A fast method of large-scale serial semiempirical calculations of docking complexes

Russian Chemical Bulletin

Volumn 57, Issue 9, 2008, Pages 1793-1798

  Anikin, N A ^a   Andreev, A M ^a   Kuz'minskii, M B ^a   Mendkovich, A S ^a  

^a N D ZELINSKY INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY   (Russian Federation)

Author keywords

Fast quantum chemical calculations; Large scale calculations of docking complexes; Semiempirical methods

Indexed keywords

EID: 68749106989     PISSN: 10665285     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1007/s11172-008-0241-2     Document Type: Article

References (41)

1. J. Drews 2000 Science 287 1960
2. E. C. Meng B. K. Shoichet I. D. Kuntz 1992 J. Comput. Chem. 13 380
3. D. S. Goodsell A. J. Olson 1990 Proteins 8 195
4. B. Kramer M. Rarey T. Lengauer 1999 Proteins: Struct., Funct., Genet. 37 228
5. G. Jones P. Willett R. C. Glen A. R. Leach R. Taylor 1997 J. Mol. Biol. 267 727
6. I. G. Tikhonova, I. I. Baskin, V. A. Palyulin, N. S. Zefirov, Izv. Akad. Nauk. Ser. Khim., 2004, 1282
7. [Russ. Chem. Bull., Int. Ed., 2004, 53, 1335].
8. I. G. Tikhonova, I. I. Baskin, V. A. Palyulin, N. S. Zefirov, Dokl. Akad. Nauk, 2003, 123
9. [Dokl. Chem., 2003 (Engl. Transl.)].
10. R. Wang Y. Lu X. Fang S. Wang 2004 J. Chem. Inf. Comput. Sci. 44 2114
11. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Baylay I. R. Gould K. M. Merz D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman 1995 J. Am. Chem. Soc. 117 5179
12. B. R. Brooks R. E. Bruccoleri B. D. Olafson D. J. States S. Swaminathan M. Karplus 1983 J. Comput. Chem. 4 182
13. T. A. Halgren 1996 J. Comput. Chem. 17 490
14. W. L. Jorgensen D. S. Maxwell J. Tirado-Rives 1996 J. Am. Chem. Soc. 118 11225
15. K. Raha K. M. Merz 2004 J. Am. Chem. Soc. 126 1020
16. K. Raha K. M. Merz 2005 J. Med. Chem. 48 4558
17. F. Sato T. Yoshikaro M. Era H. Kashiwagi 2001 Chem. Phys. Lett. 341 645
18. T. Inaba S. Tahara N. Nisikawa H. Kashiwagi F. Sato 2005 J. Comput. Chem. 26 987
19. D. N. Laikov, Yu. A. Ustynyuk, Izv. Akad. Nauk. Ser. Khim., 2005, 804
20. [Russ. Chem. Bull., Int. Ed., 2005, 54, 820].
21. T. Nakano T. Kaminuma T. Sato Y. Akiyama M. Uebayasi K. Kitaura 2000 Chem. Phys. Lett. 318 614
22. D. W. Zhang J. Z. H. Zhang 2003 J. Chem. Phys. 119 3599
23. D. W. Zhang X. H. Chen J. Z. H. Zhang 2003 J. Comput. Chem. 24 1846
24. D. W. Zhang Y. Xiang A. M. Gao J. Z. H. Zhang 2004 J. Chem. Phys. 120 1145
25. A. V. Nemukhin B. L. Grigorenko A. V. Bochenkova V. M. Kovba E. M. Epifanovsky 2004 Struct. Chem. 15 3
26. B. L. Grigorenko A. V. Nemukhin I. A. Topol R. E. Cachau S. K. Burt 2005 Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 60 495
27. Q. Cui 2002 J. Chem. Phys. 117 4720
28. A. V. Nemukhin B. L. Grigorenko A. V. Rogov I. A. Topol S. K. Burt 2004 Theor. Chem. Acc. 111 36
29. S. J. Titmus P. L. Cummins A. P. Rendell A. A. Bliznyuk J. E. Gready 2002 J. Comput. Chem. 23 1314
30. J. J. P. Stewart 1996 Int. J. Quantum Chem. 58 133
31. K. Bates A. Daniels G. Scusseria 1998 J. Chem. Phys. 109 3308
32. A. Daniels G. Scusseria 1999 J. Chem. Phys. 110 1321
33. A. van der Vaart D. Suarez K. M. Merz 2000 J. Chem. Phys. 113 10512
34. T. Kruger M. Elstner P. Schiffels T. Frauenheim 2005 J. Chem. Phys. 122 114110
35. W. Thiel, in Modern Methods and Algorithms of Quantum Chemistry, Proceedings, Second Ed., Ed. J. Grotendorst, John von Neumann Institute for Computing, Julich, NIC Series, 2000, 3, 261.
36. K. Ohta Y. Yoshioka K. Morokuma K. Kitaura 1983 Chem. Phys. Lett. 101 12
37. J. M. Milliam G. E. Scuseria 1997 J. Chem. Phys. 106 5569
38. N. A. Anikin, A. S. Mendkovich, M. B. Kuz'minskii, A. M. Andreev, Izv. Akad. Nauk. Ser. Khim., 2008, 418
39. [Russ. Chem. Bull., Int. Ed., 2008, 57, 428].
40. H. M. Berman J. Westbrook Z. Feng G. Gilliland T. N. Bhat H. Weissig I. N. Shindyalov P. E. Bourne 2000 The Protein Data Bank. Nucleic Acids Research 28 235
41. R. Wang X. Fang Y. Lu S. Wang 2004 J. Med. Chem. 47 2977