Fast molecular beacon hybridization in organic solvents with improved target specificity

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 47, 2010, Pages 15694-15699

  Dave, Neeshma ^a   Liu, Juewen ^a  

^a UNIVERSITY OF WATERLOO   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACETONITRILE; AMIDES; DIMETHYL SULFOXIDE; DIMETHYLFORMAMIDE; DNA; ETHANOL; ETHYLENE; ETHYLENE GLYCOL; GLYCEROL; METHANOL;

AQUEOUS BUFFER; BIONANOTECHNOLOGY; DNA DETECTION; DNA HAIRPIN; DNA HYBRIDIZATION; DNA MELTING; FLUORESCENCE SIGNALS; FORMAMIDES; ISO-PROPANOLS; MOLECULAR BEACON; RATE ENHANCEMENT; SINGLE-BASE MISMATCH; SOLVENT CONCENTRATION;

ORGANIC SOLVENTS;

EID: 78649522220     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp106754k     Document Type: Article

References (54)

1. Wetmur, J. G. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1991, 26, 227
2. Chan, V.; Graves, D. J.; McKenzie, S. E. Biophys. J. 1995, 69, 2243
3. Steel, A. B.; Levicky, R. L.; Herne, T. M.; Tarlov, M. J. Biophys. J. 2000, 79, 975
4. Peterson, A. W.; Heaton, R. J.; Georgiadis, R. M. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 5163
5. Tawa, K.; Yao, D. F.; Knoll, W. Biosens. Bioelectron. 2005, 21, 322
6. Gao, Y.; Wolf, L. K.; Georgiadis, R. M. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 3370
7. Spring, B. Q.; Clegg, R. M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 10040
8. Seeman, N. C. Nature 2003, 421, 427
9. Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L.; Mucic, R. C.; Storhoff, J. J. Nature 1996, 382, 607
10. Alivisatos, A. P.; Johnsson, K. P.; Peng, X.; Wilson, T. E.; Loweth, C. J.; Bruchez, M. P., Jr.; Schultz, P. G. Nature 1996, 382, 609
11. Lin, C.; Liu, Y.; Yan, H. Biochemistry 2009, 48, 1663
12. Sharma, J.; Chhabra, R.; Cheng, A.; Brownell, J.; Liu, Y.; Yan, H. Science 2009, 323, 112
13. Willner, I.; Shlyahovsky, B.; Zayats, M.; Willner, B. Chem. Soc. Rev. 2008, 37, 1153
14. Liu, J.; Cao, Z.; Lu, Y. Chem. Rev. 2009, 109, 1948
15. Wang, K. M.; Tang, Z. W.; Yang, C. Y. J.; Kim, Y. M.; Fang, X. H.; Li, W.; Wu, Y. R.; Medley, C. D.; Cao, Z. H.; Li, J.; Colon, P.; Lin, H.; Tan, W. H. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 856
16. Navani, N. K.; Li, Y. Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 272
17. Stoughton, R. B. Annu. Rev. Biochem. 2005, 74, 53
18. Wong, M. L.; Medrano, J. F. BioTechniques 2005, 39, 75
19. Tyagi, S.; Kramer, F. R. Nat. Biotechnol. 1996, 14, 303
20. Rosi, N. L.; Mirkin, C. A. Chem. Rev. 2005, 105, 1547
21. Herskovits, T.; Singer, S. J. Arch. Biochem. Biophys. 1961, 94, 99
22. Gupta, M. N. Eur. J. Biochem. 1992, 203, 25
23. Carrea, G.; Riva, S. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 2226
24. Matsui, J.; Takayose, M.; Akamatsu, K.; Nawafune, H.; Tamaki, K.; Sugimoto, N. Analyst 2009, 134, 80
25. Rozenman, M. M.; Kanan, M. W.; Liu, D. R. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 14933
26. Angelatos, A. S.; Johnston, A. P. R.; Wang, Y. J.; Caruso, F. Langmuir 2007, 23, 4554
27. Smith, B. D.; Liu, J. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 6300
28. Tyagi, S.; Bratu, D. P.; Kramer, F. R. Nat. Biotechnol. 1998, 16, 49
29. Fang, X.; Liu, X.; Schuster, S.; Tan, W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2921
30. Yang, C. Y. J.; Pinto, M.; Schanze, K.; Tan, W. H. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 2572
31. Conlon, P.; Yang, C. Y. J.; Wu, Y. R.; Chen, Y.; Martinez, K.; Kim, Y. M.; Stevens, N.; Marti, A. A.; Jockusch, S.; Turro, N. J.; Tan, W. H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 336
32. Dubertret, B.; Calame, M.; Libchaber, A. J. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 365
33. Yang, C. Y. J.; Lin, H.; Tan, W. H. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12772
34. Wang, Y. X.; Li, J. S.; Jin, J. Y.; Wang, H.; Tang, H. X.; Yang, R. H.; Wang, K. M. Anal. Chem. 2009, 81, 9703
35. Wang, L.; Yang, C. Y. J.; Medley, C. D.; Benner, S. A.; Tan, W. H. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 15664
36. Tsourkas, A.; Behlke, M. A.; Bao, G. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 5168
37. Shah, R.; El-Deiry, W. S. Cancer Biol. Ther. 2004, 3, 871
38. Wetmur, J. G. Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1976, 5, 337
39. Chen, C. L.; Wang, W. J.; Wang, Z.; Wei, F.; Zhao, X. S. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 2875
40. Chu, Y. G.; Tinoco, I. Biopolymers 1983, 22, 1235
41. Kushon, S. A.; Jordan, J. P.; Seifert, J. L.; Nielsen, H.; Nielsen, P. E.; Armitage, B. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10805
42. Chien, F. C.; Liu, J. S.; Su, H. J.; Kao, L. A.; Chiou, C. F.; Chen, W. Y.; Chen, S. J. Chem. Phys. Lett. 2004, 397, 429
43. Porschke, D.; Uhlenbec, Oc.; Martin, F. H. Biopolymers 1973, 12, 1313
44. Porschke, D.; Eigen, M. J. Mol. Biol. 1971, 62, 361
45. Bonner, J.; Kung, G.; Bekhor, I. Biochemistry 1967, 6, 3650
46. McConaug, Bl.; Laird, C. D.; McCarthy, B. J. Biochemistry 1969, 8, 3289
47. Weiss, S. B.; Hsu, W. T.; Foft, J. W.; Scherber, Nh. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1968, 61, 114
48. Kohne, D. E.; Levison, S. A.; Byers, M. J. Biochemistry 1977, 16, 5329
49. Goldar, A.; Sikorav, J. L. Eur. Phys. J. E 2004, 14, 211
50. Sikorav, J. L.; Orland, H.; Braslau, A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 3715
51. SantaLucia, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 1460
52. Piskur, J.; Rupprecht, A. FEBS Lett. 1995, 375, 174
53. Klump, H.; Burkart, W. Biochim. Biophys. Acta 1977, 475, 601
54. Hickey, D. R.; Turner, D. H. Biochemistry 1985, 24, 2086