Two-dimensional statistical recoupling for the identification of perturbed metabolic networks from NMR spectroscopy

Journal of Proteome Research

Volumn 9, Issue 9, 2010, Pages 4513-4520

  Blaise, Benjamin J ^a   Navratil, Vincent ^a   Domange, Céline ^a   Shintu, Laetitia ^a,b   Dumas, Marc Emmanuel ^a,c   Elena Herrmann, Bénédicte ^a   Emsley, Lyndon ^a   Toulhoat, Pierre ^a  

^a UNIVERSITÉ DE LYON   (France)

^b AIX MARSEILLE UNIVERSITÉ   (France)

^c IMPERIAL COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

Author keywords

metabolic profiling; network; NMR; STOCSY

Indexed keywords

BIOLOGICAL MARKER;

ARTICLE; CAENORHABDITIS ELEGANS; CELL RESPIRATION; METABOLITE; METABOLOMICS; NONHUMAN; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PRIORITY JOURNAL; STATISTICAL TOTAL CORRELATION SPECTROSCOPY;

ANIMALS; CAENORHABDITIS ELEGANS; CLUSTER ANALYSIS; COMPUTATIONAL BIOLOGY; DATABASES, FACTUAL; METABOLIC NETWORKS AND PATHWAYS; METABOLOMICS; MULTIVARIATE ANALYSIS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SYSTEMS BIOLOGY;

EID: 77956334971     PISSN: 15353893     EISSN: 15353907     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr1002615     Document Type: Article

References (40)

1. Nicholson, J. K.; Wilson, I. D. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1989, 21, 449-501
2. Nicholson, J. K.; Lindon, J. C.; Holmes, E. Xenobiotica 1999, 29, 1181-1189
3. Cheng, L. L.; Ma, M. J.; Becerra, L.; Ptak, T.; Tracey, I.; Lackner, A.; Gonzalez, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 6408-6413
4. Atherton, H. J.; Jones, O. A. H.; Malik, S.; Miska, E. A.; Griffin, J. L. FEBS Lett. 2008, 582, 1661-1666
5. Blaise, B. J.; Giacomotto, J.; Elena, B.; Dumas, M. E.; Toullhoat, P.; Segalat, L.; Emsley, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 19808-19812
6. Blaise, B. J.; Giacomotto, J.; Triba, M. N.; Toulhoat, P.; Piotto, M.; Emsley, L.; Ségalat, L.; Dumas, M.-E.; Elena, B. J. Proteome Res. 2009, 8, 2542-2550
7. Duarte, N. C.; Becker, S. A.; Jamshidi, N.; Thiele, I.; Mo, M. L.; Vo, T. D.; Srivas, R.; Palsson, B. O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 1777-1782
8. Sasic, S.; Muszynski, A.; Ozaki, Y. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6380-6387
9. Zhang, F. L.; Bruschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13180-13181
10. Cloarec, O.; Dumas, M. E.; Craig, A.; Barton, R. H.; Trygg, J.; Hudson, J.; Blancher, C.; Gauguier, D.; Lindon, J. C.; Holmes, E.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2005, 77, 1282-1289
11. Holmes, E.; Cloarec, O.; Nicholson, J. K. J. Proteome Res. 2006, 5, 1313-1320
12. Maher, A. D.; Crockford, D.; Toft, H.; Malmodin, D.; Faber, J. H.; McCarthy, M. I.; Barrett, A.; Allen, M.; Walker, M.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2008, 80, 7354-7362
13. Holmes, E.; Loo, R. L.; Cloarec, O.; Coen, M.; Tang, H. R.; Maibaum, E.; Bruce, S.; Chan, Q.; Elliott, P.; Stamler, J.; Wilson, I. D.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2007, 79, 2629-2640
14. Kang, J.; Choi, M.; Kang, S.; Kwon, H.; Wen, H.; Lee, C. H.; Park, M.; Wiklund, S.; Kim, H. J.; Kwon, S. W.; Park, S. J. Agric. Food Chem. 2008, 56, 11589-11595
15. Johnson, C. H.; Athersuch, T. J.; Wilson, I. D.; Iddon, L.; Meng, X. L.; Stachulski, A. V.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2008, 80, 4886-4895
16. Smith, L. M.; Maher, A. D.; Cloarec, O.; Rantalainen, M.; Tang, H. R.; Elliott, P.; Stamler, J.; Lindon, J. C.; Holmes, E.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2007, 79, 5682-5689
17. Cloarec, O.; Campbell, A.; Tseng, L. H.; Braumann, U.; Spraul, M.; Scarfe, G.; Weaver, R.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2007, 79, 3304-3311
18. Crockford, D. J.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Plumb, R. S.; Zirah, S.; Bruce, S. J.; Rainville, P.; Stumpf, C. L.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2006, 78, 363-371
19. Wang, Y.; Cloarec, O.; Tang, H. R.; Lindon, J. C.; Noimes, E.; Kochhar, S.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2008, 80, 1058-1066
20. Keun, H. C.; Athersuch, T. J.; Beckonert, O.; Wang, Y.; Saric, J.; Shockcor, J. P.; Lindon, J. C.; Wilson, I. D.; Holmes, E.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2008, 80, 1073-1079
21. Alves, A. C.; Rantalainen, M.; Holmes, E.; Nicholson, J. K.; Ebbels, T. M. D. Anal. Chem. 2009, 81, 2075-2084
22. Robinette, S. L.; Veselkov, K. A.; Bohus, E.; Coen, M.; Keun, H. C.; Ebbels, T. M.; Beckonert, O.; Holmes, E. C.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2009, 81, 6581-6589
23. Blaise, B. J.; Shintu, L.; Elena, B.; Emsley, L.; Dumas, M. E.; Toulhoat, P. Anal. Chem. 2009, 81, 6242-6251
24. Weckwerth, W.; Loureiro, M. E.; Wenzel, K.; Fiehn, O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 7809-7814
25. Zhang, S. C.; Gowda, G. A. N.; Asiago, V.; Shanaiah, N.; Barbas, C.; Raftery, D. Anal. Biochem. 2008, 383, 76-84
26. Abdi, H. In Encyclopedia of Measurement and Statistics; Salkind, N. J., Ed.: Sage: Thousand Oaks, CA, 2007.
27. Ghosh, S.; Dennis, W. H.; Petty, N. M.; Melchert, R. B.; Luo, B.; Grant, D. F.; Dey, D. K. J. Chemom. 2006, 20, 87-98
28. Karakach, T. K.; Knight, R.; Lenz, E. M.; Viant, M. R.; Walter, J. A. Magn. Reson. Chem. 2009, 47, S105-S117
29. MacIntyre, D. A.; Jimenez, B.; Lewintre, E. J.; Martin, C. R.; Schafer, H.; Ballesteros, C. G.; Mayans, J. R.; Spraul, M.; Garcia-Conde, J.; Pineda-Lucena, A. Leukemia 2010, 24, 788-797
30. Ogata, H.; Goto, S.; Sato, K.; Fujibuchi, W.; Bono, H.; Kanehisa, M. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 29-34
31. Gerlee, P.; Lizana, L.; Sneppen, K. Bioinformatics 2009, 25, 3282-3288
32. Sands, C. J.; Coen, M.; Maher, A. D.; Ebbels, T. M. D.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2009, 81, 6458-6466
33. Navarro, A.; Boveris, A. Am. J. Physiol.: Cell Physiol. 2007, 292, C670-C686
34. Grad, L. I.; Sayles, L. C.; Lemire, B. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 18367-18372
35. Brownlee, M. Nature 2001, 414, 813-820
36. Hyun, D. H.; Hernandez, J. O.; Mattson, M. P.; de Cabo, R. Ageing Res. Rev. 2006, 5, 209-220
37. Dillon, E. L.; Knabe, D. A.; Wu, G. Y. Am. J. Physiol.: Gastrointest. Liver Physiol. 1999, 276, G1079-G1086
38. Moncada, S.; Higgs, A. N. Engl. J. Med. 1993, 329, 2002-2012
39. Jeong, H.; Tombor, B.; Albert, R.; Oltvai, Z. N.; Barabasi, A. L. Nature 2000, 407, 651-654
40. Arita, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 1543-1547