Probing the environment of CuB in heme-copper oxidases

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 35, 2007, Pages 10502-10509

  Daskalakis, Vangelis ^a   Pinakoulaki, Eftychia ^b   Stavrakis, Stavros ^a   Varotsis, Constantinos ^a  

^a UNIVERSITY OF CRETE   (Greece)

^b UNIVERSITY OF CYPRUS   (Cyprus)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; FOURIER TRANSFORM INFRARED SPECTROSCOPY; LIGANDS; PH EFFECTS; STRUCTURAL DYNAMICS; THERMAL EFFECTS;

COPPER OXIDASES; FREQUENCY SHIFTS; LIGATION;

COPPER COMPOUNDS;

EID: 34548860098     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0718597     Document Type: Article

References (59)

1. Wikström, M. Nature 1989, 338, 776.
2. Ferguson-Miller, S.; Babcock, G. T. Chem. Rev. 1996, 96, 2889.
3. Gennis, R. B. Biochim. Biophys. Acta 1998, 1365, 241.
4. Michel, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 12819.
5. Trumpower, B. L.; Gennis, R. B. Annu. Rev. Biochem. 1994, 63, 675.
6. Babcock, G. T.; Wikström, M. Nature 1992, 356, 301.
7. Tsukihara, T.; Aoyama, H.; Yamashita, E.; Tomizaki, T.; Yamaguchi, H.; Shinzawa-Itoh, K.; Nakashima, R.; Yaono, R.; Yoshikawa, S. Science 1995, 269, 1069.
8. Iwata, S.; Ostermeier, C.; Ludwig, B.; Michel, H. Nature 1995, 376, 660.
9. Soulimane, T.; Buse, G.; Bourenkov, G. P.; Bartunik, H. D.; Huber, R.; Than, M. E. EMBO J. 2000, 19, 1766.
10. Das, T. K.; Pecoraro, C.; Tomson, F. L.; Gennis, R. B.; Rousseau, D. L. Biochemistry 1998, 37, 14471.
11. Proshlyakov, D. A.; Pressler, M. A.; Babcock, G. T. Proc. Nati. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 8020.
12. Pinakoulaki, E.; Pfitzner, U.; Ludwig, B.; Varotsis C. J. Biol. Chem. 2002, 277, 13563.
13. Pinakoulaki, E.; Pfitzner, U.; Ludwig, B.; Varotsis, C. J. Biol. Chem. 2003, 278, 18761.
14. Cappucio, J. A.; Ayala, I.; Elliot, G. I.; Szundi, I.; Lewis, J.; Konopelski, J. P.; Berry, B. A.; Einarsdótirr, O. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1750.
15. Berry, B. A.; Einarsdótirr, O. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6972.
16. McCauley, K. M.; Vrtis, J. M.; Dupont, J.; van der Donk, W. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2403.
17. Nagano, Y.; Liu, J-G.; Nanita, Y.; Kitagawa, T. J. Mol. Struct. 2005, 736, 279.
18. Nagano, Y.; Liu, J-G.; Nanita, Y.; Ikoma, T.; Tero-Kubota, S.; Kitagawa, T. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 14560.
19. Das, T. K.; Tomson, F. K.; Gennis, R. B.; Gordon, M.; Rousseau, D. L. Biophys. J. 2001, 80, 2039.
20. Mitchell, D. M.; Shapleigh, J. P.; Archer, A. M.; Alben, J. O.; Gennis, R. B. Biochemistry 1996, 35, 9446.
21. Wang, J.; Takahashi, S.; Hosier, P. H.; Mitchell, D. M.; FergusonMiller, S.; Gennis, R. B.; Rousseau, D. L. Biochemistry 1995, 34, 9819.
22. Varotsis, C.; Vamvouka, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7670.
23. Hosier, P. H.; Kim, Y.; Shapleigh, J. P.; Gennis, R. B.; Alben, J. O.; Ferguson-Miller, S.; Babcock, G. T. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 5515.
24. Pinakoulaki, E.; Soulimane, T.; Varotsis, C. J. Biol. Chem. 2002, 277, 32867.
25. Stavrakis, S.; Koutsoupakis, K.; Pinakoulaki, E.; Urbani, A.; Saraste, M.; Varotsis, C. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3814.
26. Koutsoupakis, K.; Stavrakis, S.; Soulimane, T.; Varotsis, C. J. Biol. Chem. 2003, 278, 14893.
27. Rost, B.; Behr, J.; Hellwig, P.; Richter, O.-M. H.; Ludwig, B.; Michel, H.; Mäntele, W. Biochemistry 1998, 38, 7565.
28. Pinakoulaki, E.; Ohta, T.; Soulimane, T.; Kitagawa, T.; Varotsis, C. J. Biol. Chem. 2004, 279, 22791.
29. Ohta, T.; Pinakoulaki, E.; Soulimane, T.; Kitagawa, T.; Varotsis, C. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 5489.
30. Varotsis, C.; Babcock, G. T.; Garcia-Horsman, A.; Gennis, R. B. J. Phys. Chem. 1995, 99, 16817.
31. Hemp, J.; Christian, C.; Barquera, B.; Gennis, R. B.; Martinez, T. J. Biochemistry 2005, 44, 10766.
32. Urbani, A.; Gemeinhardt, S.; Warne, A.; Saraste, M. FEBS Lett. 2001, 508, 29.
33. Giuffrè, A.; Stubauer, G.; Sait, P.; Brunori, M.; Zumft, W. G.; Buse, G.; Soulimane, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 1999, 96, 14718.
34. Pinakoulaki, E.; Ohta, T.; Soulimane, T.; Kitagawa, T.; Varotsis, C. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 15161.
35. 2; Accelrys: San Diego, CA, 1999.
36. Delley, B. J. J. Chem. Phys. 1990, 92, 508.
37. Accelrys-Materials Studio, Quantum and Catalyses Tools, DMo13, March 1, 2005. http://www.accelrys.com/mstudio/ms-modeling/dmol3.html.
38. Dolg, M.; Wedig, U.; Stoll, H.; Preuss, H. J. Chem. Phys. 1987, 86, 866.
39. Bergner, A.; Dolg, M.; Kuechle, W.; Stoll, H.; Preuss, H. Mol. Phys. 1993, 80, 1431.
40. Koutsoupakis, C.; Soulimane, T.; Varotsis, C. Biophys. J. 2004, 86, 2438.
41. Park, S.; Pan, L.-P.; Chan, S. I.; Alben, J. Biophys. J. 1996, 71, 1036.
42. Woodruff, W. H. J. Bioenerg. Biomembr. 1993, 25, 177.
43. Einarsdótirr, Ó.; Killough, P. M.; Fee, J. A.; Woodruff, W. H. J. Biol. Chem. 1989, 264, 2405.
44. Einarsdótirr, Ó.; Dyer, R. B.; Lemon, D. D.; Killough, P. M.; Hubig, S. M.; Atherton, S. J.; Lopez-Garriga, J. J.; Palmer, G.; Woodruff, W. H. Biochemistry 1993, 32, 12013.
45. McMahon, B. H.; Fabian, M.; Tomson, F.; Causgrove, T. P.; Bailey, J. A.; Rein, F. N.; Dyer, R. B.; Palmer, G.; Gennis, R. B.; Woodruff, W. H. Biochim. Biophys. Ada 2004, 1655, 321.
46. Tomson, F.; Bailey, J. A.; Gennis, R. B.; Unkefer, C. J.; Zizhong, L.; Silks, L. A.; Martinez, R. A.; Donohoe, R. J.; Dyer, R. B.; Woodruff, W. H. Biochemistry 2002, 41, 14383.
47. Nyquist, R. M.; Heitbrink, D.; Bolwien, C.; Gennis, R. B.; Heberle, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 8715.
48. Hellwig, P.; Pfitzner, U.; Behr, J.; Rost, B.; Pesavento, R. P.; van der Donk, W. A.; Gennis, R. B.; Mitchel, H.; Ludwig, B.; Mäntele, W. Biochemistry 2002, 41, 9116.
49. Frisch, M. J.; Tracks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al- Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A. 11; Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 2001.
50. Aki, M.; Ogura, T.; Nanita, Y.; Le, T. H.; Kitagawa, T. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3436.
51. (51 ) Collman, J. P.; Wang, Z.; Zhong, M.; Zeng, L. J. Chem. Soc, Perkin Trans. 2000, 11, 1217.
52. Himo, F.; Noodleman, L.; Blomberg, M. R. A.; Siegbahn, P. E. M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 8757.
53. Liu, J. G.; Naruta, Y.; Tani, F. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 1836.
54. Morgan, J. E.; Verkhovsky, M. I.; Wikström, M. J. Bioenerg. Biomembr. 1994, 26, 599.
55. MacMillan, F.; Kannt, A.; Behr, J.; Prisner, T.; Michel, H. Biochemistry 1999, 38, 9179.
56. Das, T. K.; Gomes, C M.; Teixeira, M.; Rousseau, D. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9591.
57. Proshlyakov, D. A.; Pressler, M. A.; DeMaso, C.; Leykam, J. F.; DeWitt, D. L.; Babcock, G. T. Science 2000, 290, 1588.
58. Puustinen, A.; Wikström, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 35-37.
59. Iwase, T.; Varotsis, C.; Shinzawa-Itoh, K.; Yoshikawa, S.; Kitagawa, T. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1415.