The role of ligand-containing loops at copper sites in proteins

Natural Product Reports

Volumn 25, Issue 1, 2008, Pages 15-24

  Dennison, Christopher ^a  

^a NEWCASTLE UNIVERSITY   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AZURIN; COPPER; CUPREDOXIN; LIGAND; METALLOPROTEIN; UNCLASSIFIED DRUG;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; GENETICS; METABOLISM; PROTEIN CONFORMATION; PSEUDOMONAS AERUGINOSA; REVIEW;

AZURIN; COPPER; LIGANDS; METALLOPROTEINS; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; PSEUDOMONAS AERUGINOSA;

EID: 38849140251     PISSN: 02650568     EISSN: 14604752     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b707987g     Document Type: Review

References (122)

1. E. T. Adman Adv. Protein Chem. 1991 42 144 197
2. A. M. Nersissian E. L. Shipp Adv. Protein Chem. 2002 60 271 340
3. C. Dennison Coord. Chem. Rev. 2005 249 3025 3054
4. M. J. Ellis F. E. Dodd G. Sawers R. R. Eady S. S. Hasnain J. Mol. Biol. 2003 328 429 438
5. S. V. Antonyuk R. W. Strange G. Sawers R. R. Eady S. S. Hasnain Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 12041 12046
6. A. Messerschmidt R. Ladenstein R. Huber M. Bolognesi L. Avigliano R. Petruzzelli A. Rossi A. Finazzi-Agró J. Mol. Biol. 1992 224 179 205
7. I. Zaitseva V. Zaitsev G. Card K. Moshkov B. Bax A. Ralph P. Lindley J. Biol. Inorg. Chem. 1996 1 15 23
8. T. Bertrand C. Jolivalt T. Briozzo E. Caminade N. Joly C. Madzak C. Mougin Biochemistry 2002 41 7325 7333
9. N. Hakulinen L. L. Kiiskinen K. Kruus M. Saloheimo A. Paananen A. Koivula J. Rouvinen Nat. Struct. Biol. 2002 9 601 605
10. A. B. Taylor C. S. Stoj L. Ziegler D. J. Kosman P. J. Hart Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 15459 15464
11. S. Iwata C. Ostermeier B. Ludwig H. Michel Nature 1995 376 660 669
12. T. Tsukihara H. Aoyama E. Yamashita T. Tomizaki H. Yamaguchi K. Shinzawa-Itoh R. Nakashima R. Yaono S. Yoshikawa Science 1995 269 1069 1074
13. E. N. Baker J. Mol. Biol. 1988 203 1071 1095
14. H. Nar A. Messerschmidt R. Huber M. van de Kamp G. W. Canters J. Mol. Biol. 1991 221 765 772
15. B. R. Crane A. J. Di Bilio J. R. Winkler H. B. Gray J. Am. Chem. Soc. 2001 123 11623 11631
16. P. J. Hart A. M. Nersissian R. G. Herrmann R. M. Nalbandyan J. S. Valentine D. Eisenberg Protein Sci. 1996 5 2175 2183
17. M. Koch M. Velarde M. D. Harrison S. Echt M. Fischer A. Messerschmidt C. Dennison J. Am. Chem. Soc. 2005 127 158 166
18. Y. Xie T. Inoue Y. Miyamoto H. Matsumura K. Kataoka K. Yamaguchi M. Nojini S. Suzuki Y. Kai J. Biochem. 2005 137 455 461
19. S. Kim J. C. Mollet J. Dong K. Zhang S. Y. Park E. M. Lord Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 16125 16130
20. W. E. B. Shepard B. F. Anderson D. A. Lewandoski G. E. Norris E. N. Baker J. Am. Chem. Soc. 1990 112 7817 7819
21. H. B. Gray B. G. Malmström R. J. P. Williams J. Biol. Inorg. Chem. 2000 5 551 559
22. U. Ryde M. H. M. Olsson K. Pierloot B. O. Roos J. Mol. Biol. 1996 261 586 596
23. M. A. Webb C. M. Kwong G. R. Loppnow J. Phys. Chem. B 1997 101 5062 5069
24. U. Ryde M. H. M. Olsson Int. J. Quantum Chem. 2001 81 335 347
25. M. Cascella A. Magistrato I. Tavernelli P. Carloni U. Rothlisberger Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 19641 19646
26. B. G. Malmström Eur. J. Biochem. 1994 223 711 718
27. R. J. P. Williams Eur. J. Biochem. 1995 234 363 381
28. J. R. Winkler P. Wittung-Stafshede J. Leckner B. G. Malmström H. B. Gray Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 4246 4249
29. U. Ryde M. H. M. Olsson B. O. Roos J. O. A. De Kerpel K. Pierloot J. Biol. Inorg. Chem. 2000 5 565 574
30. U. Ryde M. H. M. Olsson Int. J. Quantum Chem. 2001 81 335 347
31. C. Zong C. J. Wilson T. Shen P. Wittung-Stafshede S. L. Mayo P. G. Wolynes Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 3159 3164
32. J. Peisach W. G. Levine W. E. Blumberg J. Biol. Chem. 1967 242 2847 2858
33. K. G. Paul T. Stigbrand Biochim. Biophys. Acta 1970 221 255 263
34. B. G. Malmström B. Reinhammar T. Vänngård Biochim. Biophys. Acta 1970 205 48 57
35. D. R. McMillin R. A. Holwerda H. B. Gray Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1974 71 1339 1341
36. D. R. McMillin R. C. Rosenberg H. B. Gray Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1974 71 4760 4762
37. E. I. Solomon J. Rawlings D. R. McMillin P. J. Stephens H. B. Gray J. Am. Chem. Soc. 1976 98 8046 8048
38. D. M. Dooley J. Rawlings J. H. Dawson P. J. Stephens L. E. Andreasson B. G. Malmström H. B. Gray J. Am. Chem. Soc. 1979 101 5038 5046
39. J. H. Dawson D. M. Dooley R. Clark P. J. Stephens H. B. Gray J. Am. Chem. Soc. 1979 101 5046 5053
40. E. I. Solomon J. W. Hare D. M. Dooley J. H. Dawson P. J. Stephens H. B. Gray J. Am. Chem. Soc. 1980 102 168 178
41. K. W. Penfield R. R. Gay R. S. Himmelwright N. C. Eickman V. A. Norris H. C. Freeman E. I. Solomon J. Am. Chem. Soc. 1981 103 4382 4388
42. J. E. Roberts J. F. Cline V. Lum H. Freeman H. B. Gray J. Peisach B. Reinhammar B. M. Hoffman J. Am. Chem. Soc. 1984 106 5324 5330
43. K. W. Penfield A. A. Gewirth E. I. Solomon J. Am. Chem. Soc. 1985 107 4519 4529
44. E. I. Solomon M. D. Lowery Science 1993 259 1575 1581
45. C. R. Andrews H. Yeom J. S. Valentine B. G. Karlsson N. Bonander G. van Pouderoyen G. W. Canters T. M. Loehr J. Sanders-Loehr J. Am. Chem. Soc. 1994 116 11489 11498
46. A. P. Kalverda J. Salgado C. Dennison G. W. Canters Biochemistry 1996 35 3085 3092
47. E. I. Solomon K. W. Penfield A. A. Gewirth M. D. Lowery S. E. Shadle J. A. Guckert L. B. LaCroix Inorg. Chim. Acta 1996 243 67 78
48. E. I. Solomon R. K. Szilagyi S. DeBeer George L. Basumallick Chem. Rev. 2004 104 419 458
49. M. Wilmanns P. Lappalainen M. Kelly E. Sauer-Eriksson M. Saraste Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995 92 11955 11959
50. K. Brown M. Tegoni M. Prudêncio A. S. Pereira S. Besson J. J. Moura I. Moura C. Cambillau Nat. Struct. Biol. 2000 7 191 195
51. K. Brown K. Djinovic-Carugo T. Haltia I. Cabrito M. Saraste M. Prudêncio J. J. G. Moura I. Moura M. Tegoni C. Cambillau J. Biol. Chem. 2000 275 41133 41136
52. P. M. H. Kroneck W. A. Antholine J. Riester W. G. Zumft FEBS Lett. 1988 242 70 74
53. P. M. H. Kroneck W. A. Antholine D. H. W. Kastrau G. Buse G. C. M. Steffens W. G. Zumft FEBS Lett. 1990 268 274 276
54. P. Lappalainen R. Aasa B. G. Malmström M. Saraste J. Biol. Chem. 1993 268 26416 26421
55. N. Kitajima K. Fujisawa Y. Moro-oka J. Am. Chem. Soc. 1990 112 3210 3212
56. W. B. Tolman J. Biol. Inorg. Chem. 2006 11 261 271
57. T. J. Mizoguchi A. J. Di Bilio H. B. Gray J. H. Richards J. Am. Chem. Soc. 1992 114 10076 10078
58. B. G. Karlsson M. Nordling T. Pascher L. C. Tsai L. Sjölin L. G. Lundberg Protein Eng. 1991 4 343 349
59. T. den Blaauwen M. Van de Kamp G. W. Canters J. Am. Chem. Soc. 1991 113 5050 5052
60. J. P. Germanas A. J. Di Bilio H. B. Gray J. H. Richards Biochemistry 1993 32 7698 7702
61. D. R. Casimiro A. Toy-Palmer R. C. Blake H. J. Dyson Biochemistry 1995 34 6640 6648
62. J. M. Guss H. C. Freeman J. Mol. Biol. 1983 169 521 563
63. A. Romero H. Nar R. Huber A. Messerschmidt A. P. Kalverda G. W. Canters R. Durley F. S. Mathews J. Mol. Biol. 1994 236 1196 1211
64. L. M. Cunane Z. W. Chen R. C. E. Durley F. S. Mathews Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1996 52 676 686
65. J. M. Guss E. A. Merritt R. P. Phizackerely H. C. Freeman J. Mol. Biol. 1996 262 686 705
66. R. L. Walter S. E. Ealick A. M. Friedman R. C. Blake P. Proctor M. Shoham J. Mol. Biol. 1996 263 730 751
67. T. Inoue N. Nishio S. Suzuki K. Kataoka T. Kohzuma Y. Kai J. Biol. Chem. 1999 274 17845 17852
68. Y. Xhu M. Ökvist Ö. Hansson S. Young Protein Sci. 1998 7 2099 2105
69. C. S. Bond R. E. Blankenship H. C. Freeman J. M. Guss M. J. Maher F. M. Selvaraj M. C. J. Wilce K. M. Willingham J. Mol. Biol. 2001 306 47 67
70. L. Chen R. Durley B. J. Poliks K. Hamada Z. Chen F. S. Mathews V. L. Davidson Y. Satow E. Huizinga F. M. D. Vellieux W. G. J. Hol Biochemistry 1992 31 4959 4964
71. M. Ubbink M. Ejdebäck B. G. Karlsson D. S. Bendall Structure 1998 6 323 335
72. A. Impagliazzo M. Ubbink J. Am. Chem. Soc. 2004 126 5658 5659
73. J. von der Oost P. Lappalainen A. Musacchio A. Warne L. Lemieux J. Rumbley R. B. Gennis R. Aasa T. Pascher B. G. Malmström M. Saraste EMBO J. 1992 11 3209 3217
74. C. Dennison E. Vijgenboom S. de Vries J. van der Oost G. W. Canters FEBS Lett. 1995 365 92 94
75. M. Hay J. H. Richards Y. Lu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 461 464
76. H. Robinson M. C. Ang Y. G. Gao M. T. Hay Y. Lu A. H. J. Wang Biochemistry 1999 38 5677 5683
77. S. De Beer George M. Metz R. K. Szilagyi H. Wang S. P. Cramer Y. Lu W. B. Tolman B. Hedman K. O. Hodgson E. I. Solomon J. Am. Chem. Soc. 2001 123 5757 5767
78. M. H. M. Olsson U. Ryde J. Am. Chem. Soc. 2001 123 7866 7876
79. H. J. Hwang S. M. Berry M. J. Nilges Y. Lu J. Am. Chem. Soc. 2005 127 7274 7275
80. C. Dennison E. Vijgenboom W. R. Hagen G. W. Canters J. Am. Chem. Soc. 1996 118 7406 7407
81. C. Buning G. W. Canters P. Comba C. Dennison L. Jeuken M. Melter J. Sanders-Loehr J. Am. Chem. Soc. 2000 122 204 211
82. R. Remenyi L. J. C. Jeuken P. Comba G. W. Canters J. Biol. Inorg. Chem. 2001 6 23 26
83. S. Yanagisawa C. Dennison J. Am. Chem. Soc. 2003 125 4974 4975
84. S. Yanagisawa C. Dennison J. Am. Chem. Soc. 2004 126 15711 15719
85. C. Dennison Dalton Trans. 2005 3436 3442
86. C. Li S. Yanagisawa B. M. Martins A. Messerschmidt M. J. Banfield C. Dennison Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 7258 7263
87. C. Li M. J. Banfield C. Dennison J. Am. Chem. Soc. 2007 129 709 718
88. M. Velarde R. Huber S. Yanagisawa C. Dennison A. Messerschmidt Biochemistry 2007 46 9981 9991
89. K. Sato, S. J. Fairbank, C. Li, M. J. Banfield and C. Dennison, submitted
90. S. Yanagisawa M. J. Banfield C. Dennison Biochemistry 2006 45 8812 8822
91. G. Battistuzzi M. Bellei M. Borsari G. W. Canters E. de Waal L. J. C. Jeuken A. Renieri M. Sola Biochemistry 2003 42 9214 9220
92. G. Battistuzzi M. Borsari G. W. Canters G. di Rocco E. de Waal Y. Arendsen A. Leonardi A. Renieri M. Sola Biochemistry 2005 44 9944 9949
93. M. V. Botuyan A. Toy-Palmer J. Chung R. C. Blake P. Beroza D. A. Case H. J. Dyson J. Mol. Biol. 1996 263 752 767
94. M. H. M. Olsson U. Ryde J. Biol. Inorg. Chem. 1999 4 654 663
95. M. H. M. Olsson G. Hong A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 2003 125 5025 5039
96. H. Li S. P. Webb J. Ivanic J. H. Jensen J. Am. Chem. Soc. 2004 126 8010 8019
97. C. A. P. Libeu M. Kukimoto M. Nishiyama S. Horinouchi E. T. Adman Biochemistry 1997 36 13160 13179
98. M. C. Machczynski H. B. Gray J. H. Richards J. Inorg. Biochem. 2002 88 375 380
99. R. A. Marcus N. Sutin Biochim. Biophys. Acta 1985 811 265 322
100. K. Sato T. Kohzuma C. Dennison J. Am. Chem. Soc. 2003 125 2101 2112
101. M. van de Kamp R. Floris F. C. Hali G. W. Canters J. Am. Chem. Soc. 1990 112 907 908
102. I. M. C. van Amsterdam M. Ubbink O. Einsle A. Messerschmidt A. Merli D. Cavazzini G. L. Rossi G. W. Canters Nat. Struct. Biol. 2002 9 48 52
103. K. Sato P. B. Crowley C. Dennison J. Biol. Chem. 2005 280 19281 19288
104. J. L. Markley E. L. Ulrich S. P. Berg D. W. Krogmann Biochemistry 1975 14 4428 4433
105. F. A. Armstrong H. A. O. Hill B. N. Oliver D. Whitford J. Am. Chem. Soc. 1985 107 1473 1476
106. J. M. Guss P. R. Harrowell M. Murata V. A. Norris H. C. Freeman J. Mol. Biol. 1986 192 361 387
107. A. Lommen G. W. Canters J. Biol. Chem. 1990 265 2768 2774
108. C. Dennison T. Kohzuma W. McFarlane S. Suzuki A. G. Sykes J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1994 581 582
109. E. Vakoufari K. S. Wilson K. Petratos FEBS Lett. 1994 347 203 206
110. Z. Zhu L. M. Cunane Z. Chen R. C. E. Durley F. S. Mathews V. L. Davidson Biochemistry 1998 37 17128 17136
111. C. Dennison A. T. P. Lawler T. Kohzuma Biochemistry 2002 41 552 560
112. G. Battistuzzi M. Borsari G. W. Canters E. de Waal A. Leonardi A. Renieri M. Sola Biochemistry 2002 41 14293 14298
113. H. C. Freeman, in Coordination Chemistry-21, ed., J. L. Laurent,, Pergamon Press, Oxford, 1981, pp 29-51
114. A. J. Di Bilio C. Dennison H. B. Gray B. E. Ramirez A. G. Sykes J. R. Winkler J. Am. Chem. Soc. 1998 120 7551 7556
115. L. J. C. Jeuken P. van Vliet M. P. Verbeet R. Camba J. P. McEvoy F. A. Armstrong G. W. Canters J. Am. Chem. Soc. 2000 122 12186 12194
116. C. Dennison, C. Li, A. Ranieri, M. Sola and S. Yanagisawa, manuscript in preparation
117. C. Buning P. Comba Eur. J. Inorg. Chem. 2000 1267 1273
118. R. Langen G. M. Jensen U. Jacob P. J. Stephens A. Warshel J. Biol. Chem. 1992 267 25625 26627
119. M. K. Eidsness A. E. Burden K. A. Richie D. M. Kurtz R. A. Scott E. T. Smith T. Ichiye B. Bean T. Min C. Kang Biochemistry 1999 38 14803 14809
120. S. D. Zarić D. M. Popović E. W. Knapp Chem.-Eur. J. 2000 6 3935 3942
121. S. Yanagisawa K. Sato T. Kohzuma C. Dennison Biochemistry 2003 42 6853 6862
122. I. J. Lin E. B. Gebel T. E. Machonkin W. M. Westler J. L. Markley Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 14581 14586