Lipid Concentration Effects on the Amyloidogenic apoC-II60-70 Peptide: A Computational Study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 23, 2010, Pages 7974-7982

  Todorova, Nevena ^a   Hung, Andrew ^a   Yarovsky, Irene ^a  

^a RMIT UNIVERSITY   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONCENTRATION (PROCESS); CONFORMATIONS; MOLECULAR DYNAMICS; PHOSPHOLIPIDS;

AMYLOIDOGENIC PEPTIDES; AROMATIC RESIDUES; COMPUTATIONAL STUDIES; CONFORMATIONAL FLEXIBILITY; FIBRIL FORMATION; HIGH STABILITY; INTERACTION SITE; INTRAMOLECULAR INTERACTIONS; LIPID CONCENTRATION; LIPID-PEPTIDE INTERACTION; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; SECONDARY STRUCTURES; SOLVENT ACCESSIBLE SURFACE AREAS; STRAND CONFORMATION;

PEPTIDES;

EID: 77953372531     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp102142x     Document Type: Article

References (31)

1. Corder, E. H.; Saunders, A. M.; Strittmatter, W. J.; Schmechel, D. E.; Gaskell, P. C.; Small, G. W.; Roses, A. D.; Haines, J. L.; Pericak-Vance, M. A. Science 1993, 261, 921
2. Strittmatter, W. J.; Saunders, A. M.; Schmechel, D.; Pericak-Vance, M.; Enghild, J.; Salvesen, G. S.; Roses, A. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 1977
3. Hung, A.; Griffin, M. D. W.; Howlett, G. J.; Yarovsky, I. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 9447
4. Griffin, M. D. W.; Mok, M. L. Y.; Wilson, L. M.; Pham, C. L. L.; Waddington, L. J.; Perugini, M. A.; Howlett, G. J. J. Mol. Biol. 2008, 375, 240
5. Hatters, D. M.; Lawrence, L. J.; Howlett, G. J. FEBS Lett. 2001, 494, 220
6. Hatters, D. M.; MacPhee, C. E.; Lawrence, L. J.; Sawyer, W. H.; Howlett, G. J. Biochemistry 2000, 39, 8276
7. Hatters, D. M.; MacRaild, C. A.; Daniels, R.; Gosal, W. S.; Thomson, N. H.; Jones, J. A.; Davis, J. J.; MacPhee, C. E.; Dobson, C. M.; Howlett, G. J. Biophys. J. 2003, 85, 3979
8. Hatters, D. M.; Minton, A. P.; Howlett, G. J. J. Biol. Chem. 2001, M110429200
9. Hatters, D. M.; Howlett, G. J. Eur. Biophys. J. 2002, 31, 2
10. Hung, A.; Griffin, M. D.; Howlett, G. J.; Yarovsky, I. Eur. Biophys. J. 2008, 38, 99
11. Jiang, P.; Xu, W.; Mu, Y. PLoS Comput. Biol. 2009, 5 e1000357
12. Zhu, M.; Fink, A. L. J. Biol. Chem. 2003, 278, 16873
13. Refaee, M.; Tezuka, T.; Akasaka, K.; Williamson, M. P. J. Mol. Biol. 2003, 327, 857
14. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701
15. van Gunsteren, W. F.; Billeter, S. R.; Eising, A. A.; Hunenberger, P. H.; Kruger, P.; Mark, A. E.; Scott, W. R. P.; Tironi, I. G. Biomolecular Simulation: The GROMOS96 Manual and User Guide; ETH Zurich and BIOMOS b.v.: Zurich, Gronigen, 1996.
16. Berger, O.; Edholm, O.; Jahnig, F. Biophys. J. 1997, 72, 2002
17. Cheatham, T. E.; Miller, J. L.; Fox, T.; Darden, T. A.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4193
18. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463
19. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684
20. Todorova, N.; Hung, A.; Maaser, S. M.; Griffin, M. D.; Howlett, G. J.; Yarovsky, I. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, submitted for publication
21. Wang, G. FEBS Lett. 2002, 529, 157
22. Wang, G.; Pierens, G. K.; Treleaven, W. D.; Sparrow, J. T.; Cushley, R. J. Biochemistry 1996, 35, 10358
23. Rozek, A.; Sparrow, J. T.; Weisgraber, K. H.; Cushley, R. J. Biochemistry 1999, 38, 14475
24. Ji, Y.; Jonas, A. J. Biol. Chem. 1995, 270, 11290
25. Westerlund, J. A.; Weisgraber, K. H. J. Biol. Chem. 1993, 268, 15745
26. Gursky, O. Biochemistry 2001, 40, 12178
27. Burley, S. K.; Petsko, G. A. Science 1985, 229, 23
28. Frishman, D.; Argos, P. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 23, 566
29. Legge, F. S.; Binger, K. J.; Griffin, M. D. W.; Howlett, G. J.; Scanlon, D.; Treutlein, H.; Yarovsky, I. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 14006
30. Legge, F. S.; Treutlein, H.; Howlett, G. J.; Yarovsky, I. Biophys. Chem. 2007, 130, 102
31. Todorova, N.; Legge, F. S.; Treutlein, H.; Yarovsky, I. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 11137