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Physical Review E - Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics

Volumn 81, Issue 1, 2010, Pages

Effects of the promoter open complex formation on gene expression dynamics

(5) Ribeiro, Andre S a Häkkinen, Antti a Mannerström, Henrik a Lloyd Price, Jason a Yli Harja, Olli a,b

a TAMPERE UNIVERSITY OF TECHNOLOGY (Finland)

b INSTITUTE FOR SYSTEMS BIOLOGY (United States)

Author keywords

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Indexed keywords

BEST FIT; BIOLOGICAL MECHANISMS; COMPLEX FORMATIONS; EVOLVABLE; GENE EXPRESSION DYNAMICS; INDEPENDENT MEASUREMENT; RNA MOLECULES; SEQUENCE-DEPENDENT; TRANSCRIPT LEVEL; TRANSCRIPTION INITIATION;

BIOACTIVITY; TRANSCRIPTION;

RNA;

EID: 76149092498 PISSN: 15393755 EISSN: 15502376 Source Type: Journal
DOI: 10.1103/PhysRevE.81.011912 Document Type: Article

Times cited : (20)

References (36)

1
- 0037119587
- 10.1126/science.1070919
- M. Elowitz, A. Levine, E. Siggia, and P. Swain, Science 297, 1183 (2002). 10.1126/science.1070919
- (2002) Science , vol.297 , pp. 1183
- Elowitz, M.¹ Levine, A.² Siggia, E.³ Swain, P.⁴

2
- 19544379881
- 10.1038/nrg1615
- M. Kærn, T. Elston, W. Blake, and J. Collins, Nat. Rev. Genet. 6, 451 (2005). 10.1038/nrg1615
- (2005) Nat. Rev. Genet. , vol.6 , pp. 451
- Kærn, M.¹ Elston, T.² Blake, W.³ Collins, J.⁴

3
- 0034688173
- 10.1038/35002125
- M. Elowitz and S. Leibler, Nature (London) 403, 335 (2000). 10.1038/35002125
- (2000) Nature (London) , vol.403 , pp. 335
- Elowitz, M.¹ Leibler, S.²

4
- 33645293152
- 10.1038/nature04588
- G. Süel, J. Garcia-Ojalvo, L. Liberman, and M. Elowitz, Nature (London) 440, 545 (2006). 10.1038/nature04588
- (2006) Nature (London) , vol.440 , pp. 545
- Süel, G.¹ Garcia-Ojalvo, J.² Liberman, L.³ Elowitz, M.⁴

5
- 0031879114
- A. Arkin, J. Ross, and H. McAdams, Genetics 149, 1633 (1998).
- (1998) Genetics , vol.149 , pp. 1633
- Arkin, A.¹ Ross, J.² McAdams, H.³

6
- 34147131574
- 10.1126/stke.3662006re17
- M. Samoilov, G. Price, and A. Arkin, Sci. STKE 2006, re17 (2006). 10.1126/stke.3662006re17
- (2006) Sci. STKE , vol.2006 , pp. 17
- Samoilov, M.¹ Price, G.² Arkin, A.³

7
- 41349119880
- 10.1038/ng.110
- M. Acar, J. Mettetal, and A. van Oudenaarden, Nat. Genet. 40, 471 (2008). 10.1038/ng.110
- (2008) Nat. Genet. , vol.40 , pp. 471
- Acar, M.¹ Mettetal, J.² Van Oudenaarden, A.³

8
- 0032428151
- 10.1073/pnas.95.26.15641
- D. Cook, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95, 15641 (1998). 10.1073/pnas.95.26.15641
- (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.95 , pp. 15641
- Cook, D.¹

9
- 26844581913
- 10.1073/pnas.0503858102
- D. Bratsun, D. Volfson, L. Tsimring, and J. Hasty, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102, 14593 (2005). 10.1073/pnas.0503858102
- (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.102 , pp. 14593
- Bratsun, D.¹ Volfson, D.² Tsimring, L.³ Hasty, J.⁴

10
- 48749114725
- 10.1016/j.febslet.2008.07.028
- R. Zhu and D. Salahub, FEBS Lett. 582, 2905 (2008). 10.1016/j.febslet. 2008.07.028
- (2008) FEBS Lett. , vol.582 , pp. 2905
- Zhu, R.¹ Salahub, D.²

11
- 33749336242
- 10.1371/journal.pcbi.0020117
- M. Barrio, A. Leier, and T. Tian, PLOS Comput. Biol. 2, e117 (2006). 10.1371/journal.pcbi.0020117
- (2006) PLOS Comput. Biol. , vol.2 , pp. 117
- Barrio, M.¹ Leier, A.² Tian, T.³

12
- 34548742372
- 10.1089/cmb.2007.0029
- S. Zeiser, J. Muller, and V. Liebscher, J. Comput. Biol. 14, 984 (2007). 10.1089/cmb.2007.0029
- (2007) J. Comput. Biol. , vol.14 , pp. 984
- Zeiser, S.¹ Muller, J.² Liebscher, V.³

13
- 34248147640
- 10.1016/j.jtbi.2007.01.021
- R. Zhu, A. S. Ribeiro, D. Salahub, and S. Kauffman, J. Theor. Biol. 246, 725 (2007). 10.1016/j.jtbi.2007.01.021
- (2007) J. Theor. Biol. , vol.246 , pp. 725
- Zhu, R.¹ Ribeiro, A.S.² Salahub, D.³ Kauffman, S.⁴

14
- 1842383693
- 10.1073/pnas.77.10.5634
- W. McClure, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 77, 5634 (1980). 10.1073/pnas.77.10.5634
- (1980) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.77 , pp. 5634
- McClure, W.¹

15
- 0021154435
- 10.1146/annurev.bi.53.070184.002133
- P. von Hippel, D. Bear, W. Morgan, and J. McSwiggen, Annu. Rev. Biochem. 53, 389 (1984). 10.1146/annurev.bi.53.070184.002133
- (1984) Annu. Rev. Biochem. , vol.53 , pp. 389
- Von Hippel, P.¹ Bear, D.² Morgan, W.³ McSwiggen, J.⁴

16
- 0021891874
- 10.1146/annurev.bi.54.070185.001131
- W. McClure, Annu. Rev. Biochem. 54, 171 (1985). 10.1146/annurev.bi.54. 070185.001131
- (1985) Annu. Rev. Biochem. , vol.54 , pp. 171
- McClure, W.¹

17
- 0035883859
- 10.1093/nar/29.18.3873
- R. Lutz, T. Lozinski, T. Ellinger, and H. Bujard, Nucleic Acids Res. 29, 3873 (2001). 10.1093/nar/29.18.3873
- (2001) Nucleic Acids Res. , vol.29 , pp. 3873
- Lutz, R.¹ Lozinski, T.² Ellinger, T.³ Bujard, H.⁴

18
- 57349199452
- 10.1016/j.ymeth.2008.10.018
- W. Ross and R. Gourse, Methods 47, 13 (2009). 10.1016/j.ymeth.2008.10.018
- (2009) Methods , vol.47 , pp. 13
- Ross, W.¹ Gourse, R.²

19
- 34547309578
- 10.1103/PhysRevE.75.061903
- A. S. Ribeiro, Phys. Rev. E 75, 061903 (2007). 10.1103/PhysRevE.75.061903
- (2007) Phys. Rev. e , vol.75 , pp. 061903
- Ribeiro, A.S.¹

20
- 34247550417
- 10.1088/1478-3975/3/4/005
- M. Roussel and R. Zhu, Phys. Biol. 3, 274 (2006). 10.1088/1478-3975/3/4/ 005
- (2006) Phys. Biol. , vol.3 , pp. 274
- Roussel, M.¹ Zhu, R.²

21
- 33845369407
- 10.1089/cmb.2006.13.1630
- A. S. Ribeiro, R. Zhu, and S. Kauffman, J. Comput. Biol. 13, 1630 (2006). 10.1089/cmb.2006.13.1630
- (2006) J. Comput. Biol. , vol.13 , pp. 1630
- Ribeiro, A.S.¹ Zhu, R.² Kauffman, S.³

22
- 38349185928
- 10.1126/science.1144331
- J. Pedraza and J. Paulsson, Science 319, 339 (2008). 10.1126/science. 1144331
- (2008) Science , vol.319 , pp. 339
- Pedraza, J.¹ Paulsson, J.²

23
- 0842285841
- 10.1038/nature02257
- J. Paulsson, Nature (London) 427, 415 (2004). 10.1038/nature02257
- (2004) Nature (London) , vol.427 , pp. 415
- Paulsson, J.¹

24
- 64749109255
- 10.1089/cmb.2008.0153
- A. S. Ribeiro, O.-P. Smolander, T. Rajala, A. Hakkinen, and O. Yli-Harja, J. Comput. Biol. 16, 539 (2009). 10.1089/cmb.2008.0153
- (2009) J. Comput. Biol. , vol.16 , pp. 539
- Ribeiro, A.S.¹ Smolander, O.-P.² Rajala, T.³ Hakkinen, A.⁴ Yli-Harja, O.⁵

25
- 38349008878
- 10.1529/biophysj.107.105767
- M. Voliotis, N. Cohen, C. Molina-Paris, and T. Liverpool, Biophys. J. 94, 334 (2008). 10.1529/biophysj.107.105767
- (2008) Biophys. J. , vol.94 , pp. 334
- Voliotis, M.¹ Cohen, N.² Molina-Paris, C.³ Liverpool, T.⁴

26
- 14644407528
- 10.1038/nrm1588
- S. Greive and P. von Hippel, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 6, 221 (2005). 10.1038/nrm1588
- (2005) Nat. Rev. Mol. Cell Biol. , vol.6 , pp. 221
- Greive, S.¹ Von Hippel, P.²

27
- 33744981369
- 10.1016/j.cell.2006.04.032
- K. Herbert, Cell 125, 1083 (2006). 10.1016/j.cell.2006.04.032
- (2006) Cell , vol.125 , pp. 1083
- Herbert, K.¹

28
- 34147106039
- 10.1093/bioinformatics/btm004
- A. S. Ribeiro and J. Lloyd-Price, Bioinf. 23, 777 (2007). 10.1093/bioinformatics/btm004
- (2007) Bioinf. , vol.23 , pp. 777
- Ribeiro, A.S.¹ Lloyd-Price, J.²

29
- 33645514260
- 10.1073/pnas.0600145103
- J. Park and J. Roberts, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103, 4870 (2006). 10.1073/pnas.0600145103
- (2006) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.103 , pp. 4870
- Park, J.¹ Roberts, J.²

30
- 0038760038
- 10.1016/S0300-9084(03)00105-6
- H. Bremer, P. Dennis, and M. Ehrenberg, Biochimie 85, 597 (2003). 10.1016/S0300-9084(03)00105-6
- (2003) Biochimie , vol.85 , pp. 597
- Bremer, H.¹ Dennis, P.² Ehrenberg, M.³

31
- 25444468618
- 10.1126/science.1105891
- J. Raser and E. O'Shea, Science 309, 2010 (2005). 10.1126/science.1105891
- (2005) Science , vol.309 , pp. 2010
- Raser, J.¹ O'Shea, E.²

32
- 33645429016
- 10.1021/j100540a008
- D. Gillespie, J. Phys. Chem. 81, 2340 (1977). 10.1021/j100540a008
- (1977) J. Phys. Chem. , vol.81 , pp. 2340
- Gillespie, D.¹

33
- 0026492668
- 10.1038/360488a0
- P. Bouvet and J. Belasco, Nature (London) 360, 488 (1992). 10.1038/360488a0
- (1992) Nature (London) , vol.360 , pp. 488
- Bouvet, P.¹ Belasco, J.²

34
- 55449126379
- 10.1371/journal.pcbi.1000192
- P. Ingram, M. Stumpf, and J. Stark, PLOS Comput. Biol. 4, e1000192 (2008). 10.1371/journal.pcbi.1000192
- (2008) PLOS Comput. Biol. , vol.4 , pp. 1000192
- Ingram, P.¹ Stumpf, M.² Stark, J.³

35
- 28944434119
- 10.1016/j.cell.2005.09.031
- I. Golding, J. Paulsson, S. Zawilski, and E. Cox, Cell 123, 1025 (2005). 10.1016/j.cell.2005.09.031
- (2005) Cell , vol.123 , pp. 1025
- Golding, I.¹ Paulsson, J.² Zawilski, S.³ Cox, E.⁴

36
- 33646591544
- 10.1016/j.cub.2006.03.092
- J. Chubb, Curr. Biol. 16, 1018 (2006). 10.1016/j.cub.2006.03.092
- (2006) Curr. Biol. , vol.16 , pp. 1018
- Chubb, J.¹

* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.