An interstrand-wedged duplex composed of alternating DNA base pairs and covalently attached intercalators

Journal of Materials Chemistry

Volumn 20, Issue 3, 2010, Pages 575-581

  Liang, Xingguo ^a   Nishioka, Hidenori ^a   Mochizuki, Toshio ^a   Asanuma, Hiroyuki ^a,b  

^a NAGOYA UNIVERSITY   (Japan)

^b JAPAN SCIENCE AND TECHNOLOGY AGENCY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AZOBENZENE DERIVATIVES; AZOBENZENE MOIETY; BASE PAIRS; DNA BASE PAIRS; DNA DUPLEXES; DNA HYBRIDIZATION; DUPLEX STRUCTURES; FUNCTIONAL NANOSTRUCTURES; INTERCALATORS; NANO-DEVICES; ORGANIC MOLECULES; PLANAR MOLECULES; SEQUENCE SPECIFICITY;

DNA; NUCLEIC ACIDS;

GENES;

EID: 72949100713     PISSN: 09599428     EISSN: 13645501     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b915993b     Document Type: Article

References (59)

1. E. R. Kay D. A. Leigh F. Zerbetto Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 72 191
2. M. Fujita M. Tominaga A. Hori B. Therrien Acc. Chem. Res. 2005 38 369 378
3. N. C. Seeman A. M. Belcher Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 6451 6455
4. T. Muraoka K. Kinbara T. Aida Nature 2006 440 512 515
5. E. Lortscher J. W. Ciszek J. Tour H. Riel Small 2006 2 973 977
6. E. Yashima K. Maeda Y. Furusho Acc. Chem. Res. 2008 41 1166 1180
7. H. Goto Y. Furusho K. Miwa E. Yashima J. Am. Chem. Soc. 2009 131 4710 4719
8. J. Kumaki T. Kawauchi K. Okaoshi H. Kusanagi E. Yashima Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 5348 5351
9. J. H. Chen N. C. Seeman Nature 1991 350 631 633
10. C. A. Mirkin R. L. Letsinger R. C. Mucic J. J. Storhoff Nature 1996 382 607 609
11. E. Winfree F. Liu L. A. Wenzler N. C. Seeman Nature 1998 394 539 544
12. W. M. Shih J. D. Quispe G. F. Joyce Nature 2004 427 618 621
13. P. W. K. Rothemund Nature 2006 440 297 302
14. R. P. Goodman I. A. T. Schaap C. F. Tardin C. M. Erben R. M. Berry C. F. Schmidt A. J. Turberfield Science 2005 310 1661 1665
15. A. J. Turberfield B. Yurke A. P. Mills F. C. Simmel J. L. Neumann Nature 2000 406 605 608
16. J. S. Shin N. A. Pierce J. Am. Chem. Soc. 2004 126 10834 10835
17. Y. Tian C. D. Mao J. Am. Chem. Soc. 2004 126 11410 11411
18. Y. He M. Su C. Zhang A. E. Ribbe W. Jiang C. Mao Nature 2008 452 198 202
19. S. Beyer F. C. Simmel Nucleic Acids Res. 2006 34 1581 1587
20. T. Liedl T. L. Sobey F. C. Simmel Nano Today 2007 2 36 41
21. N. C. Seeman P. S. Lukeman Rep. Prog. Phys. 2005 68 237 270
22. M. K. Beissenhirtz I. Willner Org. Biomol. Chem. 2006 4 3392 3401
23. N. C. Seeman Trends Biochem. Sci. 2005 30 119 125
24. R. L. Letsinger M. E. Schott J. Am. Chem. Soc. 1981 103 7394 7396
25. S. Verma F. Eckstein Annu. Rev. Biochem. 1998 67 99 134
26. K. Yamana R. Aota H. Nakano Tetrahedron Lett. 1995 36 8427 8430
27. K. Yamana H. Zako K. Asazuma R. Iwase H. Nakano A. Murakami Angew. Chem., Int. Ed. 2001 40 1104 1106
28. D. J. French C. L. Archard T. Brown D. G. McDowell Mol. Cell. Probes 2001 15 363 374
29. G. T. Hwang Y. J. Seo B. H. Kim J. Am. Chem. Soc. 2004 126 6528 6529
30. T. S. Zatsepin M. J. Gait T. S. Oretskaya IUBMB Life 2004 56 209 214
31. H. Nishioka X. G. Liang H. Kashida H. Asanuma Chem. Commun. 2007 42 4354 4356
32. M. A. Reynolds T. A. Beck R. I. Hogrefe A. McCaffrey L. J. Jr. Arnold M. M. Vaghefi Bioconjugate Chem. 1992 3 366 374
33. K. Fukui M. Morimoto H. Segawa K. Tanaka T. Shimidzu Bioconjugate Chem. 1996 7 349 355
34. K. Fukui K. Iwane T. Shimidzu K. Tanaka Tetrahedron Lett. 1996 37 4983 4986
35. E. T. Kool Acc. Chem. Res. 2002 35 936 943
36. J. Gao S. Watanabe E. T. Kool J. Am. Chem. Soc. 2004 126 12748 12749
37. A. Cuppoletti Y. Cho J.-S. Park C. Strassler E. T. Kool Bioconjugate Chem. 2005 16 528 534
38. I. V. Astakhova V. A. Korshun J. Wengel Chem.-Eur. J. 2008 14 11010 11026
39. V. L. Malinovskii R. Haner Eur. J. Org. Chem. 2006 3550 3553
40. S. M. Langenegger R. Haner Bioorg. Med. Chem. Lett. 2006 16 5062 5065
41. H. Kashida T. Fujii H. Asanuma Org. Biomol. Chem. 2008 6 2892 2899
42. H. Asanuma K. Shirasuka T. Takarada H. Kashida M. Komiyama J. Am. Chem. Soc. 2003 125 2217 2223
43. U. B. Christensen E. B. Pedersen Nucleic Acids Res. 2002 30 4918 4925
44. S. Berndl H. A. Wagenknecht Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 2418 2421
45. G. H. Clever C. Kaul T. Carell Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 6266 6236
46. V. L. Malinovskii F. Samain R. Haner Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 4464 4467
47. C. Brotschi C. J. Leumann Angew. Chem., Int. Ed. 2003 42 1655 1658
48. K. Tanaka A. Tengeiji T. Kato N. Toyama M. Shionoya Science 2003 299 1212 1213
49. H. Asanuma T. Takarada T. Yoshida X. G. Liang M. Komiyama Angew. Chem., Int. Ed. 2001 40 2671 2673
50. X. G. Liang H. Asanuma H. Kashida A. Takasu T. Sakamoto G. Kawai M. Komiyama J. Am. Chem. Soc. 2003 125 16408 16415
51. H. Kashida X. G. Liang H. Asanuma Curr. Org. Chem. 2009 13 1065 1084
52. H. Asanuma X. G. Liang T. Yoshida M. Komiyama ChemBioChem 2001 2 39 44
53. H. Asanuma X. G. Liang H. Nishioka D. Matsunaga M. Liu M. Komiyama Nature Protocols 2007 2 203 212
54. X. G. Liang T. Mochizuki H. Asanuma Small 2009 5 1761 1768
55. G. Otting R. Grutter W. Leupin C. Minganti K. N. Ganesh B. S. Sproat M. J. Gait K. Wüthrich Eur. J. Biochem. 1987 166 215 220
56. B. Alberts, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts, and P. Walter. Molecular Biology of the Cell. 4th Edition, Garland Science, Taylor & Francis Group, New York, 194-195, 2002
57. M. Zuker Nucleic Acid Res. 2003 31 3406 3415
58. X. G. Liang H. Nishioka N. Takenaka H. Asanuma ChemBioChem 2008 9 702
59. X. G. Liang H. Nishioka N. Takenaka H. Asanuma LNCS 2009 5347 21 29