Structures of the peptide-water complexes studied by the hybrid Quantum Mechanical - Molecular Mechanical (QM/MM) technique

Structural Chemistry

Volumn 15, Issue 1, 2004, Pages 3-9

  Nemukhin, A V ^a   Grigorenko, B L ^a   Bochenkova, A V ^a   Kovba, V M ^a   Epifanovsky, E M ^a  

^a MOSCOW STATE UNIVERSITY   (Russian Federation)

Author keywords

Peptide water complexes; QM MM calculations; Water wires

Indexed keywords

DIPEPTIDE DERIVATIVE; PEPTIDE; WATER;

ARTICLE; CALCULATION; CHEMICAL COMPOSITION; CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; HYBRID; HYDROGEN BOND; ISOMER; MOLECULAR INTERACTION; MOLECULAR MECHANICS; QUANTUM MECHANICS; STRUCTURE ANALYSIS; THEORY;

EID: 3543073498     PISSN: 10400400     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1023/B:STUC.0000010463.49618.40     Document Type: Article

References (40)

1. Warshel, A.; M. Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227.
2. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comp. Chem. 1986, 7, 718.
3. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comp. Chem. 1990, 11, 700.
4. Murphy, R. B.; Philipp, D. M.; Friesner, R. A. J. Comp. Chem. 2000, 21, 1442.
5. Zhang, Y.; Liu, H.; Yang, W. J. Chem. Phys. 2000, 112, 3483.
6. Gogonea, V.; Westerhoff, L. M.; Merz, K. M. J. Chem. Phys. 2000, 113, 5604.
7. Hall, R. J.; Hindle, S. A.; Burton, N. A.; Hillier, I. H. J. Comp. Chem. 2000, 21, 1433.
8. Sauer, J.; Siekka, M. J. Comp. Chem. 2000, 21, 1470.
9. Reuter, N.; Dejaegere, A.; Maigret, B.; Karplus, M. J. Phys. Chem. A. 2000, 104, 1720.
10. Cui, Q.; Elstner, M.; Kaxiras, E.; Frauenheim, T.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B. 2001, 105, 569.
11. Wadkowski, B. D.; Krauss, M.; Stevens, W. J. J. Amer. Chem. Soc. 1995, 117, 10537.
12. Chen, W.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 1996, 105, 11081.
13. Day, P. N.; Jensen, J. H.; Gordon, M. S.; Webb, S. P.; Stevens, W. J.; Krauss, M.; Garmer, D.; Basch, H.; Cohen, D. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1968.
14. Gordon, M. S.; Freitag, M. A.; Bandyopadhyay, P.; Jensen, J. H.; Kairys, V.; Stevens, W. J. J. Phys. Chem. A. 2001, 105, 293.
15. Kairys, V.; Jensen, J. H. J. Phys. Chem. A. 2000, 104, 6656.
16. Schmidt, M.W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comp. Chem. 1993, 14, 1347.
17. Nemukhin, A. V.; Grigorenko, B. L.; Bochenkova, A. V.; Topol, I. A.; Burt, S. K. J. Molec. Struct. (Theochem) 2002, 581, 167.
18. Granovsky, A. A. URL http://lcc.chem.msu.ru/gran/gamess/index.html
19. Ponder, J. W. URL http://dasher. wustl. edu/tinker
20. Jorgensen, W. L. In Encyclopedia of Computational Chemistry, Schleyer, P. v. R., Ed.; Wiley: New York, 1998; Vol. 3, p. 1986.
21. Kaminski, G.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B. 2001, 105, 6474.
22. Jalkanen, K. J.; Suhai, S. Chem. Phys. 1996, 208, 81.
23. Han, W. G.; Jalkanen, K. J.; Elstner, M.; Suhai, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2587.
24. Poon, C. D.; Samulski, E. T.; Weise, C. F.; Weishaar, J. C. J. Amer. Chem. Soc. 2000, 122, 5642.
25. QSite, Schrödinger, Inc. , Portland, OR, 2000.
26. Nagle, J. F.; Morowitz, H. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1978, 75, 298.
27. Sagnella, D. E.; Laasonen, K.; Klein, M. L. Biophys. J. 1996, 71, 1172.
28. Mei, H. S.; Tuckerman, M. E.; Sagnella, D. E.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B. 1998, 102, 10446.
29. Pomès, R.; Roux B. Biophys. J. 1998, 75, 33.
30. Schmitt, U. W.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 1999, 111, 9361.
31. Sadeghi, R. R.; Cheng, H.-P. J. Chem. Phys. 1999, 111, 2086.
32. Pomès, R.; Roux B. Biophys. J. 2002, 82, 2304.
33. Meuwyl, M.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 2002, 116, 2572.
34. Jiang, J.-C.; Wang, Y.-S.; Chang, H.-C.; Lin, S. H.; Lee, Y. T.; Niedner-Schattenburg, G.; Chang, H.-C. J. Amer. Chem. Soc. 2000, 122, 1398.
35. Weinhold, F. URL http://www. chem. wise. edu/~nbo5
36. Krauss, M.; Webb, S. P. J. Chem. Phys. 1997, 107, 5771
37. Petersen, C. P.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 4162.
38. Nemukhin, A. V.; Topol, I. A.; Grigorenko, B. L.; Burt, S. K. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 1734.
39. Woon, D. E.; Dunning, T. H. J. Amer. Chem. Soc. 1995, 117, 1090.
40. Gora, R. W.; Roszak, S.; Leszczynski, J. Chem. Phys. Lett. 2000, 325, 7.