Formation and structure of the potassium complex of valinomycin in solution studied by Raman optical activity spectroscopy

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 12, Issue 36, 2010, Pages 11021-11032

  Yamamoto, Shigeki ^a,b   Straka, Michal ^a   Watarai, Hitoshi ^b   Bouř, Petr ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

^b OSAKA UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ORGANOMETALLIC COMPOUND; POTASSIUM; VALINOMYCIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; CONFORMATION; MOLECULAR DYNAMICS; RAMAN SPECTROMETRY; SOLUTION AND SOLUBILITY; VIBRATION;

MOLECULAR CONFORMATION; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; ORGANOMETALLIC COMPOUNDS; POTASSIUM; SOLUTIONS; SPECTRUM ANALYSIS, RAMAN; VALINOMYCIN; VIBRATION;

EID: 77956313439     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c003277h     Document Type: Article

References (96)

1. R. B. Gennis, Biomembranes: Molecular Structure and Function, Springer-Verlag, New York, 1989
2. L. Stryer, Biochemistry, New York, 1995
3. F. Wang, C. Zhao, P. L. Polavarapu Biopolymers, 2004, 75, 85-93
4. L. Beven, H. Wroblewski Res. Microbiol., 1997, 148, 163-175
5. J. A. Hamilton, M. N. Sabesan, L. K. Steinrauf J. Am. Chem. Soc., 1981, 103, 5880-5885
6. V. F. Bystrov, Y. D. Gavrilov, V. T. Ivanov, Y. A. Ovchinnikov Eur. J. Biochem., 1977, 78, 63-82
7. M. M. Shemyakin, Y. A. Ovchinnikov, V. T. Ivanov, V. K. Antonov, E. I. Vinogradova, A. M. Shkrob, G. G. Malenkov, A. V. Evstratov, I. A. Laine, E. I. Melnik, I. D. Ryabova J. Membr. Biol., 1969, 1, 402-430
8. D. H. Haynes, A. Kowalsky, B. C. Pressman J. Biol. Chem., 1969, 244, 502-505
9. E. Grell, T. Funck, H. Sauter Eur. J. Biochem., 1973, 34, 415-424
10. D. F. Mayers, D. W. Urry J. Am. Chem. Soc., 1972, 94, 77-81
11. I. L. Karle J. Am. Chem. Soc., 1975, 97, 4379-4386
12. I. L. Karle, J. L. F. Anderson J. Am. Chem. Soc., 1988, 110, 3253-3257
13. K. Neupert-Laves, M. Dobler Helv. Chim. Acta, 1975, 58, 432-442
14. M. Budĕšínský, P. Danĕček, L. Bednárová, J. Kapitán, V. Baumruk, P. Bouř J. Phys. Chem. A, 2008, 112, 8633-8640
15. I. M. Asher, K. J. Rothschild, H. E. Stanley J. Mol. Biol., 1974, 89, 205-222
16. W. K. Liddle, T. W. Willis, A. T. Tu, M. B. Sankaram, S. Devarajan, K. R. K. Easwaran Chem. Phys. Lipids, 1985, 36, 303-308
17. I. M. Asher, K. J. Rothschild, E. Anastassakis, H. E. Stanley J. Am. Chem. Soc., 1977, 99, 2024-2032
18. K. J. Rothschild, I. M. Asher, H. E. Stanley, E. Anastassakis J. Am. Chem. Soc., 1977, 99, 2032-2039
19. C. A. Hasselbacher, T. G. Dewey Photosynth. Res., 1986, 8, 79-86
20. L. D. Barron, Molecular Light Scattering and Optical Activity, Cambridge University Press, Cambridge, 2004
21. L. D. Barron, M. P. Bogaard, A. D. Buckingham J. Am. Chem. Soc., 1973, 95, 603-605
22. T. A. Keiderling, in Infrared and Raman Spectroscopy of Biological Materials, ed. B. Yan and H. U. Gremlich, M. Dekker, New York, 1999
23. W. C. Johnson Proteins: Struct., Funct., Genet., 1990, 7, 205-214
24. P. Bouř, T. A. Keiderling J. Am. Chem. Soc., 1993, 115, 9602-9607
25. P. Mukhopadhyay, G. Zuber, D. N. Beratan Biophys. J., 2008, 95, 5574-5586
26. R. A. G. D. Silva, J. Kubelka, S. M. Decatur, P. Bouř, T. A. Keiderling Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2000, 97, 8318-8323
27. J. Kapitán, V. Baumruk, V. Kopecký, Jr., P. Bouř J. Phys. Chem. A, 2006, 110, 4689-4696
28. J. Kapitán, V. Baumruk, V. Kopecký, Jr., R. Pohl, P. Bouř J. Am. Chem. Soc., 2006, 128, 13451-13462
29. J. Haesler, I. Schindelholz, E. Riguet, C. G. Bochet, W. Hug Nature, 2007, 446, 526-529
30. J. Kaminský, J. Kapitán, V. Baumruk, L. Bednárová, P. Bouř J. Phys. Chem. A, 2009, 113, 3594-3601
31. T. Helgaker, K. Ruud, K. L. Bak, P. Joergensen, J. Olsen Faraday Discuss., 1994, 99, 165-180
32. K. Ruud, T. Helgaker, P. Bouř J. Phys. Chem. A, 2002, 106, 7448-7455
33. J. R. Cheeseman, Calculation of Molecular Chiroptical Properties Using Density Functional Theory, CD 2007, Groningen, 2007
34. V. Liegeois, K. Ruud, B. Champagne J. Chem. Phys., 2007, 127, 204105.
35. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. Montgomery, J. A., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski, and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009
36. C. Angeli, K. L. Bak, V. Bakken, O. Christiansen, R. Cimiraglia, S. Coriani, P. Dahle, E. K. Dalskov, T. Enevoldsen, B. Fernandez, C. Haettig, K. Hald, A. Halkier, H. Heiberg, T. Helgaker, H. Hettema, H. J. A. Jensen, D. Jonsson, P. Joergensen, S. Kirpekar, W. Klopper, R. Kobayashi, H. Koch, O. B. Lutnaes, K. V. Mikkelsen, P. Norman, J. Olsen, M. J. Packer, T. B. Pedersen, Z. Rinkevicius, E. Rudberg, T. A. Ruden, K. Ruud, P. Salek, A. Sanchez de Meras, T. Saue, S. P. A. Sauer, B. Schimmelpfennig, K. O. Sylvester-Hvid, P. R. Taylor, O. Vahtras, D. J. Wilson, and H. Agren, University of Oslo, Oslo, Release 2.0 edn, 2005-2009
37. M. Reiher, V. Liegeois, K. Ruud J. Phys. Chem. A, 2005, 109, 7567-7574
38. J. Šebek, J. Kapitán, J. Šebestík, V. Baumruk, P. Bouř J. Phys. Chem. A, 2009, 113, 7760-7768
39. C. Herrmann, K. Ruud, M. Reiher ChemPhysChem, 2006, 7, 2189-2196
40. P. Bouř, J. Sopková, L. Bednárová, P. Maloň, T. A. Keiderling J. Comput. Chem., 1997, 18, 646-659
41. P. Bouř, T. A. Keiderling J. Phys. Chem. B, 2005, 109, 23687-23697
42. J. Kubelka, P. Bouř, and T. A. Keiderling, in Advances in Biomedical Spectroscopy, Biological and Biomedical Infrared Spectroscopy, ed. A. Barth and P. I. Haris, IOS Press, Amsterdam, 2009, vol. 2, pp. 178-223
43. J. Kubelka, T. A. Keiderling J. Am. Chem. Soc., 2001, 123, 12048-12058
44. V. Andrushchenko, H. Wieser, P. Bouř J. Phys. Chem. B, 2002, 106, 12623-12634
45. J. Kapitán, V. Baumruk, V. Kopecký, Jr., P. Bouř J. Am. Chem. Soc., 2006, 128, 2438-2443
46. P. Bouř J. Comput. Chem., 2001, 22, 426-435
47. P. Bouř, T. A. Keiderling J. Chem. Phys., 2002, 117, 4126-4132
48. P. Bouř Collect. Czech. Chem. Commun., 2005, 70, 1315-1340
49. V. Andrushchenko, P. Bouř J. Phys. Chem. A, 2007, 111, 9714-9723
50. P. Bouř, J. Kim, J. Kapitán, R. P. Hamer, R. Juany, L. Wu, T. A. Keiderling Chirality, 2008, 20, 1104-1119
51. A. Klamt, in The Encyclopedia of Computational Chemistry, ed. P. R. Schleyer, N. L. Allinger, T. Clark, J. Gasteiger, P. A. Kollman, H. F. Schaefer III and P. R. Schreiner, John Wiley & Sons, Chichester, 1998, vol. 1, pp. 604-615
52. K. J. Jalkanen, R. M. Nieminen, M. Knapp-Mohammady, S. Suhai Int. J. Quantum Chem., 2003, 92, 239-259
53. K. J. Jalkanen, R. M. Nieminen, K. Frimand, J. Bohr, H. Bohr, R. C. Wade, E. Tajkhorshid, S. Suhai Chem. Phys., 2001, 265, 125-151
54. P. Bouř, D. Michalík, J. Kapitán J. Chem. Phys., 2005, 122, 144501.
55. P. Bouř J. Chem. Phys., 2004, 121, 7545-7548
56. S. Abdali, K. J. Jalkanen, H. Bohr, S. Suhai, R. M. Nieminen Chem. Phys., 2002, 282, 219-235
57. E. Tajkhorshid, K. J. Jalkanen, S. Suhai J. Phys. Chem. B, 1998, 102, 5899-5913
58. E. Deplazes, W. vanBronswijk, F. Zhu, L. D. Barron, S. Ma, L. A. Nafie, K. J. Jalkanen Theor. Chem. Acc., 2008, 119, 155-176
59. W. Hug, G. Hangartner J. Raman Spectrosc., 1999, 30, 841-852
60. W. Hug Appl. Spectrosc., 2003, 57, 1-13
61. P. Bouř, and P. Maloň, Academy of Sciences, Prague, 1995-2009
62. J. P. P. Stewart, in The Encyclopedia of Computational Chemistry, ed. P. R. Schleyer, N. L. Allinger, T. Clark, J. Gasteiger, P. A. Kollman, H. F. Schaefer III and P. R. Schreiner, John Wiley & Sons, Chichester, 1998, vol. 2, pp. 2080-2086
63. M. J. S. Dewar, E. G. Zoebisch, E. F. Healy J. Am. Chem. Soc., 1985, 107
64. A. Becke Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys., 1988, 38, 3098-3100
65. A. D. Becke J. Chem. Phys., 1993, 98, 5648-5652
66. J. P. Perdew, K. Burke, Y. Wang Phys. Rev. B: Condens. Matter, 1996, 54, 16533-16539
67. S. Grimme J. Comput. Chem., 2004, 25, 1463-1473
68. T. Schwabe, S. Grimme Phys. Chem. Chem. Phys., 2007, 9, 3397-3406
69. V. Parchaňský, P. Matĕjka, B. Dolenský, M. Havlík, P. Bouř J. Mol. Struct., 2009, 934, 117-122
70. J. W. Ponder, Washington University School of Medicine, Saint Louis, 3.8 edn, 2000
71. J. Wang, P. Cieplak, P. A. Kollman J. Comput. Chem., 2000, 21, 1049-1074
72. R. Ahlrichs, M. Bar, H.-P. Baron, R. Bauernschmitt, S. Bocker, M. Ehrig, K. Eichkorn, S. Elliot, F. Furche, F. Haase, M. Haser, H. Horn, C. Huber, U. Huniar, M. Kattannek, C. Kolmel, M. Koolwitz, K. May, C. Ochsenfeld, H. Ohm, A. Schafer, U. Schneider, O. Treutler, M. von Arnim, F. Weigend, P. Weis, and H. Weiss, Quantum Chemistry Group, University of Karlsruhe, Karlsruhe, 1998
73. Y. Zhao, N. E. Schultz, D. G. Truhlar J. Chem. Phys., 2005, 123, 161103.
74. Y. Zhao, D. G. Truhlar Theor. Chem. Acc., 2008, 120, 215-241
75. Y. Zhao, D. G. Truhlar J. Phys. Chem. A, 2006, 110, 13126-13130
76. P. Bouř, Academy of Sciences, Prague, 1997-2009
77. P. L. Polavarapu Vibrational Spectra and Structure, 1984, 13, 103-160
78. L. A. Nafie, in Modern Nonlinear Optics, Part 3, ed. M. Evans and S. Kielich, Wiley, New York, 1994, vol. 85, pp. 105-206
79. P. Bouř, Academy of Sciences, Prague, 1994-2009
80. M. Budĕšínský, J. Šebestík, L. Bednárová, V. Baumruk, M. Šafařík, P. Bouř J. Org. Chem., 2008, 73, 1481-1489
81. J. Kapitán, L. Hecht, P. Bouř Phys. Chem. Chem. Phys., 2008, 10, 1003-1008
82. J. Kaminský, J. Šebek, P. Bouř J. Comput. Chem., 2009, 30, 983-991
83. M. Diem, Introduction to Modern Vibrational Spectroscopy, Wiley, New York, 1993
84. L. D. Barron, L. Hecht, E. W. Blanch, A. F. Bell Prog. Biophys. Mol. Biol., 2000, 73, 1-49
85. M. Losada, Y. Xu Phys. Chem. Chem. Phys., 2007, 9, 3127-3135
86. P. Danĕček, J. Kapitán, V. Baumruk, L. Bednárová, V. Kopecký, Jr., P. Bouř J. Chem. Phys., 2007, 126, 224513.
87. R. G. Parr, and W. Yang, Density-functional Theory of Atoms and Molecules, Oxford University Press, New York, 1994
88. J. P. Perdew Phys. Rev. B: Condens. Matter, 1986, 33, 8822-8824
89. R. Huang, J. Kubelka, W. Barber-Armstrong, R. A. G. D. Silva, S. M. Decatur, T. A. Keiderling J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 2346-2354
90. J. Kubelka, R. A. G. D. Silva, T. A. Keiderling J. Am. Chem. Soc., 2002, 124, 5325-5332
91. J. Hilario, J. Kubelka, F. A. Syud, S. H. Gellman, T. A. Keiderling Biospectroscopy, 2002, 67, 233-236
92. P. Bouř, J. Kubelka, T. A. Keiderling Biopolymers, 2002, 65, 45-69
93. M. Filatov, D. Cremer J. Chem. Phys., 2005, 123, 124101.
94. M. Pecul, K. Ruud Int. J. Quantum Chem., 2005, 104, 816-829
95. V. Andrushchenko, P. Matĕjka, D. T. Anderson, J. Kaminský, J. Horníček, L. O. Paulson, P. Bouř J. Phys. Chem. A, 2009, 113, 9727-9736
96. P. Bouř, T. A. Keiderling J. Am. Chem. Soc., 1992, 114, 9100-9105