Assessment of density functionals with long-range and/or empirical dispersion corrections for conformational energy calculations of peptides

Journal of Computational Chemistry

Volumn 31, Issue 16, 2010, Pages 2915-2923

  Kang, Young Kee ^a   Byun, Byung Jin ^a  

^a Chungbuk National University   (South Korea)

Author keywords

Alanine dipeptide; Conformational preferences; Density functionals; Long range dispersion corrections; Proline dipeptide; Solvation

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CONFORMATIONS; DISPERSIONS; GASES; SOLVATION;

ALANINE DIPEPTIDES; CONFORMATIONAL PREFERENCES; DENSITY FUNCTIONALS; DI-PEPTIDES; LONG-RANGE/DISPERSION CORRECTIONS;

PEPTIDES;

OLIGOPEPTIDE; WATER;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; GAS; PROTEIN CONFORMATION; ROTATION; SOLUTION AND SOLUBILITY; THERMODYNAMICS; VIBRATION;

GASES; MODELS, CHEMICAL; OLIGOPEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION; ROTATION; SOLUTIONS; THERMODYNAMICS; VIBRATION; WATER;

EID: 78651226527     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.21587     Document Type: Article

References (56)

1. Perdew, J. P.; Zunger, A. Phys Rev B 1981, 23, 5048.
2. Almbladh, C.-O.; von Barth, U. Phys Rev B 1985, 31, 3231.
3. Sala, F. D.; Görling, A. Phys Rev Lett 2002, 89, 033003.
4. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J Chem Theory Comput 2007, 3, 289.
5. Grimme, S. J Chem Phys 2003, 118, 9095.
6. Jurečka, P.; Šponer, J.; Černý, J.; Hobza, P. Phys Chem Chem Phys 2006, 8, 1985.
7. van Mourik, T. J Phys Chem A 2008, 112, 11017.
8. Schwabe, T.; Grimme, S. J Phys Chem A 2009, 113, 3005.
9. Shields, A. E.; van Mourik, T. J Phys Chem A 2007, 111, 13272.
10. Holroyd, L. F.; van Mourik, T. Chem Phys Lett 2007, 442, 42.
11. Vydrov, O. A.; Scuseria, G. E. J Chem Phys 2006, 125, 234109.
12. Grimme, S. J Comput Chem 2006, 27, 1787.
13. Chai, J.-D.; Head-Gordon, M. Phys Chem Chem Phys 2008, 10, 6615.
14. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Theor Chem Acc 2008, 120, 215.
15. Schwabe, T.; Grimme, S. Phys Chem Chem Phys 2007, 9, 3397.
16. Elstner, M.; Hobza, P.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Kaxiras, E. J Chem Phys 2001, 114, 5149.
17. Wu, X.; Vargas, M. C.; Nayak, S.; Lotrich, V.; Scoles, G. J Chem Phys 2001, 115, 8748.
18. Wu, Q.; Yang, W. J Chem Phys 2002, 116, 515.
19. Zimmerli, U.; Parrinello, M.; Koumoutsakos, P. J Chem Phys 2004, 120, 2693.
20. Grimme, S. J Comput Chem 2004, 25, 1463.
21. Korth, M.; Grimme, S. J Chem Theory Comput 2009, 5, 993.
22. Feyereisen, M.; Fitzgerald, G.; Komornicki, A. Chem Phys Lett 1993, 208, 359.
23. Řeha, D.; Valdés, H.; Vondrášek, J.; Hobza, P.; Abu-Riziq, A.; Crews, B.; de Vries, M. S. Chem-Eur J 2005, 11, 6803.
24. Valdes, H.; Spiwok, V.; Rezac, J.; Reha, D.; Abo-Riziq, A. G.; de Vries, M. S.; Hobza, P. Chem-Eur J 2008, 14, 4886.
25. Valdes, H.; Pluhackova, K.; Hobza, P. J Chem Theory Comput 2009, 5, 2248.
26. van Mourik, T. J Chem Theory Comput 2008, 4, 1610.
27. Toroz, D.; van Mourik, T. Phys Chem Chem Phys 2010, 12, 3463.
28. Marenich, A. V.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J Phys Chem B 2009, 113, 6378.
29. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, O.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, Revision A. 02; Gaussian: Wallingford, Connecticut, 2009.
30. Zimmerman, S. S.; Pottle, M. S.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1977, 10, 1.
31. Kang, Y. K. J Phys Chem B 2006, 110, 21338.
32. Vargas, R.; Garza, J.; Hay, B. P.; Dixon, D. A. J Phys Chem A 2002, 106, 3213.
33. Jurečka, P.; Hobza, P. Chem Phys Lett 2002, 365, 89.
34. Marenich, A. V.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J Phys Chem B 2009, 113, 4538.
35. Wolfenden, R. Biochemstry 1978, 17, 201.
36. Wolfenden, R.; Andersson, L.; Cullis, P. M.; Southgate, C. C. B. Biochemistry 1981, 20, 849.
37. Hawkins, G. D.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J Phys Chem B 1997, 101, 7147.
38. Kang, Y. K.;Némethy, G.; Scheraga, H. A. J Phys Chem 1987, 91, 4118.
39. Cancès, E.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J Chem Phys 1997, 107, 3032.
40. Mennucci, B.; Cancès, E.; Tomasi, J. J Phys Chem B 1997, 101, 10506.
41. Barone, V.; Cossi, M. J Phys Chem A 1998, 102, 1995.
42. Cossi, M.; Rega, N.; Scalmani, G.; Barone, V. J Comput Chem 2003, 24, 669.
43. Barone, V.; Cossi, M.; Tomasi, J. J Chem Phys 1997, 107, 3210.
44. Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Barone, V. J Chem Phys 2002, 117, 43.
45. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision D. 01 Gaussian: Wallingford, Connecticut, 2004.
46. Takano, Y.; Houk, K. N. J Chem Theory Comput 2005, 1, 70.
47. Lee, J. Y.; Byun, B. J.; Kang, Y. K. J Phys Chem B 2008, 112, 11189.
48. Kang, Y. K. J Mol Struct (THEOCHEM) 2001, 546, 183.
49. Hehre, W. J.; Radom, L.; Schleyer, P. v. R.; Pople, J. A. Ab InitioMolecular Orbital Theory, Chapter 6; John Wiley & Sons: New York, 1986.
50. Frisch, A.; Frisch, M. J.; Clemente, F. R.; Trucks, G. W. Gaussian 09 User's Reference, version 8.0; Gaussian: Wallingford, Connecticut, 2009.
51. Kaminský, J.; Jensen, F. J Chem Theory Comput 2007, 3, 1774.
52. Mackerell, A. D., Jr.; Feig, M.; Brooks, C. L., III. J Comput Chem 2004, 25, 1400.
53. Fujitani, H.; Matsuura, A.; Sakai, S.; Sato, H.; Tanida, Y. J Chem Theory Comput 2009, 5, 1155.
54. Madison, V.; Kopple, K. D. J Am Chem Soc 1980, 102, 4855.
55. Delaney, N. G.; Madison, V. J Am Chem Soc 1982, 104, 6635.
56. Beausoleil, E.; Lubell, W. D. J Am Chem Soc 1996, 118, 12902.