Protein-induced geometric constraints and charge transfer in bacteriochlorophyll-histidine complexes in LH2

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 10, Issue 46, 2008, Pages 6971-6978

  Wawrzyniak, Piotr K ^a   Alia, A ^a   Schaap, Roland G ^a   Heemskerk, Mattijs M ^a   De Groot, Huub J M ^a   Buda, Francesco ^a  

^a LEIDEN UNIVERSITY   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIOCHLOROPHYLL; HISTIDINE; PROTEIN;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; LIGHT HARVESTING SYSTEM; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PHOTOSYNTHESIS; PROTEIN CONFORMATION;

BACTERIOCHLOROPHYLLS; HISTIDINE; LIGHT-HARVESTING PROTEIN COMPLEXES; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MODELS, MOLECULAR; PHOTOSYNTHESIS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEINS;

EID: 59149088836     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b810457c     Document Type: Article

References (59)

1. S. A. Krupenko A. P. Vlasov C. Wagner J. Biol. Chem. 2001 276 24030
2. L. Banci M. Benedetto I. Bertini R. Del Conte M. Piccioli M. S. Viezzoli Biochemistry 1998 37 11780
3. C. N. Fuhrmann B. A. Kelch N. Ota D. A. Agard J. Mol. Biol. 2004 338 999
4. L. E. Dardenne A. S. Werneck M. D. Neto P. M. Bisch Proteins-Structure Function and Genetics 2003 52 236
5. B. Vallone K. Nienhaus A. Matthes M. Brunori G. U. Nienhaus Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004 101 17351
6. A. V. Giri S. Anishetty P. Gautam BMC Bioinf. 2004 5 127
7. A. S. Lipton R. W. Heck P. D. Ellis J. Am. Chem. Soc. 2004 126 4735
8. Z. D. Zhang E. A. Komives S. Sugio S. C. Blacklow N. Narayana N. H. Xuong A. M. Stock G. A. Petsko D. Ringe Biochemistry 1999 38 4389
9. A. G. Harrison Mass Spectrom. Rev. 1997 16 201
10. W. F. Reynolds I. R. Peat M. H. Freedman J. R. Lyerla J. Am. Chem. Soc. 1973 95 328
11. T. H. Huang W. W. Bachovchin R. G. Griffin C. M. Dobson Biochemistry 1984 23 5933
12. A. Ramamoorthy C. H. Wu S. J. Opella J. Am. Chem. Soc. 1997 119 10479
13. Y. F. Wei A. C. de Dios A. E. McDermott J. Am. Chem. Soc. 1999 121 10389
14. T. Gajda B. Henry J. J. Delpuech J. Chem. Soc. Perkin Trans 1994 2 157
15. N. Shimba H. Takahashi M. Sakakura I. Fujii I. Shimada J. Am. Chem. Soc. 1998 120 10988
16. N. T. Saraswathi M. Vijayan Acta Cryst. 2001 B57 842
17. R. M. Day C. J. Thalhauser J. L. Sudmeier M. P. Vincent E. V. Torchilin D. G. Sanford C. W. Bachovchin W. W. Bachovchin Protein Sci. 2003 12 794
18. W. W. Bachovchin J. D. Roberts J. Am. Chem. Soc. 1978 100 8041
19. W. W. Bachovchin Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1985 82 7948
20. J. L. Sudmeier E. M. Bradshaw K. E. Coffman Haddad R. M. Day C. J. Thalhauser P. A. Bullock W. W. Bachovchin J. Am. Chem. Soc. 2003 125 8430
21. Alia J. Matysik C. Soede-Huijbregts M. Baldus J. Raap J. Lugtenburg P. Gast H. J. van Gorkom A. J. Hoff H. J. M. de Groot J. Am. Chem. Soc. 2001 123 4803
22. M. S. Solum K. L. Altmann M. Strohmeier D. A. Berges Y. L. Zhang J. C. Facelli R. J. Pugmire D. M. Grant J. Am. Chem. Soc. 1997 119 9804
23. G. F. Signorini R. Chelli P. Procacci V. Schettino J. Phys. Chem. B 2004 108 12252
24. H. Günther, NMR-Spektroskopie, 361, Georg Thieme Verlag, Stuttgart, 1992
25. D. Canet, NMR-Konzepte und Methoden, 184, Springer-Verlag, Berlin, 1994
26. J. Evans, Biomol. NMR Spectr., 71, Oxford University Press, Oxford, 1995
27. V. Cherezov J. Clogston M. Z. Papiz M. Caffrey J. Mol. Biol. 2006 357 1605
28. Alia J. Matysik I. de Boer P. Gast H. J. van Gorkom H. J. M. de Groot J. Biol. NMR 2004 28 157
29. S. S. Kidambi D. K. Lee A. Ramamoorthy Inorg. Chem. 2003 42 3142 3151
30. A. Diller E. Roy P. Gast H. J. van Gorkom H. J. M. de Groot C. Glaubitz G. Jeschke J. Matysik A. Alia Proc. Natl. Acad. Sci. 2007 104 12767
31. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision C.02), Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
32. A. D. Becke Phys. Rev. A 1988 38 3098
33. C. T. Lee W. T. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B 1988 37 785
34. B. Miehlich A. Savin H. Stoll H. Preuss Chem. Phys. Lett. 1989 157 200
35. J. C. Facelli J. Phys. Chem. B 1998 102 2111
36. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648
37. R. McWeeny Phys. Rev. 1962 126 1028
38. R. Ditchfie Mol. Phys. 1974 27 789
39. K. Wolinski A. J. Sadlej Mol. Phys. 1980 41 1419
40. K. Wolinski J. F. Hinton P. Pulay J. Am. Chem. Soc. 1990 112 8251
41. Principal Components of Chemical Tensors: A Compilation, ed., T. Michael Duncan, The Farragut Press, Madison WI 2nd edn, 1997, ISBN: 0-917903-14-5
42. G. te Velde F. M. Bickelhaupt S. J. A. van Gisbergen C. Fonseca Guerra E. J. Baerends J. G. Snijders T. Ziegler J. Comput. Chem. 2001 22 931
43. C. Fonseca Guerra J. G. Snijders G. te Velde E. J. Baerends Theor. Chem. Acc. 1998 99 391
44. ADF2007.01 SCM, Theoretical Chemistry, Vrije Universiteit, Amsterdam, The Netherlands, http://www.scm.com
45. N. T. Saraswathi M. Vijayan Acta Cryst. 2002 B58 734
46. V. H. Vilchiz R. E. Norman S. C. Chang Acta Cryst. 1996 C52 696
47. P. Edington M. M. Harding Acta Cryst. 1974 B30 204
48. M. Munowitz W. W. Bachovchin J. Herzfeld C. M. Dobson R. G. Griffin J. Am. Chem. Soc. 1982 104 1192
49. K. L. Anderson-Altmann C. G. Phung S. Mavromoustakos Z. W. Zheng J. C. Facelli C. D. Poulter D. M. Grant J. Phys. Chem. 1995 99 10454
50. J. C. Facelli R. J. Pugmire D. M. Grant J. Am. Chem. Soc. 1996 118 5488
51. J. Z. Hu J. C. Facelli D. W. Alderman R. J. Pugmire D. M. Grant J. Am. Chem. Soc. 1998 120 9863
52. M. B. Ferraro V. Repetto J. C. Facelli Solid State NMR 1998 10 185
53. J. C. Facelli J. Biomolec. Struct. & Dynamics 1998 3 619
54. C. R. Jacob L. Visscher J. Chem. Phys. 2006 125 194104
55. J. Schmidt A. Hoffmann H. W. Spiess D. Sebastiani J. Phys. Chem. B 2006 110 23204
56. S. Komin C. Gossens I. Tavernelli U. Rothlisberger D. Sebastiani J. Phys. Chem. B 2007 111 5225
57. L. Limantara S. Sakamoto Y. Koyama H. Nagae Photochem. Photobiol. 1997 65 330
58. F. Müh M. El-Amine Madjet J. Adolphs A. Abdurahman B. Rabenstein H. Ishikita E. Knapp T. Renger Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007 104 16862
59. J. Neugebauer J. Phys. Chem. B 2008 112 2207