Carbohydrate-protein recognition probed by density functional theory and ab initio calculations including dispersive interactions

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 10, Issue 43, 2008, Pages 6500-6508

  Raju, Rajesh K ^a   Ramraj, Anitha ^a   Vincent, Mark A ^a   Hillier, Ian H ^a   Burton, Neil A ^a  

^a UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CARBOHYDRATE; FUCOSE; GLUCOSE; PROTEIN; PROTON; SKATOLE; TOLUENE;

ARTICLE; BIOPHYSICS; CHEMISTRY; COMPUTER PROGRAM; CONFORMATION; HYDROGEN BOND; METHODOLOGY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; THERMODYNAMICS;

BIOPHYSICS; CARBOHYDRATES; FUCOSE; GLUCOSE; HYDROGEN BONDING; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MOLECULAR CONFORMATION; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; PROTEINS; PROTONS; SKATOLE; SOFTWARE; THERMODYNAMICS; TOLUENE;

EID: 55649085253     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b809164a     Document Type: Article

References (29)

1. E. A. Meyer R. K. Castellano F. Diederich Angew. Chem., Int. Ed. 2003 42 1210
2. H. J. Gabius H. C. Siebert S. Andre J. Jimenez-Barbero H. Rudiger ChemBioChem 2004 5 740
3. J. McLaurin T. Franklin P. E. Fraser A. Chakrabartty J. Biol. Chem. 1998 273 4506
4. K. Drickamer Structure 1997 5 465
5. S. Elgavish B. Shaanan Trends Biochem. Sci. 1997 22 462
6. M. Nishio Y. Umezawa M. Hirota Y. Takeuchi Tetrahedron 1995 51 8665
7. M. C. Fernandez-Alonso F. J. Canada J. Jimenez-Barbero G. Cuevas J. Am. Chem. Soc. 2005 127 7379
8. L. Bautista-Ibanez K. Ramirez-Gualito B. Quiroz-Garcia A. Rojas-Aguilar G. Cuevas J. Org. Chem. 2008 73 849
9. M. S. Sujatha Y. U. Sasidhar P. V. Balaji J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2007 814 11
10. E. C. Stanca-Kaposta D. P. Gamblin J. Screen B. Liu L. C. Snoek B. G. Davis J. P. Simons Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 4444
11. J. Screen E. C. Stanca-Kaposta D. P. Gamblin B. Liu N. A. Macleod L. C. Snoek B. G. Davis J. P. Simons Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 3644
12. P. Hobza Z. Havlas Chem. Rev. 2000 100 4253
13. P. Jurecka J. Sponer J. Cerny P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1985
14. A. L. Ringer M. S. Figgs M. O. Sinnokrot C. D. Sherrill J. Phys. Chem. A 2006 110 10822
15. P. Jurecka J. Cerny P. Hobza D. R. Salahub J. Comput. Chem. 2006 28 555
16. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Phys. Chem. A 2005 109 5656
17. S. Grimme J. Comput. Chem. 2004 25 1463
18. C. Morgado M. A. Vincent I. H. Hillier X. Shan Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 448
19. A. Shaefer C. Huber R. Ahlrichs J. Chem. Phys. 1994 100 5829
20. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision C02), Gaussian, Inc, Wallingford, CT, 2004
21. R. Ditchfield Mol. Phys. 1974 27 789
22. J. L. Dodds R. McWeeny A. J. Sadlej Mol. Phys. 1980 41 1419
23. K. Wolinski J. F. Hilton P. Pulay J. Am. Chem. Soc. 1990 112 8251
24. P. Jurecka J. Sponer H. Cerny P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1985
25. G. Terraneo D. Potenza A. Caneles J. Jimenez-Barbero K. Baldridge A. Bernardi J. Am. Chem. Soc. 2007 129 2891
26. Z. Latajka S. Scheiner J. Comput. Chem. 1987 8 674
27. D. M. A. Guerin M. B. Lascombe M. B. Costabel H. Souchon V. Lamzin P. Beguin P. M. Alzari J. Mol. Biol. 2002 316 1061
28. S. J. Charnock D. N. Bolam D. Nurizzo L. Szabo V. A. McKie H. J. Gilbert G. J. Davies Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 14077
29. C. A. Morgado I. H. Hillier N. A. Burton J. J. W. McDouall Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 2706