Structure and bonding of aqueous glutamic acid from classical molecular dynamics simulations

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 12, Issue 20, 2010, Pages 5341-5352

  Collis, Antonia B ^a   Tulip, Paul R ^a   Bates, Simon P ^a  

^a UNIVERSITY OF EDINBURGH   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GLUTAMIC ACID; SODIUM; WATER;

ARTICLE; CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; MOLECULAR DYNAMICS;

GLUTAMIC ACID; HYDROGEN BONDING; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; SODIUM; WATER;

EID: 77952411903     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b926039k     Document Type: Article

References (36)

1. Y. Shigeri R. Seal K. Shimamoto Brain Res. Rev. 2004 45 3 250 265
2. H. Manev M. Favaron A. Guidotti E. Costa Mol Pharmacol 1989 36 1 106 112
3. J. W. Olney Science 1969 164 3880 719 721
4. H. Ohguro H. Katsushima I. Maruyama T. Maeda S. Yanagihashi T. Metoki M. Nakazawa Exp. Eye Res. 2002 75 3 307 315
5. K. Beyreuther H. K. Biesalski J. D. Fernstrom P. Grimm W. P. Hammes U. Heinemann O. Kempski P. Stehle H. Steinhart R. Walker Eur. J. Clin. Nutr. 2007 61 7 928
6. E. Freeman Journal of the American Academy of Nurse Practitioners 2006 18 10 482 486
7. S. K. Allison, Intermolecular structure and dynamics of aqueous N-methylacetamide, PhD thesis, University of Edinburgh, 2007
8. F. J. Stevens M. Schiffer Biochem J. 1981 195 21 213 219
9. N. Prabhu K. Sharp Chem. Rev. 2006 106 5 1616 1623
10. J. Thar, W. Reckien and B. Kirchner, in Atomistic approaches in modern biology: from quantum chemistry to molecular simulations, Vol. 268 of Topics in current chemistry, Springer-Verlag, Berlin Heidelberger, Platz 3, D-14197 Berlin, Germany, 2007, pp. 133-171
11. T. W. Whitfield G. J. Martyna S. K. Allison S. P. Bates J. Crain Chem. Phys. Lett. 2005 414 210 214
12. S. K. Allison S. P. Bates J. Crain G. J. Martyna J. Phys. Chem. B 2006 110 21319 21326
13. T. W. Whitfield G. J. Martyna S. Allison S. P. Bates H. Vass J. Crain J. Phys. Chem. B 2006 110 8 3624 3637
14. I. Daidone M. B. Ulmschneider A. Di Nola A. Amadei J. C. Smith Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 39 15230 15235
15. J. Israelachvili H. Wennerström Nature 1996 379 219
16. P. R. Tulip S. P. Bates J. Chem. Phys. 2009 131 1 015103
17. S. E. McLain A. K. Soper A. Watts J. Phys. Chem. B 2006 110 42 21251 21258
18. E. J. M. Leenders P. G. Bolhuis E. J. Meijer J. Chem. Theory Comput. 2008 4 898 907
19. C. D. Daub K. Leung A. Luzar J. Phys. Chem. B 2009 113 21 7687 7700
20. T. Megyes S. Balint T. Grosz T. Radnai I. Bako P. Sipos J. Chem. Phys. 2008 128 4 044501
21. S. Park M. D. Fayer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 43 16731 16738
22. R. Mancinelli A. Botti F. Bruni M. A. Ricci A. K. Soper J. Phys. Chem. B 2007 111 48 13570 13577
23. A. D. MacKerell D. Bashford M. Bellott R. L. D. Jr. J. D. Evanseck M. J. Field S. Fischer J. Gao H. Guo S. Ha D. Joseph-McCarthy L. Kuchnir K. Kuczera F. T. K. Lau C. Mattos S. Michnick T. Ngo D. T. Nguyen B. Prodhom W. E. R. III B. Roux M. Schlenkrich J. C. Smith R. Stote J. Straub M. Watanabe J. Wiórkiewicz-Kuczera D. Yin M. Karplus J. Phys. Chem. B 1998 102 3586 3616
24. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 2 926 935
25. H. J. C. Berendsen J. R. Grigera T. P. Straatsma J. Phys. Chem. 1987 91 24 6269 6271
26. M. Levitt M. Hirshberg R. Sharon K. E. Laidig V. Daggett J. Phys. Chem. B 1997 101 5051 5061
27. M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computer Simulation of Liquids, Oxford University Press, 1987
28. R. Z. Troitzsch G. J. Martyna S. E. McLain A. K. Soper J. Crain J. Phys. Chem. B 2007 111 8210 8222
29. R. Z. Troitzsch P. R. Tulip J. Crain G. J. Martyna Biophys. J. 2008 95 11 5014 5020
30. S. E. McLain A. K. Soper A. E. Terry A. Watts J. Phys. Chem. B 2007 111 17 4568 4580
31. P. Mark L. Nilsson J. Phys. Chem. A 2001 105 43 9954 9960
32. W. Jorgensen D. Maxwell J. Tirado Rives J. Am. Chem. Soc. 1996 118 45 11225 11236
33. R. A. Kuharski P. J. Rossky J. Chem. Phys. 1985 82 11 5164 5177
34. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 19 5179 5197
35. C. J. Geyer, in Computing Science and Statistics: Proceedings of the 23rd Symposium on the Interface, ed., E. M. Keramidas, American Statistical Association, New York, 1991, pp. 156-163
36. K. Hermansson M. Wojcik J. Phys. Chem. B 1998 102 31 6089 6097