Enrichment by organomercurial agarose and identification of Cys-containing peptides from yeast cell lysates

Analytical Chemistry

Volumn 80, Issue 9, 2008, Pages 3334-3341

  Raftery, Mark J ^a  

^a UNIVERSITY OF NEW SOUTH WALES   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AFFINITY CHROMATOGRAPHY; AMINO ACIDS; MIXTURES; PROTEINS;

COMPLEX MIXTURES; FRAGMENTATION SPECTRA;

YEAST;

AGAROSE; CYSTEINE; FUNGAL PROTEIN; ORGANOMERCURY COMPOUND; TRIS(2 CARBOXYETHYL)PHOSPHINE; TRYPSIN;

ANALYTIC METHOD; ARTICLE; CELL LYSATE; COMPARATIVE STUDY; CONTROLLED STUDY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; OXYGEN AFFINITY; PROTEIN ANALYSIS; YEAST;

CHROMATOGRAPHY, AFFINITY; CYSTEINE; ORGANOMERCURY COMPOUNDS; PHOSPHINES; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEINS; SEPHAROSE; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TRYPSIN;

EID: 42949152371     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac702539q     Document Type: Article

References (35)

1. de Godoy, L. M.; Olsen, J. V.; de Souza, G. A.; Li, G.; Mortensen, P.; Mann, M. Genome Biol. 2006, 7, R50.
2. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., III Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
3. Washburn, M. P.; Ulaszek, R. R.; Yates, J. R., III Anal. Chem. 2003, 75, 5054-5061.
4. Peng, J.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Licklider, L. J.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2003, 2, 43-50.
5. Wei, J.; Sun, J.; Yu, W.; Jones, A.; Oeller, P.; Keller, M.; Woodnutt, G.; Short, J. M. J. Proteome Res. 2005, 4, 801-808.
6. Wang, W.; Guo, T.; Song, T.; Lee, C. S.; Balgley, B. M. Proteomics 2007, 7, 1178-1187.
7. Flory, M. R.; Lee, H.; Bonneau, R.; Mallick, P.; Serikawa, K.; Morris, D. R.; Aebersold, R. Proteomics 2006, 6, 6146-6157.
8. Chang, J. Y.; Knecht, R.; Braun, D. G. Biochem. J. 1983, 211, 163-171.
9. Sliwkowski, M. X.; Levine, R. L. Anal. Biochem. 1985, 147, 369-373.
10. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
11. Spahr, C. S.; Susin, S. A.; Bures, E. J.; Robinson, J. H.; Davis, M. T.; McGinley, M. D.; Kroemer, G.; Patterson, S. D. Electrophoresis 2000, 21, 1635-1650.
12. Gygi, S. P.; Rist, B.; Griffin, T. J.; Eng, J.; Aebersold, R. J. Proteome Res. 2002, 1, 47-54.
13. Liu, T.; Qian, W. J.; Strittmatter, E. F.; Camp, D. G., II; Anderson, G. A.; Thrall, B. D.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2004, 76, 5345-5353.
14. Bernhard, O. K.; Kapp, E. A.; Simpson, R. J. J. Proteome Res. 2007, 6, 987-995.
15. McLachlin, D. T.; Chait, B. T. Anal. Chem. 2003, 75, 6826-6836.
16. Liu, T.; Qian, W. J.; Chen, W. N.; Jacobs, J. M.; Moore, R. J.; Anderson, D. J.; Gritsenko, M. A.; Monroe, M. E.; Thrall, B. D.; Camp, D. G., II; Smith, R. D. Proteomics 2005, 5, 1263-1273.
17. Wang, H.; Qian, W. J.; Chin, M. H.; Petyuk, V. A.; Barry, R. C.; Liu, T.; Gritsenko, M. A.; Mottaz, H. M.; Moore, R. J.; Camp Ii, D. G.; Khan, A. H.; Smith, D. J.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2006, 5, 361-369.
18. Wells, L.; Vosseller, K.; Cole, R. N.; Cronshaw, J. M.; Matunis, M. J.; Hart, G. W. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 791-804.
19. Ren, D.; Julka, S.; Inerowicz, H. D.; Regnier, F. E. Anal. Chem. 2004, 76, 4522-4530.
20. Dai, J.; Wang, J.; Zhang, Y.; Lu, Z.; Yang, B.; Li, X.; Cai, Y.; Qian, X. Anal. Chem. 2005, 77, 7594-7604.
21. Sluyterman, L. A.; Wijdenes, J. Methods Enzymol. 1974, 34, 544-547.
22. Bornstein, D. L.; Walsh, E. C. J. Immunol. Methods 1979, 29, 343-352.
23. Ellman, G. L. Arch. Biochem. Biophys. 1959, 82, 70-77.
24. Krieger, D. E.; Erickson, B. W.; Merrifield, R. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1976, 73, 3160-3164.
25. Gatlin, C. L.; Kleemann, G. R.; Hays, L. G.; Link, A. J.; Yates, J. R., III Anal. Biochem. 1998, 263, 93-101.
26. Goodchild, A.; Raftery, M.; Saunders, N. F.; Guilhaus, M.; Cavicchioli, R. J. Proteome Res. 2004, 3, 1164-1176.
27. Ambatipudi, K.; Old, J.; Guilhaus, M.; Raftery, M.; Hinds, L.; Deane, E. Comp. Biochem. Physiol., Part D: Genomics Proteomics 2006, 1, 283-291.
28. Annaiah, K.; Arnold, R. J.; Novotny, M. V. Nashville TN, May 23-27, 2002; TPA014.
29. Conrads, T. P.; Alving, K.; Veenstra, T. D.; Belov, M. E.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Udseth, H. R.; Chrisler, W. B.; Thrall, B. D.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 2132-2139.
30. Cuatrecasas, P.; Wilchek, M.; Anfinsen, C. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1968, 61, 636-643.
31. Kaplan, R. S.; Mayor, J. A.; Johnston, N.; Oliveira, D. L. J. Biol. Chem. 1990, 265, 13379-13385.
32. Sluyterman, L. A.; Wijdenes, J. Biochim. Biophys. Acta 1970, 200, 593-595.
33. Liu, H.; Sadygov, R. G.; Yates, J. R., III Anal. Chem. 2004, 76, 4193-4201.
34. Whiteaker, J. R.; Zhang, H.; Eng, J. K.; Fang, R.; Piening, B. D.; Feng, L. C.; Lorentzen, T. D.; Schoenherr, R. M.; Keane, J. F.; Holzman, T.; Fitzgibbon, M.; Lin, C.; Cooke, K.; Liu, T.; Camp, D. G., II; Anderson, L.; Watts, J.; Smith, R. D.; McIntosh, M. W.; Paulovich, A. G. J. Proteome Res. 2007, 6, 828-836.
35. Ghaemmaghami, S.; Huh, W. K.; Bower, K.; Howson, R. W.; Belle, A.; Dephoure, N.; O'Shea, E. K.; Weissman, J. S. Nature 2003, 425, 737-741.