Another role of proline: Stabilization interactions in proteins and protein complexes concerning proline and tryptophane

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 10, Issue 42, 2008, Pages 6350-6359

  Biedermannova, Lada ^a,b   E Riley, Kevin ^a   Berka, Karel ^a   Hobza, Pavel ^a   Vondrasek, Jiri ^a,b  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

^b INSTITUTE OF BIOTECHNOLOGY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LIGAND; PROLINE; PROTEIN; TRYPTOPHAN;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; CONFORMATION; HYDROGEN BOND; METHODOLOGY; PHYSICAL CHEMISTRY; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; STATIC ELECTRICITY;

CHEMISTRY, PHYSICAL; HYDROGEN BONDING; LIGANDS; MODELS, CHEMICAL; MOLECULAR CONFORMATION; PROLINE; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN INTERACTION MAPPING; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; PROTEINS; STATIC ELECTRICITY; TRYPTOPHAN;

EID: 55249098911     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b805087b     Document Type: Article

References (41)

1. R. B. Greaves J. Warwicker BMC Struct. Biol. 2007 7
2. K. Ishii K. Marumo Resource Geol. 2002 52 135 146
3. R. Jaenicke J. Biotechnol. 2000 79 193 203
4. R. H. Yun A. Anderson J. Hermans Proteins: Struct., Funct., Genet. 1991 10 219 228
5. S. C. Li N. K. Goto K. A. Williams C. M. Deber Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 6676 6681
6. I. Nilsson A. Saaf P. Whitley G. Gafvelin C. Waller G. von Heijne J. Mol. Biol. 1998 284 1165 1175
7. S. Arnold A. Curtiss D. H. Dean O. Alzate FEBS Lett. 2001 490 70 74
8. J. Y. Suh Y. T. Lee C. B. Park K. H. Lee S. C. Kim B. S. Choi Eur. J. Biochem. 1999 266 665 674
9. T. G. Consler O. Tsolas H. R. Kaback Biochemistry 1991 30 1291 1298
10. P. Chakrabarti S. Chakrabarti J. Mol. Biol. 1998 284 867 873
11. K. E. Riley G. L. Cui K. M. Merz J. Phys. Chem. B 2007 111 5700 5707
12. M. L. Waters Biopolymers 2004 76 435 445
13. S. Aravinda N. Shamala C. Das A. Sriranjini I. L. Karle P. Balaram J. Am. Chem. Soc. 2003 125 5308 5315
14. S. K. Burley G. A. Petsko Science 1985 229 23 28
15. S. S. C. Li Biochem. J. 2005 390 641 653
16. A. Palencia E. S. Cobos P. L. Mateo J. C. Martinez I. Luque J. Mol. Biol. 2004 336 527 537
17. M. Meiyappan G. Birrane J. A. A. Ladias J. Mol. Biol. 2007 372 970 980
18. B. Kemper Toxicol. Appl. Pharmacol. 2004 199 305 315
19. F. Toledo C. J. Lee K. A. Krummel L. W. Rodewald C. W. Liu G. M. Wahl Mol. Cell. Biol. 2007 27 1425 1432
20. A. V. Morozov K. M. S. Misura K. Tsemekhman D. Baker J. Phys. Chem. B 2004 108 8489 8496
21. L. Bendova P. Hobza J. Vondrasek Proteins: Struct., Funct., Bioinform. 2008 72 402 413
22. L. L. Qiu S. A. Pabit A. E. Roitberg S. J. Hagen J. Am. Chem. Soc. 2002 124 12952 12953
23. L. J. Ball R. Kuhne J. Schneider-Mergener H. Oschkinat Angew. Chem., Int. Ed. 2005 44 2852 2869
24. P. Hobza R. Zahradnik K. Muller-Dethlefs Collection Czech. Chem. Commun. 2006 71 443 531
25. P. Jurecka J. Cerny P. Hobza D. R. Salahub J. Comput. Chem. 2007 28 555 569
26. P. Jurecka J. Sponer J. Cerny P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1985 1993
27. K. E. Riley P. Hobza J. Phys. Chem. A 2007 111 8257 8263
28. P. Jurecka J. Cerny P. Hobza D. R. Salahub J. Comput. Chem. 2007 28 555 569
29. A. Halkier T. Helgaker P. Jorgensen W. Klopper H. Koch J. Olsen A. K. Wilson Chem. Phys. Lett. 1998 286 243 252
30. P. Jurecka P. Hobza Chem. Phys. Lett. 2002 365 89 94
31. R. Podeszwa R. Bukowski K. Szalewicz J. Chem. Theory Comput. 2006 2 400 412
32. A. Hesselmann G. Jansen Chem. Phys. Lett. 2002 362 319 325
33. A. Hesselmann G. Jansen Chem. Phys. Lett. 2002 357 464 470
34. A. Misquitta R. Podeszwa B. Jeziorski K. Szalewicz J. Chem. Phys. 2005 123 214103
35. A. Hesselmann G. Jansen M. Schutz J. Chem. Phys. 2005 122 14103
36. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, Jr, J. A. Montgomery, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision C.02), 2004
37. H.-J. Werner, P. J. Knowles, R. Lindh, F. R. Manby and M. a. o. Schutz, MOLPRO, Version 2006.1, 2006
38. R. Ahlrichs M. Bar M. Haser H. Horn C. Kolmel Chem. Phys. Lett. 1989 162 165 169
39. P. Jurecka J. Cerny P. Hobza D. R. Salahub J. Comput. Chem. 2007 28 555 569
40. M. O. Sinnokrot C. D. Sherrill J. Am. Chem. Soc. 2004 126 7690 7697
41. P. Jurecka J. Sponer J. Cerny P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1985 1993