Near native-state conformational landscape of psychrophilic and mesophilic enzymes: Probing the folding funnel model

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 22, 2010, Pages 7609-7619

  Mereghetti, Paolo ^a   Riccardi, Laura ^a   Brandsdal, Bjorn Olav ^b   Fantucci, Piercarlo ^a   De Gioia, Luca ^a   Papaleo, Elena ^a  

^a UNIVERSITY OF MILANO BICOCCA   (Italy)

^b UNIVERSITY OF TROMSØ   (Norway)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CATALYSTS; COMPUTER SIMULATION; MOLECULAR DYNAMICS;

FREE ENERGY LANDSCAPE; LARGE POPULATION; LOW TEMPERATURES; MESOPHILIC; MESOPHILIC COUNTERPARTS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; STATE DYNAMICS; STRUCTURAL FLEXIBILITIES;

ENZYMES;

EID: 77953160637     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp911523h     Document Type: Article

References (73)

1. Siddiqui, K. S.; Cavicchioli, R. Annu. Rev. Biochem. 2006, 75, 403-433
2. Georlette, D.; Blaise, V.; Collins, T.; D'Amico, S.; Gratia, E.; Hoyoux, A.; Marx, J.; Sonan, G.; Feller, G.; Gerday, C. FEMS Microbiol. Rev. 2004, 28, 25-42
3. Johns, G. C.; Somero, G. N. Mol. Biol. Evol. 2004, 21, 314-320
4. Santarossa, G.; Lafranconi, P. G.; Alquati, C.; DeGioia, L.; Alberghina, L.; Fantucci, P.; Lotti, M. FEBS Lett. 2005, 579, 2383-2386
5. D'Auria, S.; Aurilia, V.; Marabotti, A.; Gonnelli, M.; Strambini, G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 13171-13178
6. Jayaraman, G.; Srimathi, S.; Bjarnason, J. B. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1760, 47-54
7. Roy, D.; Sengupta, S. J. Biomol. Struct. Dyn. 2007, 24, 463-470
8. Goldstein, R. A. Protein Sci. 2007, 16, 1887-1895
9. Fedy, A.; Yang, N.; Martinez, A.; Leiros, H. S.; Steen, I. H. J. Mol. Biol. 2007, 372, 130-149
10. Tronelli, D.; Maugini, E.; Bossa, F.; Pascarella, S. FEBS J. 2007, 274, 4595-4608
11. Bjelic, S.; Brandsdal, B. O.; Aqvist, J. Biochemistry 2008, 47, 10049-10057
12. Heidarsson, P. O.; Sigurdsson, S. T.; Asgeirsson, B. FEBS J. 2009, 276, 2725-2735
13. Gerday, C.; Aittaleb, M.; Bentahir, M.; Chessa, J. P.; Claverie, P.; Collins, T.; D'Amico, S.; Dumont, J.; Garsoux, G.; Georlette, D.; Hoyoux, A.; Lonhienne, T.; Meuwis, M. A.; Feller, G. Trends Biotechnol. 2000, 18, 103-107
14. Gudmundsdóttir, A.; Pálsdóttir, H. M. Mar. Biotechnol. (N.Y.) 2005, 7, 77-88
15. Tutino, M. L.; di Prisco, G.; Marino, G.; de Pascale, D. Protein Pept. Lett. 2009, 16, 1172-1180
16. Olufsen, M.; Smals, A. O.; Moe, E.; Brandsdal, B. O. J. Biol. Chem. 2005, 280, 18042-18048
17. Papaleo, E.; Fantucci, P.; De Gioia, L. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1286-1297
18. Papaleo, E.; Riccardi, L.; villa, C.; Fantucci, P.; De Gioia, L. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1764, 1397-1406
19. Adekoya, O. A.; Helland, R.; Willassen, N.; Sylte, I. Proteins 2006, 62, 435-449
20. Papaleo, E.; Olufsen, M.; De Gioia, L.; Brandsdal, B. O. J. Mol. Graphics Modell. 2007, 26, 93-103
21. Olufsen, M.; Brandsdal, B. O.; Smals, A. O. J. Mol. Graph. Model. 2007, 26, 124-134
22. Olufsen, M.; Papaleo, E.; Smals, A. O.; Brandsdal, B. O. Proteins 2008, 71, 1219-1230
23. Olufsen, M.; Smals, A. O.; Brandsdal, B. O. J Mol. Model. 2008, 14, 201-213
24. Papaleo, E.; Pasi, M.; Riccardi, L.; Sambi, I.; Fantucci, P.; De Gioia, L. FEBS Lett. 2008, 582, 1008-1018
25. Spiwok, V.; Lipovová, P.; Skálová, T.; Dusková, J.; Dohnálek, J.; Hasek, J.; Russell, N. J.; Králová, B. J. Mol. Model. 2007, 13, 485-497
26. Senet, P.; Maisuradze, G. G.; Foulie, C.; Delarue, P.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 19708-19713
27. Papaleo, E.; Mereghetti, P.; Fantucci, P.; Grandori, R.; De Gioia, L. J. Mol. Graphics Modell. 2009, 27, 889-899
28. Hori, N.; Chikenji, G.; Berry, R. S.; Takada, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 73-78
29. Wolynes, P. G. Q. Rev. Biophys. 2005, 38, 405-410
30. Gruebele, M. C. R. Biol. 2005, 328, 701-712
31. Poland, D. Proteins 2001, 45, 325-336
32. Mu, Y.; Nguyen, P. H.; Stock, G. Proteins 2005, 58, 45-52
33. Altis, A.; Otten, M.; Nguyen, P. H.; Hegger, R.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2008, 128, 245102
34. Krivov, S. V.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14766-14770
35. Amadei, A.; Linssen, A. B.; Berendsen, H. J. Proteins 1993, 17, 412-425
36. Tavernelli, I.; Cotesta, S.; Iorio, E. E. D. Biophys. J. 2003, 85, 2641-2649
37. Zhuravlev, P. I.; Matarese, C. K.; Papoian, G. A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 8800-8812
38. D'Amico, S.; Marx, J.; Gerday, C.; Feller, G. J. Biol. Chem. 2003, 278, 7891-7896
39. Berglund, G. I.; Smals, A. O.; Outzen, H.; Willassen, N. P. Mol. Mar. Biol. Biotechnol. 1998, 7, 105-114
40. Lanes, O.; Guddal, P. H.; Gjellesvik, D. R.; Willassen, N. P. Comp. Biochem. Physiol., B: Biochem. Mol. Biol. 2002, 127, 399-410
41. Lanes, O.; Leiros, I.; Smals, A. O.; Willassen, N. P. Extremophiles 2002, 6, 73-86
42. Caves, L. S.; Evanseck, J. D.; Karplus, M. Protein Sci. 1998, 7, 649-666
43. Zuckerman, D. M.; Lyman, E. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1200-1202
44. Loccisano, A. E.; Acevedo, O.; DeChancie, J.; Schulze, B. G.; Evanseck, J. D. J. Mol. Graphics Modell. 2004, 22, 369-376
45. Pandini, A.; Bonati, L. Protein Eng., Des. Sel. 2005, 18, 127-137
46. Meirovitch, H. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 181-186
47. Nguyen, P. H.; Stock, G.; Mittag, E.; Hu, C. K.; Li, M. S. Proteins 2005, 61, 795-808
48. Nguyen, P. H. Chem. Phys. Lett. 2009, 468, 90-93
49. Schlitter, J. Chem. Phys. Lett. 1993, 215, 617-621
50. Schiltz, M.; Shepard, W.; Fourme, R.; Prangé, T.; de la Fortelle, E.; Bricogne, G. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1997, 53, 78-92
51. Berglund, G. I.; Willassen, N. P.; Hordvik, A.; Smals, A. O. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1995, 51, 925-937
52. Mol, C. D.; Arvai, A. S.; Slupphaug, G.; Kavli, B.; Alseth, I.; Krokan, H. E.; Tainer, J. A. Cell 1995, 80, 869-878
53. Leiros, I.; Moe, E.; Lanes, O.; Smals, A. O.; Willassen, N. P. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2003, 59, 1357-1365
54. Hu, Z.; Jiang, J. J. Comput. Chem. 2009, 31, 371 - 380
55. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Di Nola, A.; Haak, J. R. J. Phys. Chem. 1984, 81, 3684-3690
56. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
57. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1981, 98, 10089
58. Hess, B. Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 2000, 62, 8438-8448
59. Maisuradze, G. G.; Leitner, D. M. Proteins 2007, 67, 569-578
60. Maisuradze, G. G.; Leitner, D. M. Chem. Phys. Lett. 2007, 421, 5-10
61. Amadei, A.; Ceruso, M. A.; Di Nola, A. Proteins 1999, 36, 419-424
62. Pontiggia, F.; Colombo, G.; Micheletti, C.; Orland, H. Phys. Rev. Lett. 2007, 98 048102
63. Lange, O. F.; Grubmüller, H. J. Chem. Phys. 2006, 124, 214903-214918
64. Schafer, H.; Mark, A.; van Gusteren, W. J. Chem. Phys. 2000, 113, 7809-7817
65. Hsu, S. T.; Peter, C.; van Gusteren, W. F.; Bonvin, A. M. Biophys. J. 2005, 88, 15-24
66. Andricioaei, I.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 2001, 115, 6289-6292
67. Carlsson, J.; Aqvist, J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6448-6456
68. Baron, R.; van Gusteren, W. F.; Hunenberger, P. H. Trends Phys. Chem. 2006, 11, 87-122
69. Ikeda, K.; Higo, J. Protein Sci. 2003, 12, 2542-2548
70. Becker, O. M. Proteins 1997, 27, 213-226
71. Lei, H.; Wu, C.; Liu, H.; Duan, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 4925-4930
72. Xie, B.; Bian, F.; Chen, X.; He, H.; Guo, J.; Gao, X.; Zeng, Y.; Chen, B.; Zhou, B.; Zhang, Y. J. Biol. Chem. 2009, 284, 9257-0269
73. Bandi, S.; Bowler, B. E. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 7540-7541