Interaction of double-stranded DNA with a nanosphere: A coarse-grained molecular dynamics simulation study

Soft Matter

Volumn 7, Issue 2, 2011, Pages 506-514

  Cao, Qianqian ^a   Zuo, Chuncheng ^a   Ma, Yanhong ^a   Li, Lujuan ^a   Zhang, Zhou ^a  

^a JILIN UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COARSE GRAINED MODELS; COARSE-GRAINED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; DISCONTINUOUS TRANSITION; DNA CHAINS; DNA STRETCHING; DOUBLE STRANDED DNA; EXTERNAL FORCE; EXTERNAL STRETCHING; FORCE-EXTENSION RELATIONS; SALT CONCENTRATION; SPHERICAL SURFACE; STRETCHING FORCE; UNWRAPPING PROCESS;

BEHAVIORAL RESEARCH; CHARGED PARTICLES; MOLECULAR DYNAMICS; NANOSPHERES; SPHERES;

DNA;

EID: 78651375068     PISSN: 1744683X     EISSN: 17446848     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0sm00512f     Document Type: Article

References (43)

1. K. van Holde J. Zlatanova Semin. Cell Dev. Biol. 2007 18 651
2. K. K. Kunze R. R. Netz Phys. Rev. Lett. 2000 85 4389
3. L. Zhang Y. X. Zhu Soft Matter 2009 5 4290
4. C. A. Davey D. F. Sargent K. Luger A. W. Maeder T. J. Richmond J. Mol. Biol. 2002 319 1097
5. A. U. Bielinska J. F. Kukowska-Latallo J. R. Baker BBA 1997 1353 180
6. A. A. Zinchenko T. Sakaue S. Araki K. Yoshikawa D. Baigl J. Phys. Chem. B 2007 111 3019
7. A. G. Cherstvy R. G. Winkler J. Phys. Chem. B 2005 109 2962
8. P. Sherwood B. R. Brooks M. S. P. Sansom Curr. Opin. Struct. Biol. 2008 18 630
9. G. A. Voth, Coarse-graining of condensed phase and biomolecular systems, CRC Press, Boca Raton, 2009
10. L. Ehrlich C. Munkel G. Chirico J. Langowski CABIOS 1997 13 271
11. D. A. Beard T. Schlick Biopolymers 2001 58 106
12. T. Sakaue K. Yoshikawa S. H. Yoshimura K. Takeyasu Phys. Rev. Lett. 2001 87 078105
13. S. P. Mielke N. Gronbech-Jensen V. V. Krishnan W. H. Fink C. J. Benham J. Chem. Phys. 2005 123 124911
14. G. Arya Q. Zhang T. Schlick Biophys. J. 2006 91 133
15. K. Voltz J. Trylska V. Tozzini V. Kurkal-Siebert J. Langowski J. Smith J. Comput. Chem. 2008 29 1429
16. A. Savelyev G. A. Papoian Biophys. J. 2009 96 4044
17. S. Izvekov G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2005 109 2469
18. G. S. Ayton W. G. Noid G. A. Voth MRS Bull. 2007 32 929
19. J. Z. Ruscio A. Onufriev Biophys. J. 2006 91 4121
20. C. K. Materese A. Savelyev G. A. Papoian J. Am. Chem. Soc. 2009 131 15005
21. A. Savelyev G. A. Papoian J. Phys. Chem. B 2008 112 9135
22. G. Chirico J. Langowski Biophys. J. 1996 71 955
23. R. G. Larson H. Hu D. E. Smith S. Chu J. Rheol. 1999 43 267
24. M. D. Frank-Kamenetskii Phys. Rep. 1997 288 13
25. T. Wocjan K. Klenin J. Langowski J. Phys. Chem. B 2009 113 2639
26. D. E. Streng S. F. Lim J. H. Pan A. Karpusenka R. Riehn Lab Chip 2009 9 2772
27. S. H. Leuba M. A. Karymov M. Tomschik R. Ramjit P. Smith J. Zlatanova Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 495
28. M. L. Bennink S. H. Leuba G. H. Leno J. Zlatanova B. G. de Grooth J. Greve Nat. Struct. Biol. 2001 8 606
29. L. H. Pope M. L. Bennink K. A. van Leijenhorst-Groener D. Nikova J. Greve J. F. Marko Biophys. J. 2005 88 3572
30. B. D. Brower-Toland C. L. Smith R. C. Yeh J. T. Lis C. L. Peterson M. D. Wang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 1960
31. T. Sakaue H. Löwen Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2004 70 021801
32. B. J. Kirby, Micro- and Nanoscale Fluid Mechanics: Transport in Microfluidic Devices, Cambridge University Press, New York, 2010
33. A. Savelyev G. A. Papoian J. Am. Chem. Soc. 2007 129 6060
34. G. S. Grest K. Kremer Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1986 33 3628
35. I. Buch M. J. Harvey T. Giorgino D. P. Anderson G. De Fabritiis J. Chem. Inf. Model. 2010 50 397
36. V. A. Bloomfield Biopolymers 1991 31 1471
37. S. Q. He P. G. Arscott V. A. Bloomfield Biopolymers 2000 53 329
38. E. M. Mateescu C. Jeppesen P. Pincus Europhys. Lett. 1999 46 493
39. S. Y. Park R. F. Bruinsma W. M. Gelbart Europhys. Lett. 1999 46 454
40. E. Gurovitch P. Sens Phys. Rev. Lett. 1999 82 339
41. P. Chodanowski S. Stoll Macromolecules 2001 34 2320
42. T. D. Yager C. T. McMurray K. van Holde Biochemistry 1989 28 2271
43. I. M. Kulić H. Schiessel Phys. Rev. Lett. 2004 92 228101