D.; Romer, R. A.; Turner, M. S. J. Biophys. 2005, 89, 2187
8. Tuukkanen, S.; Kuzyk, A.; Toppari, J. J.; Hytonen, V. P.; Ihalainen, T.; Torma, P. Appl. Phys. Lett. 2005, 87, 183102
9. Heim, T.; Melin, T.; Deresmes, D.; Vuillaume, D. Appl. Phys. Lett. 2004, 85, 2637
10. Xu, M. S.; Tsukamoto, S.; Ishida, S.; Kitamura, M.; Arkawa, Y.; Endres, R. G.; Shimoda, M. Appl. Phys. Lett. 2005, 87, 083902
11. Wang, H.; Cheatham, T. E.; Gannett, P. M.; Lewis, J. P. Soft Matter 2009, 5, 685
12. Song, C.; Xia, Y.; Zhao, M.; Liu, X.; Li, J.; Li, L. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 5077
13. Tsukamoto, T.; Ishikawa, Y.; Vilkas, M. J.; Natsume, T.; Dedachi, K.; Kurita, N. Chem. Phys. Lett. 2006, 429, 563
14. Lewis, J. P.; Cheatham, T. E.; Starikov, E. B.; Wang, T. E.; Sankey, O. F. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 2581
15. ONeill, M. A.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11471
16. Valis, L.; Wang, Q.; Raytchev, M.; Buchvarov, I.; Wagenknecht, H. A.; Fiebig, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 10192
17. Cheatham, T. E.; Young, M. A. Bioplolymers 2001, 56, 232
18. Giudice, E.; Lavery, R. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 350
19. Tsukamoto, T.; Ishikawa, Y.; Dedachi, K.; Kurita, N. Chem. Phys. Lett. 2006, 418, 239
20. Wang, H.; Lewis, J. P. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 016401
21. Roche, S. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 108101
22. de Pablo, P. J.; Moreno-Herrero, F.; Colchero, J.; Gómez Herrero, J.; Herrero, P.; Baró, A. M.; Ordejón, P.; Soler, J. M.; Artacho, E. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 4992
23. Gervasio, F. L.; Laio, A.; Parrinello, M.; Boero, M. Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 158103
24. Cheatham, T. E.; Kollman, P. A. J. Mol. Biol. 1996, 259, 434
25. Smith, D. M. A.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9345
26. Voityuk, A. A.; Siriwong, K.; Rösch, N. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 5421
27. Troisi, A.; Orlandi, G. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 2093
28. Noy, A.; Perez, A.; Laughton, C. A.; Orozco, M. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 3330
29. Ramakrishnan, B.; Sekharudu, C.; Pan, B.; Sundaralingam, M. Acta Crystallogr. Sect D 2003, 59, 67
30. Wahl, M. C.; Sundaralingam, M. Biopolymers 1997, 44, 45
31. Nunn, C. M.; Neidle, S. J. Mol. Biol. 1996, 256, 340
32. Gao, Y. G.; Robinson, H.; van Boom, J. H.; Wang, A. H.-J. Biophys. J. 1995, 69, 559
33. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8; University of California: San Francisco, CA, 2004.
34. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668
35. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049
36. Cheatham, T. E.; Kollman, P. A. Structure 1997, 5, 1297
37. Aqvist, J. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8021
38. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
39. Izaguirre, J. A.; Catarello, D. P.; Wozniak, J. M.; Skeel, R. D. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2090
40. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089
41. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327
42. Perez, A.; Marchan, I.; Svozil, D.; Sponer, J.; Cheatham, T. E.; Laughton, C. A.; Orozco, M. Biophys. J. 2007, 92, 3817
43. Auffinger, P.; Cheatham, T. E.; Vaiana, A. C. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1851
44. Shao, J.; Tanner, S. W.; Thompson, N.; Cheatham, T. E. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2312
45. Beveridge, D. L.; McConnell, K. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 182
46. Cheatham, T. E.; Kollman, P. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 435
47. Lavery, R.; Moakher, M.; Maddocks, J. H.; Petkeviciute, D.; Zakrzewska, K. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 5917
48. Delley, B. Phys. Rev. B 2002, 66, 155125
49. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865
50. Perdew, J. P.; Zunger, A. Phys. Rev. B 1981, 23, 5048
51. Song, C.; Xia, Y.; Zhao, M.; Liu, X.; Li, F.; Ji, Y.; Huang, B.; Yin, Y. J. Mol. Model. 2006, 12, 249
52. Banavali, N. K.; Roux, B. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 6866
53. Boon., E. M.; Barton, J. K. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 320