Protein folding simulations combining self-guided langevin dynamics and temperature-based replica exchange

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 8, 2010, Pages 2477-2487

  Lee, Michael S ^a,b,c   Olson, Mark A ^c  

^a U S ARMY RESEARCH LABORATORY   (United States)

^b U S ARMY MEDICAL RESEARCH AND MATERIEL COMMAND   (United States)

^c UNITED STATES ARMY MEDICAL RESEARCH INSTITUTE OF INFECTIOUS DISEASES   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 77955574013     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100062b     Document Type: Article

References (48)

1. Freddolino, P. L.; Schulten, K. Biophys. J. 2009, 97, 2338.
2. Zuckerman, D. M.; Lyman, E. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1200.
3. Ishikawa, Y.; Sugita, Y.; Nishikawa, T.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 2001, 333, 199.
4. Hamelberg, D.; Mongan, J.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 11919.
5. Wu, X.; Brooks, B. R. Chem. Phys. Lett. 2003, 381, 512.
6. Pappu, R. V.; Marshall, G. R.; Ponder, J. W. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 50.
7. Hornak, V.; Simmerling, C. Proteins 2003, 51, 577.
8. Skolnick, J.; Zhang, Y.; Arakaki, A. K.; Kolinski, A.; Boniecki, M.; Szilagyi, A.; Kihara, D. Proteins 2003, 53 (Suppl. 6) 469.
9. Zhang, Y.; Arakaki, A. K.; Skolnick, J. Proteins 2005, 61, Suppl. 7, 91-8.
10. Kirkpatrick, S.; Gelatt, C. D., Jr.; Vecchi, M. P. Science 1983, 220, 671.
11. Paschek, D.; Nymeyer, H.; Garcia, A. E. J. Struct. Biol. 2007, 157, 524.
12. Trebst, S.; Troyer, M.; Hansmann, U. H. J. Chem. Phys. 2006, 124, 174903.
13. Gallicchio, E.; Andrec, M.; Felts, A. K.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6722.
14. Wu, X.; Brooks, B. R. Biophys. J. 2004, 86, 1946.
15. Wen, E. Z.; Hsieh, M. J.; Kollman, P. A.; Luo, R. J. Mol. Graphics Modell. 2004, 22, 415.
16. Damjanovic, A.; Garcia-Moreno, E. B.; Brooks, B. R. Proteins 2009, 76, 1007.
17. Damjanovic, A.; Wu, X.; Garcia-Moreno, E. B.; Brooks, B. R. Biophys. J. 2008, 95, 4091.
18. Damjanovic, A.; Miller, B. T.; Wenaus, T. J.; Maksimovic, P.; Garcia-Moreno, E. B.; Brooks, B. R. J. Chem. Inf. Model. 2008, 48, 2021.
19. Neidigh, J. W.; Fesinmeyer, R. M.; Andersen, N. H. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 425.
20. Paschek, D.; Hempel, S.; Garcia, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 17754.
21. Kannan, S.; Zacharias, M. Proteins 2009, 76, 448.
22. Snow, C. D.; Zagrovic, B.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14548.
23. Zhou, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 13280.
24. Steinbach, P. J. Proteins 2004, 57, 665.
25. Juraszek, J.; Bolhuis, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 15859.
26. Gattin, Z.; Riniker, S.; Hore, P. J.; Mok, K. H.; van Gunsteren, W. F. Protein Sci. 2009, 18, 2090.
27. Wu, X.; Wang, S. J. Chem. Phys. 1999, 110, 9401.
28. Andricioaei, I.; Dinner, A. R.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 1074.
29. Mackerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, D. M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, I. W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
30. MacKerell, A. D., Jr.; Feig, M.; Brooks, C. L., 3rd. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 698.
31. Lee, M. S.; Feig, M.; Salsbury, F. R., Jr.; Brooks, C. L., 3rd. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1348.
32. Feig, M.; Onufriev, A.; Lee, M. S.; Im, W.; Case, D. A.; Brooks, C. L., 3rd. J. Comput. Chem. 2004, 25, 265.
33. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
34. Feig, M.; Karanicolas, J.; Brooks, C. L., 3rd. J. Mol. Graphics Modell. 2004, 22, 377.
35. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminatham, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
36. Chocholousova, J.; Feig, M. J. Comput. Chem. 2006, 27, 719.
37. Feig, M.; Brooks, C. L., 3rd. Proteins 2002, 49, 232.
38. Streicher, W. W.; Makhatadze, G. I. Biochemistry 2007, 46, 2876.
39. Yeh, I. C.; Lee, M. S.; Olson, M. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 15064.
40. Rosta, E.; Buchete, N.-V.; Hummer, G. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1393.
41. Chang, C. E.; Gilson, M. K. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13156.
42. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577.
43. Cooke, B.; Schmidler, S. C. J. Chem. Phys. 2008, 129, 164112.
44. Lee, M. S.; Olson, M. A. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 312.
45. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740.
46. Zhou, R.; Berne, B. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 12777.
47. Swanson, J. M.; Mongan, J.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 14769.
48. Patel, S.; Mackerell, A. D., Jr.; Brooks, C. L., 3rd. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1504