Recent advances in large-scale atomistic and coarse-grained molecular dynamics simulation of clay minerals

Journal of Materials Chemistry

Volumn 19, Issue 17, 2009, Pages 2482-2493

  Suter, James L ^a   Anderson, Richard L ^b   Christopher Greenwell, H ^b   Coveney, Peter V ^a  

^a UNIVERSITY COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

^b DURHAM UNIVERSITY   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMISTIC LEVELS; CLAY PLATELETS; COARSE-GRAINED; COARSE-GRAINED MOLECULAR DYNAMICS; COARSE-GRAINED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; COMPOSITE FAILURES; COMPUTATIONAL RESOURCES; IMPROVED TECHNOLOGIES; LARGE-SCALE MODELS; LAYERED MATERIALS; MESOSCOPIC SIMULATIONS; MICROSCOPIC SIMULATIONS; PARALLELIZED ALGORITHMS; SPATIAL DIMENSIONS; STRUCTURAL AND MECHANICAL PROPERTIES; TIME-SCALES;

DYNAMICS; FAILURE ANALYSIS; GEOLOGIC MODELS; MECHANICAL PROPERTIES; MINERAL RESOURCES; MINERALS; MOLECULAR DYNAMICS; SILICA; SILICATE MINERALS;

CLAY MINERALS;

EID: 64849109028     PISSN: 09599428     EISSN: 13645501     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b820445d     Document Type: Article

References (101)

1. R. A. Schoonheydt T. J. Pinnavaia G. Langly N. Gangas Pure Appl. Chem. 1999 71 2367 2371
2. R. W. McCabe, Clay Chemistry, in Inorganic Materials, D. W. Bruce, and, D. O'Hare, Wiley, New York, 1992, pp 295-351
3. W. T. Reichle J. Catal. 1985 94 547 557
4. V. R. L. Constantino T. J. Pinnavaia Inorg. Chem. 1995 34 883 892
5. K. K. Rao M. Gravelle J. S. Valente F. Figueras J. Catal. 1998 173 115 121
6. B. M. Choudary M. L. Kantam B. Bharathi C. V. Reddy SYNLETT 1998 1203 1204
7. J. Tronto E. L. Crepaldi P. C. Pavan C. C. De Paula J. B. Valim Mol. Cryst. Liq. Cryst. 2001 356 227 237
8. C. Del Hoyo Appl. Clay Sci. 2007 36 103 121
9. J. H. Choy S. Y. Kwak Y. J. Jeong J. S. Park Angew. Chem., Int. Ed. 2000 39 4042 4045
10. J.-H. Choy J.-M. Oh M. Park K.-M. Sohn J.-W. Kim Adv. Mater. 2004 16 1181 1184
11. Y. H. Guo D. F. Li C. W. Hu Y. H. Wang E. B. Wang Y. C. Zhou S. H. Feng Appl. Catal., B 2001 30 337 349
12. A. Meunier B. Velde L. Griffault Clay Miner. 1998 33 187 196
13. T.-Q. Li M. Häggkvist L. Ödberg Colloids Surf., A 1999 159 57 63
14. F. Figueras Top. Catal. 2004 29 189 196
15. S. R. Chitnis M. M. Sharma React. Funct. Polym. 1997 32 93 115
16. B. Sels D. De Vos M. Buntinx F. Pierard A. Kirsch-De Mesmaeker P. Jacobs Nature 1999 400 855 857
17. G. Centi S. Perathoner Micropor. Mesopor. Mat. 2008 107 3 15
18. S. Cheng Catal. Today 1999 49 303 312
19. T. J. Pinnavaia and G. W. Beall (Eds), Polymer-Clay Nanocomposite, Chichester, John Wiley & Sons Ltd, 2000
20. B. Chen J. R G. Evans H. C. Greenwell P. Boulet P. V. Coveney A. A. Bowden A. Whiting Chem. Soc. Rev. 2008 37 568 594
21. A. Okado K. Fukumori A. Usuki Y. Kojima N. Sato T. Kurauchi O. Kamigaito Polym. Prepr. 1991 32 540
22. C. Scherer, in The New Plastics '99, London, 1999
23. E. P. Landman W. W. Focke J. Mater. Sci. 2006 41 2271 2279
24. C. Aguzzi P. Cerezo C. Viseras C. Caramella App. Clay Sci. 2007 36 22 36
25. Q. H. Zeng A. B. Yu G. Q. Lu D. R. Paul J. Nanosci. Nanotech. 2005 5 1574 1592
26. G. Lagely K. Beneke Colloid Polym. Sci. 1991 269 1198 1211
27. J. Swenson G. A. Schwartz R. Bergman W. S. Howells Eur. Phys. 2003 12 179 183
28. W. W. Kagunya J. Phys. Chem. 1996 100 327 330
29. V. Rives, (Ed.), Layered Double Hydroxide: Present and Future, Nova Science, New York, 2001
30. H. C. Greenwell W. Jones P. V. Coveney S. Stackhouse J. Mater. Chem. 2006 16 708 723
31. P. Boulet H. C. Greenwell S. Stackhouse P. V. Coveney THEOCHEM 2006 762 33
32. D. Bougeard K. S. Smirnov Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 226 245
33. J. L. Suter P. V. Coveney H. C. Greenwell M. A. Thyveetil J. Phys. Chem C 2007 111 8248
34. M. A. Thyveetil P. V. Coveney J. L. Suter H. C. Greenwell Chem. Mater. 2007 19 5510 5523
35. M. L. Klein W. Shinoda Science 2008 321 798 800
36. R. W. G. Wyckoff, Crystal Structures, Vol. 4. John Wiley and Sons. New York, London, 1968
37. R. E. Grim, Clay Mineralogy, 2nd ed., McGraw-Hill, New York, 1968
38. R. B. Pandey B. L. Farmer Macromol. Theory Sim. 2008 17 208 216
39. R. B. Pandey K. L. Anderson B. L. Farmer J. Polym. Sci. Part B: Polym. Phys. 2006 44 3580 3589
40. R. B. Pandey K. L. Anderson B. L. Farmer J. Polym. Sci. Part B: Polym. Phys. 2006 44 2512 2523
41. A. R. Leach, Molecular Modelling, Principles and Applications, Pearson Education Ltd, England, 2nd edn., 2001
42. M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computer Simulation of Liquids, Clarendon, Oxford, 1987
43. D. Frenkel and B. Smit, Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications, Academic Press, London, England, 2nd edn., 2002
44. B. A. Luty M. E. Davis I. G. Tironi W. F. Vangunsteren Mol. Simul. 1994 14 11 20
45. A. Y. Toukmaji J. A. Board Comput. Phys. Commun. 1996 95 73 92
46. M. Tuckerman B. J. Berne G. J. Martyna J. Chem. Phys. 1992 97 1990 2001
47. B. J. Alder T. E. Wainwright J. Chem. Phys. 1957 27 1208 1209
48. http://www.lanl.gov/roadrunner/
49. R. S. Saksena B. Boghosian L. Fazendeiro O. A. Kenway S. Manos M. D. Mazzeo S. K. Sadiq J. L. Suter D. Wright P. V. Coveney Real Science at the Petascale Phil. Trans. R. Soc. Lond. A. 2009
50. S. K. Sadiq M. D. Mazzeo S. J. Zasada S. Manos I. Stoica C. V. Gale S. J. Watson P. Kellam S. Brew P. V. Coveney Phil. Trans. R. Soc. Lond. A. 2008 366 3199 3219
51. J. C. Phillips R. Braun W. Wang J. Gumbart E. Tajkhorshid E. Villa C. Chipot R. D. Skeel L. Kalé K. Schulten J. Comput. Chem. 2005 26 1781 1802
52. S. Plimpton J. Comp. Phys. 1995 117 1
53. I. T. Todorov W. Smith Phil. Trans. R. Soc. Lond. A 2004 362 1835 1852
54. H. J. C. Berendsen D. van der Spoel R. van Drunen Comp. Phys. Comm. 1995 91 43 56
55. E. Lindahl B. Hess D. van der Spoel J. Mol. Mod. 2001 7 306 317
56. http://www.tacc.utexas.edu/resources/hpcsystems/
57. http://www.alcf.anl.gov/
58. J.-P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comp. Phys. 1977 23 327 341
59. H. C. Andersen J. Comp. Phys. 1983 52 24 34
60. http://www.teragrid.org
61. http://www.ngs.ac.uk
62. http://www.deisa.org
63. M. T. Dove L. A. Sullivan A. M. Walker R. P. Bruin T. O. H. White K. Trachenko P. Murray-Rust I. T. Todorov R. P. Tyer P. A. Couch K. Kleese van Dam W. Smith Mol. Sim. 2006 32 945 952
64. B. Boghosian P. Coveney S. Dong L. Finn S. Jha G. Karniadakis N. Karonis Cluster Comp. 2007 10 351 364
65. J. T. Padding W. J. Briels J. Chem. Phys. 2001 115 2846 2859
66. S. Izvekov G. A. Voth J. Chem. Phys. 2006 125 151101
67. D. Frenkel and B. Smit, Understanding Molecular Simulations: from Algorithms to Applications, 2nd edition Academic Press, San Diego (2002)
68. Flekkøy P. V. Coveney G. De Fabritiis Foundations of Dissipative Particle Dynamics Phys. Rev. E 2000 62 2140 2157
69. N. D. Mermin Phys. Rev. 1968 176 250 254
70. H. C. Greenwell M. J. Harvey P. Boulet A. A. Bowden P. V. Coveney A. Whiting Macromol. 2005 38 6189 6200
71. S. J. Marrink A. E. Mark J. Phys. Chem. B 2001 105 6122
72. E. Lindahl O. Edholm Biophys. J. 2000 79 426
73. R. Goetz R. Gompper R. Lipowsky Phys. Rev. Lett. 1999 82 221
74. R. T. Cygan J.-J. Liang A. Kalinichev J. Phys. Chem. B 2004 108 1255 1266
75. M. A. Mazo L. I. Manevitch E. B. Gusarova M. Yu. Shamaev A. A. Berlin N. K. Balabaev G. C. Rutledge J. Phys. Chem. B 2008 112 2964 2969
76. M. A. Mazo L. I. Manevitch E. B. Gusarova M. Yu. Shamaev A. A. Berlin N. K. Balabaev G. C. Rutledge J. Phys. Chem. B 2008 112 3597 3604
77. M. A. Thyveetil P. V. Coveney H. C. Greenwell J. L. Suter J. Am. Chem. Soc. 2008 130 4742 4756
78. J. H. Choy S. Y. Kwak J. S. Park Y. J. Jeong J. Portier J. Am. Chem. Soc. 1999 121 1399 1400
79. J. H. Choy S. Y. Kwak Y. J. Jeong J. S. Park Angew. Chem. 2000 39 4041 4045
80. J. H. Choy S. Y. Kwak J. S. Park Y. J. Jeong J. Mater. Chem. 2001 11 1671 1674
81. J. H. Choy J. M. Oh M. Park K. M. Sohn J. W. Kim Adv. Mater. 2004 16 1181 1184
82. J. H. Choy Y. H. Son Bull. Kor. Soc. 2004 25 122 126
83. H. C. Greenwell P. V. Coveney Origins Life Evol. Biosphere 2006 36 13 37
84. R. L. Anderson, H. C Greenwell, M. A. Thyveetil, P. V. Coveney and J. L. Suter, 2008, unpublished results
85. A. M. Fogg J. S. Dunn D. O'Hare Chem. Mater. 1998 10 356
86. M. A. Thyveetil P. V. Coveney H. C. Greenwell J. L. Suter J. Am. Chem. Soc. 2008 130 12485 12495
87. W. Rudorff Z. Phys. Chem. 1940 45 42
88. N. Daumas A. Herold Seances Acad. Sci. Ser. C 1969 268 373
89. B. Rotenberg V. Marry R. Vuilleumier N. Malikova C. Simon P. Turq Geochimica et Cosmochimica Acta 2007 71 5089 5101
90. E. S. Boek P. V. Coveney H. N. W. Lekkerkerker P. van der Schoot Phys. Rev. E 1997 55 3124 3133
91. S. T. Knauert J. F. Douglas F. W. Starr J. Polym. Sci. Part B Polym. Phys. 2007 45 1882 1897
92. K. Kremer G. S. Grest J. Chem. Phys. 1990 92 5057
93. D. J. Evans G. P. Morris Comput. Phys. Rep. 1984 1 299
94. J. L. Suter and P. V. Coveney, 2008, unpublished results
95. M. Falcioni M. J. Bowick E. Guitter G. Thorleifsson Europhys. Lett. 1997 38 67 72
96. J. Y. Lee A. R. C. Baljon R. F. Loring A. Z. Panagiotopoulos J. Chem Phys. 1998 109 10321
97. R. A. Vaia K. D. Jandt E. J. Kramer E. P. Giannelis Macromol. 1995 28 8080 8085
98. J. Y. Lee A. R. C. Baljon D. Y. Sogah R. F. Loring J. Chem. Phys. 2000 112 9112 9119
99. K. L. Anderson A. Sinsawat R. A. Vaia B. L. Farmer J. Polym. Sci. Part B: Polym. Phys. 2005 1014 1024
100. G. Scocchi P. Posocco M. Fermeglia S. Pricl J. Phys. Chem. B 2007 111 2143 2151
101. B. Rotenberg V. Marry J.-F. Dufreche E. Giffaut P. Turq J. Coll. Int. Sci. 2007 309 289 295