Solution structure of the aqueous model peptide N-methylacetamide

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 42, 2006, Pages 21319-21326

  Allison, Susan K ^a   Bates, Simon P ^a   Crain, Jason ^a,b   Martyna, Glenn J ^b  

^a UNIVERSITY OF EDINBURGH   (United Kingdom)

^b IBM T J WATSON RESEARCH CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEINS; SOLUTIONS;

N-METHYLACETAMIDE (NMA); PEPTIDIC FRAGMENT MOLECULES; WATER MOLECULES;

AMINO ACIDS;

EID: 33751289470     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp064154y     Document Type: Article

References (30)

1. Pauling, L.; Corey, R. B.; Branson, H. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1951, 37, 205.
2. Guo, H.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1994, 98, 7104.
3. Koddermann, T.; Ludwig, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 1867.
4. Schellman, J. C. C. R. Trav. Lab. Carlsberg, Ser. Chim. 1955, 29, 230.
5. Klotz, I. M.; Franzen, J. S. J. Am. Chem. Soc. 1962, 84, 3461.
6. Kauzmann, W. Adv. Protein Chem. 1959, 14, 1.
7. Huelsekopf, M.; Ludwig, R. Magn. Reson. Chem. 2001, 39, S197.
8. Ludwig, R.; Weinhold, F.; Farrar, T. C. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 8861.
9. Schweitzer-Stenner, R.; Sieler, G.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 118.
10. Whitfield, T. W.; Martyna, G. J.; Allison, S. K.; Bates, S. P.; Crain, J. Chem. Phys. Lett. 2005, 414, 210.
11. Whitfield, T. W.; Martyna, G. J.; Allison, S. K.; Bates, S. P.; Vass, H.; Crain, J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3624.
12. Schmidt, J. R.; Corcelli, S. A.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2004, 121, 8887.
13. Kwac, K.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 2247.
14. Kwac, K.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 2256.
15. Mantz, Y.; Gerrard, H.; Iftimie, R.; Martyna, G. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4080.
16. Zhang, R.; Li, H.; Lei, Y.; Han, S. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 12596.
17. Zhang, R.; Li, H.; Lei, Y.; Han, S. J. Mol. Struct. 2004, 693, 17.
18. Zhang, R.; Li, H.; Lei, Y.; Han, S. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7482.
19. Williams, M. A.; Goodfellow, J. M.; Thornton, J. M. Protein Sci. 1994, 3, 1224.
20. Smith, W.; Forester, T. J. Mol. Graphics 1996, 14, 136.
21. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, R. L.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
22. Levitt, M.; Hirschberg, M.; Sharon, R.; Laidig, K.; Daggett, V. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5051.
23. Whitfield, T.; Crain, J.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 2006, 124, 094503.
24. Victor, P. J.; Hazra, D. K. J. Chem. Eng. Data 2002, 47, 79.
25. Allison, S. K.; Fox, J.; Hargreaves, R.; Bates, S. P. Phys. Rev. B 2005, 77, 1.
26. Dougan, L.; Bates, S. P.; Hargreaves, R.; Fox, J. P.; Crain, J.; Finney, J. L.; Real, V.; Soper, A. K. J. Chem. Phys. 2004, 121, 6456.
27. Mezei, M.; Beveridge, D. L. J. Phys. Chem. 1981, 74, 622.
28. Soper, A. K.; Bruni, F.; Ricci, M. A. J. Chem. Phys. 1997, 106, 247.
29. Denisov, V.; Venu, K.; Peters, J.; Hörlein, H. D.; Halle, B. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 9380
30. Steiner, T.; Desiraju, G. R. Chem. Commun. 1998, 8, 891.