Structural and dynamic characterization of intrinsically disordered human securin by NMR spectroscopy

Journal of the American Chemical Society

Volumn 130, Issue 50, 2008, Pages 16873-16879

  Csizmok, Veronika ^a   Felli, Isabella C ^b   Tompa, Peter ^a   Banci, Lucia ^b   Bertini, Ivano ^b  

^a INSTITUTE OF EXPERIMENTAL MEDICINE   (Hungary)

^b UNIVERSITY OF FLORENCE   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOCHEMICAL DATUMS; DISORDERED PROTEINS; DYNAMIC CHARACTERIZATIONS; EXCHANGE RATES; NMR SPECTROSCOPIES; PROTONLESS; RELAXATION RATES; RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS; SECURIN; STRUCTURAL DESCRIPTIONS;

AMIDES; AMINES; AMINO ACIDS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; ORGANIC ACIDS; PORT TERMINALS;

NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY;

ALGORITHMS; CELL CYCLE PROTEINS; ENDOPEPTIDASES; HUMANS; NEOPLASM PROTEINS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR;

EID: 58049216739     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja805510b     Document Type: Article

References (66)

1. Zou, H.; McGarry, T. J.; Bernal, T.; Kirschner, M. W. Science 1999, 285, 418-422.
2. Jallepalli, P. V.; Waizenegger, I. C.; Bunz, F.; Langer, S.; Speicher, M. R.; Peters, J. M.; Kiwler, K. W.; Vogelstein, B.; Lengauer, C. Cell 2001, 105, 445-457.
3. Waizenegger, I.; Gimenez-Abian, J. F.; Wernic, D.; Peters, J. M. Curr. Biol. 2002, 12, 1368-1378.
4. Hornig, N. C.; Knowles, P. P.; McDonald, N. Q.; Uhlmann, F. Curr. Biol. 2002, 12, 973-982.
5. Hamid, T.; Kakar, S. S. Mol. Cancer 2004, 3, 18.
6. Nagao, K.; Adachi, Y.; Yanagida, M. Nature 2004, 430, 1044-1048.
7. Jager, H.; Herzig, B.; Herzig, A.; Sticht, H.; Lehner, C. F.; Heidmann, S. Cell Cycle 2004, 3, 182-188.
8. Viadiu, H.; Stemmann, O.; Kirschner, M. W.; Walz, T. Nat. Struct. Mol. Biol. 2005, 12, 552-553.
9. Yamamoto, A.; Guacci, V.; Koshland, D. J. Cell. Biol. 1996, 133, 85-97.
10. Hirano, T.; Funahashi, S. I.; Uemura, T.; Yanagida, M EMBO J. 1986, 5, 2973-2979.
11. Leismann, O.; Herzig, A.; Heidmann, S.; Lehner, C. F. Genes Dev. 2000, 14, 2192-2205.
12. Nagao, K.; Yanagida, M. Genes Cells 2006, 11, 247-260.
13. Cox, C. J.; Dutta, K.; Petri, E. T.; Hwang, W. C.; Lin, Y.; Pascal, S. M.; Basavappa, R. FEBS Lett. 2002, 527, 303-308.
14. Sanchez-Puig, N.; Veprintsev, D. B.; Fersht, A. R. Protein Sci. 2005, 14, 1410-1418.
15. Tompa, P. FEBS Lett. 2005, 579, 3346-3354.
16. Uversky, V. N.; Oldfield, C. J.; Dunker, A. K. J. Mol. Recognit. 2005, 18, 343-384.
17. Dyson, H. J.; Wright, P. E. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005, 6, 197-208.
18. Dunker, A. K.; Obradovic, Z.; Romero, P.; Garner, E. C.; Brown, C. J. Genome Inform. Ser. Workshop Genome Inform. 2000, 11, 161-171.
19. Ward, J. J.; Sodhi, J. S.; McGuffin, L. J.; Buxton, B. F.; Jones, D. T. J. Mol. Biol. 2004, 337, 635-645.
20. Tompa, P.; Dosztanyi, Z.; Simon, I. J, Proteome Res. 2006, 5, 1996-2000.
21. Dobson, C. M. Nature 2003, 426, 884-890.
22. Smith, L. J.; Fiebig, K. M.; Schwalbe, H.; Dobson, C. M. Fold Des. 1996, 1, R95-106.
23. Daggett, V.; Fersht, A. R. Trends Biochem. Sci. 2003, 28, 18-25.
24. Dyson, H. J.; Wright, P. E. Chem. Rev. 2004, 104, 3607-3622.
25. Mittag, T.; Forman-Kay, J. D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 3-14.
26. Bermel, W.; Bertini, I.; Felli, I. C.; Lee, Y. M.; Luchinat, C.; Pierattelli, R. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 3918-3919.
27. Sivakolundu, S. G.; Bashford, D.; Kriwacki, R. W. J. Mol. Biol. 2005, 353, 1118-1128.
28. Rasia, R. M.; Bertoncini, C. W.; Marsh, D.; Hoyer, W.; Cherny, D.; Zweckstetter, M.; Griesinger, C.; Jovin, T. M.; Fernandez, C. O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 4294-4299.
29. Vise, P. D.; Baral, B.; Latos, A. J.; Daughdrill, G. W. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 2061-2077.
30. Mukrasch, M. D.; von Bergen, M.; Biernat, J.; Fischer, D.; Griesinger, C; Mandelkow, E.; Zweckstetter, M. J. Biol. Chem. 2007, 282, 12230-12239.
31. Eliezer, D.; Barre, P.; Kobaslija, M.; Chan, D.; Li, X.; Heend, L. Biochemistry 2005, 44, 1026-1036.
32. Sillen, A.; Barbier, P.; Landrieu, I.; Lefebvre, S.; Wieruszeski, J. M.; Leroy, A.; Peyrot, V.; Lippens, G. Biochemistry 2007, 46, 3055-3064.
33. Landrieu, I.; Lacosse, L.; Leroy, A.; Wieruszeski, J. M.; Trivelli, X.; Sillen, A.; Sibille, N.; Schwalbe, H.; Saxena, K.; Langer, T.; Lippens, G. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 3575-3583.
34. Bermel, W.; Bertini, I.; Felli, I. C.; Piccioli, M.; Pierattelli, R. Prog. NMR Spectrosc. 2006, 48, 25-45.
35. Bermel, W.; Bertini, I.; Felli, I. C.; Kummerle, R.; Pierattelli, R. J. Magn. Reson. 2006, 178, 56-64.
36. Bertini, I.; Duma, L.; Felli, I. C.; Fey, M.; Luchinat, C.; Pierattelli, R.; Vasos, P. R. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 2257-2259.
37. Otting, G.; Ruckert, M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 7793-7797.
38. Keller, R. L. J. The Computer Aided Resonance Asssignement Tutorial (1.3);CANTINA Verlag: 2004.
39. Berjanskii, M.; Wishart, D. S. Nat. Protoc. 2006, 1, 683-688.
40. Wishart, D. S.; Bigam, C. G.; Holm, A.; Hodges, R. S.; Sykes, B. D. J. Biomol. NMR 1995, 5, 67-81.
41. Schwarzinger, S.; Kroon, G. J.; Foss, T. R.; Chung, J.; Wright, P. E.; Dyson, H. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2970-2978.
42. Wu, Y.; Li, Q.; Chen, X. Z. Nat. Protoc. 2007, 2, 3278-3284.
43. Bottomley, M. J.; Macias, M. J.; Liu, Z.; Sattler, M. J. Biomol. NMR 1999, 13, 381-385.
44. Kanelis, V.; Donaldson, L.; Muhandiram, D. R.; Rotin, D.; Forman-Kay, J. D.; Kay, L. E. J. Biomol. NMR 2000, 16, 253-259.
45. Case, D. A.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Methods Enzymol. 1994, 239, 392-416.
46. Wishart, D. S.; Case, D. A. Methods Enzymol. 2001, 338, 3-34.
47. Yao, J.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. FEBS Lett. 1997, 419, 285-289.
48. Schwalbe, H.; Fiebig, K. M.; Buck, M.; Jones, J. A.; Grimshaw, S. B.; Spencer, A.; Glaser, S. J.; Smith, L. J.; Dobson, C. M. Biochemistry 1997, 36, 8977-8991.
49. Schwarzinger, S.; Kroon, G. J. A.; Foss, T. R.; Wright, P. E.; Dyson, H. J. J. Biomol. NMR 2000, 18, 43-48.
50. Marsh, J. A.; Singh, V. K.; Jia, Z.; Forman-Kay, J. D. Protein Sci. 2006, 15, 2795-2804.
51. Dosztanyi, Z.; Csizmok, V.; Tompa, P.; Simon, I. Bioinformatics 2005, 21, 3433-3434.
52. Dosztanyi, Z.; Csizmok, V.; Tompa, P.; Simon, I. J. Mol. Biol. 2005, 347, 827-839.
53. Garnier, J.; Gibrat, J. F.; Robson, B. Methods Enzymol. 1996, 266, 540-553.
54. Louhiouri, M.; Paakkonen, K.; Fredriksson, K.; Permi, P.; Lounila, J.; Annila, A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15647-15650.
55. Cho, M. K.; Kim, H. Y.; Bernado, P.; Fernandez, C. O.; Blackledge, M.; Zweckstetter, M. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 3032-3033.
56. Fuxreiter, M.; Simon, I.; Friedrich, P.; Tompa, P. J. Mol. Biol. 2004, 338, 1015-1026.
57. Fuxreiter, M.; Tompa, P.; Simon, I. Bioinformatics 2007, 23, 950-956.
58. Mohan, A.; Oldfield, C. J.; Radivojac, P.; Vacic, V.; Cortese, M. S.; Dunker, A. K.; Uversky, V. N. J. Mol. Biol. 2006, 362, 1043-1059.
59. Bermel, W.; Bertini, I.; Duma, L.; Felli, I. C.; Emsley, L.; Pierattelli, R.; Vasos, P. R. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 3089-3092.
60. Bermel, W.; Bertini, I.; Felli, I. C.; Kümmerle, R.; Pierattelli, R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 16423-16429.
61. Williamson, M. P. Biochem. J. 1994, 297, 249-260.
62. Kay, B. K.; Williamson, M. P.; Sudol, M. Faseb. J. 2000, 14, 231-241.
63. Iakoucheva, L. M.; Radivojac, P.; Brown, C. J.; O'Connor, T. R.; Sikes, J. G.; Obradovic, Z.; Dunker, A. K. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 1037-1049.
64. Romero, F.; Multon, M. C.; Ramos-Morales, F.; Dominguez, A.; Bernal, J. A.; Pintor-Toro, J. A.; Tortolero, M. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 1300-1307.
65. Tfelt-Hansen, J.; Yano, S.; Bandyopadhyay, S.; Carroll, R.; Brown, E. M.; Chattopadhyay, N. Endocrinology 2004, 145, 4222-4231.
66. Wishart, D. S.; Bigam, C. G.; Yao, J.; Abildgaard, F.; Dyson, H. J.; Oldfield, E.; Markley, J. L.; Sykes, B. D. J. Biomol. NMR 1995, 6, 135-140.