Direct observation of essential DNA dynamics: Melting and reformation of the DNA minor groove

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 36, 2007, Pages 10833-10838

  Banerjee, Debapriya ^a   Pal, Samir Kumar ^a  

^a S N BOSE NATIONAL CENTRE FOR BASIC SCIENCES   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL RELAXATION; COOLING; DNA; EMISSION SPECTROSCOPY; MELTING; MOLECULAR STRUCTURE; THERMAL EFFECTS;

HYBRIDIZATION; RELAXATION DYNAMICS; SECONDARY STRUCTURE; TIME RESOLVED EMISSION SPECTRA (TRES);

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 34848923022     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp074697n     Document Type: Article

References (38)

1. Kim. Y.; Geiger, J. H.; Hahn, S.; Sigler, P. B. Nature 1993, 365, 512-520.
2. Goodman, S. D.; Nash, H. A. Nature 1989, 341, 251-254.
3. Lilley, D. M. J. Nature 1992, 357, 282-283.
4. Hamelberg, D.; McFail-Isom, L.; Williams, L. D.; Wilson, W. D. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10513-10520.
5. Brauns, E. B.; Murphy, C. J.; Berg, M. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 2449-2456.
6. Goshen, E.; Zhao, W. Z.; Carmon, G.; Rosen, S.; Granek, R.; Feingold, M. Phys. Rev. E 2005, 71, 61920(1-6).
7. Borer, P. N.; LaPlante, S. R.; Kumar, A.; Zanatta, N.; Martin, A.; Hakkinen, A.; Levy, G. C. Biochemistry 1994, 33, 2441-2450.
8. Eimer, W.; Williamson, J. R.; Boxer, S. G.; Pecora, R. Biochemistry 1990, 29, 799-811.
9. Alam, T. M.; Drobny, G. Biochemistry 1990, 29, 3421-3430.
10. Andreatta, D.; Perez Lustres, J. L.; Kovalenko, S. A.; Ernsting, N. P.; Murphy, C. J.; Coleman, R. S.; Berg, M. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7270-7271.
11. Andreatta, D.; Sen, S.; Perez Lustres, J. L.; Kovalenko, S. A.; Ernsting, N. P.; Murphy, C. J.; Coleman, R. S.; Berg, M. A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 6885-6892.
12. Brauns, E. B.; Madaras, M. L.; Coleman, R. S.; Murphy, C. J.; Berg, M. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11644-11649.
13. Brauns, E. B.; Madaras, M. L.; Coleman, R. S.; Murphy, C. J.; Berg, M. A. Phys. Rev. Lett. 2002, 88, 158101 (1-4).
14. Gearheart, L. A.; Somoza, M. M.; Rivers, E. W.; Murphy, C. J.; Coleman, R. S.; Berg, M. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 11812-11813.
15. Pal, S. K.; Zhao, L.; Xia, T.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13746-13751.
16. Pal, S. K.; Zhao, L.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 8113-8118.
17. Vega, M. C.; Garcia Saez, I.; Aymami, J.; Eritja, R.; VanDer Marel, G. A.; Van Boom, J. H.; Rich, A.; Coll, M. Eur. J. Biochem. 1994, 222, 721-726.
18. Banerjee, D.; Pal, S. K. Chem. Phys. Lett. 2006, 432, 257-262.
19. Drukker, K.; Wu, G.; Schatz, G. C. J. Chem. Phys. 2001, 114, 579-590.
20. Cosa, G.; Focsaneanu, K.-S.; McLean, J. R. N.; McNamee, J. P.; Scaiano, J. C. Photochem. Photobiol. 2001, 73, 585-599.
21. Lakowicz, J. R. Principles of fluorescence spectroscopy; Kluwer Academic/Plenum: New York, 1999.
22. Horng, M. L.; Gardecki, J. A.; Papazyan, A.; Maroncelli, M. J. Phys. Chem. 1995, 99, 17311-17337.
23. O'Connor, D. V.; Philips, D. Time correlated single photon counting; Academic Press: London, 1984.
24. Bockris, J. O. M.; Saluja, P. P. S. J. Phys. Chem. 1972, 76, 2140-2151.
25. Semsey, S.; Tolstorukov, M. Y.; Virnik, K.; Zhurkin, V. B.; Adhya, S. Genes Dev. 2004, 18, 1898-1907.
26. Pal, S. K.; Zewail, A. H. Chem. Rev. 2004, 104, 2099-2123.
27. Fede, A.; Labhardt, A.; Bannwarth, W.; Leupin, W. Biochemistry 1991, 30, 11377-11388.
28. Hess, S.; Davis, W. B.; Voityuk, A. A.; Rosch, N.; Michel-Beyerle, M. E.; Ernsting, N. P.; Kovalenko, S. A.; Perez Lustres, J. L. ChemPhysChem 2002, 3, 452-455.
29. Bhattacharya, P. K.; Cha, J.; Barton, J. K. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 4740-4750.
30. Pal, S.; Maiti, P. K.; Bagchi, B. J. Chem. Phys. 2006, 125, 234903-(1-10).
31. Tereshko, V.; Minasov, G.; Egli, M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 3590-3595.
32. Han, F.; Taulier, N.; Chalikian, T. V. Biochemistry 2005, 44, 9785-9794.
33. Guerri, A.; Simpson, I. J.; Neidle, S. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 2873-2878.
34. Mrevlishvili, G. M.; Carvalho, A. P. S. M. C.; Ribeiro da Silva, M. A. V.; Mdzinarashvili, T. D.; Razmadze, G. Z.; Tarielashvili, T. Z. J. Therm. Anal. Calorim. 2001, 66, 133-144.
35. Spink, C. H.; Chaires, J. B. Biochemistry 1999, 38, 496-508.
36. Chen, Y. Z.; Prohofsky, E. W. Biophys. J. 1993, 64, 1385-1393.
37. Chalikian, T. V.; Volker, J.; Plum, G. E.; Breslauer, K. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 7853-7858.
38. Lane, A. N.; Jenkins, T. C.; Frenkiel, T. A. Biochim. Biophys. Acta 1997, 1350, 205-220.