Parametrization of an empirical correction term to density functional theory for an accurate description of π-stacking interactions in nucleic acids

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 45, 2007, Pages 13124-13134

  Ducéré, Jean Marie ^a   Cavallo, Luigi ^a  

^a UNIVERSITY OF SALERNO   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; DISPERSIONS; MOLECULAR INTERACTIONS; PARAMETER ESTIMATION; PARAMETERIZATION;

HARTREE-FOCK CALCULATIONS; PERDEW-BURKE-ERNZERHOF (PBE); STACKING INTERACTIONS;

NUCLEIC ACIDS;

EID: 36649034234     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp072317s     Document Type: Article

References (55)

1. Hobza, P.; Sponer, J.; Polasek, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 792.
2. Weigend, F.; Häser, M. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 331.
3. Weigend, F.; Häser, M.; Patzelt, H.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1998, 294, 143.
4. Zimmerli, U.; Parrinello, M.; Koumoutsakos, P. J. Chem. Phys. 2004, 120, 2693.
5. Dobson, J. F. Int. J. Quantum Chem. 1998, 69, 615.
6. Kohn, W.; Meir, Y.; Makarov, D. E. Phys. Rev. Lett. 1998, 76, 1780.
7. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1463.
8. Ahlrichs, R.; Penco, R.; Scoles, G. Chem. Phys. 1977, 19, 119.
9. Mooij, W. T. M.; van Duijneveldt, F. B.; van Duijneveldt-van de Rijdt, J. G. C. M.; van Eijck, B. P. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 9872.
10. Elstner, M.; Hobza, P.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Kaxiras, E. J. Chem. Phys. 2001, 114, 5149.
11. Wu, Q.; Yang, W. J. Chem. Phys. 2002, 116, 515.
12. Morgado, C.; Vincent, M. A.; Hillier, I. H.; Shan, X. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 448.
13. Jurečka, P.; Černý, J.; Hobza, P.; Salahub, D. J. Comput. Chem. 2007, 28, 555.
14. Antony, J.; Grimme, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 5287.
15. Piacenza, M.; Grimme, S. Chem. Phys. Chem. 2005, 6, 1554.
16. Piacenza, M.; Grimme, S. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14841.
17. Reha, D.; Kabelac, M.; Ryjacek, F.; Sponer, J.; Sponer, J. E.; Elstner, M.; Suhai, S.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3366.
18. Otyepka, M.; Sklenovsky, P.; Horinek, D.; Kubar, T.; Hobza, P. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 4423.
19. Oliva, R.; Tramontano, A.; Cavallo, L. RNA 2007, 13, 1427.
20. Grimme, S.; Diedrich, C.; Korth, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 625.
21. Du, A. J.; Smith, S. C. Nanotechnology 2005, 16, 2118.
22. Feng, S.; Li, T. J. Chem. Theory. Comp. 2006, 2, 149.
23. Neumann, M. A.; Perrin, M.-A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 15531.
24. Perdew, J. P.; Burke, K.; Emzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865.
25. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
26. Perdew, J. P. Phys. Rev. B 1986, 34, 7406.
27. Perdew, J. P. Phys. Rev. B 1986, 33, 8822.
28. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
29. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
30. Ahlrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165.
31. Schäfer, A.; Horn, H.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2571.
32. Schäfer, A.; Huber, C.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1994, 100, 5829.
33. Fonseca Guerra, C.; Snijders, J. G.; te Velde, G.; Baerends, E. J. Theor. Chem. Acc. 1998, 99, 391.
34. te Velde, G.; Bickelhaupt, F. M.; van Gisbergen, S. J. A.; Fonseca Guerra, C.; Baerends, E. J.; Snijders, J. G.; Ziegler, T. J. Comput. Chem. 2001, 22, 931.
35. ADF 2005.01, SCM, Theoretical Chemistry; Vrije Universiteit: Amsterdam, The Netherlands; http://www.scm.com.
36. Jurečka, P.; Šponer, J.; Černý, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985.
37. Šponer, J.; Jurečka, P.; Marchan, I.; Luque, F. J.; Orozco, M.; Hobza, P. Chem. Eur. J. 2006, 12, 2854.
38. Šponer, J.; Jurečka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10142.
39. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999.
40. Slater, J. C.; Kirkwood, J. G. Phys. Rev. 1931, 37, 682.
41. Buckingham, A. D.; Fowler, P. W.; Hutson, J. M. Chem. Rev. 1988, 88, 963.
42. Miller, K. J. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 8533.
43. Halgren, T. A. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 7827.
44. Bondi, A. J. Phys. Chem. 1964, 68, 441.
45. Muller, A.; Losada, M.; Leutwyler, S. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 157.
46. Dunning, T. H. J. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007.
47. Kendall, R. A.; Dunning, T. H. J.; Harrison, R. J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796.
48. Weigend, F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 4285.
49. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
50. Treutler, O.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1995, 102, 346.
51. Ahlrichs, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 5119.
52. Sinnokrot, M. O.; Sherrill, C. D. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10200.
53. Gauss, J.; Stanton, J. F. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 2865.
54. Cavallo, L.; Woo, T. K.; Ziegler, T. Can. J. Chem. 1998, 76, 1457.
55. Klamt, A.; Scheuermann, G. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1993, 799.