X-ray crystal analysis of a TASP: Structural insights of a cavitein dimer

Journal of the American Chemical Society

Volumn 131, Issue 21, 2009, Pages 7421-7429

  Freeman, Jon O ^a   Woo, Cheol Lee ^a   Murphy, Michael E P ^a   Sherman, John C ^a  

^a UNIVERSITY OF BRITISH COLUMBIA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ASYMMETRIC DIMERS; BROMIDE IONS; COMPARATIVE ANALYSIS; DATA SETS; HELICAL BUNDLE; HELICAL PEPTIDE; INITIAL PHASIS; INTRINSIC DIFFERENCES; SINGLE-WAVELENGTH ANOMALOUS DISPERSIONS; STRUCTURAL INSIGHTS; SYNTHETIC PROTEIN; X RAY CRYSTAL STRUCTURES; X-RAY CRYSTAL ANALYSIS; X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS;

AMINES; X RAY ANALYSIS;

CRYSTAL STRUCTURE;

BROMIDE ION; CAVITEIN Q4; DIMER; UNCLASSIFIED DRUG; PEPTIDE; PROTEIN;

ARTICLE; CHEMICAL REACTION; CHEMICAL STRUCTURE; COMPARATIVE STUDY; CRYSTAL STRUCTURE; DISPERSION; X RAY CRYSTALLOGRAPHY; CHEMISTRY; CRYSTALLIZATION; METHODOLOGY; PROTEIN ENGINEERING; SYNTHESIS;

CRYSTALLIZATION; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; PEPTIDES; PROTEIN ENGINEERING; PROTEINS;

EID: 67650511248     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja901404w     Document Type: Article

References (75)

1. Sela, M.; White, F. H.; Anfinsen, C. B. Science 1957, 125, 691-692.
2. Haber, E.; Sela, M.; White, F. H.; Anfinsen, C. B Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1961, 47, 1309-1314.
3. Venkatraman, J.; Shankaramma, S. C.; Balaram, P. Chem. Rev. 2001, 101, 3131-3152.
4. Ghosh, K.; Ozkan, S. B.; Dill, K. A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11920-11927.
5. Dill, K. A.; Ozkan, S. B.; Shell, M. S.; Weikl, T. R. Annu. Rev. Biophys. 2008, 37, 289-316.
6. Chen, Y.; Ding, F.; Nie, H.; Serohijos, A. W.; Sharma, S.; Wilcox, K. C.; Yin, S.; Dokholyan, N. V. Arch. Biochem. Biophys. 2008, 469, 4-19.
7. Service, R. F. Science 2008, 321, 784-786.
8. DeGrado, W. F. Science 1997, 278, 80-81.
9. Hecht, M. H.; Das, A.; Go, A.; Bradley, L. H.; Wei, Y. Protein Sci. 2004, 13, 1711-1723.
10. Monien, B. H.; Drepper, F.; Sommerhalter, M.; Lubitz, W.; Haehnel, W. J. Mol. Biol. 2007, 371, 739-753.
11. Bender, G. M.; Lehmann, A.; Zou, H.; Cheng, H.; Fry, H. C.; Engel, D.; Therien, M. J.; Blasie, J. K.; Roder, H.; Saven, J. G.; DeGrado, W. F. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 10732-10740.
12. Degrado, W. F.; Wasserman, Z. R.; Lear, J. D. Science 1989, 243, 622-628.
13. Regan, L.; Degrado, W. F. Science 1988, 241, 976-978.
14. Mutter, M.; Altmann, E.; Altmann, K.; Hersperger, R.; Koziej, P.; Nebel, K.; Tuchsecherer, G.; Vuilleumier, S.; Gremlich, H.; Müller, K. Helv. Chim. Acta 1988, 71, 835-847.
15. Mutter, M.; Vuilleumier, S. Angew. Chem., Int. Ed. 1989, 28, 535-554.
16. Li, W.; Hellwig, P.; Ritter, M.; Haehnel, W. Chem. -Eur. J. 2006, 12, 7236-7245.
17. Schneider, J. P.; Kelly, J. W. Chem. Rev. 1995, 95, 2169-2187.
18. Akerfeldt, K. S.; Kim, R. M.; Camac, D.; Groves, J. T.; Lear, J. D.; DeGrado, W. F. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9656-9657.
19. Ghadiri, M. R.; Soares, C.; Choi, C. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4000-4002.
20. Lieberman, M.; Sasaki, T. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 1470-1471.
21. Wong, A. K.; Jacobsen, M. P.; Winzor, D. J.; Fairlie, D. P. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3836-3841.
22. Tuchscherer, G.; Grell, D.; Mathieu, M.; Mutter, M. J. Pept. Res. 1999, 54, 185-194.
23. Becker, C. F. W.; Oblatt-Montal, M.; Kochendoerfer, G. G.; Montal, M. J. Biol. Chem. 2004, 279, 17483-17489.
24. Hauert, J.; Fernandez-Carneado, J.; Michielin, O.; Mathieu, S.; Grell, D.; Schapira, M.; Spertini, O.; Mutter, M.; Tuchscherer, G.; Kovacsovics, T. ChemBioChem 2004, 5, 856-864.
25. Sales, M.; Plecs, J. J.; Holton, J. M.; Alber, T. Protein Sci. 2007, 16, 2224-2232.
26. Wei, Y.; Kim, S.; Fela, D.; Baum, J.; Hecht, M. H Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 13270-13273.
27. Karle, I. L.; Das, C.; Balaram, P Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 3034-3037.
28. Hill, R. B.; DeGrado, W. F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1138-1145.
29. Schafmeister, C. E.; LaPorte, S. L.; Miercke, L. J. W.; Stroud, R. M. Nat. Struct. Mol. Biol. 1997, 4, 1039-1046.
30. Sansone, F.; Barboso, S.; Casnati, A.; Fabbi, M.; Pochini, A.; Ugozzoli, F.; Ungaro, R. Eur. J. Org. Chem. 1998, 1998, 897-905.
31. Berghaus, C.; Feigel, M. Eur. J. Org. Chem. 2003, 2003, 3200-3208.
32. Tsukamoto, K.; Ohishi, H.; Maezaki, N.; Tanaka, T.; Ishida, T. ChemBioChem 2006, 7, 1559-1562.
33. Peluso, S.; Rückle, T.; Lehmann, C.; Mutter, M.; Peggion, C.; Crisma, M. ChemBioChem 2001, 2, 432-437.
34. Mezo, A. R.; Sherman, J. C. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8983-8994.
35. Huttunen-Hennelly, H. E. K.; Sherman, J. C. Pept. Sci. 2008, 90, 37-50.
36. Seo, E. S.; Scott, W. R. P.; Straus, S. K.; Sherman, J. C. Chem. -Eur. J. 2007, 13, 3596-3605.
37. Gibb, B. C.; Mezo, A. R.; Sherman, J. C. Tetrahedron Lett. 1995, 36, 7587-7590.
38. Hamuro, Y.; Calama, M. C.; Park, H. S.; Hamilton, A. D. Angew. Chem., Int. Ed. 1997, 36, 2680-2683.
39. Brewster, R. E.; Caran, K. L.; Sasine, J. S.; Shuker, S. B. Curr. Org. Chem. 2004, 8, 867-881.
40. Hülsbusch, C. M.; Feigel, M. J. Incl. Phenom. Macrocycl. Chem 2007, 59, 53-63.
41. Lazzarotto, M.; Sansone, F.; Baldini, L.; Casnati, A.; Cozzini, P.; Ungaro, R. Eur. J. Org. Chem. 2001, 2001, 595-602.
42. Daniels, D. S.; Petersson, E. J.; Qiu, J. X.; Schepartz, A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1532-1533.
43. Aurora, R.; Srinivasan, R.; Rose, G. Science 1994, 264, 1126-1130.
44. Zhu, S. S.; Staats, H.; Brandhorst, K.; Grunenberg, J.; Gruppi, F.; Dalcanale, E.; Lützen, A.; Rissanen, K.; Schalley, C. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 788-792.
45. Staffilani, M.; Hancock, K. S. B.; Steed, J. W.; Holman, K. T.; Atwood, J. L.; Juneja, R. K.; Burkhalter, R. S. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6324-6335.
46. Lenthall, J. T.; Steed, J. W. Coord. Chem. Rev. 2007, 251, 1747-1760.
47. Chothia, C.; Levitt, M.; Richardson, D Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1977, 74, 4130-4134.
48. Lovell, S. C.; Davis, I. W; Arendall, W. B.; Bakker, P. I. W. d.; Word, J. M.; Prisant, M. G.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. roteins 2003, 50, 437-450.
49. Lee, B.; Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1971, 55, 379-380.
50. Efimov, A. V. FEBS Lett. 1999, 463, 3-6.
51. , Acta Crystallog. Sect. D 1994, 50, 760-763, Collaborative Computational Project Number 4.
52. Madhusoodana, C. D.; Das, R. N.; Kameshima, Y.; Okada, K. J. Porous Mater. 2005, 12, 273-280.
53. Onyestyák, G.; Valyon, J.; Papp, K. Mater. Sci. Eng.: A 2005, 412, 48-52.
54. Matulis, D.; Baumann, C. G.; Bloomfield, V. A.; Lovrien, R. E. Biopolymers 1999, 49, 451-458.
55. Seo, E. S.; Sherman, J. C. Pept. Sci. 2007, 88, 774-779.
56. Johnson, M. L.; Formisano, S.; Edelhoch, H. J. Biol. Chem. 1978, 253, 1353-1356.
57. Dusa, A.; Kaylor, J.; Edridge, S.; Bodner, N.; Hong, D.; Fink, A. L. Biochemistry 2006, 45, 2752-2760.
58. Lee, D. G.; Park, Y.; Jin, I.; Hahm, K.; Lee, H.; Moon, Y.; Woo, E. J. Pept. Sci. 2004, 10, 298-303.
59. Pace, C. N. Methods Enzymol. 1986, 131, 266-280.
60. Kuwajima, K. Proteins 1989, 6, 87-103.
61. Santoro, M. M.; Bolen, D. W. Biochemistry 1992, 31, 4901-4907.
62. Englander, S. W.; Mayne, L.; Bai, Y.; Sosnick, T. R. Protein Sci. 1997, 6, 1101-1109.
63. Scott, W. R. P.; Seo, E.; Huttunen, H.; Wallhorn, D.; Sherman, J. C.; Straus, S. K. Proteins 2006, 64, 719-729.
64. Gibb, B. C.; Mezo, A. R.; Causton, A. S.; Fraser, J. R.; Tsai, F. C. S.; Sherman, J. C. Tetrahedron 1995, 51, 8719-8732.
65. Regan, L.; Rockwell, A.; Wasserman, Z.; DeGrado, W. Protein Sci. 1994, 3, 2419-2427.
66. Glasoe, P. K.; Long, F. A. J. Phys. Chem. 1960, 64, 188-190.
67. Lebowitz, J.; Lewis, M. S.; Schuck, P. Protein Sci. 2002, 11, 2067-2079.
68. Schuck, P. Anal. Biochem. 2003, 320, 104-124.
69. Sheldrick, G. M. Acta Crystallogr. Sect. D 2008, 64, 112-122.
70. Perrakis, A.; Morris, R.; Lamzin, V. S. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 458-463.
71. Schuettelkopf, A. W.; van Aalten, D. M. F. Acta Crystallogr. Sect. D 2004, 60, 1355-1363.
72. Kleywegt, G. J.; Henrick, K.; Dodson, E. J.; van Aalten, D. M. F. Structure 2003, 11, 1051-1059.
73. McRee, D. E. J. Mol. Graphics 1992, 10, 44-46.
74. Emsley, P.; Cowtan, K. Acta Crystallogr. Sect. D 2004, 60, 2126-2132.
75. Murshudov, G. N.; Vagin, A. A.; Dodson, E. J. Acta Crystallogr. Sect. D 1997, 53, 240-255.