Structure and dynamics of adenosine bulged RNA duplex reveals formation of the dinucleotide platform in the C:G-A triple

Arkivoc

Volumn 2009, Issue 3, 2009, Pages 130-144

  Popenda, Lukasz ^a   Lukasz, Bielecki ^a   Gdaniec, Zofia ^a   Adamiak, Ryszard W ^a  

^a POLISH ACADEMY OF SCIENCES   (Poland)

Author keywords

Base triple; Dinucleotide platform; Molecular dynamics; NMR spectroscopy; RNA bulges

Indexed keywords

EID: 70350117090     PISSN: 1551-7012     EISSN: 15517004     Source Type: Journal    
DOI: 10.3998/ark.5550190.0010.311     Document Type: Article

References (52)

1. Egli, M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 580.
2. Hermann, T.; Patel, D. J. Structure 2000, 8, R47.
3. Turner, D. H. Curr. Opin. Struct. Biol. 1992, 2, 334.
4. Peattie, D. A.; Douthwaite, S.; Garret, R. A.;Noller, H. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1981, 78, 7331.
5. Valegard, K.; Murray, J. B.; Stonehouse, N. J.; van den Worm, S.; Stockley, P. G.;Lijias, L. J. Mol. Biol. 1997, 270, 724.
6. Vicens, Q.; Westhof, E. J. Mol. Biol. 2003, 326, 1175.
7. Correll, C. C.; Beneken, J.; Plantinga, M. J.; Lubbers, M.;Chan, Y. L. J. Mol. Biol. 2003, 31, 6806.
8. Ennifar, E.; Yusupov, M.; Walter, P.; Marquet, R.; Ehresmann, B.; Ehresmann, C.;Dumas, P. Structure 1999, 7, 1439.
9. Joshua-Tor, L.; Rabinovich, D.; Hope, H.; Frolow, F.; Appela, E.;Sussman, J. L. Nature 1988, 334, 82.
10. Portmann, S.; Grimm, S.; Workman, C.; Usman, N.;Egli, M. Chem. Biol. 1996, 3, 173.
11. Sudarsanakumar, Ch.; Xiong, M.;Sundaralingam, M. J. Mol. Biol. 2000, 299, 103.
12. Xiong, Y.; Deng, J.; Sudarsanakumar, C.;Sundaralingam, M. J. Mol. Biol. 2001, 313, 573.
13. Cabello-Villegas, J.; Giles, K.E.; Soto, A. M.; Yu, P.; Mougin, A.; Beemon, K. L.;Wang, Y. X. RNA 2004, 10, 1388.
14. Dornberger, U.; Hillisch, A.; Gollmick, F. A.; Fritzsche, H.;Diekmann, S. Biochemistry 1999, 38, 12860.
15. Finger, L. D.; Trantirek, L.; Johansson, C.;Feigon, J. Nucl. Acids Res. 2003, 31, 6461.
16. Gollmick, F. A.; Lorenz, M.; Dornberger, U.; von Langen, J.; Diekmann, S.; Fritzsche, H. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 2669.
17. Greenbaum, N. L.; Radhakrishnan, I.; Patel, D. J.;Hirsh, D. Structure 1996, 4, 725.
18. Newby, M. I.; Greenbaum, N. L. Nature Struct. Biol. 2002, 9, 958.
19. Popenda, L.; Adamiak, R. W.;Gdaniec, Z. Biochemistry 2008, 47, 5059.
20. Rosen, M. A.; Live, D.;Patel, D. J. Biochemistry 1992, 31, 4004.
21. Thiviyanathan, V.; Guliaev, A. B.; Leontis, N. B.;Gorenstein, D. G. J. Mol. Biol. 2000, 300, 1143.
22. Zacharias, M.;Sklenar, H. J. Mol. Biol. 1999, 289, 261.
23. Barthel, A.; Zacharias, M. Biophys. J. 2006, 90, 2450.
24. Hastings, W. A.; Yingling, Y. G.; Chirikjian, G. S.;Shapiro, B. A. J. Comput. Theor. Nanosci. 2006, 3, 63.
25. Kazantsev, A. V.; Krivenko, A. A.; Harrington, D. J.; Holbrook, S. R.; Adams, P. D.;Pace, N. R. Proc. Natl Acad. Sci. USA 2005, 102, 13392.
26. Leeper, T. C.; Martin, M. B.; Kim, H.; Cox, S.; Semenchenko, V.; Schmidt, F. J.;Van Doren, S. R. Nature Struct. Biol. 2002, 9, 397.
27. Zagorowska, I.; Adamiak, R. W. Biochimie 1996, 78, 123.
28. Kulinski, T.; Bielecki, L.;Adamiak, R. W. Nucleic Acids Res. Supplement No 1 2001, 139.
29. Ferner, J.; Villa, A.; Duchardt, E.; Widjajakusuma, E.; Wohnert, J.; Stock, G.;Schwalbe, H. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 1928.
30. Villa, A.; Stock, G. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1228.
31. Varani, G.; Tinoco, I.Jr. Q. Rev. Biophys. 1991, 24, 479.
32. Varani, G.; Aboulela, F.;Allain, F. H. T. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1996, 29, 51.
33. Wijmenga, S. S.; van Buuren, B. N. M. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1998, 32, 287.
34. Sashital, D. G.; Allmann, A. M.; Van Doren, S. R.;Butcher, S. E. Biochemistry 2003, 42, 1470.
35. Smith, J. S.; Nikonowicz, E. P. Biochemistry 1998, 37, 13486.
36. Smith, J. S.; Nikonowicz, E. P. Biochemistry 2000, 39, 5642.
37. D'Souza, V.; Dey, A.; Habib, D.;Summers, M. F. J. Mol. Biol. 2004, 337, 427.
38. Lukavsky, P. J.; Kim, I.; Otto, G. A.;Puglisi, J. D. Nature Struct. Biol. 2003, 10, 1033.
39. Amarasinghe, G. K.; De Guzman, R. N.; Turner, R. B.;Summers, M. F. J. Mol. Biol. 2000, 299, 145.
40. Schmitz, M. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 6358.
41. Beaucage, S. L.; Caruthers, M. H. Tetrahedron Lett. 1981, 22, 1859.
42. Piotto, M.; Saudek, V.;Sklenar, V. J. Biomol. NMR 1992, 2, 661.
43. Shaka, A. J.; Barker, P. B.;Freeman, R. J. Magn. Reson. 1985, 64, 547.
44. Stein, E. G.; Rice, L. M.;Brunger, A. T. J. Magn. Reson. 1997, 124, 154.
45. Schwieters, C. D.; Kuszewski, J. J.; Tjandra, N.; Clore, G. M. J. Magn. Reson. 2003, 160, 65.
46. Schwieters, C. D.; Kuszewski, J. J.;Clore, G. M. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2006, 48, 47.
47. Clore, G. M.; Kuszewski, J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1518.
48. Jorgensen, W.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.;Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
49. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, I. T. E.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.;Kollman, P. A. AMBER 8 2004, University of California, San Francisco.
50. Duan, Y.; Chowdhury, S.; Wu, C.; Xiong, G. M.; Zhang, W.; Yang, R.; Lee, M.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J. M.; Kollman, P. A. J. Comp. Chem. 2003, 24, 1999.
51. Darden, T.; Perera, L.; Li, L.P.;Pedersen, L. Structure 1999, 7, R55-R60.
52. Auffinger, P.; Bielecki, L.;Westhof, E. Chemistry & Biology 2003, 10, 551.