Direct quantitation of peptide mixtures without standards using clusters formed by electrospray ionization mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 81, Issue 10, 2009, Pages 3965-3972

  Leib, Ryan D ^a   Flick, Tawnya G ^a   Williams, Evan R ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANALYTE; ANALYTE CONCENTRATION; ANALYTES; ELECTROSPRAY IONIZATION MASS SPECTROMETRY; IMPURITY MOLECULES; INTERNAL STANDARDS; ION DETECTION; ION INTENSITIES; ION TRANSMISSION; IONIZATION EFFICIENCY; LARGE CLUSTERS; NOVEL METHODS; ORDER OF MAGNITUDE; PEPTIDE MIXTURES; PHASE CONCENTRATION; PROTONATED; QUANTITATIVE INFORMATION; RELATIVE CONCENTRATION; SURFACE ACTIVITIES;

AMINES; CONCENTRATION (PROCESS); IONIZATION; IONS; MASS SPECTROMETERS; MASS SPECTROMETRY; MIXTURES; PEPTIDES; SPECTRUM ANALYSIS;

ELECTROSPRAY IONIZATION;

BRADYKININ; LEUCINE ENKEPHALIN; METENKEPHALIN; PEPTIDE;

ARTICLE; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY;

BRADYKININ; ENKEPHALIN, LEUCINE; PEPTIDES; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION;

EID: 66149112908     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac900294r     Document Type: Article

References (80)

1. Görög, S. Anal. Bioanal. Chem. 2003, 377, 852-862.
2. Görög, S. J. Pharm. Biomed. Anal. 2008, 48, 247-253.
3. Qiu, F.; Norwood, D. L. J. Liq. Chromatogr. Relat. Technol. 2007, 30, 877-935.
4. Freitas, M. A.; Sklenar, A. R.; Parthun, M. R. J. Cell. Biochem. 2004, 92, 691-700.
5. Jensen, O. N. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006, 7, 391-403.
6. Hanash, S. Nature (London) 2003, 422, 226-232.
7. Zhou, H.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 375-378.
8. Kelleher, N. L.; Hicks, L. M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2005, 9, 424-430.
9. Aebersold, R.; Mann, M. Nature (London) 2003, 422, 198-207.
10. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Tureček, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
11. Olah, T. V.; McLoughlin, D. A.; Gilbert, J. D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1997, 11, 17-23.
12. Wiener, M. C.; Sachs, J. R.; Deyanova, E. G.; Yates, N. A. Anal. Chem. 2004, 76, 6085-6096.
13. Liu, H.; Sadygov, R. G.; Yates, J. R., III. Anal. Chem. 2004, 76, 4193-4201.
14. Moresco, J. J.; Dong, M.-Q.; Yates, J. R., III. Am. J. Clin. Nutr. 2008, 88, 597-604.
15. Petyuk, V. A.; Qian, W.-J.; Hinault, C.; Gritsenko, M. A.; Singhal, M.; Monroe, M. E.; Camp, D. G., II.; Kulkarni, R. N.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2008, 7, 3114-3126.
16. Metz, T. O.; Jacobs, J. M.; Gritsenko, M. A.; Fontès, G.; Qian, W. J.; Camp, D. G.; Poitout, V.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2006, 5, 3345-3354.
17. Petyuk, V. A.; Qian, W.-J.; Chin, M. H.; Wang, H.; Livesay, E. A.; Monroe, M. E.; Adkins, J. N.; Jaitly, N.; Anderson, D. J.; Camp, D. G., II.; Smith, D. J.; Smith, R. D. Genome Res. 2007, 17, 328-336.
18. Strittmatter, E. F.; Ferguson, P. L.; Tang, K.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 980-991.
19. Ishihama, Y.; Sato, T.; Tabata, T.; Miyamoto, N.; Sagane, K.; Nagasu, T.; Oda, Y. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 617-621.
20. Patrie, S. M.; Ferguson, J. T.; Robinson, D. E.; Whipple, D.; Rother, M.; Metcalf, W. W.; Kelleher, N. L. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 14-25.
21. Parks, B. A.; Jiang, L.; Thomas, P. M.; Wenger, C. D.; Roth, M. J.; Boyne, M. T., II.; Burke, P. V.; Kwast, K. E.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2007, 79, 7984-7991.
22. Forbes, A. J.; Patrie, S. M.; Taylor, G. K.; Kim, Y.-B.; Jiang, L.; Kelleher, N. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 2678-2683.
23. Dong, M.-Q.; Venable, J. D.; Au, N.; Xu, T.; Park, S. K.; Cociorva, D.; Johnson, J. R.; Dillin, A.; Yates, J. R., III. Science 2007, 317, 660-663.
24. Liao, L.; McClatchy, D. B.; Park, S. K.; Xu, T.; Lu, B.; Yates, J. R., III. J. Proteome Res. 2008, 7, 4743-4755.
25. Denny, P.; Hagen, F. K.; Hardt, M.; Liao, L.; Yan, W.; Arellanno, M.; Bassilian, S.; Bedi, G. S.; Boontheung, P.; Cociorva, D.; Delahunty, C. M.; Denny, T.; Dunsmore, J.; Faull, K. F.; Gilligan, J.; Gonzalez-Begne, M.; Halgand, F.; Hall, S. C.; Han, X.; Henson, B.; Hewel, J.; Hu, S.; Jeffrey, S.; Jiang, J.; Loo, J. A.; Loo, R. R. O.; Malamud, D.; Melvin, J. E.; Miroshnychenko, O.; Navazesh, M.; Niles, R.; Park, S. K.; Prakobphol, A.; Ramachandran, P.; Richert, M.; Robinson, S.; Sondej, M.; Souda, P.; Sullivan, M. A.; Takashima, J.; Than, S.; Wang, J.; Whitelegge, J. P.; Witkowska, H. E.; Wolinsky, L.; Xie, Y.; Xu, T.; Yu, W.; Ytterberg, J.; Wong, D. T.; Yates, J. R., III.; Fisher, S. J. J. Proteome Res. 2008, 7, 1994-2006.
26. Zhai, B.; Villén, J.; Beausoleil, S. A.; Mintseris, J.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2008, 7, 1675-1682.
27. Swaney, D. L.; McAlister, G. C.; Coon, J. J. Nat. Methods 2008, 5, 959-964.
28. Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Kjeldsen, F.; Zubarev, R. A. J. Proteome Res. 2005, 4, 2348-2354.
29. Krijgsveld, J.; Ketting, R. F.; Mahmoudi, T.; Johansen, J.; Artal-Sanz, M.; Verrijzer, C. P.; Plasterk, R. H. A.; Heck, A. J. R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 927-931.
30. Fenn, J. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 524-535.
31. Cohen, S. L.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1996, 68, 31-37.
32. Kebarle, P. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 804-817.
33. Smith, R. D.; Shen, Y.; Tang, K. Acc. Chem. Res. 2004, 37, 269-278.
34. King, R.; Bonfiglio, R.; Fernandez-Metzler, C.; Miller-Stein, C.; Olah, T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 942-950.
35. Belov, M. E.; Nikolaev, E. N.; Harkewicz, R.; Masselon, C. D.; Alving, K.; Smith, R. D. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 208, 205-225.
36. Page, J. S.; Kelly, R. T.; Tang, K.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 1582-1590.
37. Axelsson, J.; Scrivener, E.; Haddleton, D. M.; Derrick, P. J. Macromolecules 1996, 29, 8875-8882.
38. Marshall, A. G.; Hendrickson, C. L.; Jackson, G. S. Mass Spectrom. Rev. 1998, 17, 1-35.
39. Tang, K.; Allman, S. L.; Jones, R. B.; Chen, C. H. Anal. Chem. 1993, 65, 2164-2166.
40. Cheng, J.; Vecitis, C. D.; Hoffmann, M. R.; Colussi, A. J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 25598-25602.
41. Cech, N. B.; Enke, C. G. Anal. Chem. 2000, 72, 2717-2723.
42. Cech, N. B.; Enke, C. G. Mass Spectrom. Rev. 2001, 20, 362-387.
43. Kuprowski, M. C.; Boys, B. L.; Konermann, L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 1279-1285.
44. Iavarone, A. T.; Jurchen, J. C.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 976-985.
45. Iavarone, A. T.; Jurchen, J. C.; Williams, E. R. Anal. Chem. 2001, 73, 1455-1460.
46. Iavarone, A. T.; Williams, E. R. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 63-72.
47. Kebarle, P.; Peschke, M. Anal. Chim. Acta 2000, 406, 11-35.
48. Loo, J. A.; Loo, R. R. O.; Udseth, H. R.; Edmonds, C. G.; Smith, R. D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1991, 5, 101-105.
49. Konermann, L.; Douglas, D. J. Biochemistry 1997, 36, 12296-12302.
50. Dobo, A.; Kaltashov, I. A. Anal. Chem. 2001, 73, 4763-4773.
51. Tang, L.; Kebarle, P. Anal. Chem. 1993, 65, 3654-3668.
52. Iavarone, A. T.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2319-2327.
53. Pan, P.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2003, 75, 1491-1499.
54. Han, D. K.; Eng, J.; Zhou, H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 946-951.
55. Gygi, S. P.; Rist, B.; Griffin, T. J.; Eng, J.; Aebersold, R. J. Proteome Res. 2002, 1, 47-54.
56. DeSouza, L.; Diehl, G.; Rodrigues, M. J.; Guo, J.; Romaschin, A. D.; Colgan, T. J.; Siu, K. W. M. J. Proteome Res. 2005, 4, 377-386.
57. Hall, M. P.; Ashrafi, S.; Obegi, I.; Petesch, R.; Peterson, J. N.; Schneider, L. V. J. Mass Spectrom. 2003, 38, 809-816.
58. Rodgers, R. P.; Blumer, E. N.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 835-840.
59. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6591-6596.
60. Ong, S.-E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376-386.
61. Ong, S.-E.; Kratchmarova, I.; Mann, M. J. Proteome Res. 2003, 2, 173-181.
62. Ong, S.-E.; Mann, M. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 252-262.
63. Ji, J.; Chakraborty, A.; Geng, M.; Zhang, X.; Amini, A.; Bina, M.; Regnier, F. J. Chromatogr., B 2000, 745, 197-210.
64. Havliš, J.; Shevchenko, A. Anal. Chem. 2004, 76, 3029-3036.
65. Hernandez, H.; Niehauser, S.; Boltz, S. A.; Gawandi, V.; Phillips, R. S.; Amster, I. J. Anal. Chem. 2006, 78, 3417-3423.
66. Yi, E. C.; Li, X.-J.; Cooke, K.; Lee, H.; Raught, B.; Page, A.; Aneliunas, V.; Hieter, P.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R. Proteomics 2005, 5, 380-387.
67. Seipert, R. R.; Barboza, M.; Ninonuevo, M. R.; LoCascio, R. G.; Mills, D. A.; Freeman, S. L.; German, J. B.; Lebrilla, C. B. Anal. Chem. 2008, 80, 159-165.
68. Zhang, D.; Tao, W. A.; Cooks, R. G. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 204, 159-169.
69. Augusti, D. V.; Carazza, F.; Augusti, R.; Tao, W. A.; Cooks, R. G. Anal. Chem. 2002, 74, 3458-3462.
70. Augusti, D. V.; Augusti, R.; Carazza, F.; Cooks, R. G. Chem. Commun. 2002, 2242-2243.
71. Dwivedi, P.; Wu, C.; Matz, L. M.; Clowers, B. H.; Siems, W. F.; Hill, H. H., Jr. Anal. Chem. 2006, 78, 8200-8206.
72. Grigorean, G.; Ramirez, J.; Ahn, S. H.; Lebrilla, C. B. Anal. Chem. 2000, 72, 4275-4281.
73. Ahn, S.; Ramirez, J.; Grigorean, G.; Lebrilla, C. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 278-287.
74. Guo, J.; Wu, J.; Siuzdak, G.; Finn, M. G. Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 1755-1758.
75. Mie, A.; Jörntén-Karlsson, M.; Axelsson, B.-O.; Ray, A.; Reimann, C. T. Anal. Chem. 2007, 79, 2850-2858.
76. Jurchen, J. C.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2817-2826.
77. Robinson, E. W.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1427-1437.
78. Jurchen, J. C.; Garcia, D. E.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 1373-1386.
79. Baker, E. S.; Bernstein, S. L.; Bowers, M. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 989-997.
80. Liu, B.; Hvelplund, P.; Nielsen, S. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1840-1845.