Predicting ligand interactions with ABC transporters in ADME

Chemistry and Biodiversity

Volumn 6, Issue 11, 2009, Pages 1960-1969

  Demel, Michael A ^a   Kramer O ^b   Ettmayer, Peter ^b   Haaksma, Eric E J ^b   Ecker, Gerhard F ^a  

^a UNIVERSITY OF VIENNA   (Austria)

^b BOEHRINGER INGELHEIM RCV GMBH AND CO KG   (Austria)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BREAST CANCER RESISTANCE PROTEIN; LIGAND; MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN 1;

ARTIFICIAL NEURAL NETWORK; BIOAVAILABILITY; BLOOD BRAIN BARRIER; CATALYSIS; CHEMICAL STRUCTURE; COMPUTER MODEL; CONFERENCE PAPER; ELECTRON MICROSCOPY; EXTERNAL VALIDITY; HIGH THROUGHPUT SCREENING; HYDROGEN BOND; MOLECULAR DOCKING; MOLECULAR INTERACTION; MULTIDRUG RESISTANCE; PHARMACOPHORE; PREDICTION; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; QUANTITATIVE STRUCTURE ACTIVITY RELATION; SEQUENCE HOMOLOGY; STRUCTURAL HOMOLOGY; SUPPORT VECTOR MACHINE;

ABSORPTION; ANIMALS; ATP-BINDING CASSETTE TRANSPORTERS; COMPUTER SIMULATION; FORECASTING; HUMANS; LIGANDS; MODELS, BIOLOGICAL; MODELS, MOLECULAR; PHARMACEUTICAL PREPARATIONS; PHARMACOKINETICS; STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP; TISSUE DISTRIBUTION;

MURINAE;

EID: 72449197501     PISSN: 16121872     EISSN: 16121880     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbdv.200900138     Document Type: Conference Paper

References (50)

1. H. Glavinas, P. Krajcsi, J. Cserepes, B. Sarkadi, Curr. Drug Delivery 2004, 1, 27.
2. B. Hagenbuch, P. J. Meier, Pfluegers Arch. 2004, 447, 653.
3. H. Koepsell, H. Endou, Pfluegers Arch. 2004, 447, 666.
4. B. Sarkadi, L. Homolya, G. Szakács, A. Vá radi, Physiol. Rev. 2006, 86, 1179.
5. M. M. Gottesman, T. Fojo, S. E. Bates, Nat. Rev. Cancer 2002, 2, 48.
6. M. Dean, T. Fojo, S. E. Bates, Nat. Rev. Cancer 2005, 5, 275.
7. G. Szakács, A. Vá radi, C. Özvegy-Laczka, B. Sarkadi, Drug Discovery Today 2008, 13, 379.
8. R. L. Juliano, V. Ling, Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 1976, 455, 152.
9. I. Nobeli, A. D. Favia, J. M. Thornton, Nat. Biotechnol. 2009, 27, 157.
10. R. Didziapetris, P. Japertas, A. Avdeef, A. Petrauskas, J. Drug Targeting 2003, 11, 391.
11. H. L. Pearce, A. R. Safa, N. J. Bach, M. A. Winter, M. C. Cirtain, W. T. Beck, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 5128.
12. H. L. Pearce, M. A. Winter, W. T. Beck, Adv. Enzyme Regul. 1990, 30, 357.
13. G. Ecker, Chemistry Today 2005, 23, 39.
14. S. Ekins, R. B. Kim, B. F. Leake, A. H. Dantzig, E. G. Schuetz, L.-B. Lan, K. Yasuda, R. L. Shepard, M. A. Winter, J. D. Schuetz, J. H. Wikel, S. A. Wrighton, Mol. Pharmacol. 2002, 61, 974.
15. S. Ekins, R. B. Kim, B. F. Leake, A. H. Dantzig, E. G. Schuetz, L.-B. Lan, K. Yasuda, R. L. Shepard, M. A. Winter, J. D. Schuetz, J. H. Wikel, S. A. Wrighton, Mol. Pharmacol. 2002, 61, 964.
16. I. K. Pajeva, M. Wiese, J. Med. Chem. 2002, 45, 5671.
17. J. E. Penzotti, M. L. Lamb, E. Evensen, P. D. J. Grootenhuis, J. Med. Chem. 2002, 45, 1737.
18. T. Langer, M. Eder, R. D. Hoffmann, P. Chiba, G. F. Ecker, Arch. Pharm. (Weinheim, Ger.) 2004, 337, 317.
19. A. Garrigues, N. Loiseau, M. Delaforge, J. Ferté, M. Garrigos, F. André, S. Orlowski, Mol. Pharmacol. 2002, 62, 1288.
20. G. Cianchetta, R. W. Singleton, M. Zhang, M. Wildgoose, D. Giesing, A. Fravolini, G. Cruciani, R. J. Vaz, J. Med. Chem. 2005, 48, 2927.
21. C. Chang, P. M. Bahadduri, J. E. Polli, P. W. Swaan, S. Ekins, Drug Metab. Dispos. 2006, 34, 1976.
22. W.-X. Li, L. Li, J. Eksterowicz, X. B. Ling, M. Cardozo, J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 2429.
23. G. Wolber, T. Seidel, F. Bendix, T. Langer, Drug Discovery Today 2008, 13, 23.
24. M. A. Demel, R. Schwaha, O. Krämer, P. Ettmayer, E. E. J. Haaksma, G. F. Ecker, Expert Opin. Drug Metab. Toxicol. 2008, 4, 1167.
25. J. Cramer, S. Kopp, S. E. Bates, P. Chiba, G. F. Ecker, Chem. Med. Chem. 2007, 2, 1783.
26. V. K. Gombar, J. W. Polli, J. E. Humphreys, S. A. Wring, S. C. Serabjit-Singh, J. Pharm. Sci. 2004, 93, 957.
27. Y. Xue, C. W. Yap, L. Z. Sun, Z. W. Cao, J. F. Wang, Y. Z. Chen, J. Chem. Inf. Model. 2004, 44, 1497.
28. J. Huang, G. Ma, I. Muhammad, Y. Cheng, J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 1638.
29. Y.-H. Wang, Y. Li, S.-L. Yang, L. Yang, J. Chem. Inf. Model. 2005, 45, 750.
30. H. Li, C. W. Yap, C. Y. Ung, Y. Xue, Z. R. Li, L. Y. Han, H. H. Lin, Y. Z. Chen, J. Pharm. Sci. 2007, 96, 2838.
31. A. Seelig, Eur. J. Biochem. 1998, 251, 252.
32. M. P. Gleeson, J. Med. Chem. 2008, 51, 817.
33. J. H. Friedman, B. E. Popescu, 'Predictive Learning via Rule Ensembles. Technical Report', 2005; http://www-stat.stanford.edu/~jhf/ftp/RuleFit.pdf.
34. M. A. Demel, A. G. K. Janecek, W. N. Gansterer, G. F. Ecker, QSAR Comb. Sci. 2009, 28, 1087.
35. M. F. Rosenberg, R. Callaghan, R. C. Ford, C. F. Higgins, J. Biol. Chem. 1997, 272, 10685.
36. M. F. Rosenberg, A. B. Kamis, R. Callaghan, C. F. Higgins, R. C. Ford, J. Biol. Chem. 2003, 278, 8294.
37. M. F. Rosenberg, R. Callaghan, S. Modok, C. F. Higgins, R. C. Ford, J. Biol. Chem. 2005, 280, 2857.
38. G. Chang, C. B. Roth, Science 2001, 293, 1793.
39. G. Chang, J. Mol. Biol. 2003, 330, 419.
40. C. L. Reyes, G. Chang, Science 2005, 308, 1028.
41. G. Chang, C. B. Roth, C. L. Reyes, O. Pornillos, Y.-J. Chen, A. P. Chen, Science 2006, 314, 1875.
42. R. J. P. Dawson, K. P. Locher, Nature 2006, 443, 180.
43. R. J. P. Dawson, K. P. Locher, FEBS Lett. 2007, 581, 935.
44. A. Ward, C. L. Reyes, J. Yu, C. B. Roth, G. Chang, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 19005.
45. C. Globisch, I. K. Pajeva, M. Wiese, Chem. Med. Chem. 2008, 3, 280.
46. A. W. Ravna, I. Sylte, G. Sager, Eur. J. Med. Chem. 2008, 43, 2557.
47. A. W. Ravna, I. Sylte, G. Sager, Theor. Biol. Med. Model. 2007, 4, 33.
48. T. Stockner, S. J. de Vries, A. M. J. J. Bonvin, G. F. Ecker, P. Chiba, FEBS J. 2009, 276, 964.
49. J.-P. Becker, G. Depret, F. van Bambeke, P. M. Tulkens, M. Prévost, BMC Struct. Biol. 2009, 9, 3.
50. S. G. Aller, J. Yu, A. Ward, Y. Weng, S. Chittaboina, R. Zhuo, P. M. Harrell, Y. T. Trinh, Q. Zhang, I. L. Urbatsch, G. Chang, Science 2009, 323, 1718.