Energetic fitness of histidine protonation states in PDB structures

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 32, 2004, Pages 12252-12257

  Signorini, Giorgio F ^a   Chelli, Riccardo ^a   Procacci, Piero ^a   Schettino, Vincenzo ^a  

^a NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTATIONAL METHODS; DATABASE SYSTEMS; FREE ENERGY; ISOMERS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STRUCTURE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; SOLVENTS; STATISTICAL METHODS;

ENERGETIC FITNESS; HYSTIDINE; PROTEIN DATA BANKS (PDB); PROTONATION;

PROTEINS;

EID: 4344654870     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp047716r     Document Type: Article

References (34)

1. Banci, L.; Benedetto, M.; Bertini, I.; Del Conte, R.; Piccioli, M.; Viezzoli, M. S. Biochemistry 1998, 37, 11780-11791.
2. Krupenko, S. A.; Vlasov, A. P.; Wagner, C. J. Biol. Chem. 2001, 276, 24030-24037.
3. Zhang, Z. D.; Komives, E. A.; Sugio, S.; Blacklow, S. C.; Narayana, N.; Xuong, N. H.; Stock, A. M.; Petsko, G. A.; Ringe, D. Biochemistry 1999, 38, 4389-4397.
4. Barrick, D.; Hughson, F. M.; Baldwin, R. L. J. Mol. Biol. 1994, 237, 588-601.
5. Günther, H. NMR-Spektroskopie, 361; Georg Thieme Verlag: Stuttgart, 1992.
6. Canet, D. NMR-Konzepte und Methoden, 184; Springer-Verlag: Berlin, 1994.
7. Evans, J. Biomolecular NMR Spectroscopy, 71; Oxford University Press: Oxford, 1995.
8. Day, R. M.; Thalhauser, C. J.; Sudmeier, J. L.; Vincent, M. P.; Torchilin, E. V.; Sanford, D. G.; Bachovchin, C. W.; Bachovchin, W. W. Protein Sci. 2003, 12, 794-810.
9. Sudmeier, J. L.; Bradshaw, E. M.; Haddad, K. E. C.; Day, R. M.; Thalhauser, C. J.; Bullock, P. A.; Bachovchin, W. W. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8430-8431.
10. Karplus, M. J. Phys. Chem. 1959, 30, 11-15.
11. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
12. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
13. Brunger, A. T. X-PLOR, Version 3.1: A system for x-ray crystallography and NMR; Yale University Press: New Haven, 1992.
14. Guntert, P.; Mumenthaler, C.; Wuthrich, K. J. Mol. Biol. 1997, 273, 283-298.
15. Luginbuhl, P.; Guntert, P.; Billeter, M.; Wuthrich, K. J. Biomol. NMR 1996, 8, 136-146.
16. Brunger, A. T.; Adams, P. D.; Clore, G. M.; DeLano, W. L.; Gros, P.; Grosse-Kunstleve, R. W.; Jiang, J. S.; Kuszewski, J.; Nilges, M.; Pannu, N. S.; Read, R. J.; Rice, L. M.; Simonson, T.; Warren, G. L. Acta Crystallogr. D 1998, 54, 905-921.
17. Morris, A. L.; MacArthur, M. W.; Hutchinson, E. G.; Thornton, J. M. PROTEINS 1992, 12, 345-364.
18. Laskowski, R. A.; MacArthur, M. W.; Moss, D. S.; Thornton, J. M. J. Appl. Crystallogr. 1993, 26, 283-291.
19. Vriend, G. J. Mol. Graphics 1990, 8, 52-56.
20. Engh, R. H.; Huber, R. Acta Crystallogr. A 1991, 47, 392-400.
21. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Adds Res. 2000, 28, 235-242.
22. Chelli, R.; Gervasio, F. L.; Procacci, P.; Schettino, V. PROTEINS 2004, 55, 139-151.
23. Gilson, M. K.; Honig, B. PROTEINS 1988, 4, 7-18.
24. Gilson, M. K.; Honig, B. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1991, 5, 5-20.
25. Honig, B.; Nicholls, A. Science 1995, 268, 1144-1149.
26. Procacci, P.; Darden, T.; Paci, E.; Marchi, M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1848-1862.
27. Signorini, G. F. Internal report, Chemistry Department, Università di Firenze, 2003. This report is available as Supporting Information.
28. Gallagher, T.; Oliver, J.; Bott, R.; Betzel, C.; Gilliland, G. L. Acta Crystallogr. D 1996, 52, 1125-1135.
29. Voronoi, G. M. J. Reine Angew. Math. 1908, 134, 198-287.
30. Procacci, P.; Scateni, R. Int. J. Quantum Chem. 1992, 42, 1515-1528.
31. Seavey, B. R.; Farr, E. A.; Westler, W. M.; Markley, J. L. J. Biomol. NMR 1991, 1, 217-236.
32. Lequin, O.; Thüring, H.; Robin, M.; Lallemand, J. Y. Eur. J. Biochem. 1997, 250, 712-726.
33. Marchi, M.; Borgis, D.; Levy, N.; Ballone, P. J. Chem. Phys. 2001, 114, 4377-4385.
34. Lee, M. S.; Salsbury, F. R.; Brooks, C. L. J. Chem. Phys. 2002, 116, 10606-10614.