The powerful law of the power law and other myths in network biology

Molecular BioSystems

Volumn 5, Issue 12, 2009, Pages 1482-1493

  Lima Mendez, Gipsi ^a   Van Helden, Jacques ^a  

^a UNIVERSITÉ LIBRE DE BRUXELLES   (Belgium)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL MODEL; BIOLOGY; GENE REGULATORY NETWORK; METABOLISM; METHODOLOGY; REVIEW; SEMANTICS; SIGNAL TRANSDUCTION;

COMPUTATIONAL BIOLOGY; GENE REGULATORY NETWORKS; METABOLIC NETWORKS AND PATHWAYS; MODELS, BIOLOGICAL; SEMANTICS; SIGNAL TRANSDUCTION;

EID: 72949090589     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b908681a     Document Type: Review

References (75)

1. D. J. Watts S. H. Strogatz Nature 1998 393 440 442
2. A. L. Barabási R. Albert Science 1999 286 509 512
3. D. Fell and A. Wagner, Structural properties of metabolic networks: implications for evolution and modelling of metabolism, in Animating the cellular map, ed., J. Hofmeyr, J. Rohwer, and, J. L. Snoep, Stellenbosch Univ. Press, Stellenbosch, 2000, pp. 79-85
4. D. A. Fell A. Wagner Nat. Biotechnol. 2000 18 1121 1122
5. H. Jeong B. Tombor R. Albert Z. N. Oltvai A. L. Barabasi Nature 2000 407 651 654
6. E. Ravasz A. L. Somera D. A. Mongru Z. N. Oltvai A. L. Barabasi Science 2002 297 1551 1555
7. H. Jeong S. P. Mason A. L. Barabasi Z. N. Oltvai Nature 2001 411 41 42
8. A. Bhan D. J. Galas T. G. Dewey Bioinformatics 2002 18 1486 1493
9. M. M. Babu N. M. Luscombe L. Aravind M. Gerstein S. A. Teichmann Curr. Opin. Struct. Biol. 2004 14 283 291
10. N. M. Luscombe M. M. Babu H. Yu M. Snyder S. A. Teichmann M. Gerstein Nature 2004 431 308 312
11. S. H. Yook F. Radicchi H. Meyer-Ortmanns Phys. Rev. E 2005 72 045105
12. A. L. Barabási Z. N. Oltvai Nat. Rev. Genet. 2004 5 101 113
13. R. Khanin E. Wit J. Comput. Biol. 2006 13 810 818
14. J. J. Daudin F. Picard S. Robin Stat. Comput 2008 18 173 183
15. http://www.askoxford.com, Oxford University Press, 2005
16. E. F. Keller BioEssays 2005 27 1060 1068
17. L. Li D. Alderson J. C. Doyle W. Willinger Internet Math. 2005 2 431 523
18. M. Arita Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 1543 1547
19. W. K. Kim E. M. Marcotte PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000232
20. M. Arita J. Biochem. (Tokyo) 2005 138 1 4
21. M. P. Stumpf C. Wiuf R. M. May Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 4221 4224
22. J. van Helden L. Wernisch D. Gilbert S. J. Wodak Ernst Schering Res. Found. Workshop 2002 245 274
23. D. Croes F. Couche S. J. Wodak J. van Helden J. Mol. Biol. 2006 356 222 236
24. M. Kotera, M. Hattori, M.-A. Oh, R. Yamamoto, T. Komeno, J. Yabuzaki, K. Tonomura, S. Goto and M. Kanehisa, Genome Informatics, presented at the 15th International Conference on Genome Informatics, Yokohama Pacifico, Japan, 2004
25. M. Kotera Y. Okuno M. Hattori S. Goto M. Kanehisa J. Am. Chem. Soc. 2004 126 16487 16498
26. R. Albert H. Jeong A. L. Barabasi Nature 2000 406 378 382
27. J. D. Han N. Bertin T. Hao D. S. Goldberg G. F. Berriz L. V. Zhang D. Dupuy A. J. Walhout M. E. Cusick F. P. Roth M. Vidal Nature 2004 430 88 93
28. P. M. Kim L. J. Lu Y. Xia M. B. Gerstein Science 2006 314 1938 1941
29. E. Ravasz A. L. Barabasi Phys. Rev. E 2003 67 026112
30. A. Wagner Mol. Biol. Evol. 2001 18 1283 1292
31. E. Eisenberg E. Y. Levanon Phys. Rev. Lett. 2003 91 138701
32. K. S. Makarova L. Aravind M. Y. Galperin N. V. Grishin R. L. Tatusov Y. I. Wolf E. V. Koonin Genome Res. 1999 9 608 628
33. N. Kyrpides R. Overbeek C. Ouzounis J. Mol. Evol. 1999 49 413 423
34. K. Evlampiev H. Isambert BMC Syst. Biol. 2007 1 49
35. K. Evlampiev H. Isambert Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 9863 9868
36. I. Ispolatov P. L. Krapivsky A. Yuryev Phys. Rev. E 2005 71 061911
37. R. Pastor-Satorras E. Smith R. V. Solé J. Theor. Biol. 2003 222 199 210
38. J. B. Pereira-Leal S. A. Teichmann Genome Res. 2005 15 552 559
39. M. Arita Genome Res. 2003 13 2455 2466
40. K. Faust D. Croes J. van Helden J. Mol. Biol. 2009 388 390 414
41. S. S. Shen-Orr R. Milo S. Mangan U. Alon Nat. Genet. 2002 31 64 68
42. R. Milo S. Shen-Orr S. Itzkovitz N. Kashtan D. Chklovskii U. Alon Science 2002 298 824 827
43. R. Milo S. Itzkovitz N. Kashtan R. Levitt S. Shen-Orr I. Ayzenshtat M. Sheffer U. Alon Science 2004 303 1538 1542
44. Y. Artzy-Randrup S. J. Fleishman N. Ben-Tal L. Stone Science 2004 305 1107
45. R. Milo S. Itzkovitz N. Kashtan R. Levitt U. Alon Science 2004 305 1107
46. R. Milo S. Itzkovitz N. Kashtan R. Levitt U. Alon Science 2004 305 1107d 10.1126/science.1100519
47. R. P. Alexander P. M. Kim T. Emonet M. B. Gerstein Sci. Signaling 2009 2 pe44
48. F. Jacob J. Monod J. Mol. Biol. 1961 3 318 356
49. S. A. Kauffman Science 1973 181 310 318
50. L. Glass S. A. Kauffman J. Theor. Biol. 1973 39 103 129
51. R. Thomas J. Theor. Biol. 1973 42 563 585
52. R. Thomas and R. D'Ari, Biological feedback, CRC Press, Boca Raton, 1990
53. R. Thomas J. Theor. Biol. 1978 73 631 656
54. D. Thieffry Briefings Bioinf. 2007 8 220 225
55. T. S. Gardner C. R. Cantor J. J. Collins Nature 2000 403 339 342
56. M. B. Elowitz S. Leibler Nature 2000 403 335 338
57. S. Atsumi J. W. Little Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 19045 19050
58. M. Isalan C. Lemerle K. Michalodimitrakis C. Horn P. Beltrao E. Raineri M. Garriga-Canut L. Serrano Nature 2008 452 840 845
59. 66.
60. A. L. Barabasi Science 2009 325 412 413
61. J. Bascompte Science 2009 325 416 419
62. E. Ostrom Science 2009 325 419 422
63. F. Schweitzer G. Fagiolo D. Sornette F. Vega-Redondo A. Vespignani D. R. White Science 2009 325 422 425
64. A. Vespignani Science 2009 325 425 428
65. J. Bohannon Science 2009 325 409 411
66. J. Bohannon Science 2009 325 410 411
67. C. T. Butts Science 2009 325 414 416
68. L. Hakes J. W. Pinney D. L. Robertson S. C. Lovell Nat. Biotechnol. 2008 26 69 72
69. M. E. J. Newman Contemp. Phys. 2005 46 323 351
70. L. A. Amaral A. Scala M. Barthelemy H. E. Stanley Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 11149 11152
71. M. D. Humphries K. Gurney PLoS One 2008 3 e0002051
72. S. Brohee K. Faust G. Lima-Mendez O. Sand R. Janky G. Vanderstocken Y. Deville J. van Helden Nucleic Acids Res. 2008 36 W444 W451
73. A. L. Lehninger, D. L. Nelson and M. M. Cox, Lehninger Principles of Biochemistry, W. H. Freeman, New York, 4th edn., 2005
74. A. C. Gavin P. Aloy P. Grandi R. Krause M. Boesche M. Marzioch C. Rau L. J. Jensen S. Bastuck B. Dumpelfeld A. Edelmann M. A. Heurtier V. Hoffman C. Hoefert K. Klein M. Hudak A. M. Michon M. Schelder M. Schirle M. Remor T. Rudi S. Hooper A. Bauer T. Bouwmeester G. Casari G. Drewes G. Neubauer J. M. Rick B. Kuster P. Bork R. B. Russell G. Superti-Furga Nature 2006 440 631 636
75. N. J. Krogan G. Cagney H. Yu G. Zhong X. Guo A. Ignatchenko J. Li S. Pu N. Datta A. P. Tikuisis T. Punna J. M. Peregrin-Alvarez M. Shales X. Zhang M. Davey M. D. Robinson A. Paccanaro J. E. Bray A. Sheung B. Beattie D. P. Richards V. Canadien A. Lalev F. Mena P. Wong A. Starostine M. M. Canete J. Vlasblom S. Wu C. Orsi S. R. Collins S. Chandran R. Haw J. J. Rilstone K. Gandi N. J. Thompson G. Musso P. St Onge S. Ghanny M. H. Lam G. Butland A. M. Altaf-Ul S. Kanaya A. Shilatifard E. O'Shea J. S. Weissman C. J. Ingles T. R. Hughes J. Parkinson M. Gerstein S. J. Wodak A. Emili J. F. Greenblatt Nature 2006 440 637 643