Linear relationship between deformability and thermal stability of 2'-O-modified RNA hetero duplexes

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 7, 2010, Pages 2517-2524

  Masaki, Yoshiaki ^a   Miyasaka, Ryuta ^a   Ohkubo, Akihiro ^a   Seio, Kohji ^a   Sekine, Mitsuo ^a  

^a TOKYO INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DEFORMATION; MELTING POINT; MOLECULAR DYNAMICS; REGRESSION ANALYSIS; RNA; THERMODYNAMIC STABILITY;

BASE SEQUENCES; COMPUTER AIDED MOLECULAR DESIGN; DEFORMABILITY; LINEAR RELATIONSHIPS; MELTING TEMPERATURES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; OLIGORIBONUCLEOTIDES; STRONG CORRELATION; THERMAL STABILITY;

METAL MELTING;

EID: 77249163387     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp909851j     Document Type: Article

References (43)

1. Soutschek, J.; Akinc, A.; Bramlage, B.; Charisse, K.; Constien, R.; Donoghue, M.; Elbashir, S.; Geick, A.; Hadwiger, P.; Harborth, J.; John, M.; Kesavan, V.; Lavine, G.; Pandey, R. K.; Racie, T.; Rajeev, K. G.; Rohl, I.; Toudjarska, I.; Wang, G.; Wuschko, S.; Bumcrot, D.; Koteliansky, V.; Limmer, S.; Manoharan, M.; Vornlocher, H. P. Nature 2004, 432, 173-178.
2. Prakash, T. P.; Kawasaki, A. M.; Wancewicz, E. V.; Shen, L.; Monia, B. P.; Ross, B. S.; Bhat, B.; Manoharan, M. J. Med. Chem. 2008, 51, 2766-2776.
3. Egli, M.; Minasov, G.; Tereshko, V.; Pallan, P. S.; Teplova, M.; Inamati, G. B.; Lesnik, E. A.; Owens, S. R.; Ross, B. S.; Prakash, T. P.; Manoharan, M. Biochemistry 2005, 44, 9045-9057.
4. Honcharenko, D.; Barman, J.; Varghese, O. P.; Chattopadhyaya, J. Biochemistry 2007, 46, 5635-5646.
5. Davis, S.; Lollo, B.; Freier, S.; Esau, C. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 2294-2304.
6. Kawasaki, A. M.; Casper, M. D.; Freier, S. M.; Lesnik, E. A.; Zounes, M. C.; Cummins, L. L.; Gonzalez, C.; Cook, P. D. J. Med Chem. 1993, 36, 831-841.
7. Saneyoshi, H.; Seio, K.; Sekine, M., J. Org. Chem. 2005, 70, 10453-10460.
8. Saneyoshi, H.; Okamoto, I.; Masaki, Y.; Ohkubo, A.; Seio, K.; Sekine, M. Tetrahedron Lett. 2007, 48, 8554-8557.
9. Kawai, G.; Yamamoto, Y.; Kamimura, T.; Masegi, T.; Sekine, M.; Hata, T.; Limori, T.; Watanabe, T.; Miyazawa, T; Yokoyama, S. Biochemistry 1992, 31, 1040-1046.
10. Cheng, D. M.; Sarma, R. H. Biopolymers 1977, 16, 1687-1711.
11. Barbe, S.; Bret, M. L. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 989-999.
12. Yathindra, N.; Sundaralingam, M. Biopolymers 1979, 18, 2721-2731.
13. Lubini, P.; Zurcher, W.; Egli, M. Chem. Biol 1994, 1, 39-45.
14. Bobst, A. M.; Rottman, F.; Cerutti, P. A. J. Mol. Biol. 1969, 46, 221-234.
15. Drake, A. F.; Mason, S. F.; Trim, A. R. J. Mol. Biol. 1974, 86, 727-739.
16. Singh, H.; Herbut, M. H.; Lee, C. H.; Sarma, R. H. Biopolymers 1976, 15, 2167-2184.
17. Auffinger, P.; Westhof, E. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 4648-4650.
18. Rozners, E.; Moulder, J. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 248-254.
19. Venkateswarlu, D.; Lind, E. K.; Mohan, V.; Manoharan, M.; Ferguson, D. M. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 2189-2195.
20. Kierzek, E.; Mathews, D. H.; Ciesielska, A.; Turner, D. H.; Kierzek, R. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 3609-3614.
21. Kool, E. Chem. Rev. 1997, 97, 1473-1488.
22. Olson, W. K.; Gorin, A. A.; Lu, X. J.; Hock, L. M.; Zhurkin, V. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 11163-11168.
23. Lankas, F.; Sponer, J.; Langowski, J.; Cheatham, T. E., III. Biophys. J. 2003, 85, 2872-2883.
24. Lankas, F. Biopolymers 2004, 73, 327-339.
25. Noy, A.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 3486-3496.
26. Réblová, K.; Lankas, F.; Rázga, F.; Krasovska, M. V.; Koca, J.; Sponer, J. Biopolymers 2006, 82, 504-520.
27. Fujii, S.; Kono, H.; Takenaka, S.; Go, N.; Sarai, A. Nucleic Acids Res 2007, 35, 6063-6074.
28. Anselmi, C.; Bocchinfuso, G.; Santis, P. D.; Savino, M.; Scipioni, A. Biophys. J. 2000, 79, 601-613.
29. Anselmi, C.; Santis, P. D.; Paparcone, R.; Savino, M.; Scipioni, A. Biophys. Chem. 2002, 95, 23-41.
30. Scipioni, A.; Anselmi, C.; Zuccheri, G.; Samori, B.; Santis, P. D. Biophys. J. 2002, 83, 2408-2418.
31. Cheatham, T. E., III; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 16, 845-862.
32. Perez, A.; Marchan, I.; Svozil, D.; Sponer, J.; Cheatham, T. E., III; Laughton, C. A.; Orozco, M. Biophys. J. 2007, 92, 3817-3829.
33. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280.
34. Aduri, R.; Psciuk, B. T.; Saro, P.; Taniga, H.; Schlegel, H. B.; Santa Lucia, J., Jr. J. Chem. Theory and Comput. 2007, 3, 1464-1475.
35. Zhang, Q.; Schlick, T. Biophys. J. 2006, 90, 1865-1877.
36. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157-1174.
37. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269-6271.
38. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
39. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
40. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
41. Lu, X. J.; Olson, W. K. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 5108-5121.
42. Legorburu, U.; Reese, C. B.; Song, Q. Tetrahedron 1999, 55, 5635-5640.
43. Ohkubo, A.; Kasuya, R.; Aoki, K.; Kobori, A.; Taguchi, H.; Seio, K.; Sekine, M. Bioorg. Med. Chem. 2008, 16, 5345-5351.