Polymorphic phase behavior of cardiolipin derivatives studied by coarse-grained molecular dynamics

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 25, 2007, Pages 7194-7200

  Dahlberg, Martin ^a  

^a STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL MEMBRANES; LIPIDS; MICELLES; POLYMORPHISM;

INVERSE HEXAGONAL PHASES; PHASE POLYMORPHISM;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 34547279303     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp071954f     Document Type: Article

References (59)

1. Gomez, B., Jr.; Robinson, N. C. Anal. Biochem.1999, 267, 212-216.
2. Hovius, R.; Lambreohts, H.; Nicolay, K.; de Kruijff, B. Biochim. Biophys. Acta1990, 1021, 217-226.
3. Haines, T. H.; Dencher, N. A. FEBS Lett.2002, 528, 35-39.
4. Hoch, F. L. Biochim. Biophys. Acta1992, 1113, 71-133.
5. Schlame, M.; Rua, D.; Greenberg, M. L. Lipid Res.2000, 39, 257-288.
6. Gohil, V. M.; Hayes, P.; Matsuyama, S.; Schagger, H.; Schlame, M.; Greenberg, M. L. J. Biol. Chem.2004, 279, 42612-42618.
7. Pfeiffer, K.; Gohil, V.; Stuart, R. A.; Hunte, C.; Brandt, U.; Greenberg, M. L.; Schagger, H. J. Biol. Chem.2003, 278, 52873-52880.
8. Zhang, M.; Mileykovskaya, E.; Dowhan, W. J. Biol. Chem.2005, 280, 29403-29408.
9. McAuley, K. E.; Fyfe, P. K.; Ridge, J. P.; Isaacs, N. W.; Cogdell, R. J.; Jones, M. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.1999, 96, 14706-14711.
10. Gorbenko, G. P.; Molotkovsky, J. G.; Kinnunen, P. K. Biophys. J.2006, 90, 4093-4103.
11. Vreken, P.; Valianpour, F.; Nijtmans, L. G.; Grivell, L. A.; Plecko, B.; Wanders, R. J.; Earth, P. G. Biochem. Biophys. Res. Commun.2000, 279, 378-382.
12. Hauff, K. D.; Hatch, G. M. Prog. Lipid Res.2006, 45, 91-101.
13. Schlame, M.; Ren, M. FEBS Lett.2006, 580, 5450-5455.
14. Seddon, J. M.; Kaye, R. D.; Marsh, D. Biochim. Biophys. Acta1983, 734, 347-352.
15. Allegrini, P. R.; Pluschke, G.; Seelig, J. Biochemistry1984, 23, 6452-6458.
16. Cullis, P. R.; Verkleij, A. J.; Ververgaert, P. H. Biochim. Biophys. Acta1978, 513, 11-20.
17. de Kruijff, B.; Cullis, P. R. Biochim. Biophys. Acta1980, 602, 477-490.
18. Powell, G. L.; Marsh, D. Biochemistry1985, 24, 2902-2908.
19. Cullis, P. R.; de Kruijff, B. Biochim. Biophys. Acta1979, 559, 399-420.
20. Israelachvili, J. N.; Marcelja, S.; Hom, R. G. Q. Rev. Biophys.1980, 13, 121-200.
21. Egorova, E. M. Colloids Surf., A1998, 131, 7-18.
22. Egorova, E. M. Colloids Surf., A1998, 131, 19-31.
23. Nichols-Smith, S.; Kuhl, T. Colloids Surf., B2005, 41, 121-127.
24. Siegel, D. P. Biophys. J.1986, 49, 1171-1183.
25. Siegel, D. P. Biophys. J.1993, 65, 2124-2140.
26. Lyubartsev, A. P.; Laaksonen, A. Phys. Rev. E1995, 52, 3730-3737.
27. Lyubartsev, A. P. Eur. Biophys. J.2005, 35, 53-61.
28. Izvekov, S.; Parrinello, M.; Burnham, C. J.; Voth, G. A. J. Chem. Phys.2004, 120, 10896-10913.
29. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B2005, 109, 2469-2473.
30. Müller-Plathe, F. ChemPhysChem2002, 3, 754-769.
31. Shelley, J. C.; Shelley, M. Y.; Reeder, R. C.; Bandyopadhyay, S.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B2001, 105, 4464-4470.
32. Shelley, J. C.; Shelley, M. Y.; Reeder, R. C.; Bandyopadhyay, S.; Moore, P. B.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B2001, 105, 9785-9792.
33. Venturoli, M.; Maddalena Sperotto, M.; Kranenburg, M.; Smit, B. Phys. Rep.2006, 437, 1-54.
34. Nielsen, S. O.; Lopez, C. F.; Srinivas, G.; Klein, M. L. J. Phys.: Condens. Matter2004, 16, R481-R512.
35. Smit, B.; Hilbers, P. A. J.; Esselink, K.; Rupert, L. A. M.; van Os, N. M.; Schlijper, A. G. Nature1990, 348, 624-625.
36. Marrink, S. J.; deVries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B2004, 108, 750-760.
37. Marrink, S. J.; Mark, A. E. Biophys. J.2004, 87, 3894-3900.
38. Kasson, P. M.; Kelley, N. W.; Singhai, N.; Vrljic, M.; Brunger, A. T.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.2006, 103, 11916-11921.
39. Shih, A. Y.; Arkhipov, A.; Freddolino, P. L.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B2006, 110, 3674-3684.
40. Shih, A. Y.; Freddolino, P. L.; Arkhipov, A.; Schulten, K. J. Struct. Biol.2007, 157, 579-92.
41. Bond, P. J.; Holyoake, J.; Ivetac, A.; Khalid, S.; Sansom, M. S. P. J. Struct. Biol.2007, 157, 593-605.
42. MacCallum, J. L.; Tieleman, D. P. J. Am. Chem. Soc.2006, 128, 125-130.
43. Niemela, P. S.; Ollila, S.; Hyvonen, M. T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. PLoS Comput. Biol.2007, 3, e34.
44. de Vries, A. H.; Yefimov, S.; Mark, A. E.; Marrink, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.2005, 102, 5392-5396.
45. Knecht, V.; Marrink, S. J. Biophys. J.2007, 92, 4254-4261.
46. Gurtovenko, A. A.; Miettinen, M.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. J. Phys. Chem. B2005, 109, 21126-21134.
47. Zhao, W.; Rog, T.; Gurtovenko, A. A.; Vattulainen, I.; Karttunen, M. Biophys. J.2007, 92, 1114-1124.
48. Elmore, D. E. FEBS Lett.2006, 580, 144-148.
49. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys.1984, 87, 3684-3690.
50. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model.2001, 7, 306-317.
51. Lewis, R. N.; Zweytick, D.; Pabst, G.; Lohner, K.; McElhaney, R. N. Biophys. J.2007, 92, 3166-3177.
52. Petrache, H. I.; Tristram-Nagle, S.; Gawrisch, K.; Harries, D.; Parsegian, V. A.; Nagle, J. F. Biophys. J.2004, 86, 1574-1586.
53. Corkery, R. W. Colloids Surf., B2002, 26, 3-20.
54. Cooke, I. R.; Deserno, M. Biophys. J.2006, 97, 487-495.
55. Sankaram, M. B.; Powell, G. L.; Marsh, D. Biochim. Biophys. Acta1989, 980, 389-392.
56. Kates, M.; Syz, J. Y.; Gosser, D.; Haines, T. H. Lipids1993, 28, 877-882.
57. Schlame, M.; Ren, M.; Xu, Y.; Greenberg, M. L.; Haller, I. Chem. Phys. Lipids2005, 138, 38-49.
58. Lee, H.; Larson, R. G. J. Phys. Chem. B2006, 110, 18204-18211.
59. Lewis, R. N.; McElhaney, R. N. Biophys. J.2000, 79, 1455-1464.