Investigations of low-frequency vibrational dynamics and ligand binding kinetics of cystathionine β-synthase

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 9, 2010, Pages 3294-3306

  Karunakaran, Venugopal ^a   Benabbas, Abdelkrim ^a   Sun, Yuhan ^a   Zhang, Zhenyu ^a   Singh, Sangita ^a   Banerjee, Ruma ^b   Champion, Paul M ^a  

^a NORTHEASTERN UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITY OF MICHIGAN MEDICAL SCHOOL   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CONTEXT SENSITIVE GRAMMARS; CRYSTAL STRUCTURE; HEMOGLOBIN; LIGANDS; PHOSPHATASES; PORPHYRINS; PROBES; RAMAN SPECTROSCOPY;

ACTIVATOR PROTEINS; AXIAL LIGAND; COHERENCE SPECTRUM; DETUNED; GEMINATE REBINDING; HEME ENZYME; HIGHER FREQUENCIES; HOMOCYSTEINES; INHOMOGENEITIES; LIGAND BINDING; LOW FREQUENCY; LOW FREQUENCY DYNAMICS; NORMAL COORDINATE; NORMAL MODES; PHASE JUMPS; RAMAN SPECTRUM; RELATIVE INTENSITY; SORET BANDS; STRONG CORRELATION; STRUCTURAL DECOMPOSITION; STRUCTURAL PERTURBATION; SYNTHASES; VIBRATIONAL COHERENCES; VIBRATIONAL DYNAMICS;

ELECTRIC CIRCUIT BREAKERS;

EID: 77749314944     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp909700r     Document Type: Article

References (70)

1. Zhu, L.; Sage, J. T.; Champion, P. M. Science 1994, 266, 629632.
2. Ye, X.; Ionascu, D.; Gruia, F.; Yu, A.; Benabbas, A.; Champion, P. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 14682-14687.
3. Vos, M. H. Biophys. Acta 2008, 1777, 15-31.
4. Cerullo, G.; Manzoni, C.; Luer, L.; Polli, D. Photochemi. Photobiol. Sci. 2007, 6, 135-144.
5. Vos, M. H.; Lambry, J. C.; Robles, S. J.; Youvan, D. C.; Breton, J.; Martin, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991, 88, 8885-8889.
6. Wang, Q.; Schoenlein, R. W.; Peteanu, L. A.; Mathies, R. A.; Shank, C. V. Science 1994, 266, 422-424.
7. Gruia, F.; Kubo, M.; Ye, X.; Ionascu, D.; Lu, C.; Poole, R. K.; Yeh, S. R.; Champion, P. M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 5231-5244.
8. Banerjee, R.; Evande, R.; .Kabil, O.; Ojha, S.; Taoka, S. Biochim. Biophys. Acta 2003, 1647, 30-35.
9. Miles, E. W.; Kraus, J. P. J. Biol. Chem. 2004, 279, 29871-29874.
10. Banerjee, R.; Zou, C. G. Arch. Biochem. Biophys. 2005, 433, 144156.
11. Evande, R.; Blom, H.; Boers, G. H. J.; Banerjee, R. Biochemistry 2002,41, 11832-11837.
12. Janosik, M.; Kery, V.; Gaustadnes, M.; Maclean, K. N.; Kraus, J. P. Biochemistry 2001, 40, 10625-10633.
13. Taoka, S.; Ohja, S.; Shan., X. Y.; Kruger, W. D.; Banerjee, R. J. Biol. Chem. 1998, 273, 25179-25184.
14. Green, E. L.; Taoka, S.; Banerjee, R.; Loehr, T. M. Biochemistry 2001, 40, 459-463.
15. Ojha, S.; Hwang, J.; Kabil, O.; Penner-Hahn, J. E.; Banerjee, R. Biochemistry 2000, 39, 10542-10547.
16. Taoka, S.; Lepore, B. W.; Kabil, O.; Ojha, S.; Ringe, D.; Banerjee, R. Biochemistry 2002, 41, 10454-10461.
17. Puranik, M.; Weeks, C. L.; Lahaye, D.; Kabil, O.; Taoka, S.; Nielsen, S. B.; Groves, J. T.; Banerjee, R.; Spiro, T. G. J. Miol. Chem. 2006, 281, 13433-13438.
18. Weeks, C. L.; Singh, S.; Madzelan, P.; .Banerjee, R.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 12809-12816.
19. Taoka, S.; West, M.; Banerjee, R. Biochemistry 1999, 38, 27382744.
20. Taoka, S.; Banerjee, R. J. Inorg. Biochem. 2001, 87, 245-251.
21. Singh, S.; Madzelan, P.; S tasser, J.; Weeks, C. L.; Becker, D.; Spiro, T. G.; Penner-Hahn, J.; Banerjee, R. J. Inorg. Biochem. 2009, 103, 689697.
22. Srajer, V.; Reinisch, L.; Champion, P. M. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 6656-6670.
23. Kumar, A. T. N.; Rosca, F.; Widom, A.; Champion, P. M. Chem. Phys. 2001, 114, 701-724.
24. Rosca, F.; Kumar, A. T. N.; Ye, X.; Sjodin, T.; Demidov, A. A.; Champion, P. M. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 4280-4290
25. Finlay, T. H. J. Miol. Chem. 1974, 249, 7476-7483.
26. Kery, V.; Poneleit, L.; Meyer, J. D.; Manning, M. C.; Kraus, J. P. Biochemistry 1999, 38, 2716-2724.
27. Gruia, F.; Ye, X.; Ionascu, D.; Kubo, M.; Champion, P. M. Biophys. J. 2007, 93, 4404-4413
28. Constantine, S.; Zhou, Y.; Morais, J.; Ziegler, L. D. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 5456-5462.
29. Yu, A. C.; Ye, X.; Ionascu, D.; Cao, W. X.; Champion, P. M. Rev. Sci. Instrum. 2005, 76, 114301.
30. Zhu, L.; Li, P.; Huang, M.; Sage, J. T.; Champion, P. M. Phys. Rev. Lett. 1994, 72, 301-304.
31. Ye, X.; Demidov, A.; Rosca, F.; Wang, W.; Kumar, A.; Ionascu, D.; Zhu, L. Y.; Barrick, D.; Wharton, D.; Champion, P. M. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 8156-8165.
32. Champion, P. M.; Lange, R. Chem. Phys. 1980, 73, 5947-5957.
33. Liebl, U.; Lipowski, G.; Negrerie, M.; Lambry, J. C.; Martin, J. L.; Vos, M. H. Nature 1999, 401, 181-184.
34. Rosca, F.; Kumar, A. T. N.; Ionascu, D.; Ye, X.; Demidov, A. A.; Sjodin, T.; Wharton, D.; Barrick, D.; Sligar, S. G.; Yonetani, T.; Champion, P. M. J. Phys. Chem. A 2002, 16, 3540-3552.
35. Gruia, F.; Kubo, M.; Ye, X.; Champion, P. M.Biophys. J. 2008, 94, 2252-2268.
36. Gruia, F.; Ionascu, D.; Kubo, M.; Ye, X.; Dawson, J.; Osborne, R. L.; Sligar, S. G.; Denisov, L; Das, A.; Poulos, T. L.; Terner, J.; Champion, P. M. Biochemistry 2008, 47, 5156-5167.
37. Ziegler, L. D.; Fan, R.; Desrosiers, A. E.; Scherer, N. F. Chem. Phys. 1994, 100, 1823-1839.
38. Schomacker, K. T.; Bangcharoenpaurpong, O.; Champion, P. M. Chem. Phys. 1984, 80, 4701-4717.
39. Hu, S. Z.; Morris, I. K.; Singh, J. P.; Smith, K. M.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1993, 175, 12446-12458.
40. Roberts, S. A.; Weichsel, A.; Qiu, Y.; Shelnutt, J. A.; Walker, F. A.; Montfort, W. R. Biochemistiy 2001, 40, 11327-11337.
41. Kubo, M.; Gruia, F.; Benabbas, A.; Barabanschikov, A.; Montfort, W. R.; Maes, E. M.; Champion, P. M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 98009811.
42. Shelnutt, J. A.; Song, X. Z.; Ma, J. G.; Jia, S. L.; Jentzen, W.; Medforth, G J. Chem. Soc. Rev. 1998, 27, 31-41.
43. Kumazaki, S.; Nakajima, H.; Sakaguchi, T.; Nakagawa, E.; Shinohara, H.; Yoshihara, K.; Aono, S. J. Biol. Chem. 2000, 275, 3837838383.
44. Tian, W. D.; Sage, J. T.; Srajer, V. V.; Champion, P. M. Phys. Sci. Lett. 1992, 68, 408-411.
45. Liebl, U.; Bouzhir-Sima, L.; Kiger, L.; Marden, M. C.; Lambry, J. C.; Negrerie, M.; Vos, M. H. Biochemistry 2003, 42, 6527-6535.
46. Champion, P. M.; Perreault, G. J. Chem. Phys. 1981, 75, 490491.
47. Armstrong, M. R.; Ogilvie, J. P.; Cowan, M. L.; Nagy, A. M.; Miller, R. J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 4990-4994
48. Deak, J.; Chin, H. L.; Lewis, C. M.; Miller, R. J. D. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6621-6634.
49. Miller, R. J. D. Annu. Rev. Phys. Chem. 1991, 42, 581-614.
50. Go, N. Biopolymers 1978, 17, 1373-1379.
51. Go, N.; Noguti, T.; Nishikawa, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1983, 80, 3696-3700.
52. Wang, W.; Ye, X.; Demidov, A. A.; Rosca, F.; Sjodin, T.; Cao, W. X.; Sheeran, M.; Champion, P. M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 1078910801.
53. Hanson, L. K.; Eaton, W. A.; Sligar, S. G.; Gunsalus, I. C.; Gouterman, M.; Connell, C. R. J. Am. Chem. Soc. 1976, 98, 2672-2674.
54. Walker, F. A. Coord. Chem. Rev. 1999, 186, 471-534.
55. Walker, F. A. J. Inorg. Biochem. 2005, 99, 216-236.
56. Pazicni, S.; Lukat-Rodgers, G. S.; Oliveriusova, J.; Rees, K. A.; Parks, R. B.; Clark, R. W.; Rodgers, K. R.; Kraus, J. P.; Burstyn, J. N. Biochemistry 2004, 43, 14684-14695.
57. Mayhew, S. G. Eur. J. Biochem. 1978, 85, 535-547.
58. Echevarria, G. R.; Catalan, J.; Blanco, F. G. Photochem. Photobiol. 1997, 66, 810-816.
59. Metzler, D. E. J. Am. Chem. Soc. 2002, 79, 485-490.
60. Silkstone, G.; Jasaitis, A.; Vos, M. H.; Wilson, M. T. Dalton Trans. 2005, 3489-3494.
61. Silkstone, G.; Jasaitis, A.; Wilson, M. T.; Vos, M. H. J. Biol. Chem. 2007, 282, 1638-1649.
62. Yamashita, T.; Bouzhir-Sima, L.; Lambry, J. C.; Liebl, U.; Vos, M. H. J. Biol. Chem. 2008, 283, 2344-2352.
63. Feis, A.; Lapini, A.; Catacchio, B.; Brogioni, S.; Foggi, P.; Chiancone, E.; Boffi, A.; Smulevich, G. Biochemistry 2008, 47, 902-910.
64. Ye, X.; Yu, A. C.; Georgiev, G. Y.; Gruia, F.; Ionascu, D.; Cao, W. X.; Sage, J. T.; Champion, P. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 58545861.
65. Henry, E. R.; Sommer, J. H.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. J. Mol. Sci. 1983, 166, 443-451.
66. Meier, M.; Janosik, M.; Kery, V.; Kraus, J. P.; Burkhard, P. EMBO J. 2001, 20, 3910-3916.
67. Ionascu, D.; Gruia, F.; Ye, X.; Yu, A. C.; Rosca, F.; Beck, C.; Demidov, A.; Olson, J. S.; Champion, P. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 16921-16934.
68. Frenzen, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16754-16759.
69. Strickland, N.; Harvey, J. N. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 841852.
70. Zhang, Z.; Benabbas, A.; Ye, X.; Yu, A.; Champion, P. M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 10923-10933.