Relation between serum amyloid A truncated peptides and their suprastructure chirality

Journal of the American Chemical Society

Volumn 132, Issue 12, 2010, Pages 4242-4248

  Rubln, Noa ^a   Perugla, Emanuel ^a   Wolf, Sharon G ^a   Klein, Eugenia ^a   Mátl, Frldkin ^a   Addadi, Lia ^a  

^a WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE   (Israel)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDE I; AMYLOID FIBERS; AMYLOID PEPTIDES; AMYLOID STRUCTURES; FIBER AXIS; FIBER DIRECTION; FIBRILLAR AGGREGATES; FT-IR SPECTRUM; MISFOLDING; MOLECULAR CHANGES; MOLECULAR CHIRALITY; RED-SHIFTED; SERUM AMYLOID A;

AMIDES; AMINO ACIDS; BODY FLUIDS; CHIRALITY; ENANTIOMERS; FIBERS; FOURIER TRANSFORM INFRARED SPECTROSCOPY; HYDROGEN BONDS; PEPTIDES; STEREOCHEMISTRY;

GLYCOPROTEINS;

ALANINE; AMYLOID; AMYLOID A PROTEIN; ASPARTIC ACID; LEUCINE;

AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; CHEMICAL STRUCTURE; CHIRALITY; HUMAN; POINT MUTATION;

AMINO ACID SEQUENCE; MICROSCOPY, ELECTRON, SCANNING; MOLECULAR SEQUENCE DATA; MUTATION; PEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION; SERUM AMYLOID A PROTEIN; SPECTROSCOPY, FOURIER TRANSFORM INFRARED;

EID: 77950288850     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja909345p     Document Type: Article

References (61)

1. Dobson, C. M. Philos. Trans. R. Soc. London, Sect. B 200l, 356, 133-145.
2. Stefani, M.; Dobson, C. M. J. Mol. Med. 2003, 81, 678-699.
3. Chiti, F.; Dobson, C. M. Annu. Rev. Biochem. 2006, 75, 333-366. \
4. Sunde, M.; Serpell, L. C.; Bartlam, M.; Fraser, P. E.; Pepys, M. B.; Blake, C. C. J. Mol. Biol. 1997, 273, 729-739.
5. Guijarro, J. I.; Sunde, M.; Jones, J. A.; Campbell, I. D.; Dobson, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.SA. 1998, 95, 4224-4228.
6. Fandrich, M.; Fletcher, M. A.; Dobson, C. M. Nature 2001, 410, 165-166.
7. Fandrich, M.; Dobson, C. M. EMBO J. 2002, 21, 5682-5690.
8. Jimenez, J. L.; Guijarro, J. I.; Orlova, E.; Zurdo, J.; Dobson, C. M.; Sunde, M.; Saibil, H. R. EMBO J 1999, 18, 815-821.
9. Jimenez, J. L.; Nettleton, E. J.; Bouchard, M.; Robinson, C. V.; Dobson, C. M.; Saibil, H. R. Proc. Natl. Acad Sci. U.SA. 2002, 99, 9196-9201.
10. Wang, J.; Gulich, S.; Bradford, C.; Ramirez-Alvarado, M.; Regan, L. Structure 2005, 13, 1279-1288.
11. Petkova, A. T.; Ishii, Y.; Balbach, J. J.; Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Delaglio, F.; Tycko, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.SA. 2002, 99, 16742-16747.
12. Kishimoto, A.; Hasegawa, K.; Suzuki, H.; Taguchi, H.; Namba, K.; Yoshida, M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004, 315, 739-745.
13. Perutz, M. F.; Finch, J. T.; Berriman, J.; Lesk, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.SA. 2002, 99, 5591-5595.
14. Govaerts, C.; Wille, H.; Prusiner, S. B.; Cohen, F. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.SA 2004, 101, 8342-8347.
15. Guo, J. T.; Wetzel, R.; Xu, Y. Proteins 2004, 57, 357-364.
16. Margittai, M.; Langen, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.SA. 2004, 101, 10278-10283.
17. Wasmer, C.; Lange, A.; Van Melckebeke, H.; Siemer, A. B.; Riek, R.; Meier, B. H. Science 2008, 319, 1523-1526.
18. Paravastu, A. K.; Leapman, R. D.; Yau, W. M.; Tycko, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.SA. 2008, 105, 18349-18354.
19. Goldsbury, C. S.; Wirtz, S.; Muller, S. A.; Sunderji, S.; Wicki, P.; Aebi, U.; Frey, P. J. Struct. Biol. 2000, 130, 217-231.
20. Serpell, L. C.; Smith, J. M. J. Mol. Biol. 2000, 299, 225-231.
21. Jimenez, J. L.; Tennent, G.; Pepys, M.; Saibil, H. R. J. Mol. Biol. 2001, 311, 241-247.
22. van der Wel, P. C.; Lewandowski, J. R.; Griffin, R. G. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5117-5130.
23. By definition all L-amino acids, besides cysteine, have the S configuration.
24. Chothia, C. J. Mol. Biol. 1973, 75, 295-302.
25. Richardson, J. S. Adv. Protein Chem. 1981, 34, 167-339.
26. Serpell, L. C. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1502, 16-30.
27. Wadai, H.; Yamaguchi, K.; Takahashi, S.; Kanno, T.; Kawai, T.; Naiki, H.; Goto, Y. Biochemistry 2005, 44, 157-164.
28. Aggeli, A.; Nyrkova, I. A.; Bell, M.; Harding, R.; Carrick, L.; McLeish, T. C.; Semenov, A. N.; Boden, N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.SA. 2001, 98, 11857-11862.
29. Soto, P.; Cladera, J.; Mark, A. E.; Daura, X. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 1065-1067.
30. Bellesia, G.; Fedorov, M. V.; Kuznetsov, Y. A.; Timoshenko, E. G. J. Chem. Phys. 2005, 122, 134901.
31. Graether, S. P.; Kuiper, M. J.; Gagne, S. M.; Walker, V. K.; Jia, Z. C.; Sykes, B. D.; Davies, P. L. Nature 2000, 406, 325-328.
32. Leinala, E. K.; Davies, P. L.; Doucet, D.; Tyshenko, M. G.; Walker, V. K.; Jia, Z. C. J. Biol. Chem. 2002, 277, 33349-33352.
33. Rubin, N.; Perugia, E.; Goldschmidt, M.; Fridkin, M.; Addadi, L. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 4602-4603.
34. Stix, B.; Kahne, T.; Sletten, K.; Raynes, J.; Roessner, A.; Rocken, C. Am. J. Pathol. 2001, 159, 561-570.
35. Westermark, G. T.; Engstrom, U.; Westermark, P. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1992, 182, 27-33.
36. Uhlar, C. M.; Whitehead, A. S. Eur. J. Biochem. 1999, 265, 501-523.
37. Marhaug, G. Scand. J. Immunol. 1983, 18, 329-338.
38. Manley, P. N.; Ancsin, J. B.; Kisilevsky, R. Med. Hypotheses 2006, 66, 784-792.
39. Hari-Dass, R.; Shah, C.; Meyer, D. J.; Raynes, J. G. J. Biol. Chem. 2005, 280, 18562-18567.
40. Yamada, T.; Liepnieks, J. J.; Kluve-Beckerman, B.; Benson, M. D. Scand. J. Immunol. 1995, 41, 94-97.
41. Lopez de la Paz, M.; Serrano, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.SA. 2004, 101, 87-92.
42. Gazit, E. FEBS J. 2005, 272, 5971-5978.
43. Liou, Y. C.; Tocilj, A.; Davies, P. L.; Jia, Z. Nature 2000, 406, 322-324.
44. Sawaya, M. R.; Sambashivan, S.; Nelson, R.; Ivanova, M. I.; Sievers, S. A.; Apostol, M. I.; Thompson, M. J.; Balbirnie, M.; Wiltzius, J. J.; McFarlane, H. T.; Madsen, A. O.; Riekel, C.; Eisenberg, D. Nature 2007, 447, 453-457.
45. Nelson, R.; Sawaya, M. R.; Balbirnie, M.; Madsen, A. O.; Riekel, C.; Grothe, R.; Eisenberg, D. Nature 2005, 435, 773-778.
46. Reches, M.; Porat, Y.; Gazit, E. J. Biol. Chem. 2002, 277, 35475-35480.
47. Barth, A.; Zscherp, C. Q. Rev. Biophys. 2002, 35, 369-430.
48. Zandomeneghi, G.; Krebs, M. R.; McCammon, M. G.; Fandrich, M. Protein Sci. 2004, 13, 3314-3321.
49. Khurana, R.; Fink, A. L. Biophys. J. 2000, 78, 994-1000.
50. Barth, A. Biochim. Biophys. Acta 2007, 1767, 1073-1101.
51. Jaroniec, C. P.; MacPhee, C. E.; Bajaj, V. S.; McMahon, M. T.; Dobson, C. M.; Griffin, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 711-716.
52. Loksztejn, A.; Dzwolak, W. J. Mol. Biol. 2008, 379, 9-16.
53. Ma, S.; Cao, X.; Mak, M.; Sadik, A.; Walkner, C.; Freedman, T. B.; Lednev, I. K.; Dukor, R. K.; Nafie, L. A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 12364-12365.
54. McColl, I. H.; Blanch, E. W.; Gill, A. C.; Rhie, A. G.; Ritchie, M. A.; Hecht, L.; Nielsen, K.; Barron, L. D. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10019-10026.
55. Makin, O. S.; Atkins, E.; Sikorski, P.; Johansson, J.; Serpell, L. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 315-320.
56. Tartaglia, G. G.; Pawar, A. P.; Campioni, S.; Dobson, C. M.; Chiti, F.; Vendruscolo, M. J. Mol. Biol. 2008, 380, 425-436.
57. von Bergen, M.; Friedhoff, P.; Biernat, J.; Heberle, J.; Mandelkow, E. M.; Mandelkow, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5129-5134.
58. Patel, H.; Bramall, J.; Waters, H.; De Beer, M. C.; Woo, P. Biochem. J. 1996, 318, 1041-1049.
59. Ventura, S.; Zurdo, J.; Narayanan, S.; Parreno, M.; Mangues, R.; Reif, B.; Chiti, F.; Giannoni, E.; Dobson, C. M.; Aviles, F. X.; Serrano, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 7258-7263.
60. Teng, P. K.; Eisenberg, D. Protein Eng., Des. Sel. 2009, 22, 531-536.
61. Bellare, J. R.; Davis, H. T.; Scriven, L. E.; Talmon, Y. J. Electron Microsc. Tech. 1988, 10, 87-111.