Density functional and semiempirical molecular orbital methods including dispersion corrections for the accurate description of noncovalent interactions involving sulfur-containing molecules

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 3, Issue 5, 2007, Pages 1656-1664

  Morgado, Claudio A ^a   McNamara, Jonathan P ^a   Hillier, Ian H ^a   Burton, Neil A ^a   Vincent, Mark A ^a  

^a UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 35948970643     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct700072a     Document Type: Article

References (50)

1. Meyer, E. A.; Castellano, R. K.; Diderich, F. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 1210.
2. Némethy, G.; Scheraga, H. A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1981, 98, 482.
3. Cheney, B. V.; Schulz, M. W.; Cheney, J. Biochim. Biophys. Acta 1989, 996, 116.
4. Duan, G. L.; Smith, V. H., Jr.; Weaver, D. F. Mol. Phys. 2001, 99, 1689.
5. Pranata, J. Bioorg. Chem. 1997, 25, 213.
6. Hermida-Ramón, J. M.; Cabalerio-Lago, E. M.; Rodríguez- Otero, J. J. Chem. Phys. 2005, 122, 204315.
7. Tauer, T. P.; Derrick, M. E.; Sherrill, C. D. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 191.
8. Morgan, R. S.; Tatsch, C. E.; Gushard, R. H.; McAdon, J. M.; Warme, P. K. Int. J. Pept. Protein Res. 1978, 11, 209.
9. Morgan, R. S.; McAdon, J. M. Int. J. Pept. Prot. Res. 1980, 15, 177.
10. Reid, K. S. C.; Lindley, P. F.; Thornton, J. M. FEBS Lett. 1985, 190, 209.
11. Samanta, U.; Pal, D.; Chakrabarti, P. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2000, 38, 288.
12. Pal, D.; Chakrabarti, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 2001, 19, 115.
13. Pal, D.; Chakrabarti, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 15, 1059.
14. Zauhar, R. J.; Colbert, C. L.; Morgan, R. S.; Welsh, W. J. Biopolymers 2000, 53, 233.
15. Allen, F. H. Acta Crystallogr., Sect. B: Struct. Sci. 2002, 58, 380.
16. Viguera, A. R.; Serrano, L. Biochemistry 1995, 34, 8771.
17. Muñoz, V.; Serrano, L. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 399.
18. Tatko, C. D.; Waters, M. L. Protein Sci. 2004, 13, 2515.
19. Waters, M. L. Biopolymers 2004, 76, 435.
20. Jureèka, P.; Šponer, J.; Èerny, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985.
21. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 5656.
22. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1372.
23. Wu, X.; Vargas, M. C.; Nayak, S.; Lotrich, V.; Scoles, G. J. Chem. Phys. 2001, 115, 8748.
24. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1463.
25. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1787.
26. Valdés, H.; Øeha, D.; Hobza, P. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 6385.
27. Dobeš, P.; Oteypka, M.; Strnad, M.; Hobza, P. Chem. Eur. J. 2006, 12, 4297.
28. Anthony, J.; Grimme, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 5287.
29. Morgado, C.; Vincent, M. A.; Hillier, I. H.; Shan, X. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 448.
30. McNamara, J. P.; Hillier, I. H. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 2362.
31. Cabaleiro-Lago, E. M.; Rodríguez-Otero, J. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 7440.
32. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 5348.
33. Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 1989, 10, 209.
34. Halgren, T. A. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 7827.
35. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchain, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T., Al-Laham, A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
36. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
37. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
38. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
39. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chablowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623.
40. Schäfer, A.; Huber, C.; Ahlrichs, R. J. J. Chem. Phys. 1994, 100, 5829.
41. Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007.
42. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 6908.
43. Hehre, W. J.; Radom, L.; Schleyer, P. v. R.; Pople, J. A. Ab Initio Molecular Orbital Theory; Wiley: New York, 1986.
44. Tsuzuki, S.; Leuthi, H. P. J. Chem. Phys. 2001, 114, 3949.
45. Mohr, M.; McNamara, J. P.; Wang, H.; Rajeev, S. A.; Ge, J.; Morgado, C.; Hillier, I. H. Faraday Discuss. 2003, 124, 413.
46. Giese, T. J.; Sherer, E. C.; Cramer, C. J.; York, D. M. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1275.
47. McNamara, J. P.; Sundararajan, M.; Hillier, I. H.; Ge, J.; Campbell, A.; Morgado, C. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1307.
48. McNamara, J. P.; Sundararajan, M.; Hillier, I. H. J. Mol. Graphics Modell. 2005, 24, 128.
49. Jitariu, L.; Wang, H.; Hillier, I. H.; Pilling, M. J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 2459.
50. Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 9489.