Active-site dynamics of SpvC virulence factor from salmonella typhimurium and density functional theory study of phosphothreonine lyase catalysis

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 46, 2009, Pages 15327-15333

  Smith, Gregory K ^a   Ke, Zhihong ^b   Hengge, Alvan C ^c   Xu, Dingguo ^d   Xie, Daiqian ^b   Guo, Hua ^a  

^a UNIVERSITY OF NEW MEXICO   (United States)

^b NANJING UNIVERSITY   (China)

^c UTAH STATE UNIVERSITY   (United States)

^d China   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ABSTRACTING; AMINES; AMINO ACIDS; CATALYSIS; ENZYME ACTIVITY; HYDROGEN; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; REACTION KINETICS; SIMULATORS; SULFUR COMPOUNDS;

ACTIVE SITE; DFT CALCULATION; ENZYME-SUBSTRATE COMPLEXES; GENERAL BASE; HOST IMMUNE RESPONSE; HYDROGEN BOND NETWORKS; KINETIC ISOTOPIC EFFECTS; LEAVING GROUPS; MITOGEN ACTIVATED PROTEIN KINASE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PHOSPHORYLATED PEPTIDES; PROTON ABSTRACTION; SALMONELLA TYPHIMURIUM; TRANSITION STATE; VIRULENCE FACTORS;

DENSITY FUNCTIONAL THEORY;

EID: 70449587040     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp9052677     Document Type: Article

References (34)

1. Dong, C.; Davis, R. J.; Flavell, R. A. Annu. Rev. Immunol. 2002, 20, 55.
2. Cornelis, G. R. Nat. Rev. Microbiol. 2006, 4, 811.
3. Galan, J. E.; Wolf-Watz, H. Nature 2006, 444, 567.
4. Clatworthy, A. E.; Pierson, E.; Hung, D. T. Nat. Chem. Biol. 2007, 3, 541.
5. Escaich, S. Curr. Opin. Chem. Biol. 2008, 12, 400.
6. Murkherjee, S.; Hao, Y.-H.; Orth, K. Trends Biochem. Sci. 2007, 32, 209.
7. Trosky, J. E.; Li, Y.; Murkherjee, S.; Keitany, G.; Ball, H.; Orth, K. J. Biol. Chem. 2007, 282, 34299.
8. Li, H.; Xu, H.; Zhou, Y.; Zhang, J.; Long, C.; Li, S.; Chen, S.; Zhou, J. M.; Shao, F. Science 2007, 375, 1000.
9. Zhu, Y.; Li, H.; Long, C.; Hu, L.; Xu, H.; Liu, L.; Chen, S.; Wang, D. C.; Shao, F. Mol. Cell 2007, 28, 899.
10. Zhang, J.; Shao, F.; Li, Y.; Cui, H.; Chen, L.; Li, H.; Zou, Y.; Long, C.; Lan, L.; Chai, J.; Chen, S.; Tang, X.; Zhou, J.-M. Cell Host Microbe 2007, 1, 175.
11. Arbibe, L.; Kim, D. W.; Batsche, E.; Pedron, T.; Mateescu, B.; Muchardt, C.; Parsot, C.; Sansonetti, P. J. Nat. Immunol. 2007, 8, 47.
12. Mazurkiewicz, P.; Thomas, J.; Thompson, J. A.; Liu, M.; Arbibe, L.; Sansonetti, P.; Holden, D. W. Mol. Microbiol. 2008, 67, 1371.
13. Meyer, H. E.; Hoffmann-Posorske, E.; Korte, H.; Heilmeyer, J. H. L. M. G. FEBS Lett. 1986, 204, 61.
14. McLachlin, D. T.; Chait, B. T. Anal. Chem. 2003, 75, 6826.
15. Mattila, K.; Siltainsuu, J.; Balaspiri, L.; Ora, M.; Loennberg, H. Org. Biomole. Chem. 2005, 3, 3039.
16. Klemm, C.; Schroeder, S.; Glueckmann, M.; Beyermann, M.; Krause, E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2697.
17. Thaler, F.; Valsasina, B.; Baldi, R.; Xie, J.; Stewart, A.; Isacchi, A.; Kalisz, H. M.; Rusconi, L. Anal. Bioanal. Chem. 2003, 376, 366.
18. Bennett, K. L.; Stensballe, A.; Podtelejnikov, A. V.; Moniatte, M.; Jensen, O. N. J. Mass Spectrose 2002, 37, 179.
19. Byford, M. F. Biochem. J. 1991, 280, 261.
20. Chargaff, E.; Sprinson, D. B. J. Biol. Chem. 1943, 151, 273.
21. Crout, D. H.; Gregorio, M. V.; Muller, U. S.; Komatsubara, S.; Kisumi, M.; Chibata, I. Eur. J. Biochem. 1980, 106, 97.
22. Garrido-Franco, M.; Ehlert, S.; Messerschmidt, A.; Marinkoic, S.; Huber, R.; Laber, B.; Bourenkov, G. P.; Clausen, T. J. Biol. Chem. 2002, 277, 12396.
23. Kotloff, K. L.; Winickoff, J. P.; Ivanoff, B.; Clemens, J. D.; Swerdlow, D. L.; Sansonetti, P. J.; Adak, G. K.; Levine, M. M. Bull. World Health Org. 1999, 77, 651.
24. Chen, L.; Wang, H.; Zhang, J.; Gu, L.; Huang, N.; Zhou, J.-M.; Chai, J. Nat. Struct. Mol. Biol. 2008, 15, 101.
25. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
26. Brooks III, C. L.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1989, 208, 159.
27. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
28. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
29. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
30. Gonzalez, C.; Schlegel, H. B. J. Chem. Phys. 1989, 90, 2154.
31. Tomasi, J.; Persico, M. Chem. Rev. 1994, 94, 2027.
32. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A.; Vreven T.; Jr., Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, rev. A.l; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
33. Bigeleisen, J.; Mayer, M. G. J. Chem. Phys. 1947, 15, 261.
34. Anisimov, V.; Paneth, P. J. Math. Chem. 1999, 26, 75.