Molecular dynamics simulations of p53 DNA-binding domain

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 39, 2007, Pages 11538-11545

  Lu, Qiang ^a   Tan, Yu Hong ^a   Luo, Ray ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING SITES; CRYSTAL STRUCTURE; DNA; ELECTROSTATICS; MOLECULAR MODELING;

DNA CONTACTS; DNA-BINDING INTERFACES; TUMOR MUTATIONS;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 35348950535     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0742261     Document Type: Article

References (61)

1. Bargonetti, J.; Friedman, P. N.; Kern, S. E.; Vogelstein, B.; Prives, C. Cell 1991, 65, 1083.
2. Kern, S. E.; Kinzler, K. W.; Bruskin, A.; Jarosz, D.; Friedman, P.; Prives, C.; Vogelstein, B. Science 1991, 252, 1708.
3. Funk, W. D.; Pak, D. T.; Karas, R. H.; Wright, W. E.; Shay, J. W. Mol. Cell. Biol. 1992, 12, 2866.
4. Eldeiry, W. S.; Kern, S. E.; Pietenpol, J. A.; Kinzler, K. W.; Vogelstein, B. Nat. Genet. 1992, 1, 45.
5. Fields, S.; Jang, S. K. Science 1990, 249, 1046.
6. Raycroft, L.; Wu, H.; Lozano, G. Science 1990, 249, 1049.
7. Farmer, G.; Bargonetti, J.; Zhu, H.; Friedman, P.; Prywes, R.; Prives, C. Nature 1992, 358, 83.
8. Kern, S. E.; Pietenpol, J. A.; Thiagalingam, S.; Seymour, A.; Kinzler, K. W.; Vogelstein, B. Science 1992, 256, 827.
9. Unger, T.; Nau, M. M.; Segal, S.; Minna, J. D. EMBO J. 1992,11, 1383.
10. Harris, C. C. J. Natl. Cancer Inst. 1996, 88, 1442.
11. Ko, L. J.; Prives, G Genes Dev. 1996, 10, 1054.
12. Prives, C.; Hall, P. A. J. Pathol. 1999, 187, 112.
13. Martin, A. C. R.; Facchiano, A. M.; Cuff, A. L.; Hernandez-Boussard, T.; Olivier, M.; Hainaut, P.; Thornton, J. M. Hum. Mutat. 2002, 19, 149.
14. Olivier, M.; Eeles, R.; Hollstein, M.; Khan, M. A.; Harris, C. C.; Hainaut, P. Hum. Mutat. 2002, 19, 607.
15. Nikolova, P. V.; Wong, K. B.; DeDecker, B.; Henckel, J.; Fersht, A. R. EMBO J. 2000, 19, 370.
16. Hupp, T. R.; Sparks, A.; Lane, D. P. Cell 1995, 83, 237.
17. Cho, Y. J.; Gorina, S.; Jeffrey, P. D.; Pavletich, N. P. Science 1994, 265, 346.
18. Bullock, A. N.; Fersh, A. R. Nat. Rev. Cancer 2001, 1, 68.
19. Pavletich, N. P.; Chambers, K. A.; Pabo, C. O. Genes Dev. 1993, 7, 2556.
20. Min, D. H.; Liu, Y. S.; Carbone, L.; Yang, W. J. Chem. Phys. 2007, 126, 194104.
21. Hainaut, P.; Mann, K. Antioxid. Redox Signaling 2001, 5, 611.
22. Meplan, C.; Richard, M. J.; Hainaut, P. Biochem. Pharmacol. 2000, 59, 25.
23. Vedani, A.; Huhta, D. W. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 4759.
24. Aqvist, J.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 2860.
25. Stote, R. H.; Karplus, M. Proteins: Struct., Fund., Genet. 1995, 23, 12.
26. Wasserman, Z. R.; Hodge, G N. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1996, 24, 227.
27. Hoops, S. C.; Anderson, K. W.; Merz, K. M. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 8262.
28. Lu, D. S.; Voth, G. A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1998, 33, 119.
29. Pang, Y. P. J. Mol. Model. 1999, 5, 196.
30. Simons, J.; Jorgensen, P.; Taylor, H.; Ozment, J. J. Phys. Chem. 1983, 87, 2745.
31. Csaszar, P.; Pulay, P. J. Mol. Struct. 1984, 114, 31.
32. Farkas, O.; Schlegel, H. B. J. Chem. Phys. 1999, 111, 10806.
33. Lee, C. T.; Yang, W. T.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
34. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
35. Hehre, W. J.; Radom, L.; Schleyer, P. v. R.; Pople, J. Ab initio molecular orbital theory; Academic Press: New York, 1986.
36. Pavlov, M.; Siegbahn, P. E. M.; Sandstrom, M. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 219.
37. Pang, Y. P.; Xu, K.; Yazal, J. E.; Prendergast, F. G. Protein Sci. 2000, 9, 2583.
38. Foresman, J. B.; Frisch, A. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods, 2nd ed.; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1996.
39. Momany, F. A. J. Phys. Chem. 1978, 82, 592.
40. Cox, S. R.; Williams, D. E. J. Comput. Chem. 1981, 2, 304.
41. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1984, 5, 129.
42. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; et al. Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2003.
43. Kottalam, J.; Case, D. A. Biopolymers 1990, 29, 1409.
44. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E. I.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Schafmeister, C.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. Amber 9; University of California: San Francisco, 2006.
45. Merz, K. M. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 406.
46. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269.
47. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9620.
48. Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Bayly, C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1357.
49. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
50. Wang, J. M.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.
51. Lwin, T. Z.; Luo, R. Protein Sci. 2006, 15, 2642.
52. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
53. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
54. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
55. Ryde, U. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 27, 40.
56. Nakamoto, K.; Takemoto, J.; Chow, T. L. Appl. Spectrosc. 1971, 25, 352.
57. Sacconi, L.; Gans, P.; Sabatini, A. Inorg. Chem. 1964, 5, 1772.
58. Nakamoto, K. Infrared and Raman Spectra of Inorganic and Coordination Compounds; John Wiley & Sons: New York, 1978.
59. Bullock, A. N.; Henckel, J.; Fersht, A. R. Oncogene 2000, 19, 1245.
60. Joerger, A. C.; Ang, H. C.; Fersht, A. R. Proc Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 15056.
61. Joerger, A. C.; Ang, H. C.; Veprintsev, D. B.; Blair, C. M.; Fersht, A. R. J. Biol. Chem. 2005, 280, 16030.