Simulation of DNA catenanes

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 11, Issue 45, 2009, Pages 10543-10552

  Vologodskii, Alexander ^a   Rybenkov, Valentin V ^b  

^a NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITY OF OKLAHOMA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CATENATED DNA; DNA TOPOISOMERASE (ATP HYDROLYSING);

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATION; METABOLISM;

COMPUTER SIMULATION; DNA TOPOISOMERASES, TYPE II; DNA, CATENATED; MODELS, MOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION;

EID: 70450242755     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b910812b     Document Type: Article

References (83)

1. O. Sundin A. Varshavsky Cell 1980 21 103
2. C. J. Ullsperger A. V. Vologodskii A. V. Cozzarelli Nucleic Acids Mol. Biol. 1995 9 115
3. E. L. Zechiedrich N. R. Cozzarelli Genes Dev. 1995 9 2859
4. M. L. Martínez-Robles G. Witz P. Hernández J. B. Schvartzman A. Stasiak D. B. Krimer Nucleic Acids Res. 2009 37 5126
5. S. A. Wasserman N. R. Cozzarelli Science 1986 232 951
6. W. M. Stark and M. R. Boocock, in Mobile Genetic Elements, ed., D. J. Sherratt, Oxford Univ. Press, Oxford, 1995, p. 101
7. V. V. Rybenkov C. Ullsperger A. V. Vologodskii N. R. Cozzarelli Science 1997 277 690
8. G. Charvin D. Bensimon V. Croquette Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 9820
9. M. D. Stone Z. Bryant N. J. Crisona S. B. Smith A. Vologodskii C. Bustamante N. R. Cozzarelli Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 8654
10. G. Charvin A. Vologodskii D. Bensimon V. Croquette Biophys. J. 2005 88 4124
11. K. C. Neuman G. Charvin D. Bensimon V. Croquette Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 6986
12. D. Rolfsen, Knots and Links, Publish or Perish, Inc., Berkeley, CA, 1976
13. K. Murasugi Topology 1987 26 297
14. K. Murasugi, Knot Theory and its Applications, Birkhauser, Boston, 1996
15. S. F. Edwards J. Phys. A: Gen. Phys. 1968 1 15
16. M. G. Brereton S. Shah J. Phys. A: Math. Gen. 1980 13 2751
17. M. G. Brereton S. Shah J. Phys. A: Math. Gen. 1982 15 985
18. F. Tanaka Prog. Theor. Phys. 1982 68 164
19. F. Tanaka Prog. Theor. Phys. 1982 68 148
20. M. G. Brereton T. A. Vilgis J. Phys. A: Math. Gen. 1995 28 1149
21. M. Otto T. A. Vilgis Phys. Rev. Lett. 1998 80 881
22. F. Ferrari H. Kleinert I. Lazzizzera Phys. Lett. A 2000 276 31
23. M. G. Brereton J. Phys. A: Math Gen. 2001 34 5131
24. M. Otto J. Phys. A: Math. Gen. 2001 34 2539
25. F. Ferrari Ann. Phys. 2002 11 255
26. M. Otto J. Phys. A: Math. Gen. 2004 37 2881
27. J. F. Marko Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2009 79 051905
28. J. W. Alexander Trans. Am. Math. Soc. 1928 30 275
29. A. V. Vologodskii A. V. Lukashin M. D. Frank-Kamenetskii Sov. Phys. JETP 1975 40 932
30. A. V. Vologodskii N. R. Cozzarelli J. Mol. Biol. 1993 232 1130
31. V. V. Rybenkov A. V. Vologodskii N. R. Cozzarelli J. Mol. Biol. 1997 267 312
32. A. V. Vologodskii N. J. Crisona B. Laurie P. Pieranski V. Katritch J. Dubochet A. Stasiak J. Mol. Biol. 1998 278 1
33. T. Deguchi, in Physical and Numerical Models in Knot Theory, ed., J. A. Calvo, K. C. Millett, and, E. J. Rawdon, World Scientific Publishing Company, 2005, p. 343
34. N. Hirayama K. Tsurusaki T. Deguchi J. Phys. A: Math. Theor. 2009 42 105001
35. J. H. White K. C. Millett N. R. Cozzarelli J. Mol. Biol. 1987 197 585
36. J. Des Cloizeaux M. L. Metha J. Phys. 1979 40 665
37. M. Le Bret Biopolymers 1980 19 619
38. M. D. Frank-Kamenetskii A. V. Vologodskii Sov. Phys. Usp. 1981 24 679
39. A. Vologodskii, in Computational Studies of DNA and RNA, ed., F. Lankas, and, J. Sponer, Springer, Dordrecht, The Netherlands, 2006, p. 579
40. M. D. Frank-Kamenetskii A. V. Lukashin V. V. Anshelevich A. V. Vologodskii J. Biomol. Struct. Dyn. 1985 2 1005
41. K. V. Klenin A. V. Vologodskii V. V. Anshelevich A. M. Dykhne M. D. Frank-Kamenetskii J. Biomol. Struct. Dyn. 1988 5 1173
42. A. V. Vologodskii S. D. Levene K. V. Klenin M. D. Frank-Kamenetskii N. R. Cozzarelli J. Mol. Biol. 1992 227 1224
43. D. Stigter Biopolymers 1977 16 1435
44. A. V. Vologodskii N. R. Cozzarelli Biopolymers 1995 35 289
45. P. J. Hagerman Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1988 17 265
46. C. Bustamante S. B. Smith J. Liphardt D. Smith Curr. Opin. Struct. Biol. 2000 10 279
47. M. Vologodskaia A. Vologodskii J. Mol. Biol. 2002 317 205
48. D. Shore R. L. Baldwin J. Mol. Biol. 1983 170 983
49. D. S. Horowitz J. C. Wang J. Mol. Biol. 1984 173 75
50. K. V. Klenin A. V. Vologodskii V. V. Anshelevich V. Y. Klisko A. M. Dykhne M. D. Frank-Kamenetskii J. Biomol. Struct. Dyn. 1989 6 707
51. T. Strick J. Allemand V. Croquette D. Bensimon Prog. Biophys. Mol. Biol. 2000 74 115
52. Z. Bryant M. D. Stone J. Gore S. B. Smith N. R. Cozzarelli C. Bustamante Nature 2003 424 338
53. A. A. Brian H. L. Frisch L. S. Lerman Biopolymers 1981 20 1305
54. V. V. Rybenkov N. R. Cozzarelli A. V. Vologodskii Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 5307
55. V. V. Rybenkov A. V. Vologodskii N. R. Cozzarelli Nucleic Acids Res. 1997 25 1412
56. V. Katritch A. Vologodskii Biophys. J. 1997 72 1070
57. A. A. Podtelezhnikov C. Mao N. C. Seeman A. V. Vologodskii Biophys. J. 2000 79 2692
58. S. A. Allison J. A. McCammon Biopolymers 1984 23 363
59. H. Jian A. Vologodskii T. Schlick J. Comp. Phys. 1997 73 123
60. Z. Liu H. S. Chan J. Chem. Phys. 2008 128 145104
61. A. V. Vologodskii, Topology and Physics of Circular DNA, CRC Press, Boca Roton, 1992
62. R. R. Sinden, DNA Structure and Function, Academic Press, San Diego, 1994
63. J. C. Wang J. Mol. Biol. 1967 28 403
64. J. C. Wang N. Davidson Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1968 33 409
65. J. C. Wang H. Schwartz Biopolymers 1967 5 953
66. C. Tanford, Physical Chemistry of Macromolecules, Wiley, New York, 1961
67. S. A. Wasserman J. H. White N. R. Cozzarelli Nature 1988 334 448
68. I. Grainge S. Pathania A. Vologodskii R. Harshey M. Jayaram J. Mol. Biol. 2002 320 515
69. Q. Du A. Livshits A. Kwiatek M. Jayaram A. Vologodskii J. Mol. Biol. 2007 368 170
70. A. V. Vologodskii W. Zhang V. V. Rybenkov A. A. Podtelezhnikov D. Subramanian J. D. Griffith N. R. Cozzarelli Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 3045
71. J. C. Wang Q. Rev. Biophys. 1998 31 107
72. J. Yan M. O. Magnasco J. F. Marko Nature 1999 401 932
73. G. R. Buck E. L. Zechiedrich J. Mol. Biol. 2004 340 933
74. S. Trigueros J. Salceda I. Bermudez X. Fernandez J. Roca J. Mol. Biol. 2004 335 723
75. A. Vologodskii Nucleic Acids Res. 2009 37 3125
76. J. Roca J. M. Berger S. C. Harrison J. C. Wang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 4057
77. Y. S. Polikanov V. A. Bondarenko V. Tchernaenko Y. I. Jiang L. C. Lutter A. Vologodskii V. M. Studitsky Biophys. J. 2007 93 2726
78. L. E. Catto S. R. W. Bellamy S. E. Retter S. E. Halford Nucleic Acids Res. 2008 36 2073
79. N. J. Crisona T. R. Strick D. Bensimon V. Croquette N. R. Cozzarelli Genes Dev. 2000 14 2881
80. K. C. Dong J. M. Berger Nature 2007 450 1201
81. T. Stuchinskaya L. A. Mitchenall A. J. Schoeffler K. D. Corbett J. M. Berger A. D. Bates A. Maxwell J. Mol. Biol. 2009 385 1397
82. K. Kimura V. V. Rybenkov N. J. Crisona T. Hirano N. R. Cozzarelli Cell 1999 98 239
83. Z. M. Petrushenko C. H. Lai R. Rai V. V. Rybenkov J. Biol. Chem. 2006 281 4606